Studyid	Accession	Sample	Time	phototime	Unit	Related_factor	Experiment.Type	Drug	Drug.concentration	Perturbation	Other_factor	Tissue.Celltype	Organism	Strategy	PMID	Disease	Data_source	Data preprocessing information
TCD0001	E-MEXP-1304	ler_0_long_day;ler_4_long_day;ler_8_long_day;ler_12_long_day;ler_16_long_day;ler_20_long_day;ler_24_long_day;ler_28_long_day;ler_32_long_day;ler_36_long_day;ler_40_long_day;ler_44_long_day	0;4;8;12;16;20;24;28;32;36;40;44	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	day	collected time	Differentiation or development				16hr light:8hr dark	seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0002	E-MEXP-1304	ler_16_short_day;ler_0_short_day;ler_4_short_day;ler_8_short_day;ler_12_short_day;ler_20_short_day;ler_24_short_day;ler_28_short_day;ler_32_short_day;ler_36_short_day;ler_40_short_day;ler_44_short_day	16;0;4;8;12;20;24;28;32;36;40;44	4;0;1;2;3;5;6;7;8;9;10;11	day	collected time	Differentiation or development				8hr light:16hr dark	seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0003	E-MEXP-1304	col_0_DD_DDHC;col_4_DD_DDHC;col_8_DD_DDHC;col_12_DD_DDHC;col_16_DD_DDHC;col_20_DD_DDHC;col_24_DD_DDHC;col_28_DD_DDHC;col_32_DD_DDHC;col_36_DD_DDHC;col_40_DD_DDHC;col_44_DD_DDHC	0;4;8;12;16;20;24;28;32;36;40;44	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	day	collected time	Differentiation or development				"continuous dark, hot/cold"	seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0004	E-MEXP-1304	col_0_LL_LLHC;col_4_LL_LLHC;col_8_LL_LLHC;col_12_LL_LLHC;col_16_LL_LLHC;col_20_LL_LLHC;col_24_LL_LLHC;col_28_LL_LLHC;col_32_LL_LLHC;col_36_LL_LLHC;col_40_LL_LLHC;col_44_LL_LLHC	0;4;8;12;16;20;24;28;32;36;40;44	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	day	collected time	Differentiation or development				"continuous light, hot/cold"	seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0005	E-MEXP-1304	col_0_LLHC;col_4_LLHC;col_8_LLHC;col_12_LLHC;col_20_LLHC;col_24_LLHC;col_28_LLHC;col_32_LLHC;col_36_LLHC;col_40_LLHC;col_16_LLHC;col_44_LLHC	0;4;8;12;20;24;28;32;36;40;16;44	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	day	collected time	Differentiation or development				"continuous light, hot/cold"	seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0006	E-MEXP-1304	col_0_LL_LDHC;col_4_LL_LDHC;col_8_LL_LDHC;col_12_LL_LDHC;col_16_LL_LDHC;col_20_LL_LDHC;col_24_LL_LDHC;col_28_LL_LDHC;col_32_LL_LDHC;col_36_LL_LDHC;col_40_LL_LDHC;col_44_LL_LDHC	0;4;8;12;16;20;24;28;32;36;40;44	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	day	collected time	Differentiation or development				"light/dark then continuous light, hot/cold"	seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0007	E-MEXP-1304	col_0_LDHC;col_4_LDHC;col_8_LDHC;col_12_LDHC;col_16_LDHC;col_20_LDHC;col_24_LDHC;col_28_LDHC;col_32_LDHC;col_36_LDHC;col_40_LDHC;col_44_LDHC	0;4;8;12;16;20;24;28;32;36;40;44	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	day	collected time	Differentiation or development				"light/dark, hot/cold"	seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0010	E-MEXP-711	H_Col.0h.Isoxaben;H_Col.4h.Isoxaben;H_Col.8h.Isoxaben;H_Col.12h.Isoxaben;H_Col.18h.Isoxaben;H_Col.20h.Isoxaben;H_Col.24h.Isoxaben;H_Col.36h.Isoxaben	0;4;8;12;18;20;24;36	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	isoxaben	Drug or reagent treatment	isoxaben	600 nanomolar			seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0011	E-MEXP-711	H_Col.0h;H_Col.4h_1;H_Col.8h_1;H_Col.12h_1;H_Col.18h_1;H_Col.20h_1;H_Col.24h_1;H_Col.36h_1	0;4;8;12;18;20;24;36	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	collected time	Drug or reagent treatment					seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0012	E-MEXP-749	X15min.plus.BA;X45.min.plus.BA;X120.min.plus.BA;X480.min.plus.BA..1;X1440min.plus.BA..1	15;45;120;480;1440	0;1;2;3;4	minute	treated with 5uM of the cytokinin Benzyladenine(BA)	Drug or reagent treatment	cytokinin Benzyladenine(BA)	5uM			seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0021	E-MTAB-7609	ERR3078244;ERR3078245;ERR3078246;ERR3078247;ERR3078248;ERR3078249;ERR3078250;ERR3078251;ERR3078252;ERR3078253;ERR3078254;ERR3078255;ERR3078256;ERR3078257;ERR3078258	0;0;0;12;12;12;1;1;1;3;3;3;6;6;6	0;0;0;4;4;4;1;1;1;2;2;2;3;3;3	hour	wounding	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0022	E-MTAB-7933	ERR3310285;ERR3310286;ERR3310287;ERR3310288;ERR3310289;ERR3310290;ERR3310291;ERR3310292;ERR3310293;ERR3310294;ERR3310295;ERR3310296;ERR3310297;ERR3310298;ERR3310299;ERR3310300;ERR3310301;ERR3310302;ERR3310303;ERR3310304;ERR3310305;ERR3310306;ERR3310307;ERR3310308	24;24;28;28;32;32;36;36;40;40;44;44;48;48;52;52;56;56;60;60;64;64;68;68	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11	hour	Sampling after transfer to LL	Differentiation or development					seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0023	E-MTAB-7978	ERR3333398;ERR3333426;ERR3333427;ERR3333428;ERR3333429;ERR3333430	15;9;10;11;12;13	5;0;1;2;3;4	stage	developmental stage	Differentiation or development					flower	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0024	E-MTAB-7978	ERR3333436;ERR3333437;ERR3333438;ERR3333439;ERR3333440	6;7;8;9;10	0;1;2;3;4	stage	developmental stage	Differentiation or development					seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0025	E-MTAB-7978	ERR3333431;ERR3333432;ERR3333433;ERR3333434;ERR3333435	1;3;2;4;5	0;2;1;3;4	stage	developmental stage	Differentiation or development					silique	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0026	E-MTAB-8021	ERR3365945;ERR3365946;ERR3365947;ERR3365948;ERR3365949;ERR3365950;ERR3365951;ERR3365952;ERR3365953;ERR3365954;ERR3365955;ERR3365956;ERR3365957;ERR3365958;ERR3365959;ERR3365960;ERR3365961;ERR3365962;ERR3365963;ERR3365964	10;10;10;10;180;180;180;180;25;25;25;25;40;40;40;40;60;60;60;60	0;0;0;0;4;4;4;4;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3	minute	responses to mechanical stimulation	Stress treatment					seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0027	E-MTAB-9448	ERR4624302;ERR4624303;ERR4624304;ERR4624305;ERR4624306;ERR4624307;ERR4624308;ERR4624309;ERR4624310;ERR4624311;ERR4624312;ERR4624313;ERR4624314;ERR4624315;ERR4624316	0;0;0;1;1;1;24;24;24;0.5;0.5;0.5;3;3;3	0;0;0;2;2;2;4;4;4;1;1;1;3;3;3	hour	response of the plant to the infestation with phytophagous acari	Virus or bacterial infection					rosette	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0028	E-MTAB-9694	ERR4702690;ERR4702691;ERR4702692;ERR4702693;ERR4702694;ERR4702695;ERR4702696;ERR4702697;ERR4702698;ERR4702699;ERR4702700;ERR4702701;ERR4702702;ERR4702703;ERR4702704;ERR4702705;ERR4702706;ERR4702707;ERR4702708;ERR4702709;ERR4702710;ERR4702711;ERR4702712;ERR4702713;ERR4702714;ERR4702715;ERR4702716;ERR4702717;ERR4702718;ERR4702719;ERR4702720;ERR4702721;ERR4702722;ERR4702723;ERR4702724;ERR4702725;ERR4702726;ERR4702727;ERR4702728;ERR4702729;ERR4702730;ERR4702731;ERR4702732;ERR4702733;ERR4702734;ERR4702735;ERR4702736;ERR4702737;ERR4702738;ERR4702739;ERR4702740;ERR4702741;ERR4702742;ERR4702743	0;0;0;5;5;5;10;10;10;30;30;30;90;90;90;180;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	minute	3-OH-FA	Drug or reagent treatment	3-OH-FA	1 millimolar			seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0029	E-MTAB-9694	ERR4702744;ERR4702745;ERR4702746;ERR4702747;ERR4702748;ERR4702749;ERR4702750;ERR4702751;ERR4702752;ERR4702753;ERR4702754;ERR4702755;ERR4702756;ERR4702757;ERR4702758;ERR4702759;ERR4702760;ERR4702761;ERR4702762;ERR4702763;ERR4702764;ERR4702765;ERR4702766;ERR4702767;ERR4702768;ERR4702769;ERR4702770;ERR4702771;ERR4702772;ERR4702773;ERR4702774;ERR4702775;ERR4702776;ERR4702777;ERR4702778;ERR4702779;ERR4702780;ERR4702781;ERR4702782;ERR4702783;ERR4702784;ERR4702785;ERR4702786;ERR4702787;ERR4702788;ERR4702789;ERR4702790;ERR4702791;ERR4702792;ERR4702793;ERR4702794;ERR4702795;ERR4702796;ERR4702797	0;0;0;5;5;5;10;10;10;30;30;30;90;90;90;180;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	minute	3-OH-FA	Drug or reagent treatment	3-OH-FA	1 millimolar	sd1-29 mutant		seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0030	E-MTAB-9694	ERR4702798;ERR4702799;ERR4702800;ERR4702801;ERR4702802;ERR4702803;ERR4702804;ERR4702805;ERR4702806;ERR4702807;ERR4702808;ERR4702809;ERR4702810;ERR4702811;ERR4702812;ERR4702813;ERR4702814;ERR4702815;ERR4702816;ERR4702817;ERR4702818;ERR4702819;ERR4702820;ERR4702821;ERR4702822;ERR4702823;ERR4702824;ERR4702825;ERR4702826;ERR4702827;ERR4702828;ERR4702829;ERR4702830;ERR4702831;ERR4702832;ERR4702833;ERR4702834;ERR4702835;ERR4702836;ERR4702837;ERR4702838;ERR4702839;ERR4702840;ERR4702841;ERR4702842;ERR4702843;ERR4702844;ERR4702845;ERR4702846;ERR4702847;ERR4702848;ERR4702849;ERR4702850;ERR4702851	0;0;0;5;5;5;10;10;10;30;30;30;90;90;90;180;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	minute	CO8	Drug or reagent treatment	CO8	1 millimolar			seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
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TCD0044	GSE107203	GSM2862606;GSM2862607;GSM2862616;GSM2862617;GSM2862626;GSM2862627;GSM2862636;GSM2862637;GSM2862646;GSM2862647;GSM2862656;GSM2862657;GSM2862666;GSM2862667;GSM2862676;GSM2862677	6;6;12;12;24;24;48;48;72;72;120;120;168;168;240;240	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	Grafted bottom	Differentiation or development				Grafted bottom		Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq	29440499		GEO	No data preprocessing information
TCD0045	GSE107203	GSM2862608;GSM2862609;GSM2862618;GSM2862619;GSM2862628;GSM2862629;GSM2862638;GSM2862639;GSM2862648;GSM2862649;GSM2862658;GSM2862659;GSM2862668;GSM2862669;GSM2862678;GSM2862679	6;6;12;12;24;24;48;48;72;72;120;120;168;168;240;240	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	Grafted top	Differentiation or development				Grafted top		Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq	29440499		GEO	No data preprocessing information
TCD0046	GSE107203	GSM2862612;GSM2862613;GSM2862622;GSM2862623;GSM2862632;GSM2862633;GSM2862642;GSM2862643;GSM2862652;GSM2862653;GSM2862662;GSM2862663;GSM2862672;GSM2862673;GSM2862682;GSM2862683	6;6;12;12;24;24;48;48;72;72;120;120;168;168;240;240	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	Separated bottom	Differentiation or development				Separated bottom		Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq	29440499		GEO	No data preprocessing information
TCD0047	GSE107203	GSM2862614;GSM2862615;GSM2862624;GSM2862625;GSM2862634;GSM2862635;GSM2862644;GSM2862645;GSM2862654;GSM2862655;GSM2862664;GSM2862665;GSM2862674;GSM2862675;GSM2862684	6;6;12;12;24;24;48;48;72;72;120;120;168;168;240	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7	hour	Separated top	Differentiation or development				Separated top		Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq	29440499		GEO	No data preprocessing information
TCD0048	GSE111062	GSM3021215;GSM3021216;GSM3021217;GSM3021218;GSM3021219;GSM3021220;GSM3021221;GSM3021222;GSM3021223;GSM3021224;GSM3021225;GSM3021226	0.5;0.5;6;6;12;12;24;24;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	Growth light	Stress treatment					seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq	31851942		GEO	No data preprocessing information
TCD0049	GSE111062	GSM3021227;GSM3021228;GSM3021229;GSM3021230;GSM3021231;GSM3021232;GSM3021233;GSM3021234;GSM3021235;GSM3021236;GSM3021237;GSM3021238	0.5;0.5;6;6;12;12;24;24;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	High light	Stress treatment					seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq	31851942		GEO	No data preprocessing information
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TCD0051	GSE118461	GSM3330501;GSM3330507;GSM3330513;GSM3330502;GSM3330508;GSM3330514;GSM3330503;GSM3330509;GSM3330515;GSM3330504;GSM3330510;GSM3330516;GSM3330505;GSM3330511;GSM3330517;GSM3330506;GSM3330512;GSM3330518	0;0;0;1;1;1;2;2;2;6;6;6;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	labeled with 5-ethynyl uridine	Drug or reagent treatment	5-ethynyl uridine	0.5 mM			seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD0053	GSE13469	GSM339540;GSM339542;GSM339544;GSM339546;GSM339548	1;2;7;8;12	0;1;2;3;4	day	environmental perturbation (light and temperature)	Stress treatment						Arabidopsis_thaliana	Microarray	19192188		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0054	GSE13739	GSM345301;GSM345302;GSM345303;GSM345304;GSM345305;GSM345306;GSM345307;GSM345308;GSM345309;GSM345310;GSM345311;GSM345312;GSM345313;GSM345314;GSM345315;GSM345316;GSM345317;GSM345318;GSM345319;GSM345320	6;6;6;6;24;24;24;24;72;72;72;72;120;120;120;120;168;168;168;168	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	hour	infected with Golovinomyces orontii	Virus or bacterial infection					leaf	Arabidopsis_thaliana	Microarray	19176722		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0055	GSE13739	GSM345329;GSM345330;GSM345331;GSM345332;GSM345333;GSM345334;GSM345335;GSM345336;GSM345337;GSM345338;GSM345339;GSM345340;GSM345341;GSM345342;GSM345343;GSM345344;GSM345345;GSM345346;GSM345347;GSM345348	6;6;6;6;24;24;24;24;72;72;72;72;120;120;120;120;168;168;168;168	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	hour	infected with Golovinomyces orontii	Virus or bacterial infection			eds16-1?mutant		leaf	Arabidopsis_thaliana	Microarray	19176722		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0056	GSE1411	GSM23228;GSM23230;GSM23232;GSM23234;GSM23236;GSM23238;GSM23240;GSM23242;GSM23244;GSM23246;GSM23248;GSM23250;GSM23252;GSM23254;GSM23256;GSM23258	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;10;10;12;12;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	treated with a control solution	Drug or reagent treatment					callus	Arabidopsis_thaliana	Microarray	15225291		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0057	GSE1411	GSM23229;GSM23231;GSM23233;GSM23235;GSM23237;GSM23239;GSM23241;GSM23243;GSM23245;GSM23247;GSM23249;GSM23251;GSM23253;GSM23255;GSM23257;GSM23259	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;10;10;12;12;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	treated with a dexamethasone-containing solution	Drug or reagent treatment					callus	Arabidopsis_thaliana	Microarray	15225291		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0058	GSE1424	GSM23590;GSM23592;GSM23594;GSM23596;GSM23598	0;4;8;10;16	0;1;2;3;4	hour	treated with a control solution	Drug or reagent treatment					callus	Arabidopsis_thaliana	Microarray	15254538		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0059	GSE1424	GSM23589;GSM23591;GSM23593;GSM23595;GSM23597	0;4;8;10;16	0;1;2;3;4	hour	treated with a dexamethasone-containing solution	Drug or reagent treatment					callus	Arabidopsis_thaliana	Microarray	15254538		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0060	GSE142537	GSM4231547;GSM4231548;GSM4231566;GSM4231567;GSM4231554;GSM4231555;GSM4231556;GSM4231557;GSM4231560;GSM4231561;GSM4231562;GSM4231563	T1;T1;T11;T11;T5;T5;T6;T6;T8;T8;T9;T9	0;0;5;5;1;1;2;2;3;3;4;4	timepoint	the heat stress regime	Stress treatment					leaf	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0061	GSE142537	GSM4231568;GSM4231569;GSM4231588;GSM4231589;GSM4231576;GSM4231577;GSM4231578;GSM4231579;GSM4231582;GSM4231583;GSM4231584;GSM4231585	T1;T1;T11;T11;T5;T5;T6;T6;T8;T8;T9;T9	0;0;5;5;1;1;2;2;3;3;4;4	timepoint	the heat stress regime	Stress treatment					leaf	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0062	GSE145207	GSM4308465;GSM4308466;GSM4308467;GSM4308468;GSM4308469;GSM4308470;GSM4308471;GSM4308472;GSM4308473;GSM4308474;GSM4308475;GSM4308476;GSM4308477;GSM4308478	0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;9;9;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	stimulation with ABA	Drug or reagent treatment					seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD0099	GSE21684	GSM540921;GSM540938;GSM540923;GSM540940;GSM540925;GSM540942;GSM540917;GSM540919;GSM540927;GSM540946	120;120;1080;1080;1560;1560;3000;3960;3960;3960	0;0;1;1;2;2;3;4;4;4	minute	collected time	Differentiation or development					seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray	21430186		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD0111	GSE43616	GSM1723715;GSM1723729;GSM1723716;GSM1723730;GSM1723717;GSM1723731;GSM1723718;GSM1723732;GSM1723719;GSM1723733;GSM1723720;GSM1723734;GSM1723721;GSM1723735;GSM1723722;GSM1723736;GSM1723723;GSM1723737;GSM1723724;GSM1723738;GSM1723725;GSM1723739;GSM1723726;GSM1723740;GSM1723727;GSM1723741;GSM1723728;GSM1723742	4;4;6;6;8;8;10;10;12;12;14;14;16;16;18;18;20;20;22;22;24;24;26;26;28;28;30;30	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13	day	after emergence	Differentiation or development					leaf	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq	26966169		GEO	No data preprocessing information
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TCD0132	GSE5612	GSM131066;GSM131067;GSM131068;GSM131069;GSM131070;GSM131071;GSM131072;GSM131073;GSM131074;GSM131075;GSM131076;GSM131077;GSM131078	26;30;34;38;42;46;50;54;58;62;66;70;74	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	hour	collected time	Differentiation or development					seedling	Arabidopsis_thaliana	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0135	GSE5622	GSM131285;GSM131286;GSM131289;GSM131290;GSM131293;GSM131294;GSM131297;GSM131298;GSM131301;GSM131302;GSM131305;GSM131306	0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	after Osmotic stress treatment	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0139	GSE5624	GSM131333;GSM131334;GSM131337;GSM131338;GSM131341;GSM131342;GSM131345;GSM131346;GSM131349;GSM131350;GSM131353;GSM131354;GSM131357;GSM131358	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	after Drought stress treatment	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0140	GSE5624	GSM131331;GSM131332;GSM131335;GSM131336;GSM131339;GSM131340;GSM131343;GSM131344;GSM131347;GSM131348;GSM131351;GSM131352;GSM131355;GSM131356	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	after Drought stress treatment	Stress treatment					shoot	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0141	GSE5625	GSM131361;GSM131362;GSM131365;GSM131366;GSM131369;GSM131370;GSM131373;GSM131374;GSM131377;GSM131378;GSM131381;GSM131382	0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	after Genotoxic stress treatment	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0142	GSE5625	GSM131359;GSM131360;GSM131363;GSM131364;GSM131367;GSM131368;GSM131371;GSM131372;GSM131375;GSM131376;GSM131379;GSM131380	0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	after Genotoxic stress treatment	Stress treatment					shoot	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0143	GSE5626	GSM131385;GSM131386;GSM131389;GSM131390;GSM131393;GSM131394;GSM131397;GSM131398;GSM131401;GSM131402;GSM131405;GSM131406;GSM131409;GSM131410	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	after UV-B stress treatment	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0144	GSE5626	GSM131383;GSM131384;GSM131387;GSM131388;GSM131391;GSM131392;GSM131395;GSM131396;GSM131399;GSM131400;GSM131403;GSM131404;GSM131407;GSM131408	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	after UV-B stress treatment	Stress treatment					shoot	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0145	GSE5627	GSM131413;GSM131414;GSM131417;GSM131418;GSM131421;GSM131422;GSM131425;GSM131426;GSM131429;GSM131430;GSM131433;GSM131434;GSM131437;GSM131438	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	after Wounding stress treatment	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0146	GSE5627	GSM131411;GSM131412;GSM131415;GSM131416;GSM131419;GSM131420;GSM131423;GSM131424;GSM131427;GSM131428;GSM131431;GSM131432;GSM131435;GSM131436	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	after Wounding stress treatment	Stress treatment					shoot	Arabidopsis_thaliana	Microarray	17376166		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0147	GSE5636	GSM131749;GSM131755;GSM131761;GSM131767;GSM131750;GSM131756;GSM131762;GSM131768;GSM131751;GSM131757;GSM131763;GSM131769;GSM131752;GSM131758;GSM131764;GSM131770;GSM131753;GSM131759;GSM131765;GSM131771;GSM131754;GSM131760;GSM131766;GSM131772	2;2;2;2;4;4;4;4;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;96;96;96;96	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	Ambient carbon dioxide/ambient light	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD0148	GSE5637	GSM131775;GSM131781;GSM131787;GSM131793;GSM131776;GSM131782;GSM131788;GSM131794;GSM131777;GSM131783;GSM131789;GSM131795;GSM131778;GSM131784;GSM131790;GSM131796;GSM131779;GSM131785;GSM131791;GSM131797;GSM131780;GSM131786;GSM131792;GSM131798	2;2;2;2;4;4;4;4;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;96;96;96;96	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	Elevated carbon dioxide (750 ppm)/ambient light	Stress treatment					root	Arabidopsis_thaliana	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD0149	GSE5686	GSM133093;GSM133108;GSM133077;GSM133095;GSM133101;GSM133079;GSM133102;GSM133081;GSM133097;GSM133083;GSM133103;GSM133099;GSM133069;GSM133104;GSM133085;GSM133105;GSM133087;GSM133071;GSM133073;GSM133106;GSM133089;GSM133091;GSM133075;GSM133107	6;6;6;12;12;12;18;18;18;24;24;24;48;48;48;72;72;72;96;96;96;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour	Responses to E. orontii infection	Virus or bacterial infection					leaf	Arabidopsis_thaliana	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD0150	GSE5686	GSM133078;GSM133116;GSM133094;GSM133109;GSM133096;GSM133080;GSM133082;GSM133098;GSM133110;GSM133084;GSM133111;GSM133100;GSM133112;GSM133086;GSM133070;GSM133072;GSM133113;GSM133088;GSM133074;GSM133090;GSM133114;GSM133115;GSM133092;GSM133076	6;6;6;12;12;12;18;18;18;24;24;24;48;48;48;72;72;72;96;96;96;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour		Virus or bacterial infection					leaf	Arabidopsis_thaliana	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD0151	GSE5747	GSM133945;GSM133946;GSM133947;GSM133948;GSM133949;GSM133950;GSM133951;GSM133952;GSM133953;GSM133954	0;2;4;6;8;10;12;14;16;19	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9	hour	collected time	Differentiation or development					cell suspension	Arabidopsis_thaliana	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0228	GSE147388	GSM4429847;GSM4429848;GSM4429849;GSM4429850;GSM4429851;GSM4429852;GSM4429853;GSM4429854;GSM4429855;GSM4429856;GSM4429857;GSM4429858;GSM4429859;GSM4429860;GSM4429861;GSM4429862;GSM4429863;GSM4429864;GSM4429865;GSM4429866;GSM4429867;GSM4429868;GSM4429869;GSM4429870	1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23	hour	after plating L1-arrested	Stress treatment			blmp-1(tm548) mutant			Caenorhabditis_elegans	RNA-Seq	32687264		GEO	No data preprocessing information
TCD0230	GSE173656	GSM5273199;GSM5273200;GSM5273201;GSM5273202;GSM5273155;GSM5273156;GSM5273157;GSM5273158;GSM5273175;GSM5273176;GSM5273177;GSM5273178;GSM5273183;GSM5273184;GSM5273185;GSM5273186;GSM5273187;GSM5273188;GSM5273189;GSM5273190;GSM5273195;GSM5273196;GSM5273197;GSM5273198;GSM5273163;GSM5273164;GSM5273165;GSM5273166;GSM5273167;GSM5273168;GSM5273169;GSM5273170;GSM5273171;GSM5273172;GSM5273173;GSM5273174;GSM5273179;GSM5273180;GSM5273181;GSM5273182;GSM5273191;GSM5273192;GSM5273193;GSM5273194;GSM5273159;GSM5273160;GSM5273161;GSM5273162	-2;-2;-2;-2;0;0;0;0;2;2;2;2;4;4;4;4;6;6;6;6;9;9;9;9;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;96;96;96;96;192;192;192;192;288;288;288;288	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;7;8;8;8;8;9;9;9;9;10;10;10;10;11;11;11;11	hour	collected time	Differentiation or development					larvae	Caenorhabditis_elegans	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0231	GSE2180	GSM39513;GSM39514;GSM39515;GSM39516;GSM39517;GSM39518;GSM39519;GSM39520;GSM39521;GSM39542;GSM39522;GSM39523;GSM39524;GSM39543;GSM39525;GSM39526;GSM39530;GSM39531;GSM39527;GSM39528;GSM39529;GSM39544;GSM39532;GSM39533;GSM39545;GSM39534;GSM39535;GSM39546;GSM39536;GSM39537;GSM39538;GSM39539;GSM39540;GSM39541	0;0;0;23;23;23;23;41;41;41;53;53;53;53;66;66;66;66;83;83;83;83;101;101;101;122;122;122;143;143;143;186;186;186	0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	zeitgeber_time	after the 4-cell embryonic stage at 22 degrees C	Differentiation or development					embryo	Caenorhabditis_elegans	Microarray	15772128		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0232	GSE2180	GSM39445;GSM39451;GSM39504;GSM39505;GSM39508;GSM39440;GSM39506;GSM39509;GSM39443;GSM39452;GSM39441;GSM39446;GSM39447;GSM39453;GSM39455;GSM39456;GSM39444;GSM39510;GSM39442;GSM39448;GSM39507;GSM39511;GSM39449;GSM39512;GSM39450;GSM39454;GSM39457;GSM39458	0;0;0;23;23;41;41;41;53;53;66;66;83;83;83;83;101;101;122;122;122;122;143;143;186;186;186;186	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;4;4;5;5;5;5;6;6;7;7;7;7;8;8;9;9;9;9	zeitgeber_time	after the 4-cell embryonic stage at 22 degrees C	Differentiation or development			mex-3;skn-1 mutant		embryo	Caenorhabditis_elegans	Microarray	15772128		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0233	GSE2180	GSM39425;GSM39433;GSM39485;GSM39495;GSM39434;GSM39486;GSM39496;GSM39426;GSM39435;GSM39487;GSM39497;GSM39427;GSM39436;GSM39488;GSM39428;GSM39437;GSM39489;GSM39498;GSM39429;GSM39490;GSM39499;GSM39491;GSM39500;GSM39430;GSM39492;GSM39501;GSM39502;GSM39431;GSM39438;GSM39493;GSM39432;GSM39439;GSM39494;GSM39503	0;0;0;0;23;23;23;41;41;41;41;53;53;53;66;66;66;66;83;83;83;101;101;122;122;122;122;143;143;143;186;186;186;186	0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;6;6;7;7;7;7;8;8;8;9;9;9;9	zeitgeber_time	after the 4-cell embryonic stage at 22 degrees C	Differentiation or development			pie-1;pal-1 mutant		embryo	Caenorhabditis_elegans	Microarray	15772128		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0234	GSE2180	GSM39468;GSM39477;GSM39459;GSM39469;GSM39478;GSM39460;GSM39470;GSM39479;GSM39461;GSM39471;GSM39462;GSM39472;GSM39547;GSM39463;GSM39480;GSM39464;GSM39473;GSM39481;GSM39465;GSM39474;GSM39482;GSM39466;GSM39475;GSM39483;GSM39467;GSM39476;GSM39484	0;0;23;23;23;41;41;41;53;53;66;66;66;83;83;101;101;101;122;122;122;143;143;143;186;186;186	0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	zeitgeber_time	after the 4-cell embryonic stage at 22 degrees C	Differentiation or development			pie-1 mutant		embryo	Caenorhabditis_elegans	Microarray	15772128		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0235	GSE23528	GSM589315;GSM589327;GSM589339;GSM589316;GSM589328;GSM589340;GSM589317;GSM589329;GSM589341;GSM589318;GSM589330;GSM589342;GSM589319;GSM589331;GSM589343;GSM589320;GSM589332;GSM589344	2;2;2;6;6;6;10;10;10;14;14;14;18;18;18;22;22;22	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development				12:12 hr light/dark (LD) cycles	whole worm	Caenorhabditis_elegans	Microarray	20967231		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0236	GSE23528	GSM589362;GSM589368;GSM589374;GSM589386;GSM589398;GSM589363;GSM589369;GSM589375;GSM589387;GSM589399;GSM589364;GSM589370;GSM589376;GSM589388;GSM589400;GSM589365;GSM589371;GSM589377;GSM589389;GSM589401;GSM589366;GSM589372;GSM589378;GSM589390;GSM589402;GSM589367;GSM589373;GSM589379;GSM589391;GSM589403	2;2;2;2;2;6;6;6;6;6;10;10;10;10;10;14;14;14;14;14;18;18;18;18;18;22;22;22;22;22	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development				12:12 hr warm/cold (WC) cycles	whole worm	Caenorhabditis_elegans	Microarray	20967231		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0237	GSE23528	GSM589380;GSM589392;GSM589404;GSM589381;GSM589393;GSM589405;GSM589382;GSM589394;GSM589406;GSM589383;GSM589395;GSM589407;GSM589384;GSM589396;GSM589408;GSM589385;GSM589397;GSM589409	26;26;26;30;30;30;34;34;34;38;38;38;42;42;42;46;46;46	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development				constant cold (CC)	whole worm	Caenorhabditis_elegans	Microarray	20967231		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0238	GSE23528	GSM589321;GSM589333;GSM589345;GSM589322;GSM589334;GSM589346;GSM589323;GSM589335;GSM589347;GSM589324;GSM589336;GSM589348;GSM589325;GSM589337;GSM589349;GSM589326;GSM589338;GSM589350	26;26;26;30;30;30;34;34;34;38;38;38;42;42;42;46;46;46	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development				constant darkness (DD)	whole worm	Caenorhabditis_elegans	Microarray	20967231		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0239	GSE23528	GSM589351;GSM589357;GSM589352;GSM589353;GSM589358;GSM589354;GSM589359;GSM589355;GSM589360;GSM589356;GSM589361	2;2;6;10;10;14;14;18;18;22;22	0;0;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development				non-entrained constant darkness (DD)	whole worm	Caenorhabditis_elegans	Microarray	20967231		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0240	GSE27677	GSM685482;GSM685483;GSM685484;GSM685485;GSM685486;GSM685487;GSM685488;GSM685489;GSM685490;GSM685491;GSM685492;GSM685493;GSM685494;GSM685495;GSM685496;GSM685497	3;3;6;6;9;9;12;12;18;18;24;24;36;36;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	zeitgeber_time	Fast	Stress treatment						Caenorhabditis_elegans	Microarray	23352664		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0267	GSE143208	GSM4252153;GSM4252151;GSM4252149;GSM4252155;GSM4252157	1000_cell;256_cell;64_cell;Dome;Shield	0;1;2;3;4	development_stage	zebrafish embryos at different stages of development	Differentiation or development					embryo	Danio_rerio	RNA-Seq	33795334		GEO	No data preprocessing information
TCD0268	GSE143208	GSM4252152;GSM4252150;GSM4252148;GSM4252154;GSM4252156	1000_cell;256_cell;64_cell;Dome;Shield	0;1;2;3;4	development_stage	zebrafish embryos at different stages of development	Differentiation or development					embryo	Danio_rerio	RNA-Seq	33795334		GEO	No data preprocessing information
TCD0269	GSE148391	GSM4467007;GSM4467006;GSM4467009;GSM4467008;GSM4467011;GSM4467010;GSM4467013;GSM4467012;GSM4467015;GSM4467014;GSM4467017;GSM4467016	2;2.5;3;3.5;4;4.5;5;5.5;6;6.5;7;7.5	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	hour	post fertilization	Differentiation or development				alpha-amanitin injected	embryo	Danio_rerio	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD0273	GSE168355	GSM5136533;GSM5136534;GSM5136535;GSM5136536;GSM5136537;GSM5136538;GSM5136539;GSM5136540;GSM5136541;GSM5136542;GSM5136543;GSM5136544;GSM5136545;GSM5136546;GSM5136547	1;1;1;2;2;2;6;6;6;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	were exposed to 10℃ for 12 h and then incubated at 28℃	Stress treatment					larvae	Danio_rerio	RNA-Seq	33809683		GEO	No data preprocessing information
TCD0274	GSE194301	GSM5832794;GSM5832796;GSM5832798;GSM5832799;GSM5832801;GSM5832803;GSM5832804;GSM5832806;GSM5832807;GSM5832808;GSM5832809;GSM5832810;GSM5832811;GSM5832812;GSM5832813	3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	post DEX	Drug or reagent treatment						Danio_rerio	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0275	GSE3303	GSM74262;GSM74282;GSM74292;GSM74286;GSM74265	2;3;5;7;14	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	post-lesion	Stress treatment					retina	Danio_rerio	Microarray	16205622		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0276	GSE3303	GSM74264;GSM74284;GSM74295;GSM74288;GSM74267	2;3;5;7;14	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	post-lesion	Stress treatment					retina	Danio_rerio	Microarray	16205622		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0277	GSE41696	GSM1022846;GSM1022847;GSM1022848;GSM1022843;GSM1022844;GSM1022845;GSM1022854;GSM1022849;GSM1022850;GSM1022851;GSM1022852;GSM1022853	2;6;10;14;18;22;10b;14b;18b;22b;2b;6b	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development			EGFP transgenic		pineal	Danio_rerio	Microarray	23284293		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0278	GSE51427	GSM1245244;GSM1245245;GSM1245247;GSM1245249;GSM1245251	24;27;30;36;48	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					eye	Danio_rerio	Microarray	24355176		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0279	GSE60619	GSM1483736;GSM1483737;GSM1483738;GSM1483739;GSM1483740;GSM1483741;GSM1483742;GSM1483743;GSM1483744;GSM1483745;GSM1483746;GSM1483747;GSM1483748;GSM1483749;GSM1483750;GSM1483751;GSM1483752;GSM1483753;GSM1483754;GSM1483755;GSM1483756;GSM1483757;GSM1483758;GSM1483759;GSM1483760;GSM1483761;GSM1483762;GSM1483763;GSM1483764;GSM1483765;GSM1483766;GSM1483767;GSM1483768;GSM1483769;GSM1483770;GSM1483771;GSM1483772;GSM1483773;GSM1483774;GSM1483775;GSM1483776;GSM1483777;GSM1483778;GSM1483779;GSM1483780;GSM1483781;GSM1483782;GSM1483783;GSM1483784;GSM1483785;GSM1483786;GSM1483787;GSM1483788;GSM1483789;GSM1483790;GSM1483791;GSM1483792;GSM1483793;GSM1483794;GSM1483795;GSM1483796;GSM1483797;GSM1483798;GSM1483799;GSM1483800;GSM1483801;GSM1483802;GSM1483803;GSM1483804;GSM1483805;GSM1483806;GSM1483807;GSM1483808;GSM1483809;GSM1483810;GSM1483811;GSM1483812;GSM1483813;GSM1483814;GSM1483815;GSM1483816;GSM1483817;GSM1483818;GSM1483819;GSM1483820;GSM1483821;GSM1483822;GSM1483823;GSM1483824;GSM1483825;GSM1483826;GSM1483827;GSM1483828;GSM1483829;GSM1483830;GSM1483831;GSM1483832;GSM1483833;GSM1483834;GSM1483835;GSM1483836;GSM1483837;GSM1483838;GSM1483839;GSM1483840;GSM1483841	40;80;120;160;200;240;280;320;360;400;440;480;520;560;600;640;680;720;760;800;840;880;920;960;1000;1040;1080;1120;1160;1200;1240;1280;1320;1360;1400;1440;1480;1520;1560;1600;1640;1680;1720;1760;1800;1840;1880;1920;1960;2000;2040;2080;2120;2160;2200;2240;2280;2320;2360;2400;2440;2480;2520;2560;2600;2640;2680;2720;2760;2800;2840;2880;2920;2960;3000;3040;3080;3120;3160;3200;3240;3280;3320;3360;3400;3440;3480;3520;3560;3600;3640;3680;3720;3760;3800;3840;3880;3920;3960;4000;4040;4080;4120;4160;4200;4240	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35;36;37;38;39;40;41;42;43;44;45;46;47;48;49;50;51;52;53;54;55;56;57;58;59;60;61;62;63;64;65;66;67;68;69;70;71;72;73;74;75;76;77;78;79;80;81;82;83;84;85;86;87;88;89;90;91;92;93;94;95;96;97;98;99;100;101;102;103;104;105	minute	after fertilization	Differentiation or development					embryo	Danio_rerio	RNA-Seq	26886793		GEO	No data preprocessing information
TCD0280	E-MAXD-6	Measurement.10m.a.167;Measurement.10m.b.123;Measurement.10m.c.116;Measurement.10m.d.133;Measurement.10m.e.164;Measurement.1h.a.120;Measurement.1h.c.110;Measurement.1h.d.139;Measurement.1h.e.161;Measurement.1h.rest.149;Measurement.2h.a.90;Measurement.2h.b.104;Measurement.2h.c.125;Measurement.2h.d.143;Measurement.2h.e.170;Measurement.3h.a.97;Measurement.3h.b.119;Measurement.3h.c.128;Measurement.3h.d.174;Measurement.3h.e.163;Measurement.6h.a.117;Measurement.6h.b.92;Measurement.6h.c.131;Measurement.6h.d.169;Measurement.6h.e.171;Measurement.12h.a.105;Measurement.12h.b.124;Measurement.12h.c.127;Measurement.12h.d.156;Measurement.12h.e.159;Measurement.1d.a.94;Measurement.1d.b.106;Measurement.1d.c.136;Measurement.1d.d.151;Measurement.1d.e.144;Measurement.2d.a.111;Measurement.2d.b.100;Measurement.2d.c.141;Measurement.2d.d.155;Measurement.2d.e.152;Measurement.3d.a.109;Measurement.3d.b.101;Measurement.3d.c.135;Measurement.3d.d.179;Measurement.3d.e.147	0.15_0.25;0.15_0.25;0.15_0.25;0.15_0.25;0.15_0.25;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;7;7;7;7;7;8;8;8;8;8	hour	Asobara tabida infected	Virus or bacterial infection					whole organism	Drosophila_melanogaster	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0281	E-MAXD-6	Measurement.10m.a.166;Measurement.10m.b.177;Measurement.10m.c.114;Measurement.10m.d.134;Measurement.10m.e.165;Measurement.1h.a.121;Measurement.1h.c.113;Measurement.1h.d.137;Measurement.1h.e.158;Measurement.1h.rest.148;Measurement.2h.a.91;Measurement.2h.b.103;Measurement.2h.c.176;Measurement.2h.d.145;Measurement.2h.e.172;Measurement.3h.a.96;Measurement.3h.b.118;Measurement.3h.c.129;Measurement.3h.d.175;Measurement.3h.e.162;Measurement.6h.a.115;Measurement.6h.b.93;Measurement.6h.c.130;Measurement.6h.d.168;Measurement.6h.e.173;Measurement.12h.a.102;Measurement.12h.b.122;Measurement.12h.c.126;Measurement.12h.d.157;Measurement.12h.e.160;Measurement.1d.a.95;Measurement.1d.b.107;Measurement.1d.c.138;Measurement.1d.d.150;Measurement.1d.e.142;Measurement.2d.a.112;Measurement.2d.b.99;Measurement.2d.c.140;Measurement.2d.d.154;Measurement.2d.e.153;Measurement.3d.a.108;Measurement.3d.b.98;Measurement.3d.c.132;Measurement.3d.d.178;Measurement.3d.e.146	0.15_0.25;0.15_0.25;0.15_0.25;0.15_0.25;0.15_0.25;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;7;7;7;7;7;8;8;8;8;8	hour	uninfected	Virus or bacterial infection					whole organism	Drosophila_melanogaster	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0282	E-MTAB-1607	Cold.28.2.4Feb.1hr;Cold.38.7.9Feb.1hr;Cold.49.14.16Feb.1hr;Cold.78.21.23Feb.1hr;Cold.9.24.26Jan.1hr;Cold.17.2.4Feb.2hr;Cold.39.7.9Feb.2hr;Cold.4.24.26Jan.2hr;Cold.61.14.16Feb.2hr;Cold.66.21.23Feb.2hr;Cold.1.24.26Jan.3hr;Cold.30.2.4Feb.3hr;Cold.46.7.9Feb.3hr;Cold.54.14.16Feb.3hr;Cold.79.21.23Feb.3hr;Cold.14.24.26Jan.6hr;Cold.20.2.4Feb.6hr;Cold.40.7.9Feb.6hr;Cold.51.14.16Feb.6hr;Cold.67.21.23Feb.6hr;Cold.32.2.4Feb.12hr;Cold.36.7.9Feb.12hr;Cold.59.14.16Feb.12hr;Cold.7.24.26Jan.12hr;Cold.70.21.23Feb.12hr;Cold.26.2.4Feb.24hr;Cold.43.7.9Feb.24hr;Cold.6.24.26Jan.24hr;Cold.60.14.16Feb.24hr;Cold.71.21.23Feb.24hr;Cold.13.24.26Jan.36hr;Cold.18.2.4Feb.36hr;Cold.35.7.9Feb.36hr;Cold.58.14.16Feb.36hr;Cold.76.21.23Feb.36hr;Cold.15.24.26Jan.48hr;Cold.23.2.4Feb.48hr;Cold.48.7.9Feb.48hr;Cold.57.14.16Feb.48hr;Cold.74.21.23Feb.48hr	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;24;24;24;24;24;36;36;36;36;36;48;48;48;48;48	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;7;7;7;7;7	hour	were taken during the cold acclimation period	Stress treatment					whole organism	Drosophila_melanogaster	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
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TCD0286	GSE121160	GSM3427100;GSM3427101;GSM3427102;GSM3427103;GSM3427104;GSM3427105;GSM3427106;GSM3427107;GSM3427108;GSM3427109;GSM3427110;GSM3427111;GSM3427112;GSM3427113;GSM3427114;GSM3427115;GSM3427116;GSM3427117;GSM3427118;GSM3427119;GSM3427120;GSM3427121;GSM3427122;GSM3427123;GSM3427124;GSM3427125;GSM3427126;GSM3427127;GSM3427128;GSM3427129;GSM3427130;GSM3427131;GSM3427132;GSM3427133;GSM3427134;GSM3427135;GSM3427136;GSM3427137;GSM3427138;GSM3427139;GSM3427140;GSM3427141;GSM3427142;GSM3427143;GSM3427144;GSM3427145;GSM3427146;GSM3427147;GSM3427148;GSM3427149;GSM3427150;GSM3427151;GSM3427152;GSM3427153;GSM3427154;GSM3427155	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;8;8;8;8;10;10;10;10;12;12;12;12;14;14;14;14;16;16;16;16;18;18;18;18;20;20;20;20	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;7;8;8;8;8;9;9;9;9;10;10;10;10;11;11;11;11;12;12;12;12;13;13;13;13	development_stage	embryogenesis	Differentiation or development					embryo	Drosophila_melanogaster	RNA-Seq	30478415		GEO	No data preprocessing information
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TCD0288	GSE126018	GSM3588313;GSM3588314;GSM3588315;GSM3588316;GSM3588317;GSM3588318	1;5;9;13;17;21	0;1;2;3;4;5	circadian_time	collected time	Differentiation or development					fat body	Drosophila_melanogaster	RNA-Seq	33514540		GEO	No data preprocessing information
TCD0311	GSE129292	GSM3704124;GSM3704134;GSM3704144;GSM3704125;GSM3704135;GSM3704145;GSM3704126;GSM3704136;GSM3704146;GSM3704127;GSM3704137;GSM3704147;GSM3704128;GSM3704138;GSM3704148;GSM3704129;GSM3704139;GSM3704149;GSM3704130;GSM3704140;GSM3704150;GSM3704131;GSM3704141;GSM3704151;GSM3704132;GSM3704142;GSM3704152	20;20;20;40;40;40;60;60;60;80;80;80;100;100;100;120;120;120;140;140;140;160;160;160;180;180;180	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	minute	treated with 25 mg/ml insulin	Drug or reagent treatment	insulin	25 mg/ml			S2R+ cells	Drosophila_melanogaster	RNA-Seq	31262815		GEO	No data preprocessing information
TCD0312	GSE131981	GSM3833365;GSM3833366;GSM3833367;GSM3833368;GSM3833369;GSM3833370;GSM3833371;GSM3833372;GSM3833363;GSM3833364;GSM3833361;GSM3833362	18h_APF;18h_APF;24h_APF;24h_APF;36h_APF;36h_APF;44h_APF;44h_APF;6h_APF;6h_APF;L3;L3	1;1;2;2;3;3;4;4;0;0;5;5	development_stage	developmental stages	Differentiation or development					wing	Drosophila_melanogaster	RNA-Seq	31479438		GEO	No data preprocessing information
TCD0313	GSE136631	GSM4053450;GSM4053451;GSM4053452;GSM4053485;GSM4053486;GSM4053487;GSM4053520;GSM4053521;GSM4053522;GSM4053555;GSM4053556;GSM4053557;GSM4053453;GSM4053454;GSM4053455;GSM4053488;GSM4053489;GSM4053490;GSM4053523;GSM4053524;GSM4053525;GSM4053558;GSM4053559;GSM4053560;GSM4053456;GSM4053457;GSM4053458;GSM4053491;GSM4053492;GSM4053493;GSM4053526;GSM4053527;GSM4053528;GSM4053561;GSM4053562;GSM4053563;GSM4053459;GSM4053460;GSM4053461;GSM4053494;GSM4053495;GSM4053496;GSM4053529;GSM4053530;GSM4053531;GSM4053564;GSM4053565;GSM4053566;GSM4053462;GSM4053463;GSM4053464;GSM4053497;GSM4053498;GSM4053499;GSM4053532;GSM4053533;GSM4053534;GSM4053567;GSM4053568;GSM4053569	NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC10;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC11;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC12;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC13;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14;NC14	0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4	development_stage	cell cycle and transcription in early development	Differentiation or development			abo mutation; Histone overexpression		embryo	Drosophila_melanogaster	RNA-Seq	31511251		GEO	No data preprocessing information
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TCD0316	GSE144764	GSM4295337;GSM4295338;GSM4295339;GSM4295343;GSM4295344;GSM4295345;GSM4295313;GSM4295314;GSM4295315;GSM4295319;GSM4295320;GSM4295321;GSM4295325;GSM4295326;GSM4295327;GSM4295331;GSM4295332;GSM4295333;GSM4295307;GSM4295308;GSM4295309	A1;A1;A1;A6;A6;A6;P1;P1;P1;P2;P2;P2;P3;P3;P3;P4;P4;P4;WPP;WPP;WPP	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	timepoint	pupal development	Differentiation or development			ERR mutant		adult	Drosophila_melanogaster	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD0321	GSE18208	GSM455240;GSM455238;GSM455239;GSM455241;GSM455242;GSM455243;GSM455244	90;30;60;120;150;210;240	2;0;1;3;4;5;6	zeitgeber_time	after Ethanol exposure	Drug or reagent treatment					head	Drosophila_melanogaster	Microarray	19951294		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0325	GSE3057	GSM67088;GSM67089;GSM67090;GSM67091;GSM67092;GSM67093;GSM67094;GSM67095;GSM67096;GSM67097;GSM67098;GSM67099;GSM67100;GSM67101;GSM67102;GSM67103;GSM67105;GSM67106;GSM67107;GSM67108;GSM67109;GSM67111;GSM67113;GSM67114;GSM67115;GSM67116;GSM67117	-18;-18;-18;-4;-4;-4;0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					adult	Drosophila_melanogaster	Microarray	16356271		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0388	GSE153669	GSM4649057;GSM4649058;GSM4649059;GSM4649060;GSM4649061;GSM4649062;GSM4649063	0;1;2;4;8;12;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	spoil	Stress treatment					brain	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0389	GSE158483	GSM4801458;GSM4801459;GSM4801460;GSM4801461;GSM4801462;GSM4801463;GSM4801464;GSM4801465;GSM4801466;GSM4801467;GSM4801468;GSM4801447;GSM4801448;GSM4801449;GSM4801450;GSM4801451;GSM4801452;GSM4801453;GSM4801454;GSM4801455;GSM4801456;GSM4801457;GSM4801480;GSM4801481;GSM4801482;GSM4801483;GSM4801484;GSM4801485;GSM4801486;GSM4801487;GSM4801488;GSM4801489;GSM4801469;GSM4801470;GSM4801471;GSM4801472;GSM4801473;GSM4801474;GSM4801475;GSM4801476;GSM4801477;GSM4801478;GSM4801479;GSM4801490;GSM4801491;GSM4801492;GSM4801493;GSM4801494;GSM4801495;GSM4801496;GSM4801497;GSM4801498;GSM4801499	0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;7;7;7;7;7;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;100;100;100;100;100;100;100;100;100;100;100;365;365;365;365;365;365;365;365;365;365	0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4	day	hematopoietic stem cell transplantation	Stress treatment					T cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	33208504		GEO	No data preprocessing information
TCD0390	GSE158483	GSM4801510;GSM4801511;GSM4801512;GSM4801513;GSM4801514;GSM4801515;GSM4801516;GSM4801517;GSM4801518;GSM4801500;GSM4801501;GSM4801502;GSM4801503;GSM4801504;GSM4801505;GSM4801506;GSM4801507;GSM4801508;GSM4801509;GSM4801530;GSM4801531;GSM4801532;GSM4801533;GSM4801534;GSM4801535;GSM4801536;GSM4801537;GSM4801538;GSM4801539;GSM4801519;GSM4801520;GSM4801521;GSM4801522;GSM4801523;GSM4801524;GSM4801525;GSM4801526;GSM4801527;GSM4801528;GSM4801529;GSM4801540;GSM4801541;GSM4801542;GSM4801543;GSM4801544;GSM4801545;GSM4801546;GSM4801547;GSM4801548	0;0;0;0;0;0;0;0;0;7;7;7;7;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;100;100;100;100;100;100;100;100;100;100;100;365;365;365;365;365;365;365;365;365	0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4	day	hematopoietic stem cell transplantation	Stress treatment					T cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	33208504		GEO	No data preprocessing information
TCD0391	GSE179810	GSM5434526;GSM5434527;GSM5434528;GSM5434529;GSM5434530;GSM5434531;GSM5434532;GSM5434533;GSM5434534;GSM5434535;GSM5434536;GSM5434537;GSM5434538;GSM5434539;GSM5434540;GSM5434541;GSM5434542;GSM5434543	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	10 Gy X-irradiation	Stress treatment					human lung microvascular endothelial cells	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0392	GSE206082	GSM6241415;GSM6241416;GSM6241417;GSM6241418;GSM6241419;GSM6241420;GSM6241421;GSM6241422;GSM6241423	mono;mono;mono;mono;mono;0;0;0;0	0;0;0;0;0;1;1;1;1	hour	collected time	Differentiation or development					Human monocyte-derived macrophages	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0393	GSE214342	GSM6604383;GSM6604384;GSM6604385;GSM6604386;GSM6604387;GSM6604388;GSM6604389;GSM6604390	initial;0;5;7;11;18;21;24	0;1;2;3;4;5;6;7	day	drug response	Drug or reagent treatment	cisplatin;etoposide	500 nM;500 nM			Lung	Homo_sapiens	RNA-Seq		Small cell lung cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD0394	GSE214342	GSM6604391;GSM6604392;GSM6604393;GSM6604394;GSM6604395;GSM6604396;GSM6604397;GSM6604398	initial;0;5;7;11;18;21;24	0;1;2;3;4;5;6;7	day	drug response	Drug or reagent treatment	cisplatin;etoposide	500 nM;500 nM			Lung	Homo_sapiens	RNA-Seq		Small cell lung cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD0395	E-MEXP-2179	A90hrs.CEL;A930min.CEL;A9act1hr.CEL;A92hrs.CEL;A9act3hr.CEL;A9act4hr.CEL;A96hrs.CEL	0;0.5;1;2;3;4;6	0;1;2;3;4;5;6	hour	after treatment with actinomycin D	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray		T cell acute lymphoblastic leukaemia	ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0397	E-MTAB-10476	ERR5924520;ERR5924521;ERR5924522;ERR5924535;ERR5924536;ERR5924537;ERR5924526;ERR5924527;ERR5924528;ERR5924532;ERR5924533;ERR5924534;ERR5924538;ERR5924539;ERR5924540;ERR5924541;ERR5924542;ERR5924543;ERR5924523;ERR5924524;ERR5924525;ERR5924529;ERR5924530;ERR5924531	0.25;0.25;0.25;0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;504;504;504	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour	differentiation time-points	Differentiation or development					bone marrow	Homo_sapiens	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD0398	E-MTAB-2935	Gershengorn_U95A_8H1.txt;Gershengorn_U95A_8H2.txt;Gershengorn_U95A_1D11.txt;Gershengorn_U95A_1D12.txt;Gershengorn_U95A_1D13.txt;Gershengorn_U95A_1D2.txt;Gershengorn_U95A_1D3.txt;Gershengorn_U95A_3D1.txt;Gershengorn_U95A_3D2.txt;Gershengorn_U95A_8D1.txt;Gershengorn_U95A_8D2.txt	8;8;24;48;72;96;120;72;72;192;192	0;0;1;2;3;4;5;3;3;6;6	hour	exposed to SFM	Stress treatment					pancreas	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0400	E-MTAB-3341	K_1h_I;K_1h_IV;K_1h_V;K_3h_I;K_3h_IV;K_3h_V;K_6h_I;K_6h_IV;K_6h_V;K_9h_I;K_9h_IV;K_9h_V;K_12h_I;K_12h_IV;K_12h_V;K_21h_I;K_21h_IV;K_21h_V	1;1;1;3;3;3;6;6;6;9;9;9;12;12;12;21;21;21	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	Sampling time	Virus or bacterial infection					differentiated intestinal epithelial cell	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0401	E-MTAB-3341	SC5314_1h_I;SC5314_1h_IV;SC5314_1h_V;SC5314_3h_I;SC5314_3h_IV;SC5314_3h_V;SC5314_6h_I;SC5314_6h_IV;SC5314_6h_V;SC5314_9h_I;SC5314_9h_IV;SC5314_9h_V;SC5314_12h_I;SC5314_12h_IV;SC5314_12h_V;SC5314_21h_I;SC5314_21h_IV;SC5314_21h_V	1;1;1;3;3;3;6;6;6;9;9;9;12;12;12;21;21;21	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	taken  after Candida albicans infection	Virus or bacterial infection					differentiated intestinal epithelial cell	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0402	E-MTAB-3731	PR.SeriesA.3h;PR.SeriesC.3h;PR.SeriesE.3h;PR.SeriesA.6h;PR.SeriesC.6h;PR.SeriesE.6h;PR.SeriesA.12h;PR.SeriesC.12h;PR.SeriesE.12h;PR.SeriesA.24h;PR.SeriesC.24h;PR.SeriesE.24h;PR.SeriesA.48h;PR.SeriesC.48h;PR.SeriesE.48h;PR.SeriesA.72h;PR.SeriesC.72h;PR.SeriesE.72h;PR.SeriesA.120h;PR.SeriesC.120h;PR.SeriesE.120h;PR.SeriesA.192h;PR.SeriesC.192h;PR.SeriesE.192h;PR.SeriesA.384h;PR.SeriesC.384h;PR.SeriesE.384h	3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;120;192;192;192;384;384;384	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				control	adipocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0403	E-MTAB-3731	INC.Series1.0h;INC.Series2.0h;INC.Series3.0h;INC.Series1.3h;INC.Series2.3h;INC.Series3.3h;INC.Series1.6h;INC.Series2.6h;INC.Series3.6h;INC.Series1.12h;INC.Series2.12h;INC.Series3.12h;INC.Series1.24h;INC.Series2.24h;INC.Series3.24h;INC.Series1.48h;INC.Series2.48h;INC.Series3.48h;INC.Series1.72h;INC.Series2.72h;INC.Series3.72h;INC.Series1.120h;INC.Series2.120h;INC.Series3.120h;INC.Series1.192h;INC.Series2.192h;INC.Series3.192h;INC.Series1.288h;INC.Series2.288h;INC.Series3.288h;INC.Series1.384h;INC.Series2.384h;INC.Series3.384h	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;120;192;192;192;288;288;288;384;384;384	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				control	chondrocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0404	E-MTAB-3731	MD.Series1.0h;MD.Series11.0h;MD.Series12.0h;MD.Series3.0h;MD.Series4.0h;MD.Series5.0h;MD.Series6.0h;MD.Series8.0h;MD.Series9.0h;MD.Series1.1h;MD.Series2.1h;MD.Series3.1h;MD.Series1.3h;MD.Series2.3h;MD.Series3.3h;MD.Series1.6h;MD.Series2.6h;MD.Series3.6h;MD.Series1.12h;MD.Series2.12h;MD.Series3.12h;MD.Series1.24h;MD.Series2.24h;MD.Series3.24h;MD.Series1.48h;MD.Series2.48h;MD.Series3.48h;MD.Series1.72h;MD.Series2.72h;MD.Series3.72h;MD.Series1.120h;MD.Series3.120h;MD.Series1.192h;MD.Series2.192h;MD.Series3.192h;MD.Series1.288h;MD.Series2.288h;MD.Series3.288h	0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;192;192;192;288;288;288	0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;9;9;9;10;10;10	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				control	osteocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0405	E-MTAB-3731	DX.SeriesA.3h;DX.SeriesC.3h;DX.SeriesE.3h;DX.SeriesA.6h;DX.SeriesC.6h;DX.SeriesE.6h;DX.SeriesA.12h;DX.SeriesC.12h;DX.SeriesE.12h;DX.SeriesA.24h;DX.SeriesE.24h;DX.SeriesA.48h;DX.SeriesC.48h;DX.SeriesE.48h;DX.SeriesA.72h;DX.SeriesC.72h;DX.SeriesE.72h;DX.SeriesE.120h;DX.SeriesA.192h;DX.SeriesC.192h;DX.SeriesE.192h;DX.SeriesA.384h;DX.SeriesC.384h;DX.SeriesE.384h	3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;48;48;48;72;72;72;120;192;192;192;384;384;384	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;4;4;4;5;5;5;6;7;7;7;8;8;8	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				dexamethasone	adipocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0406	E-MTAB-3731	DX.Series1.1h;DX.Series2.1h;DX.Series3.1h;DX.Series1.3h;DX.Series2.3h;DX.Series3.3h;DX.Series1.6h;DX.Series2.6h;DX.Series3.6h;DX.Series1.12h;DX.Series2.12h;DX.Series3.12h;DX.Series1.24h;DX.Series2.24h;DX.Series3.24h;DX.Series1.48h;DX.Series2.48h;DX.Series3.48h;DX.Series1.72h;DX.Series2.72h;DX.Series3.72h;DX.Series1.120h;DX.Series2.120h;DX.Series3.120h;DX.Series1.192h;DX.Series2.192h;DX.Series3.192h;DX.Series1.288h;DX.Series2.288h;DX.Series3.288h	1;1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;120;192;192;192;288;288;288	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				dexamethasone	osteocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0407	E-MTAB-3731	DV.Series1.1h;DV.Series2.1h;DV.Series3.1h;DV.Series1.3h;DV.Series3.3h;DV.Series1.6h;DV.Series2.6h;DV.Series3.6h;DV.Series1.12h;DV.Series2.12h;DV.Series3.12h;DV.Series1.24h;DV.Series2.24h;DV.Series3.24h;DV.Series1.48h;DV.Series2.48h;DV.Series3.48h;DV.Series1.72h;DV.Series2.72h;DV.Series3.72h;DV.Series1.120h;DV.Series2.120h;DV.Series3.120h;DV.Series1.192h;DV.Series2.192h;DV.Series3.192h;DV.Series1.288h;DV.Series2.288h;DV.Series3.288h	1;1;1;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;120;192;192;192;288;288;288	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				dexamethasone  and vitamin D3	osteocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0408	E-MTAB-3731	OS.SeriesA.3h;OS.SeriesC.3h;OS.SeriesE.3h;OS.SeriesA.6h;OS.SeriesC.6h;OS.SeriesE.6h;OS.SeriesA.12h;OS.SeriesC.12h;OS.SeriesE.12h;OS.SeriesA.24h;OS.SeriesC.24h;OS.SeriesE.24h;OS.SeriesA.48h;OS.SeriesC.48h;OS.SeriesE.48h;OS.SeriesC.72h;OS.SeriesE.72h;OS.SeriesA.120h;OS.SeriesC.120h;OS.SeriesE.120h;OS.SeriesA.192h;OS.SeriesC.192h;OS.SeriesE.192h;OS.SeriesA.384h;OS.SeriesC.384h;OS.SeriesE.384h	3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;120;120;120;192;192;192;384;384;384	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				dexamethasone and bone morphogenetic protein 2	adipocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0409	E-MTAB-3731	AD.SeriesA.3h;AD.SeriesC.3h;AD.SeriesE.3h;AD.SeriesA.6h;AD.SeriesE.6h;AD.SeriesA.12h;AD.SeriesC.12h;AD.SeriesE.12h;AD.SeriesA.24h;AD.SeriesC.24h;AD.SeriesE.24h;AD.SeriesA.48h;AD.SeriesC.48h;AD.SeriesE.48h;AD.SeriesA.72h;AD.SeriesE.72h;AD.SeriesA.120h;AD.SeriesC.120h;AD.SeriesE.120h;AD.SeriesC.192h;AD.SeriesE.192h;AD.SeriesA.384h;AD.SeriesC.384h;AD.SeriesE.384h	3;3;3;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;120;120;120;192;192;384;384;384	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7;8;8;8	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				dexamethasone and IBMX and rosiglitazone	adipocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0410	E-MTAB-3731	T.Series1.3h;T.Series2.3h;T.Series3.3h;T.Series1.6h;T.Series2.6h;T.Series3.6h;T.Series1.12h;T.Series2.12h;T.Series3.12h;T.Series1.24h;T.Series2.24h;T.Series3.24h;T.Series1.48h;T.Series2.48h;T.Series3.48h;T.Series1.72h;T.Series2.72h;T.Series3.72h;T.Series1.120h;T.Series2.120h;T.Series3.120h;T.Series1.192h;T.Series2.192h;T.Series3.192h;T.Series1.288h;T.Series2.288h;T.Series3.288h;T.Series1.384h;T.Series2.384h;T.Series3.384h	3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;120;192;192;192;288;288;288;384;384;384	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				human transforming growth factor beta 1	chondrocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
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TCD0417	E-MTAB-7615	Ad0_24h;Ad0_32h;Ad0_48h;Ad0_4h;Ad0_72h;Ad0_96h	24;32;48;4;72;96	NA;NA;NA;NA;NA;NA	hour	co-culture with RT-4 cells expressing control adenoviral vector Ad0	Virus or bacterial infection					blood	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
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TCD0419	E-MTAB-7615	Im02_24h;Im02_32h;Im02_48h;Im02_4h;Im02_72h;Im02_96h	24;32;48;4;72;96	NA;NA;NA;NA;NA;NA	hour	co-culture with RT-4 cells expressing adenoviral Im02	Virus or bacterial infection					blood	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD0421	E-MTAB-7805	ERR3240275;ERR3240276;ERR3240277;ERR3240278;ERR3240279;ERR3240280;ERR3240281;ERR3240282;ERR3240283;ERR3240284;ERR3240285;ERR3240286;ERR3240287;ERR3240288;ERR3240289;ERR3240290;ERR3240291;ERR3240292;ERR3240293;ERR3240294;ERR3240295;ERR3240296;ERR3240297;ERR3240298;ERR3240299;ERR3240300;ERR3240301;ERR3240302;ERR3240303;ERR3240304;ERR3240305;ERR3240306;ERR3240307;ERR3240308;ERR3240309;ERR3240310;ERR3240311;ERR3240312;ERR3240313;ERR3240314;ERR3240315;ERR3240316;ERR3240317;ERR3240318;ERR3240319;ERR3240320;ERR3240321;ERR3240322;ERR3240323;ERR3240324;ERR3240325;ERR3240326;ERR3240327;ERR3240328;ERR3240329;ERR3240330;ERR3240331;ERR3240332;ERR3240333;ERR3240334;ERR3240335;ERR3240336;ERR3240337;ERR3240338;ERR3240339;ERR3240340;ERR3240341;ERR3240342;ERR3240343;ERR3240344;ERR3240345;ERR3240346;ERR3240347;ERR3240348;ERR3240349;ERR3240350;ERR3240351;ERR3240352;ERR3240353;ERR3240354;ERR3240355;ERR3240356;ERR3240357;ERR3240358;ERR3240359;ERR3240360;ERR3240361;ERR3240362;ERR3240363;ERR3240364;ERR3240365;ERR3240366;ERR3240367;ERR3240368;ERR3240369;ERR3240370;ERR3240371;ERR3240372;ERR3240373;ERR3240374;ERR3240375;ERR3240376;ERR3240377;ERR3240378;ERR3240379;ERR3240380;ERR3240381;ERR3240382;ERR3240383;ERR3240384;ERR3240385;ERR3240386	1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;14;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8	0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5	day	post infection with Epstein-Barr virus (EBV)	Virus or bacterial infection					lymphoid tissue	Homo_sapiens	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
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TCD0459	GSE100099	GSM2671260;GSM2671272;GSM2671261;GSM2671273;GSM2671262;GSM2671274;GSM2671263;GSM2671275;GSM2671264;GSM2671276;GSM2671289;GSM2671265;GSM2671277;GSM2671266;GSM2671278;GSM2671267;GSM2671279;GSM2671268;GSM2671280;GSM2671269;GSM2671281;GSM2671270;GSM2671282	3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;7.5;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;10;10;11;11	hour	IR	Drug or reagent treatment	Nutlin-3			IR		Homo_sapiens	RNA-Seq	28825732		GEO	No data preprocessing information
TCD0462	GSE100374	GSM2679704;GSM2679705;GSM2679706;GSM2679707;GSM2679708;GSM2679709;GSM2679710;GSM2679711;GSM2679712;GSM2679713;GSM2679714;GSM2679715;GSM2679716;GSM2679717	8;8;16;16;20;20;24;24;28;28;32;32;40;40	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	zeitgeber_time	HIV-1	Virus or bacterial infection				HIV-1		Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD0464	GSE100441	GSM2683115;GSM2683127;GSM2683116;GSM2683128;GSM2683117;GSM2683129;GSM2683118;GSM2683130;GSM2683119;GSM2683131;GSM2683120;GSM2683132	0;0;1;1;2;2;4;4;7;7;15;15	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	collected time	Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0465	GSE100441	GSM2683121;GSM2683133;GSM2683122;GSM2683134;GSM2683123;GSM2683135;GSM2683124;GSM2683136;GSM2683125;GSM2683137;GSM2683126;GSM2683138	0;0;1;1;2;2;4;4;7;7;15;15	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	collected time	Drug or reagent treatment	Rituximab					Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0466	GSE100587	GSM2687511;GSM2687512;GSM2687513;GSM2687514;GSM2687515;GSM2687516	6;12;18;24;24;30	0;1;2;2;3;4	hour	mock-treated	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	RNA-Seq	30659199		GEO	No data preprocessing information
TCD0467	GSE100587	GSM2687517;GSM2687518;GSM2687519;GSM2687520;GSM2687521;GSM2687522	6;12;18;24;24;30	0;1;2;2;3;4	hour	HIV-1	Virus or bacterial infection				HIV-1		Homo_sapiens	RNA-Seq	30659199		GEO	No data preprocessing information
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TCD0469	GSE100725	GSM2699644;GSM2699645;GSM2699646;GSM2699647;GSM2699648;GSM2699649;GSM2699650;GSM2699651;GSM2699652;GSM2699653;GSM2699654;GSM2699655;GSM2699656;GSM2699657;GSM2699658;GSM2699659;GSM2699660;GSM2699661;GSM2699662;GSM2699663;GSM2699664;GSM2699665;GSM2699666;GSM2699667;GSM2699668;GSM2699669;GSM2699670;GSM2699671;GSM2699672;GSM2699673;GSM2699674;GSM2699675;GSM2699676;GSM2699677;GSM2699678;GSM2699679;GSM2699680;GSM2699681;GSM2699682;GSM2699683;GSM2699684	0;0;0;1;1;1;3;3;3;5;5;5;5;5;7;7;7;7;7;9;9;9;9;9;11;11;11;11;11;14;14;14;20;20;20;30;30;30;90;90;90	0;0;0;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;7;7;8;8;8;8;8;9;9;9;9;9;10;10;10	day	collected time	Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0470	GSE100928	GSM2696713;GSM2696714;GSM2696715;GSM2696716;GSM2696717;GSM2696718;GSM2696719;GSM2696720	0;1;2;3;4;8;12;24	0;1;2;3;4;5;6;7	zeitgeber_time	left untreated as a control	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	20964804		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0471	GSE100928	GSM2696721;GSM2696722;GSM2696723;GSM2696724;GSM2696725;GSM2696726;GSM2696727;GSM2696728	0;1;2;3;4;8;12;24	0;1;2;3;4;5;6;7	zeitgeber_time	left untreated as a control	Drug or reagent treatment			IRF9 overexpression			Homo_sapiens	Microarray	20964804		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0472	GSE100928	GSM2696729;GSM2696730;GSM2696731;GSM2696732;GSM2696733;GSM2696734;GSM2696735	1;2;3;4;8;12;24	0;1;2;3;4;5;6	zeitgeber_time	IFNa	Drug or reagent treatment	IFNa					Homo_sapiens	Microarray	20964804		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0473	GSE100928	GSM2696736;GSM2696737;GSM2696738;GSM2696739;GSM2696740;GSM2696741;GSM2696742	1;2;3;4;8;12;24	0;1;2;3;4;5;6	zeitgeber_time	IFNa	Drug or reagent treatment	IFNa		IRF9 overexpression			Homo_sapiens	Microarray	20964804		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0474	GSE10145	GSM256178;GSM256179;GSM256180;GSM256217;GSM256218;GSM256219;GSM256220;GSM256221;GSM256262;GSM256263;GSM256332;GSM256333;GSM256336;GSM256338;GSM256339;GSM256340;GSM256341;GSM256424	1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;6;6;6;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	azacytidine	Drug or reagent treatment	azacytidine	8 micromolar				Homo_sapiens	Microarray	18322535		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0475	GSE102025	GSM2722168;GSM2722169;GSM2722170;GSM2722171;GSM2722172;GSM2722173;GSM2722174;GSM2722175;GSM2722176;GSM2722177	0;0;3;3;6;6;10;10;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	PID	Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD0476	GSE103383	GSM2769683;GSM2769684;GSM2769685;GSM2769686;GSM2769687;GSM2769688;GSM2769692;GSM2769693;GSM2769694;GSM2769698;GSM2769699;GSM2769700;GSM2769704;GSM2769705;GSM2769706	0;0;0;4;4;4;24;24;24;72;72;72;144;144;144	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	FGF2	Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq	29472102		GEO	No data preprocessing information
TCD0477	GSE1036	GSM16523;GSM16524;GSM16525;GSM16526;GSM16527;GSM16528;GSM16529;GSM16531;GSM16532;GSM16533;GSM16535;GSM16536	0;0;6;6;12;12;24;24;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	hemin	Drug or reagent treatment	hemin	50 micromolar				Homo_sapiens	Microarray	15252187		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0480	GSE1041	GSM16784;GSM16814;GSM16815;GSM16816;GSM16817;GSM16818;GSM16819;GSM16821;GSM16824;GSM16826;GSM16827;GSM16828;GSM16830;GSM16831;GSM16832;GSM16833;GSM16834;GSM16835	0;0;0;0;3;3;3;5;5;5;5;12;12;12;12;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4	zeitgeber_time	reoxygenation	Stress treatment				reoxygenation		Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0481	GSE104488	GSM2801387;GSM2801388;GSM2801389;GSM2801390;GSM2801391;GSM2801392;GSM2801393;GSM2801394;GSM2801395;GSM2801396;GSM2801397;GSM2801398;GSM2801399;GSM2801400;GSM2801401;GSM2801402;GSM2801403;GSM2801404;GSM2801405;GSM2801406;GSM2801407;GSM2801408;GSM2801409;GSM2801410;GSM2801411	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24	zeitgeber_time	Caco-2	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	Microarray	31288487	HUS	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0482	GSE104489	GSM2801412;GSM2801413;GSM2801414;GSM2801415;GSM2801416;GSM2801417;GSM2801418;GSM2801419;GSM2801420;GSM2801421;GSM2801422;GSM2801423;GSM2801424;GSM2801425;GSM2801426;GSM2801427;GSM2801428;GSM2801429;GSM2801430;GSM2801431;GSM2801432;GSM2801433;GSM2801434;GSM2801435;GSM2801436	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24	zeitgeber_time	Caco-2	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	Microarray	31288487	HUS	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0483	GSE10469	GSM264878;GSM264879;GSM264880;GSM264881;GSM264882;GSM264883	0;3;12;24;72;120	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	physiological (4 % O2)	Stress treatment						Homo_sapiens	Microarray	19541600|23493551		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0484	GSE10469	GSM264884;GSM264885;GSM264886;GSM264887;GSM264888;GSM264889	0;3;12;24;72;120	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	atmospheric (20 % O2)	Stress treatment						Homo_sapiens	Microarray	19541600|23493551		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0485	GSE104704	GSM2806214;GSM2806217;GSM2806221;GSM2806220;GSM2806219;GSM2806216;GSM2806218;GSM2806215	42;42;46;52;55;57;59;60	0;0;1;2;3;4;5;6	age	aging	Differentiation or development					lateral temporal lobe	Homo_sapiens	RNA-Seq	29507413		GEO	No data preprocessing information
TCD0486	GSE104704	GSM2806228;GSM2806224;GSM2806223;GSM2806225;GSM2806229;GSM2806231;GSM2806226;GSM2806230;GSM2806222;GSM2806227	61;62;63;68;68;68;70;72;73;77	0;1;2;3;3;3;4;5;6;7	age	aging	Differentiation or development					lateral temporal lobe	Homo_sapiens	RNA-Seq	29507413		GEO	No data preprocessing information
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TCD0488	GSE104714	GSM2806559;GSM2806560;GSM2806561;GSM2806562;GSM2806563;GSM2806564;GSM2806565;GSM2806566;GSM2806567;GSM2806568;GSM2806569;GSM2806570	1;1;3;3;5;5;7;7;9;9;11;11	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	dexamethasone	Drug or reagent treatment	dexamethasone	100 nM				Homo_sapiens	RNA-Seq	29337990	lung adenocarcinoma	GEO	No data preprocessing information
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TCD0499	GSE109375	GSM2940675;GSM2940676;GSM2940679;GSM2940680;GSM2940681;GSM2940682;GSM2940667;GSM2940668;GSM2940670;GSM2940671	2;2;4;4;6;6;12;12;18;18	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	zeitgeber_time	incubated with 1400 娓璏 CuSO4	Drug or reagent treatment	CuSO4	1400 娓璏			HCT116	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD0506	GSE109825	GSM2970751;GSM2970765;GSM2970734;GSM2970792;GSM2970780;GSM2970754;GSM2970775;GSM2970774;GSM2970736;GSM2970715;GSM2970796;GSM2970776;GSM2970771;GSM2970757;GSM2970784;GSM2970781;GSM2970760;GSM2970756;GSM2970786;GSM2970721;GSM2970710;GSM2970746;GSM2970767;GSM2970791;GSM2970753	0;2;4;6;8;10;12;14;16;18;20;22;24;26;28;30;32;34;36;38;40;42;44;46;48	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24	timepoint	time of human skeletal myotubes synchronized in vitro	Differentiation or development					primary myotube cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	29658882		GEO	No data preprocessing information
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TCD0509	GSE111977	GSM3048075;GSM3048076;GSM3048077;GSM3048078;GSM3048079;GSM3048080;GSM3048081;GSM3048082;GSM3048083;GSM3048084;GSM3048085;GSM3048086;GSM3048087;GSM3048088;GSM3048089	1;1;1;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;6;6	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;5;5	week	Differentiation of hCA3 neuron	Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq	29727680		GEO	No data preprocessing information
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TCD0517	GSE11342	GSM286447;GSM286448;GSM286449;GSM286450;GSM286451;GSM286452	3;6;10;27;42;70	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin	Drug or reagent treatment	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin					Homo_sapiens	Microarray	18986530		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0518	GSE11342	GSM286454;GSM286455;GSM286456;GSM286457;GSM286458;GSM286459	3;6;10;27;42;70	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin	Drug or reagent treatment	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin					Homo_sapiens	Microarray	18986530		GEO	The data has not been log2 converted
TCD0519	GSE11342	GSM286461;GSM286462;GSM286463;GSM286464;GSM286465	3;13;27;42;70	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin	Drug or reagent treatment	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin					Homo_sapiens	Microarray	18986530		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0521	GSE11342	GSM286474;GSM286475;GSM286476;GSM286477;GSM286478;GSM286479	3;10;13;27;42;70	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin	Drug or reagent treatment	Pegylated-interferon-alfa3b (PegIntronTM) ;ribavirin					Homo_sapiens	Microarray	18986530		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD0542	GSE114545	GSM3143839;GSM3143841;GSM3143843;GSM3143845;GSM3143847;GSM3143849	C30;C31;C32;C33;C34;C35	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	Antibody dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC) sensitive	Stress treatment						Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD0543	GSE114545	GSM3143840;GSM3143842;GSM3143844;GSM3143846;GSM3143848;GSM3143850	C30;C31;C32;C33;C34;C35	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	Antibody dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC) resistant	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1125	GSE124842	GSM3556099;GSM3556181;GSM3555964;GSM3556110;GSM3556339	0;1;2;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1126	GSE124842	GSM3556307;GSM3556248;GSM3556154;GSM3556251;GSM3556404	0;1;2;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1127	GSE124842	GSM3556124;GSM3556214;GSM3556356;GSM3556244;GSM3556378	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1128	GSE124842	GSM3556053;GSM3556135;GSM3555941;GSM3556218;GSM3556950	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive equivalent volume saline	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1129	GSE124842	GSM3556122;GSM3556204;GSM3555955;GSM3556912;GSM3556338	0;1;2;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1130	GSE124842	GSM3556108;GSM3556198;GSM3556342;GSM3556228;GSM3556362	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1131	GSE124842	GSM3556123;GSM3556205;GSM3556907;GSM3556125;GSM3556361	0;1;2;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1132	GSE124842	GSM3556037;GSM3556212;GSM3555963;GSM3556040;GSM3556346	0;1;2;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1133	GSE124842	GSM3556116;GSM3556206;GSM3556350;GSM3556236;GSM3556370	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1134	GSE124842	GSM3556069;GSM3556151;GSM3555958;GSM3556264;GSM3556315	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1135	GSE124842	GSM3556092;GSM3556182;GSM3556326;GSM3556305;GSM3556348	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1136	GSE124842	GSM3556268;GSM3556302;GSM3556364;GSM3556394;GSM3556458	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1137	GSE124842	GSM3556061;GSM3556143;GSM3555949;GSM3556226;GSM3556403	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1138	GSE124842	GSM3556100;GSM3556190;GSM3556334;GSM3556220;GSM3556923	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive equivalent volume saline	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1139	GSE124842	GSM3556078;GSM3556168;GSM3555982;GSM3556259;GSM3556332	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1140	GSE124842	GSM3556276;GSM3556921;GSM3556372;GSM3556925;GSM3556466	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1141	GSE124842	GSM3556262;GSM3556294;GSM3556318;GSM3556386;GSM3556450	0;1;3;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1142	GSE124842	GSM3555921;GSM3555924;GSM3555993;GSM3556030;GSM3556382	0;1;2;7;28	0;1;2;3;4	day	receive equivalent volume saline	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1143	GSE124842	GSM3556054;GSM3556136;GSM3556026;GSM3556157;GSM3556393	0;1;2;7;28	0;1;2;3;4	day	receive either a single intramuscular immunisation with Boostrix vaccine	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1144	GSE125019	GSM3561209;GSM3561210;GSM3561211;GSM3561212;GSM3561213	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1145	GSE125019	GSM3561214;GSM3561215;GSM3561216;GSM3561217;GSM3561218	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1147	GSE125019	GSM3561224;GSM3561225;GSM3561226;GSM3561227;GSM3561228	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1148	GSE125019	GSM3561229;GSM3561230;GSM3561231;GSM3561232;GSM3561233	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1149	GSE125019	GSM3561246;GSM3561247;GSM3561248;GSM3561249;GSM3561250	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1150	GSE125019	GSM3561255;GSM3561256;GSM3561257;GSM3561258;GSM3561259	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1152	GSE125019	GSM3561265;GSM3561266;GSM3561267;GSM3561268;GSM3561269	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1156	GSE125019	GSM3561291;GSM3561292;GSM3561293;GSM3561294;GSM3561295	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1157	GSE125019	GSM3561296;GSM3561297;GSM3561298;GSM3561299;GSM3561300	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	VSVHIVGAG	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1158	GSE125019	GSM3561305;GSM3561306;GSM3561307;GSM3561308;GSM3561309	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	PLACEBO	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1159	GSE125019	GSM3561312;GSM3561313;GSM3561314;GSM3561315;GSM3561316	0;1;3;7;14	0;1;2;3;4	day	PLACEBO	Drug or reagent treatment					whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1161	GSE12548	GSM315433;GSM315434;GSM315435;GSM315436;GSM315437;GSM315438;GSM315439;GSM315626;GSM315440;GSM315441;GSM315442;GSM315443;GSM315444;GSM315445;GSM315446;GSM315447;GSM315448	1;1;6;6;6;16;16;16;24;24;24;42;42;42;60;60;60	0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	treated with TGF and TNF	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	19965872		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1162	GSE126520	GSM3602950;GSM3602951;GSM3602952;GSM3602953;GSM3602954;GSM3602955;GSM3602956	1;2;3;4;5;6;6	0;1;2;3;4;5;5	hour	Actinomycin D	Drug or reagent treatment	Actinomycin D	5ug/ml				Homo_sapiens	RNA-Seq	31012849		GEO	No data preprocessing information
TCD1163	GSE126520	GSM3602959;GSM3602960;GSM3602961;GSM3602962;GSM3602963;GSM3602964;GSM3602965	1;2;3;4;5;6;6	0;1;2;3;4;5;5	hour	Actinomycin D	Drug or reagent treatment	Actinomycin D	5ug/ml				Homo_sapiens	RNA-Seq	31012849		GEO	No data preprocessing information
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TCD1165	GSE126831	GSM3614863;GSM3614864;GSM3614865;GSM3614866;GSM3614867;GSM3614868;GSM3614872;GSM3614873;GSM3614874;GSM3614878;GSM3614879;GSM3614880;GSM3614884;GSM3614885;GSM3614886;GSM3614890;GSM3614891;GSM3614892;GSM3614896;GSM3614897;GSM3614898;GSM3614902;GSM3614903;GSM3614904;GSM3614908;GSM3614909;GSM3614910;GSM3614914;GSM3614915;GSM3614916;GSM3614920;GSM3614921;GSM3614922	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	day	mock HCV-infected	Virus or bacterial infection					Hepatocellular carcinoma cell line	Homo_sapiens	RNA-Seq	30978357		GEO	No data preprocessing information
TCD1166	GSE127064	GSM3625356;GSM3625357;GSM3625358;GSM3625359;GSM3625360;GSM3625361;GSM3625362;GSM3625363;GSM3625364;GSM3625365;GSM3625366;GSM3625367;GSM3625368;GSM3625369;GSM3625370;GSM3625371;GSM3625372;GSM3625373;GSM3625374;GSM3625375;GSM3625376;GSM3625377;GSM3625378;GSM3625379;GSM3625380;GSM3625381;GSM3625382;GSM3625383;GSM3625384;GSM3625385;GSM3625386;GSM3625387;GSM3625388;GSM3625389;GSM3625390;GSM3625391;GSM3625392;GSM3625393;GSM3625394;GSM3625395;GSM3625396;GSM3625397;GSM3625398;GSM3625399;GSM3625400;GSM3625401;GSM3625402;GSM3625403;GSM3625404;GSM3625405;GSM3625406;GSM3625407;GSM3625408;GSM3625409;GSM3625410;GSM3625411;GSM3625412;GSM3625413;GSM3625414	2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;14;14;14;16;16;16;18;18;18;20;20;20;22;22;22;24;24;24;30;30;30;36;36;36;42;42;42;48;48;54;54;54;60;60;60;66;66;66;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11;12;12;12;13;13;13;14;14;14;15;15;16;16;16;17;17;17;18;18;18;19;19;19	hour	were exposed to CHIR99021	Virus or bacterial infection					hESC-derived neural stem cells (WA09)	Homo_sapiens	RNA-Seq	31302154		GEO	No data preprocessing information
TCD1167	GSE12736	GSM319613;GSM319621;GSM319614;GSM319622;GSM319615;GSM319623;GSM319616;GSM319624;GSM319617;GSM319625;GSM319618;GSM319626;GSM319619;GSM319627	0.5;0.5;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA)	Drug or reagent treatment	phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA)	20 nM			human erythroleukemic cells	Homo_sapiens	Microarray	19381435	erythroleukemia	GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1191	GSE129486	GSM3714124;GSM3714070;GSM3714093;GSM3714116;GSM3713965;GSM3713988;GSM3714011;GSM3714034	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1192	GSE129486	GSM3714027;GSM3714078;GSM3714100;GSM3714123;GSM3713973;GSM3713996;GSM3714019;GSM3714042	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;10 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1193	GSE129486	GSM3714056;GSM3714063;GSM3714087;GSM3714109;GSM3714132;GSM3713982;GSM3714004;GSM3714028	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF	Drug or reagent treatment	TNF	1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1194	GSE129486	GSM3713960;GSM3714071;GSM3714094;GSM3714117;GSM3713966;GSM3713990;GSM3714012;GSM3714035	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1195	GSE129486	GSM3714037;GSM3714079;GSM3714101;GSM3714125;GSM3713974;GSM3713997;GSM3714020;GSM3714043	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;10 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1196	GSE129486	GSM3714067;GSM3714064;GSM3714088;GSM3714110;GSM3714133;GSM3713983;GSM3714005;GSM3714029	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF	Drug or reagent treatment	TNF	1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1197	GSE129486	GSM3713970;GSM3714072;GSM3714095;GSM3714118;GSM3713967;GSM3713991;GSM3714013;GSM3714036	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1198	GSE129486	GSM3714047;GSM3714080;GSM3714102;GSM3714126;GSM3713975;GSM3713998;GSM3714021;GSM3714044	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;10 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1199	GSE129486	GSM3714076;GSM3714065;GSM3714089;GSM3714111;GSM3713961;GSM3713984;GSM3714006;GSM3714030	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF	Drug or reagent treatment	TNF	1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1200	GSE129486	GSM3713979;GSM3714073;GSM3714096;GSM3714119;GSM3713968;GSM3713992;GSM3714014;GSM3714038	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1201	GSE129486	GSM3714057;GSM3714081;GSM3714103;GSM3714127;GSM3713976;GSM3713999;GSM3714022;GSM3714045	2;4;6;8;10;12;18;24	0;1;2;3;4;5;6;7		TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;10 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	RNA-Seq	32079724	RA	GEO	No data preprocessing information
TCD1202	GSE129488	GSM3713857;GSM3713858;GSM3713863;GSM3713864;GSM3713871;GSM3713872;GSM3713879;GSM3713880;GSM3713885;GSM3713886;GSM3713893;GSM3713894;GSM3713901;GSM3713902	1;1;2;2;4;4;8;8;12;12;18;18;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	IL-17	Drug or reagent treatment	IL-17	1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	Microarray	32079724		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1203	GSE129488	GSM3713853;GSM3713854;GSM3713867;GSM3713868;GSM3713875;GSM3713876;GSM3713889;GSM3713890;GSM3713897;GSM3713898;GSM3713905;GSM3713906	1;1;4;4;8;8;18;18;24;24;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour		Drug or reagent treatment					synovium	Homo_sapiens	Microarray	32079724		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1204	GSE129488	GSM3713855;GSM3713856;GSM3713861;GSM3713862;GSM3713869;GSM3713870;GSM3713877;GSM3713878;GSM3713883;GSM3713884;GSM3713891;GSM3713892;GSM3713899;GSM3713900;GSM3713907;GSM3713908	1;1;2;2;4;4;8;8;12;12;18;18;24;24;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	TNF	Drug or reagent treatment	TNF	1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	Microarray	32079724		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1205	GSE129488	GSM3713859;GSM3713860;GSM3713865;GSM3713866;GSM3713873;GSM3713874;GSM3713881;GSM3713882;GSM3713887;GSM3713888;GSM3713895;GSM3713896;GSM3713903;GSM3713904;GSM3713909;GSM3713910	1;1;2;2;4;4;8;8;12;12;18;18;24;24;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	TNF;IL17	Drug or reagent treatment	TNF;IL17	1 ng/mL;1 ng/mL			synovium	Homo_sapiens	Microarray	32079724		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1206	GSE13009	GSM325938;GSM325939;GSM325940;GSM325941;GSM325942;GSM325943;GSM325944;GSM325945;GSM325946;GSM325947;GSM325948;GSM325949;GSM325950;GSM325951;GSM325952;GSM325953;GSM325954;GSM325955;GSM325956;GSM325957;GSM325958;GSM325959;GSM325960;GSM325961;GSM325962;GSM325963;GSM325964;GSM325965;GSM325966;GSM325967;GSM325968;GSM325969;GSM325970;GSM325971	10;10;15;15;20;20;30;30;45;45;60;60;90;90;120;120;180;180;240;240;360;360;480;480;720;720;1440;1440;2160;2160;2880;2880;4320;4320	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15;16;16	minute	stimulated by epidermal growth factor (EGF)	Drug or reagent treatment					breast epithelial cell	Homo_sapiens	Microarray	19925682|25491268	adenocarcinoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1207	GSE13009	GSM325972;GSM325973;GSM325974;GSM325975;GSM325976;GSM325977;GSM325978;GSM325979;GSM325980;GSM325981;GSM325982;GSM325983;GSM325984;GSM325985;GSM325986;GSM325987;GSM325988;GSM325989;GSM325990;GSM325991;GSM325992;GSM325993;GSM325994;GSM325995;GSM325996;GSM325997;GSM325998;GSM325999;GSM326000;GSM326001;GSM326002;GSM326003;GSM326004;GSM326005	10;10;15;15;20;20;30;30;45;45;60;60;90;90;120;120;180;180;240;240;360;360;480;480;720;720;1440;1440;2160;2160;2880;2880;4320;4320	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15;16;16	minute	stimulated by heregulin (HRG)	Drug or reagent treatment					breast epithelial cell	Homo_sapiens	Microarray	19925682|25491268	adenocarcinoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1208	GSE130385	GSM3737238;GSM3737247;GSM3737256;GSM3737242;GSM3737251;GSM3737260;GSM3737243;GSM3737252;GSM3737261;GSM3737244;GSM3737253;GSM3737262;GSM3737239;GSM3737248;GSM3737257;GSM3737245;GSM3737254;GSM3737263;GSM3737240;GSM3737249;GSM3737258;GSM3737241;GSM3737250;GSM3737259	1;1;1;12;12;12;24;24;24;48;48;48;1.5;1.5;1.5;96;96;96;3.5;3.5;3.5;6.5;6.5;6.5	0;0;0;4;4;4;5;5;5;6;6;6;1;1;1;5;5;5;2;2;2;3;3;3	hour	B-cell receptor stimulation	Stress treatment				Non Proliferating	Peripheral blood	Homo_sapiens	RNA-Seq	33833385	primary chronic lymphocytic leukemia	GEO	No data preprocessing information
TCD1209	GSE130385	GSM3737265;GSM3737274;GSM3737283;GSM3737269;GSM3737278;GSM3737287;GSM3737270;GSM3737279;GSM3737288;GSM3737271;GSM3737280;GSM3737289;GSM3737266;GSM3737275;GSM3737284;GSM3737272;GSM3737281;GSM3737290;GSM3737267;GSM3737276;GSM3737285;GSM3737268;GSM3737277;GSM3737286	1;1;1;12;12;12;24;24;24;48;48;48;1.5;1.5;1.5;96;96;96;3.5;3.5;3.5;6.5;6.5;6.5	0;0;0;4;4;4;5;5;5;6;6;6;1;1;1;5;5;5;2;2;2;3;3;3	hour	B-cell receptor stimulation	Stress treatment				Proliferating	Peripheral blood	Homo_sapiens	RNA-Seq	33833385	primary chronic lymphocytic leukemia	GEO	No data preprocessing information
TCD1210	GSE131125	GSM3764496;GSM3764497;GSM3764498;GSM3764508;GSM3764509;GSM3764510;GSM3764511;GSM3764512;GSM3764513;GSM3764514;GSM3764515;GSM3764516;GSM3764517;GSM3764518;GSM3764519	0;0;0;8;8;8;25;25;25;40;40;40;50;50;50	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	skeletal myogenesis	Differentiation or development					Human pluripotent stem cells (hPSC)	Homo_sapiens	Microarray	31560727		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1211	GSE131169	GSM3764995;GSM3764996;GSM3764997;GSM3764998;GSM3764999;GSM3765000;GSM3765001;GSM3765002;GSM3765004;GSM3765006	4;8;15;20;24;32;38;44;50;50	0;1;2;3;4;5;6;7;7;8	day	human pluripotent stem cells (hPSCs) are subject to directed differentiation to brown dipocytes	Differentiation or development					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	RNA-Seq	32783886		GEO	No data preprocessing information
TCD1213	GSE131620	GSM3791294;GSM3791295;GSM3791296;GSM3791297;GSM3791298;GSM3791299;GSM3791300;GSM3791301;GSM3791302;GSM3791303;GSM3791304;GSM3791305;GSM3791306;GSM3791307;GSM3791308;GSM3791309;GSM3791310;GSM3791311	0;0;12;12;24;24;30;30;36;36;48;48;72;72;96;96;168;168	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8	hour	Beta-estradiol	Drug or reagent treatment	Beta-estradiol	100nM				Homo_sapiens	RNA-Seq	33770473		GEO	No data preprocessing information
TCD1214	GSE13485	GSM339838;GSM339839;GSM339840;GSM339841;GSM339842	0;1;3;7;21	0;1;2;3;4	day	post-vaccination	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	19029902		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1216	GSE13485	GSM339848;GSM339849;GSM339850;GSM339851;GSM339852	0;1;3;7;21	0;1;2;3;4	day	post-vaccination	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	19029902		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1217	GSE13485	GSM339853;GSM339854;GSM339855;GSM339856;GSM339857	0;1;3;7;21	0;1;2;3;4	day	post-vaccination	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	19029902		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1218	GSE13485	GSM339858;GSM339859;GSM339860;GSM339861;GSM339862	0;1;3;7;21	0;1;2;3;4	day	post-vaccination	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	19029902		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1219	GSE13485	GSM339863;GSM339864;GSM339865;GSM339866;GSM339867	0;1;3;7;21	0;1;2;3;4	day	post-vaccination	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	19029902		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1221	GSE136625	GSM4053172;GSM4053173;GSM4053186;GSM4053199;GSM4053174;GSM4053187;GSM4053200;GSM4053175;GSM4053188;GSM4053201;GSM4053176;GSM4053189;GSM4053202;GSM4053177;GSM4053190;GSM4053203;GSM4053178;GSM4053191;GSM4053204;GSM4053179;GSM4053192;GSM4053205;GSM4053180;GSM4053193;GSM4053206;GSM4053181;GSM4053194;GSM4053207;GSM4053182;GSM4053195;GSM4053208;GSM4053183;GSM4053196;GSM4053209;GSM4053184;GSM4053197;GSM4053210;GSM4053185;GSM4053198;GSM4053211	0;0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;14;14;14;16;16;16;18;18;18;20;20;20;22;22;22;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11;12;12;12	timepoint	T cell activation	Stress treatment					CD4+	Homo_sapiens	Microarray	32990751		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1255	GSE14426	GSM360285;GSM360286;GSM360287;GSM360291;GSM360292;GSM360293;GSM360297;GSM360298;GSM360299;GSM360303;GSM360304;GSM360305;GSM360309;GSM360310;GSM360311	0.5;0.5;0.5;4;4;4;12;12;12;24;24;24;168;168;168	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	ATRA	Drug or reagent treatment	ATRA	1 micromolar			stellate cells	Homo_sapiens	Microarray	21704588		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD1296	GSE158788	GSM4810497;GSM4810498;GSM4810499;GSM4810500;GSM4810501;GSM4810502;GSM4810503;GSM4810504;GSM4810505;GSM4810506;GSM4810507;GSM4810508;GSM4810509;GSM4810510;GSM4810511	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour		Drug or reagent treatment	gallic acid	50娓璯/ml			human cervical cancer cells	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1297	GSE158824	GSM4811435;GSM4811436;GSM4811437;GSM4811423;GSM4811438;GSM4811424;GSM4811439;GSM4811425;GSM4811440;GSM4811441;GSM4811442;GSM4811443;GSM4811426;GSM4811444;GSM4811427;GSM4811445;GSM4811428;GSM4811446;GSM4811429;GSM4811430;GSM4811431;GSM4811432;GSM4811433;GSM4811434	24;24;24;2;48;2;48;2;48;72;72;72;4;96;4;96;4;96;8;8;8;16;16;16	4;4;4;0;5;0;5;0;5;6;6;6;1;7;1;7;1;7;2;2;2;3;3;3	hour	bone marrow-derived mesenchymal stem cell	Differentiation or development					lung cancer cells	Homo_sapiens	Microarray		lung cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1298	GSE160786	GSM4879279;GSM4879280;GSM4879281;GSM4879282;GSM4879283;GSM4879284;GSM4879285;GSM4879286;GSM4879287;GSM4879288;GSM4879289;GSM4879290;GSM4879291;GSM4879292;GSM4879293	7;7;7;14;14;14;21;21;21;28;28;28;42;42;42	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	mesodermal and chondrogenic differentiation of human induced pluripotent stem cells	Drug or reagent treatment					chondrogenic pellet	Homo_sapiens	RNA-Seq	33441552		GEO	No data preprocessing information
TCD1299	GSE161025	GSM4888574;GSM4888575;GSM4888576;GSM4888577;GSM4888578;GSM4888579;GSM4888580;GSM4888581;GSM4888582;GSM4888583;GSM4888584;GSM4888585;GSM4888586;GSM4888587;GSM4888588;GSM4888589;GSM4888590;GSM4888591	0;0;3;3;6;6;8;8;12;12;16;16;19;19;25;25;30;30	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8	day	Myogenic induction	Stress treatment				Myogenic induction	hiPSC line LEPCC3	Homo_sapiens	RNA-Seq	33731358		GEO	No data preprocessing information
TCD1300	GSE161025	GSM4888592;GSM4888593;GSM4888594;GSM4888595;GSM4888596;GSM4888597;GSM4888598;GSM4888599;GSM4888600;GSM4888601;GSM4888602;GSM4888603;GSM4888604;GSM4888605;GSM4888606;GSM4888607;GSM4888608;GSM4888609	0;0;3;3;6;6;8;8;12;12;16;16;19;19;25;25;30;30	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8	day	Myogenic induction	Stress treatment				Myogenic induction	hiPSC line SCVI15	Homo_sapiens	RNA-Seq	33731358		GEO	No data preprocessing information
TCD1301	GSE161025	GSM4888610;GSM4888611;GSM4888612;GSM4888613;GSM4888614;GSM4888615;GSM4888616;GSM4888617;GSM4888618;GSM4888619;GSM4888620;GSM4888621;GSM4888622;GSM4888623;GSM4888624;GSM4888625;GSM4888626;GSM4888627	0;0;3;3;6;6;8;8;12;12;16;16;19;19;25;25;30;30	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8	day	Myogenic induction	Stress treatment				Myogenic induction	hiPSC line TL	Homo_sapiens	RNA-Seq	33731358		GEO	No data preprocessing information
TCD1302	GSE163801	GSM4987668;GSM4987680;GSM4987669;GSM4987681;GSM4987670;GSM4987682;GSM4987671;GSM4987683;GSM4987672;GSM4987684;GSM4987673;GSM4987685;GSM4987674;GSM4987686;GSM4987675;GSM4987687;GSM4987676;GSM4987688;GSM4987677;GSM4987689;GSM4987678;GSM4987690	0.25;0.25;0.5;0.5;0.75;0.75;1;1;1.5;1.5;2;2;3;3;4;4;6;6;8;8;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10	hour		Drug or reagent treatment	AngiotensinII (AngII)	10 nM			steroid-producing adrenocortical	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1303	GSE164361	GSM5008306;GSM5008307;GSM5008308;GSM5008309;GSM5008310;GSM5008311;GSM5008312;GSM5008313;GSM5008314;GSM5008315;GSM5008316;GSM5008317;GSM5008318;GSM5008319;GSM5008320	1;1;2;2;3;3;4;5;5;6;6;7;7;8;8	0;0;1;1;2;2;3;4;4;5;5;6;6;7;7	day		Differentiation or development					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1304	GSE164361	GSM5008321;GSM5008322;GSM5008323;GSM5008324;GSM5008325;GSM5008326;GSM5008327;GSM5008328;GSM5008329;GSM5008330	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day		Differentiation or development					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1305	GSE16477	GSM414091;GSM414100;GSM414092;GSM414101;GSM414093;GSM414102;GSM414094;GSM414103;GSM414095;GSM414104;GSM414096;GSM414105;GSM414097;GSM414106;GSM414098;GSM414107;GSM414099	0;0;4;4;8;8;12;12;24;24;48;48;72;72;96;96;120	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8	hour		Drug or reagent treatment	doxycycline		induce NOTCH3IC		IMR32	Homo_sapiens	Microarray	23649002|25315710		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1306	GSE16478	GSM414111;GSM414118;GSM414112;GSM414119;GSM414113;GSM414120;GSM414114;GSM414121;GSM414115;GSM414122;GSM414116;GSM414123;GSM414117;GSM414124	0;0;4;4;8;8;24;24;48;48;96;96;192;192	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour		Drug or reagent treatment	doxycycline		induce MYCN		neuroblastoma	Homo_sapiens	Microarray	25315710	neuroblastoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1307	GSE16478	GSM414125;GSM414126;GSM414127;GSM414128;GSM414129;GSM414130;GSM414131	0;4;8;24;48;96;192	0;1;2;3;4;5;6	hour		Drug or reagent treatment	doxycycline		induce MYCN		neuroblastoma	Homo_sapiens	Microarray	25315710	neuroblastoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1308	GSE16478	GSM414132;GSM414133;GSM414134;GSM414135;GSM414136;GSM414137;GSM414138	0;4;8;24;48;96;192	0;1;2;3;4;5;6	hour		Drug or reagent treatment	doxycycline		induce MYCN		neuroblastoma	Homo_sapiens	Microarray	25315710	neuroblastoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1309	GSE16480	GSM414140;GSM414145;GSM414150;GSM414141;GSM414146;GSM414151;GSM414142;GSM414147;GSM414152;GSM414143;GSM414148;GSM414153;GSM414144;GSM414149;GSM414154	0;0;0;8;8;8;24;24;24;48;48;48;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour		Drug or reagent treatment	doxycycline	100ng/ml	CDK2 shRNA		neuroblastoma	Homo_sapiens	Microarray	19525400|25315710	neuroblastoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1310	GSE16494	GSM414472;GSM414473;GSM414474;GSM414475;GSM414476;GSM414477;GSM414478;GSM414479;GSM414480;GSM414481	0;0;0.5;0.5;1;1;3;3;6;6	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour		Drug or reagent treatment	MABL	10ug/mL			MOLT-4 (Leukemia)	Homo_sapiens	Microarray	21401803		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1311	GSE16578	GSM416766;GSM416767;GSM416768;GSM416769;GSM416770;GSM416771;GSM416772;GSM416773;GSM416774;GSM416775;GSM416776;GSM416777;GSM416778;GSM416779;GSM416780;GSM416781;GSM416782;GSM416783;GSM416784	0.25;0.5;1;2;4;6;8;10;12;15;18;21;24;30;36;42;48;54;60	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18	hour		Drug or reagent treatment	fenretinde(4HPR)				NB4	Homo_sapiens	Microarray	19844581		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1313	GSE166375	GSM5069511;GSM5069517;GSM5069524;GSM5069530;GSM5069537	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	IIIB.DEnv	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1314	GSE166375	GSM5069513;GSM5069519;GSM5069526;GSM5069532;GSM5069539	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	none	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1315	GSE166375	GSM5069510;GSM5069516;GSM5069523;GSM5069529;GSM5069536	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	IIIB	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1316	GSE166375	GSM5069512;GSM5069518;GSM5069525;GSM5069531;GSM5069538	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	IIIB.DEnv	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1317	GSE166375	GSM5069514;GSM5069520;GSM5069527;GSM5069533;GSM5069540	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	none	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1318	GSE166375	GSM5069493;GSM5069496;GSM5069500;GSM5069503;GSM5069506	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	IIIB	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1319	GSE166375	GSM5069494;GSM5069497;GSM5069501;GSM5069504;GSM5069507	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	IIIB.DEnv	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1320	GSE166375	GSM5069495;GSM5069498;GSM5069502;GSM5069505;GSM5069508	4.5;8;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	none	Virus or bacterial infection					bulk CD4 T cells from donor B	Homo_sapiens	Microarray	34154423		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1321	GSE168071	GSM5127792;GSM5127796;GSM5127803;GSM5127810;GSM5127816;GSM5127819;GSM5127822;GSM5127825;GSM5127828;GSM5127831;GSM5127834;GSM5127837;GSM5127840;GSM5127843;GSM5127846	6;6;6;8;8;8;13;13;13;16;16;16;27;27;27	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	pancreatic development	Differentiation or development			HNF1B knockout			Homo_sapiens	RNA-Seq	34450036		GEO	No data preprocessing information
TCD1322	GSE168760	GSM5166974;GSM5166976;GSM5166978;GSM5166994;GSM5166993;GSM5166979	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1323	GSE168760	GSM5167082;GSM5167088;GSM5167083;GSM5167089;GSM5167087;GSM5167090	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1324	GSE168760	GSM5167047;GSM5167046;GSM5167045;GSM5167043;GSM5167049;GSM5167033	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1325	GSE168760	GSM5167006;GSM5167005;GSM5167004;GSM5167003;GSM5167000;GSM5166999	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1326	GSE168760	GSM5166990;GSM5166989;GSM5166987;GSM5166984;GSM5166986;GSM5166983	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1327	GSE168760	GSM5167092;GSM5167097;GSM5167098;GSM5167101;GSM5167095;GSM5167094	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1328	GSE168760	GSM5167064;GSM5167068;GSM5167066;GSM5167071;GSM5167065;GSM5167080	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1329	GSE168760	GSM5166967;GSM5166953;GSM5166971;GSM5166955;GSM5166973;GSM5166972	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
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TCD1331	GSE168760	GSM5167020;GSM5167016;GSM5167011;GSM5167010;GSM5167019;GSM5167018	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1332	GSE168760	GSM5166958;GSM5166966;GSM5166960;GSM5166965;GSM5166952;GSM5166964	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1333	GSE168760	GSM5167024;GSM5167027;GSM5167028;GSM5167030;GSM5167026;GSM5167031	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1334	GSE168760	GSM5167051;GSM5167037;GSM5167056;GSM5167050;GSM5167055;GSM5167052	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1335	GSE168760	GSM5166942;GSM5166946;GSM5166941;GSM5166945;GSM5166948;GSM5166939	1;3;7;14;21;28	0;1;2;3;4;5	day	treatments:1	Stress treatment					skin biopsy	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1336	GSE17018	GSM425711;GSM425712;GSM425713;GSM425714;GSM425715;GSM425716;GSM425717;GSM425718;GSM425719;GSM425720;GSM425721;GSM425722;GSM425723;GSM425724;GSM425725;GSM425726;GSM425727;GSM425728;GSM425729;GSM425730;GSM425731;GSM425732;GSM425733	2;2;2;4;4;4;6;6;6;9;9;9;12;12;12;18;18;18;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;7;7;7	hour	treated with 10 microM IM	Drug or reagent treatment	IM	10 microM			GIST-T1 Cell Line	Homo_sapiens	Microarray	19903850|23694699		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1337	GSE1704	GSM29538;GSM29539;GSM29540;GSM29541;GSM29542	1;3;6;9;24	0;1;2;3;4	hour		Drug or reagent treatment	bacteria supernatant	supernatant 10 %			Epithelial cells	Homo_sapiens	Microarray	15598879		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1338	GSE17109	GSM427913;GSM427914;GSM427915;GSM427916;GSM427917;GSM427918;GSM427919;GSM427920;GSM427921;GSM427922;GSM427923;GSM427924;GSM427925;GSM427926;GSM427927;GSM427928;GSM427929;GSM427930;GSM427931;GSM427932;GSM427933;GSM427934;GSM427935;GSM427936;GSM427937;GSM427938;GSM427939;GSM427940;GSM427941;GSM427942;GSM427943;GSM427944;GSM427945;GSM427946;GSM427947;GSM427948;GSM427949;GSM427950;GSM427951;GSM427952;GSM427953;GSM427954;GSM427955;GSM427956;GSM427957;GSM427960;GSM427958;GSM427961;GSM427959;GSM427962	0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;48;48;48;48;48;48;48;48;48;48	0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6	hour		Drug or reagent treatment	tetracycline				P493-6 B cells	Homo_sapiens	Microarray	20300622		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1339	GSE17109	GSM427963;GSM427964;GSM427965;GSM427970;GSM427971;GSM427972;GSM427973;GSM427974;GSM427975;GSM427976;GSM427977;GSM427978;GSM427979;GSM427980;GSM427981;GSM427982;GSM427983;GSM427984;GSM427985;GSM427986;GSM427987;GSM427988;GSM427989;GSM427990;GSM427991;GSM427992;GSM427993;GSM427994;GSM427995;GSM427996;GSM427997;GSM427998;GSM427999;GSM428000;GSM428001;GSM428002;GSM428007;GSM428010;GSM428008;GSM428011;GSM428009;GSM428012	0;0;0;0;0;0;0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;48;48;48;48;48;48	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6	hour		Drug or reagent treatment	tetracycline				P493-6 B cells	Homo_sapiens	Microarray	20300622		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1340	GSE173489	GSM5268586;GSM5268587;GSM5268588;GSM5268589;GSM5268590;GSM5268591;GSM5268592;GSM5268593;GSM5268594;GSM5268595;GSM5268596;GSM5268597;GSM5268598;GSM5268599;GSM5268600;GSM5268601	0;0;0;7;7;7;14;14;90;90;90;180;180;180;270;270	0;0;0;1;1;1;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5	day		Differentiation or development					10-22 KIR-EG	Homo_sapiens	RNA-Seq	34330844		GEO	No data preprocessing information
TCD1341	GSE173509	GSM5268961;GSM5268972;GSM5268981;GSM5268962;GSM5268973;GSM5268982;GSM5268963;GSM5268974;GSM5268983;GSM5268964;GSM5268975;GSM5268984;GSM5268965;GSM5268976;GSM5268985;GSM5268966;GSM5268986	3;3;3;6;6;6;9;9;9;12;12;12;15;15;15;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5	hour	cell-cycle entry in MCF10A cells	Drug or reagent treatment	DMSO				breast epithelial cell	Homo_sapiens	RNA-Seq	34037657		GEO	No data preprocessing information
TCD1342	GSE173644	GSM5272965;GSM5272966;GSM5272967;GSM5272968;GSM5272969;GSM5272970;GSM5272971;GSM5272972;GSM5272973;GSM5272974;GSM5272975;GSM5272976;GSM5272977;GSM5272978;GSM5272979;GSM5272980;GSM5272981;GSM5272982;GSM5272983;GSM5272984	0;0;0;0;30;30;30;30;60;60;60;60;120;120;120;120;360;360;360;360	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	minute	APRIL	Differentiation or development					Peripheral blood	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1343	GSE17539	GSM437335;GSM437333;GSM437331;GSM437337;GSM437339;GSM437340;GSM437341;GSM437345;GSM437346;GSM437344;GSM437343	3;3;7;14;14;28;28;42;42;56;56	0;0;1;2;2;3;3;4;4;5;5	day	transplantation to athymic mice	Stress treatment					cultured skin substitut	Homo_sapiens	Microarray	19798058		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1344	GSE175533	GSM5341008;GSM5341018;GSM5341028;GSM5341009;GSM5341019;GSM5341029;GSM5341010;GSM5341020;GSM5341030;GSM5341011;GSM5341021;GSM5341031;GSM5341012;GSM5341022;GSM5341032;GSM5341013;GSM5341023;GSM5341033;GSM5341014;GSM5341024;GSM5341034;GSM5341015;GSM5341025;GSM5341035;GSM5341016;GSM5341026;GSM5341036;GSM5341007;GSM5341017;GSM5341027	1;1;1;1.5;1.5;1.5;2;2;2;2.5;2.5;2.5;2.75;2.75;2.75;3;3;3;3.5;3.5;3.5;4;4;4;7;7;7;10;10;10	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	day		Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq	35119359		GEO	No data preprocessing information
TCD1345	GSE175533	GSM5340959;GSM5340960;GSM5340961;GSM5340962;GSM5340963;GSM5340964;GSM5340965;GSM5340966;GSM5340967;GSM5340968;GSM5340969;GSM5340970;GSM5340971;GSM5340972;GSM5340973;GSM5340974;GSM5340975;GSM5340976	1;1;1;2;2;2;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	timepoint		Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq	35119359		GEO	No data preprocessing information
TCD1346	GSE175533	GSM5341040;GSM5341041;GSM5341042;GSM5341043;GSM5341044;GSM5341045;GSM5341046;GSM5341047;GSM5341048;GSM5341049;GSM5341050;GSM5341051;GSM5341052;GSM5341053;GSM5341054	3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day		Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq	35119359		GEO	No data preprocessing information
TCD1347	GSE175533	GSM5340977;GSM5340978;GSM5340979;GSM5341004;GSM5341005;GSM5341006;GSM5340980;GSM5340981;GSM5340982;GSM5340983;GSM5340984;GSM5340985;GSM5340986;GSM5340987;GSM5340988;GSM5340989;GSM5340990;GSM5340991;GSM5340992;GSM5340993;GSM5340994;GSM5340998;GSM5340999;GSM5341000;GSM5340995;GSM5340996;GSM5340997;GSM5341001;GSM5341002;GSM5341003	1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	timepoint		Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq	35119359		GEO	No data preprocessing information
TCD1348	GSE175634	GSM5343015;GSM5343021;GSM5343027;GSM5343033;GSM5343040;GSM5343047;GSM5343054;GSM5343060;GSM5343066;GSM5343016;GSM5343022;GSM5343028;GSM5343034;GSM5343041;GSM5343048;GSM5343055;GSM5343061;GSM5343067;GSM5343017;GSM5343023;GSM5343029;GSM5343035;GSM5343042;GSM5343049;GSM5343056;GSM5343062;GSM5343068;GSM5343018;GSM5343024;GSM5343030;GSM5343036;GSM5343043;GSM5343050;GSM5343057;GSM5343063;GSM5343069;GSM5343019;GSM5343025;GSM5343031;GSM5343037;GSM5343044;GSM5343051;GSM5343058;GSM5343064;GSM5343070;GSM5343020;GSM5343026;GSM5343032;GSM5343038;GSM5343045;GSM5343052;GSM5343059;GSM5343065;GSM5343071;GSM5343039;GSM5343046;GSM5343053	1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6;6;6;6;7;7;7	0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;5;6;6;6	timepoint		Differentiation or development					differentiating iPSC-derived cardiomyocytes	Homo_sapiens	RNA-Seq	35061661		GEO	No data preprocessing information
TCD1349	GSE175779	GSM5346220;GSM5346229;GSM5346238;GSM5346247;GSM5346221;GSM5346230;GSM5346239;GSM5346248;GSM5346222;GSM5346231;GSM5346240;GSM5346249;GSM5346223;GSM5346232;GSM5346241;GSM5346250;GSM5346224;GSM5346233;GSM5346242;GSM5346251	0;0;0;0;24;24;24;24;48;48;48;48;72;72;72;72;96;96;96;96	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	hour	uninfected	Virus or bacterial infection					bronchial epithelial cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	34452468		GEO	No data preprocessing information
TCD1350	GSE17625	GSM440049;GSM440050;GSM440051;GSM440052;GSM440053;GSM440054	0;1;3;6;24;48	0;1;2;3;4;5	hour	THP-1 cell	Drug or reagent treatment					Caco-2 cells	Homo_sapiens	Microarray	20139600		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1351	GSE17708	GSM442029;GSM442027;GSM442034;GSM442032;GSM442033;GSM442028;GSM442035;GSM442036;GSM442037;GSM442038;GSM442039;GSM442040;GSM442041;GSM442042;GSM442043;GSM442044;GSM442045;GSM442046;GSM442047;GSM442048;GSM442049;GSM442050;GSM442051	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;24;24;24;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour		Drug or reagent treatment	TGFB1 protein	5 ng/mL			"Human A549 lung adenocarcinoma cell line, obtained from the American type Culture Collection (Manassas, VA)."	Homo_sapiens	Microarray	20007254		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1352	GSE17827	GSM444777;GSM444778;GSM444779;GSM444780;GSM444781	0;24;48;96;192	0;1;2;3;4	hour	MEIS1-shRNA induction	Drug or reagent treatment	doxycycline				neuroblastoma	Homo_sapiens	Microarray		neuroblastoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1353	GSE178827	GSM5398432;GSM5398433;GSM5398434;GSM5398435;GSM5398436;GSM5398437;GSM5398438;GSM5398439;GSM5398440;GSM5398441;GSM5398442;GSM5398443;GSM5398444;GSM5398445;GSM5398446	0;0;3;3;6;6;9;9;12;12;15;30;30;45;45	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;6;6;7;7	minute		Drug or reagent treatment	50 ng/mL PMA and 1 uM Ionomycin	50 ng/mL;1 uM			Jurkat T-cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	35007289		GEO	No data preprocessing information
TCD1354	GSE179028	GSM4910224;GSM4910225;GSM4910226;GSM4910227;GSM4910228;GSM4910229;GSM4910230;GSM4910231;GSM4910232;GSM4910233;GSM4910234;GSM4910235;GSM4910236;GSM4910237;GSM4910238;GSM4910239;GSM4910240;GSM4910241;GSM4910242;GSM4910243;GSM4910244;GSM4910245;GSM4910246;GSM4910247	24;26;28;30;32;34;36;38;40;42;44;46;48;50;52;54;56;58;60;62;64;66;68;70	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23	hour		Drug or reagent treatment	dexamethasone				Intestinal Enteroid	Homo_sapiens	RNA-Seq	34704277		GEO	No data preprocessing information
TCD1355	GSE179835	GSM5434883;GSM5434884;GSM5434919;GSM5434920;GSM5434923;GSM5434924;GSM5434926;GSM5434927;GSM5434930;GSM5434931	0;0;12;12;24;24;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	siZEB1	Differentiation or development					CD4+ T cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	34433042		GEO	No data preprocessing information
TCD1356	GSE180697	GSM5468275;GSM5468277;GSM5468279;GSM5468281;GSM5468283;GSM5468285	0.5;1;2;3;5;7	1;2;3;4;5;6	day	allergen challenged	Drug or reagent treatment	birch pollen extract	10 娓璯/mL			PBMC	Homo_sapiens	RNA-Seq	35513850		GEO	No data preprocessing information
TCD1357	GSE180697	GSM5468276;GSM5468278;GSM5468280;GSM5468282;GSM5468284;GSM5468286	0.5;1;2;3;5;7	0;1;2;3;4;5	day	diluent	Drug or reagent treatment					PBMC	Homo_sapiens	RNA-Seq	35513850		GEO	No data preprocessing information
TCD1358	GSE180697	GSM5468288;GSM5468290;GSM5468292;GSM5468294;GSM5468296;GSM5468298	0.5;1;2;3;5;7	1;2;3;4;5;6	day	allergen challenged	Drug or reagent treatment	birch pollen extract	10 娓璯/mL			PBMC	Homo_sapiens	RNA-Seq	35513850		GEO	No data preprocessing information
TCD1359	GSE180697	GSM5468289;GSM5468291;GSM5468293;GSM5468295;GSM5468297;GSM5468299	0.5;1;2;3;5;7	0;1;2;3;4;5	day	diluent	Drug or reagent treatment					PBMC	Homo_sapiens	RNA-Seq	35513850		GEO	No data preprocessing information
TCD1360	GSE180697	GSM5468301;GSM5468303;GSM5468305;GSM5468307;GSM5468309;GSM5468311	0.5;1;2;3;5;7	1;2;3;4;5;6	day	allergen challenged	Drug or reagent treatment	birch pollen extract	10 娓璯/mL			PBMC	Homo_sapiens	RNA-Seq	35513850		GEO	No data preprocessing information
TCD1361	GSE180697	GSM5468302;GSM5468304;GSM5468306;GSM5468308;GSM5468310;GSM5468312	0.5;1;2;3;5;7	0;1;2;3;4;5	day	diluent	Drug or reagent treatment					PBMC	Homo_sapiens	RNA-Seq	35513850		GEO	No data preprocessing information
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TCD1448	GSE19392	GSM528701;GSM528702;GSM528703;GSM528704;GSM528707;GSM528708;GSM528705;GSM528706;GSM528713;GSM528714;GSM528715;GSM528716;GSM528717;GSM528718;GSM528720;GSM528719;GSM528709;GSM528710;GSM528711;GSM528712	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;4;4;6;6;8;8;12;12;18;18	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9	hour	HBEs transfected with vRNA LTX+RNA	Virus or bacterial infection					Human bronchial epithelial cells (HBE)	Homo_sapiens	Microarray	20064372		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1449	GSE19392	GSM528681;GSM528682;GSM528683;GSM528684;GSM528687;GSM528688;GSM528685;GSM528686;GSM528693;GSM528694;GSM528695;GSM528696;GSM528697;GSM528698;GSM528700;GSM528699;GSM528689;GSM528690;GSM528691;GSM528692	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;4;4;6;6;8;8;12;12;18;18	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9	hour	HBEs treated with IFNb IFN	Virus or bacterial infection					Human bronchial epithelial cells (HBE)	Homo_sapiens	Microarray	20064372		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1450	GSE19392	GSM528721;GSM528722;GSM528723;GSM528724;GSM528727;GSM528728;GSM528725;GSM528726;GSM528733;GSM528734;GSM528735;GSM528736;GSM528737;GSM528738;GSM528729;GSM528730;GSM528731;GSM528732	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;4;4;6;6;8;8;12;12;18;18	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8	hour	HBEs treated with LTX transfection reagent LTX	Virus or bacterial infection					Human bronchial epithelial cells (HBE)	Homo_sapiens	Microarray	20064372		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1451	GSE19392	GSM528739;GSM528740;GSM528742;GSM528741;GSM528745;GSM528746;GSM528743;GSM528744;GSM528751;GSM528752;GSM528753;GSM528754;GSM528756;GSM528755;GSM528757;GSM528758;GSM528747;GSM528748;GSM528749;GSM528750	0.25;0.25;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;4;4;6;6;8;8;12;12;18;18	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9	hour	HBEs treated with media alone MockIFN	Virus or bacterial infection					Human bronchial epithelial cells (HBE)	Homo_sapiens	Microarray	20064372		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1452	GSE194345	GSM5833927;GSM5833930;GSM5833934;GSM5833938;GSM5833942;GSM5833946	0;3;6;12;24;48	0;1;2;3;4;5	hour		Drug or reagent treatment					HUDEP2 cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	35839780		GEO	No data preprocessing information
TCD1453	GSE194345	GSM5833931;GSM5833935;GSM5833939;GSM5833943;GSM5833947	3;6;12;24;48	0;1;2;3;4	hour		Drug or reagent treatment	dTAG47				HUDEP2 cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	35839780		GEO	No data preprocessing information
TCD1454	GSE194345	GSM5833926;GSM5833928;GSM5833932;GSM5833936;GSM5833940;GSM5833944	0;3;6;12;24;48	0;1;2;3;4;5	hour		Drug or reagent treatment					HUDEP2 cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	35839780		GEO	No data preprocessing information
TCD1455	GSE194345	GSM5833929;GSM5833933;GSM5833937;GSM5833941;GSM5833945	3;6;12;24;48	0;1;2;3;4	hour		Drug or reagent treatment	dTAG47				HUDEP2 cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	35839780		GEO	No data preprocessing information
TCD1456	GSE195541	GSM5840080;GSM5840114;GSM5840148;GSM5840084;GSM5840118;GSM5840152;GSM5840088;GSM5840122;GSM5840156;GSM5840092;GSM5840126;GSM5840160;GSM5840096;GSM5840130;GSM5840164;GSM5840100;GSM5840134;GSM5840168;GSM5840104;GSM5840138;GSM5840172;GSM5840108;GSM5840142;GSM5840176	1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;48;48;48;72;72;72;96;96;96	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour		Drug or reagent treatment	con	500U/ml			primary T cells	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1457	GSE195541	GSM5840081;GSM5840115;GSM5840149;GSM5840085;GSM5840119;GSM5840153;GSM5840089;GSM5840123;GSM5840157;GSM5840093;GSM5840127;GSM5840161;GSM5840097;GSM5840131;GSM5840165;GSM5840101;GSM5840135;GSM5840169;GSM5840105;GSM5840139;GSM5840173;GSM5840109;GSM5840143;GSM5840177	1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;48;48;48;72;72;72;96;96;96	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour		Drug or reagent treatment	IFNb	500U/ml			primary T cells	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1458	GSE195541	GSM5840082;GSM5840116;GSM5840150;GSM5840086;GSM5840120;GSM5840154;GSM5840090;GSM5840124;GSM5840158;GSM5840094;GSM5840128;GSM5840162;GSM5840098;GSM5840132;GSM5840166;GSM5840102;GSM5840136;GSM5840170;GSM5840106;GSM5840140;GSM5840174;GSM5840110;GSM5840144;GSM5840178	1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;48;48;48;72;72;72;96;96;96	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour		Drug or reagent treatment	con	500U/ml			primary T cells	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1459	GSE195541	GSM5840083;GSM5840117;GSM5840151;GSM5840087;GSM5840121;GSM5840155;GSM5840091;GSM5840125;GSM5840159;GSM5840095;GSM5840129;GSM5840163;GSM5840099;GSM5840133;GSM5840167;GSM5840103;GSM5840137;GSM5840171;GSM5840107;GSM5840141;GSM5840175;GSM5840111;GSM5840145;GSM5840179	1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;48;48;48;72;72;72;96;96;96	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour		Drug or reagent treatment	IFNb	500U/ml			primary T cells	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1460	GSE19765	GSM493594;GSM493599;GSM493595;GSM493600;GSM493596;GSM493601;GSM493597;GSM493602;GSM493598;GSM493603	0;0;0.5;0.5;2;2;6;6;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour		Drug or reagent treatment	LPS	10 ng/ml			monocyte-derived macrophages	Homo_sapiens	Microarray	22451944		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1461	GSE200200	GSM6021915;GSM6021916;GSM6021917;GSM6021918;GSM6021919;GSM6021920;GSM6021921;GSM6021922;GSM6021923;GSM6021924;GSM6021925;GSM6021926;GSM6021927;GSM6021928;GSM6021929;GSM6021930	0;0;6;6;18;18;24;24;36;36;48;48;72;72;144;144	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour		Drug or reagent treatment	cAMP;PAM				telomerase-transformed human endometrial stromal cells (T-HESC)	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1462	GSE20045	GSM503908;GSM503909;GSM503910;GSM503911;GSM503912;GSM503913;GSM503914;GSM503915	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	hESC (H1) differentiate	Differentiation or development					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Homo_sapiens	Microarray	21112566		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1463	GSE20134	GSM503870;GSM503871;GSM503872;GSM503873;GSM503874	0;2;6;12;20	0;1;2;3;4	hour	treatment with HY and irradiation then cultured	Drug or reagent treatment	HY	20 娓璯/ml			CNE-2	Homo_sapiens	Microarray	20551295		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1464	GSE201354	GSM6061799;GSM6061800;GSM6061801;GSM6061802;GSM6061803;GSM6061804;GSM6061805;GSM6061806;GSM6061807;GSM6061808;GSM6061809;GSM6061810;GSM6061811;GSM6061812;GSM6061813;GSM6061814	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;4;4;6;6;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour		Drug or reagent treatment	LPS;IFNg	10 ng/mL;20 ng/mL			resting macrophages	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1465	GSE202292	GSM6107890;GSM6107891;GSM6107892;GSM6107893;GSM6107894;GSM6107895	0;2;4;6;8;10	0;1;2;3;4;5	hour		Drug or reagent treatment	4-thiouridine (4sU)	10mM			Hematopoietic	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1466	GSE203284	GSM6165909;GSM6165910;GSM6165911;GSM6165913;GSM6165914;GSM6165915;GSM6165921;GSM6165922;GSM6165923;GSM6165925;GSM6165926;GSM6165927;GSM6165917;GSM6165918;GSM6165919	0.5;0.5;0.5;1;1;1;4;4;4;8;8;8;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	high glucose	Drug or reagent treatment	D-glucose	25 mM			Human Aortic Endothelial Cell	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1467	GSE203284	GSM6165928;GSM6165929;GSM6165930;GSM6165931;GSM6165932;GSM6165933;GSM6165934;GSM6165935;GSM6165936;GSM6165937;GSM6165938;GSM6165939;GSM6165944;GSM6165945;GSM6165946;GSM6165947;GSM6165948;GSM6165949;GSM6165950;GSM6165951;GSM6165940;GSM6165941;GSM6165942;GSM6165943	0;0;0;0;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;4;4;4;4;8;8;8;8;24;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	normal	Drug or reagent treatment	D-glucose	5.5 mM			Human Aortic Endothelial Cell	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1468	GSE2046	GSM37157;GSM37159;GSM37161;GSM37167;GSM37169;GSM37171;GSM37173;GSM37175;GSM37177;GSM37180;GSM37182;GSM37184;GSM37186;GSM37188;GSM37190;GSM37192;GSM37194;GSM37196;GSM37198;GSM37200;GSM37202	0;0;0;0.25;0.25;0.25;0.5;0.5;0.5;1;1;1;3;3;3;6;6;6;16;16;16	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	conditionned medium	Drug or reagent treatment	pro-inflammatory cytokine				Hep3B cell line	Homo_sapiens	Microarray	16175611		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1469	GSE2046	GSM37158;GSM37160;GSM37162;GSM37168;GSM37170;GSM37172;GSM37174;GSM37176;GSM37178;GSM37181;GSM37183;GSM37185;GSM37187;GSM37189;GSM37191;GSM37193;GSM37195;GSM37197;GSM37199;GSM37201;GSM37203	0;0;0;0.25;0.25;0.25;0.5;0.5;0.5;1;1;1;3;3;3;6;6;6;16;16;16	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	non conditionned medium	Drug or reagent treatment	pro-inflammatory cytokine				Hep3B cell line	Homo_sapiens	Microarray	16175611		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1470	GSE20549	GSM516315;GSM516316;GSM516317;GSM516321;GSM516322;GSM516323;GSM516324;GSM516325;GSM516326;GSM516327;GSM516328;GSM516329;GSM516330;GSM516331;GSM516332;GSM516333;GSM516334;GSM516335	0;0;0;2;2;2;4;4;4;8;8;8;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour		Drug or reagent treatment	ionizing radiation (IR)	2 Gy			lung carcinoma cell H460	Homo_sapiens	Microarray		lung carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1471	GSE20549	GSM516336;GSM516337;GSM516338;GSM516342;GSM516343;GSM516344;GSM516345;GSM516346;GSM516347;GSM516348;GSM516349;GSM516350;GSM516351;GSM516352;GSM516353;GSM516354;GSM516355;GSM516356	0;0;0;2;2;2;4;4;4;8;8;8;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour		Drug or reagent treatment	ionizing radiation (IR)	2 Gy			lung carcinoma cell H1299	Homo_sapiens	Microarray		lung carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1472	GSE206048	GSM6240824;GSM6240825;GSM6240826;GSM6240827;GSM6240828;GSM6240829	0;2;4;6;8;10	0;1;2;3;4;5	day	iPSC differentiation	Differentiation or development					1231A3 iPSC	Homo_sapiens	RNA-Seq	36109564		GEO	No data preprocessing information
TCD1473	GSE206082	GSM6241432;GSM6241433;GSM6241434;GSM6241424;GSM6241425;GSM6241435;GSM6241436;GSM6241437;GSM6241438;GSM6241439;GSM6241440;GSM6241426;GSM6241427;GSM6241441;GSM6241442;GSM6241443;GSM6241428;GSM6241429;GSM6241430;GSM6241431	1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;4;7;8;8;12;12	0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;5;5;6;6	hour	trans-differentiation of primary human monocytes activated by surface-adsorption into macrophages	Differentiation or development					Human monocyte-derived macrophages	Homo_sapiens	RNA-Seq	36555471		GEO	No data preprocessing information
TCD1474	GSE2077	GSM37930;GSM37936;GSM37943;GSM37931;GSM37937;GSM37944;GSM37932;GSM37938;GSM37945;GSM37933;GSM37939;GSM37946;GSM37934;GSM37940;GSM37947	6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	infected with Cryptosporidium parvum	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1475	GSE20948	GSM523800;GSM523801;GSM523803;GSM523804;GSM523806;GSM523807;GSM523809;GSM523810;GSM523812;GSM523813	6;6;12;12;18;18;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	JFH-1 Infected	Virus or bacterial infection					Huh7 cells	Homo_sapiens	Microarray	20200238		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1476	GSE20948	GSM523814;GSM523815;GSM523817;GSM523818;GSM523820;GSM523821;GSM523823;GSM523824;GSM523826;GSM523827	6;6;12;12;18;18;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	Mock Infected	Virus or bacterial infection					Huh7 cells	Homo_sapiens	Microarray	20200238		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1477	GSE21059	GSM526606;GSM526607;GSM526608;GSM526609;GSM526618;GSM526619;GSM526620;GSM526621;GSM526630;GSM526631;GSM526632;GSM526633;GSM526642;GSM526643;GSM526644;GSM526645;GSM526654;GSM526655;GSM526656;GSM526657;GSM526666;GSM526667;GSM526668;GSM526669	0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;2;2;2;2;4;4;4;4;6;6;6;6;24;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	irradiated	Drug or reagent treatment	4He ions	50 cGy			Lung fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	21205307		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1478	GSE21059	GSM526610;GSM526611;GSM526612;GSM526613;GSM526622;GSM526623;GSM526624;GSM526625;GSM526634;GSM526635;GSM526636;GSM526637;GSM526646;GSM526647;GSM526648;GSM526649;GSM526658;GSM526659;GSM526660;GSM526661;GSM526670;GSM526671;GSM526672;GSM526673	0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;2;2;2;2;4;4;4;4;6;6;6;6;24;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	bystander	Drug or reagent treatment	4He ions	50 cGy			Lung fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	21205307		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1479	GSE21059	GSM526614;GSM526615;GSM526616;GSM526617;GSM526626;GSM526627;GSM526628;GSM526629;GSM526638;GSM526639;GSM526640;GSM526641;GSM526650;GSM526651;GSM526652;GSM526653;GSM526662;GSM526663;GSM526664;GSM526665;GSM526674;GSM526675;GSM526676;GSM526677	0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;2;2;2;2;4;4;4;4;6;6;6;6;24;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	not irradiated	Drug or reagent treatment	4He ions	50 cGy			Lung fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	21205307		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1480	GSE21245	GSM531036;GSM531039;GSM531040;GSM531041;GSM531042;GSM531043;GSM531037;GSM531044;GSM531038;GSM531045	0;60;120;240;480;960;20;1440;40;2880	0;3;4;5;6;7;1;8;2;9	minute	dihydrotestosterone (DHT)	Drug or reagent treatment	dihydrotestosterone (DHT)	10 nM			LNCaP cell line	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1481	GSE213386	GSM6585403;GSM6585411;GSM6585404;GSM6585412;GSM6585405;GSM6585413;GSM6585406;GSM6585414;GSM6585407;GSM6585415;GSM6585408;GSM6585416;GSM6585409;GSM6585417;GSM6585410;GSM6585418	0;0;30;30;90;90;180;180;360;360;1440;1440;2880;2880;4320;4320	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	minute	treated with PMA to differenitate into a megakaryocyte-like state	Differentiation or development	PMA					Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1482	GSE2144	GSM38763;GSM38764;GSM38765;GSM38766;GSM38767;GSM38768;GSM38769;GSM38770;GSM38771;GSM38772	0;0;30;30;120;120;180;180;240;240	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	minute	low pH	Drug or reagent treatment	pH 6.5				SKGT4 cell line	Homo_sapiens	Microarray	16113055		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1483	GSE21904	GSM544796;GSM544797;GSM544798;GSM544799;GSM544800;GSM544801;GSM544802;GSM544803;GSM544804;GSM544805	4;4;8;8;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour		Drug or reagent treatment					HepG2	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1484	GSE21904	GSM544806;GSM544807;GSM544808;GSM544809;GSM544810;GSM544811;GSM544812;GSM544813;GSM544814;GSM544815	4;4;8;8;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	QD655	Drug or reagent treatment	QD655	50 nM			HepG2	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1485	GSE21904	GSM544816;GSM544817;GSM544818;GSM544819;GSM544820;GSM544821;GSM544822;GSM544823;GSM544824;GSM544825	4;4;8;8;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	QD705	Drug or reagent treatment	QD705	50 nM			HepG2	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1486	GSE21989	GSM546908;GSM546909;GSM546910;GSM546911;GSM546912;GSM546913;GSM546914	0;0;40;100;200;340;440	0;0;1;2;3;4;5	minute		Drug or reagent treatment					Normal Human Umbilical Vein Endothelial Cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1487	GSE21989	GSM546915;GSM546916;GSM546917;GSM546918;GSM546919	40;100;200;340;440	0;1;2;3;4	minute	insulin (Calbiochem-Inalco Spa)	Drug or reagent treatment	insulin (Calbiochem-Inalco Spa)	1 mU/ml (7 nM)			Normal Human Umbilical Vein Endothelial Cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1488	GSE221103	GSM6845324;GSM6845352;GSM6845325;GSM6845353;GSM6845326;GSM6845354;GSM6845327;GSM6845355;GSM6845328;GSM6845356;GSM6845329;GSM6845357;GSM6845330;GSM6845358;GSM6845331;GSM6845359;GSM6845332;GSM6845360;GSM6845333;GSM6845361;GSM6845334;GSM6845362;GSM6845335;GSM6845363;GSM6845336;GSM6845364;GSM6845337;GSM6845365	24;24;28;28;32;32;36;36;40;40;44;44;48;48;52;52;56;56;60;60;64;64;68;68;72;72;76;76	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13	circadian_time	collected after dexamethasone treatment	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	RNA-Seq		neuroblastoma cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD1489	GSE221103	GSM6845338;GSM6845366;GSM6845339;GSM6845367;GSM6845340;GSM6845368;GSM6845341;GSM6845369;GSM6845342;GSM6845370;GSM6845343;GSM6845371;GSM6845344;GSM6845372;GSM6845345;GSM6845373;GSM6845346;GSM6845374;GSM6845347;GSM6845375;GSM6845348;GSM6845376;GSM6845349;GSM6845377;GSM6845350;GSM6845378;GSM6845351;GSM6845379	24;24;28;28;32;32;36;36;40;40;44;44;48;48;52;52;56;56;60;60;64;64;68;68;72;72;76;76	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13	circadian_time	collected after dexamethasone treatment	Drug or reagent treatment				4-hydroxytamoxifen		Homo_sapiens	RNA-Seq		neuroblastoma cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD1490	GSE221103	GSM6845380;GSM6845381;GSM6845382;GSM6845383;GSM6845384;GSM6845385;GSM6845386;GSM6845387;GSM6845388;GSM6845389;GSM6845390;GSM6845391;GSM6845392;GSM6845393	24;28;32;36;40;44;48;52;56;60;64;68;72;76	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13	circadian_time	collected after dexamethasone treatment	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	RNA-Seq		neuroblastoma cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD1491	GSE221103	GSM6845394;GSM6845395;GSM6845396;GSM6845397;GSM6845398;GSM6845399;GSM6845400;GSM6845401;GSM6845402;GSM6845403;GSM6845404;GSM6845405;GSM6845406	24;28;32;36;40;44;48;52;56;60;64;68;72	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	circadian_time	collected after dexamethasone treatment	Drug or reagent treatment				4-hydroxytamoxifen		Homo_sapiens	RNA-Seq		neuroblastoma cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD1492	GSE221173	GSM6849288;GSM6849318;GSM6849319;GSM6849289;GSM6849320;GSM6849321;GSM6849290;GSM6849322;GSM6849323;GSM6849292;GSM6849324;GSM6849325;GSM6849293;GSM6849326;GSM6849327;GSM6849294;GSM6849329;GSM6849330;GSM6849295;GSM6849331;GSM6849332;GSM6849296;GSM6849333;GSM6849334;GSM6849297;GSM6849335;GSM6849336;GSM6849298;GSM6849337;GSM6849339;GSM6849300;GSM6849340;GSM6849341;GSM6849301;GSM6849342;GSM6849343;GSM6849302;GSM6849344	24;24;26;28;28;30;32;32;34;36;36;38;40;40;42;44;44;46;48;48;50;52;52;54;56;56;58;60;60;62;64;64;66;68;68;70;72;72	0;0;1;2;2;3;4;4;5;6;6;7;8;8;9;10;10;11;12;12;13;14;14;15;16;16;17;18;18;19;20;20;21;22;22;23;24;24	circadian_time	collected after dexamethasone treatment	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	RNA-Seq		osteosarcoma cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD1493	GSE221173	GSM6849303;GSM6849345;GSM6849346;GSM6849304;GSM6849348;GSM6849349;GSM6849305;GSM6849350;GSM6849351;GSM6849306;GSM6849352;GSM6849353;GSM6849307;GSM6849354;GSM6849355;GSM6849309;GSM6849357;GSM6849358;GSM6849310;GSM6849359;GSM6849360;GSM6849311;GSM6849361;GSM6849362;GSM6849312;GSM6849363;GSM6849365;GSM6849313;GSM6849366;GSM6849367;GSM6849314;GSM6849368;GSM6849369;GSM6849315;GSM6849370;GSM6849371;GSM6849316;GSM6849372	24;24;26;28;28;30;32;32;34;36;36;38;40;40;42;44;44;46;48;48;50;52;52;54;56;56;58;60;60;62;64;64;66;68;68;70;72;72	0;0;1;2;2;3;4;4;5;6;6;7;8;8;9;10;10;11;12;12;13;14;14;15;16;16;17;18;18;19;20;20;21;22;22;23;24;24	circadian_time	collected after dexamethasone treatment	Drug or reagent treatment				4-hydroxytamoxifen		Homo_sapiens	RNA-Seq		osteosarcoma cancer	GEO	No data preprocessing information
TCD1494	GSE22298	GSM555039;GSM555040;GSM555041;GSM555042;GSM555043	1;4;24;48;72	0;1;2;3;4	hour		Drug or reagent treatment					keratinocytes	Homo_sapiens	Microarray	19388012|20443817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1495	GSE22298	GSM555044;GSM555045;GSM555046;GSM555047;GSM555048	1;4;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	Retinoic Acid	Drug or reagent treatment	Retinoic Acid	1 mM			keratinocytes	Homo_sapiens	Microarray	19388012|20443817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1496	GSE22298	GSM555049;GSM555050;GSM555051;GSM555052;GSM555053	1;4;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	T3	Drug or reagent treatment	T3	1 mM			keratinocytes	Homo_sapiens	Microarray	19388012|20443817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1497	GSE144660	GSM4292989;GSM4292990;GSM4292991;GSM4292992;GSM4292993;GSM4292994;GSM4292995;GSM4292996;GSM4292997;GSM4292998;GSM4292999;GSM4293000;GSM4293001;GSM4293002;GSM4293003	0;0;0;1;1;1;4;4;4;8;8;8;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	treated with dexamethasone (DEX)	Drug or reagent treatment	dexamethasone (DEX)	3 uL 100 uM	CEBPD overexpression		adenocarcinomic human alveolar basal epithelial cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	33513136		GEO	No data preprocessing information
TCD1498	GSE22875	GSM565176;GSM565182;GSM565188;GSM565177;GSM565183;GSM565189;GSM565178;GSM565184;GSM565190;GSM565179;GSM565185;GSM565191;GSM565180;GSM565186;GSM565192;GSM565181;GSM565187;GSM565193	0;0;0;8;8;8;16;16;16;24;24;24;48;48;48;96;96;96	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	doxycycline	Drug or reagent treatment					D425	Homo_sapiens	Microarray	21964830		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1499	GSE22875	GSM565194;GSM565195;GSM565196;GSM565197;GSM565198;GSM565199	0;8;16;24;48;96	0;1;2;3;4;5	hour		Drug or reagent treatment					D425	Homo_sapiens	Microarray	21964830		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1500	GSE2296	GSM41887;GSM41914;GSM41935;GSM41890;GSM41917;GSM41936;GSM41893;GSM41920;GSM41937;GSM41896;GSM41923;GSM41938;GSM41899;GSM41925;GSM41939;GSM41902;GSM41927;GSM41940;GSM41905;GSM41929;GSM41941;GSM41908;GSM41931;GSM41942;GSM41911;GSM41933;GSM41943	0;0;0;1;1;1;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;12;12;12;16;16;16;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	wild type Vpr	Gene editing					Blank cells	Homo_sapiens	Microarray	16103188		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1501	GSE2296	GSM41888;GSM41859;GSM41870;GSM41894;GSM41860;GSM41871;GSM41900;GSM41861;GSM41872;GSM41903;GSM41862;GSM41873;GSM41906;GSM41863;GSM41883;GSM41909;GSM41864;GSM41884;GSM41915;GSM41865;GSM41885;GSM41918;GSM41866;GSM41886;GSM41921;GSM41867;GSM41868	0;0;0;1;1;1;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;12;12;12;16;16;16;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	R80A-Vpr	Gene editing					Blank cells	Homo_sapiens	Microarray	16103188		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1502	GSE2296	GSM41889;GSM41892;GSM41874;GSM41895;GSM41898;GSM41876;GSM41901;GSM41904;GSM41877;GSM41907;GSM41910;GSM41878;GSM41913;GSM41916;GSM41879;GSM41919;GSM41922;GSM41880;GSM41924;GSM41926;GSM41881;GSM41928;GSM41930;GSM41869;GSM41932;GSM41934;GSM41882	0;0;0;1;1;1;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;12;12;12;16;16;16;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	F72A/R73A-Vpr	Gene editing					Blank cells	Homo_sapiens	Microarray	16103188		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1503	GSE23067	GSM568889;GSM568897;GSM568905;GSM568890;GSM568898;GSM568906;GSM568891;GSM568899;GSM568907;GSM568892;GSM568900;GSM568908;GSM568893;GSM568901;GSM568909;GSM568894;GSM568902;GSM568910;GSM568895;GSM568903;GSM568911;GSM568896;GSM568904;GSM568912	0;0;0;0.5;0.5;0.5;1.5;1.5;1.5;3;3;3;6;6;6;9;9;9;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour	serum withdrawal time	Drug or reagent treatment					HUVEC isolates	Homo_sapiens	Microarray	23324451		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1504	GSE23772	GSM586718;GSM586719;GSM586720;GSM586721;GSM586722;GSM586723;GSM586727;GSM586728;GSM586729;GSM586733;GSM586734;GSM586735;GSM586739;GSM586740;GSM586741;GSM586745;GSM586746;GSM586747;GSM586751;GSM586752;GSM586753	0;0;0;0.25;0.25;0.25;1;1;1;1.25;1.25;1.25;3;3;3;6;6;6;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour		Drug or reagent treatment					A498 cells	Homo_sapiens	Microarray	23505537		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1505	GSE23772	GSM586757;GSM586758;GSM586759;GSM586760;GSM586761;GSM586762;GSM586766;GSM586767;GSM586768;GSM586772;GSM586773;GSM586774;GSM586778;GSM586779;GSM586780;GSM586784;GSM586785;GSM586786;GSM586790;GSM586791;GSM586792	0;0;0;0.25;0.25;0.25;1;1;1;1.25;1.25;1.25;3;3;3;6;6;6;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour		Drug or reagent treatment					human renal tubular epithelial cells (HRTEC)	Homo_sapiens	Microarray	23505537		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1506	GSE23772	GSM586724;GSM586725;GSM586726;GSM586730;GSM586731;GSM586732;GSM586736;GSM586737;GSM586738;GSM586742;GSM586743;GSM586744;GSM586748;GSM586749;GSM586750;GSM586754;GSM586755;GSM586756	0.25;0.25;0.25;1;1;1;1.25;1.25;1.25;3;3;3;6;6;6;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	HAMLET	Drug or reagent treatment	HAMLET	0.3mM			A498 cells	Homo_sapiens	Microarray	23505537		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1507	GSE23772	GSM586763;GSM586764;GSM586765;GSM586769;GSM586770;GSM586771;GSM586775;GSM586776;GSM586777;GSM586781;GSM586782;GSM586783;GSM586787;GSM586788;GSM586789;GSM586793;GSM586794;GSM586795	0.25;0.25;0.25;1;1;1;1.25;1.25;1.25;3;3;3;6;6;6;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	HAMLET	Drug or reagent treatment	HAMLET	0.3mM			human renal tubular epithelial cells (HRTEC)	Homo_sapiens	Microarray	23505537		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1508	GSE2386	GSM44956;GSM44957;GSM44958;GSM44959;GSM44960;GSM44961;GSM44962;GSM44963;GSM44964;GSM44965	0;0;30;30;60;60;120;120;480;480	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	minute	High Leu	Drug or reagent treatment	High Leu	2.0mM			Human Liver Cell Line THLE-3	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1509	GSE2386	GSM44945;GSM44947;GSM44948;GSM44949;GSM44950;GSM44951;GSM44952;GSM44953;GSM44954;GSM44955	0;0;30;30;60;60;120;120;480;480	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	minute	Low Leu	Drug or reagent treatment	Low Leu	0.1mM			Human Liver Cell Line THLE-3	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1510	GSE2405	GSM45217;GSM45210;GSM45224;GSM45211;GSM45225;GSM45218;GSM45214;GSM45227;GSM45221;GSM45222;GSM45215;GSM45230;GSM45235;GSM45228;GSM45233;GSM45223;GSM45216;GSM45212;GSM45219;GSM45229;GSM45220;GSM45226;GSM45232;GSM45234;GSM45213	0;0;0;1.5;1.5;1.5;3;3;3;6;6;9;9;9;9;9;9;12;12;24;24;24;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;6;6;6;6;6;6	hour	response to exposure to Anaplasma phagocytophilum or Staphylococcus aureus	Virus or bacterial infection					polymorphonuclear leukocyte	Homo_sapiens	Microarray		Anaplasma phagocytophilum	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1511	GSE2405	GSM45254;GSM45261;GSM45255;GSM45262;GSM45268;GSM45258;GSM45270;GSM45265;GSM45259;GSM45266;GSM45271;GSM45273;GSM45275;GSM45277;GSM45267;GSM45260;GSM45263;GSM45256;GSM45257;GSM45276;GSM45264;GSM45269;GSM45274;GSM45272	0;0;1.5;1.5;1.5;3;3;3;6;6;9;9;9;9;9;9;12;12;24;24;24;24;24;24	0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;6;6;6;6;6;6	hour		Virus or bacterial infection					polymorphonuclear leukocyte	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1512	GSE24403	GSM601439;GSM601440;GSM601441;GSM601442;GSM601443;GSM601444;GSM601445;GSM601446	0;0;0;2;4;8;12;24	0;0;0;1;2;3;4;5	hour	IL13	Drug or reagent treatment	IL13	50nM			dermal fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	22245215		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1513	GSE24409	GSM601484;GSM601485;GSM601486;GSM601487;GSM601488;GSM601489;GSM601490;GSM601491	0;0;0;2;4;8;12;24	0;0;0;1;2;3;4;5	hour	IL4	Drug or reagent treatment	IL4	50nM			dermal fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	22245215		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1514	GSE25011	GSM614391;GSM614392;GSM614393;GSM614394;GSM614395;GSM614396	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1515	GSE25011	GSM614399;GSM614400;GSM614401;GSM614402;GSM614403;GSM614404	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1516	GSE25011	GSM614407;GSM614408;GSM614409;GSM614410;GSM614411;GSM614412	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1517	GSE25011	GSM614415;GSM614416;GSM614417;GSM614418;GSM614419;GSM614420	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1518	GSE25011	GSM614421;GSM614422;GSM614423;GSM614424;GSM614425;GSM614426	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1519	GSE25011	GSM614429;GSM614430;GSM614431;GSM614432;GSM614433;GSM614434	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1520	GSE25011	GSM614437;GSM614438;GSM614439;GSM614440;GSM614441;GSM614442	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1521	GSE25011	GSM614445;GSM614446;GSM614447;GSM614448;GSM614449;GSM614450	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1522	GSE25011	GSM614453;GSM614454;GSM614455;GSM614456;GSM614457;GSM614458	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1523	GSE25011	GSM614461;GSM614462;GSM614463;GSM614464;GSM614465;GSM614466	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1524	GSE25011	GSM614469;GSM614470;GSM614471;GSM614472;GSM614473;GSM614474	0;20;40;60;120;180	0;1;2;3;4;5	minute	ischemic time	Stress treatment					breast	Homo_sapiens	Microarray	22034635|24602449	breast cancer	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1525	GSE25137	GSM617794;GSM617795;GSM617796;GSM617797;GSM617798;GSM617799;GSM617800;GSM617801;GSM617802;GSM617803;GSM617804;GSM617805;GSM617806;GSM617807;GSM617808;GSM617809;GSM617810;GSM617811;GSM617812;GSM617813;GSM617814;GSM617815;GSM617816;GSM617817;GSM617818;GSM617819;GSM617820;GSM617821;GSM617822;GSM617823	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1.5;1.5;1.5;1.5;1.5;1.5;3;3;3;3;3;3;8;8;8;8;8;8;12;12;12;12;12;12	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	THP-1 cells differentiation	Drug or reagent treatment					THP-1	Homo_sapiens	Microarray	23118933		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1526	GSE25137	GSM617824;GSM617825;GSM617826;GSM617827;GSM617828;GSM617830;GSM617831;GSM617832;GSM617833;GSM617834;GSM617835;GSM617836;GSM617837;GSM617838;GSM617839;GSM617841;GSM617842;GSM617843;GSM617844;GSM617845;GSM617847;GSM617848;GSM617849;GSM617850;GSM617851	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1.5;1.5;1.5;1.5;1.5;3;3;3;3;3;8;8;8;8;8;12;12;12;12;12	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	hour	Rosiglitazone	Drug or reagent treatment	Rosiglitazone	1microM			THP-1	Homo_sapiens	Microarray	23118933		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1527	GSE26487	GSM651309;GSM651319;GSM651310;GSM651320;GSM651311;GSM651321;GSM651312;GSM651322;GSM651313;GSM651323	1;1;4;4;24;24;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour		Drug or reagent treatment					Epidermal keratinocytes	Homo_sapiens	Microarray	17095510		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1528	GSE26487	GSM651314;GSM651324;GSM651315;GSM651325;GSM651316;GSM651326;GSM651317;GSM651327;GSM651318;GSM651328	1;1;4;4;24;24;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	dexamethasone	Drug or reagent treatment	dexamethasone	0.1娓璏			Epidermal keratinocytes	Homo_sapiens	Microarray	17095510		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1529	GSE26922	GSM662898;GSM662899;GSM662900;GSM662901;GSM662902;GSM662903;GSM662904;GSM662905;GSM662906;GSM662907;GSM662908;GSM662909;GSM662910;GSM662911;GSM662912	2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	double thymidine block and release	Differentiation or development					HeLa cell line	Homo_sapiens	Microarray	22391450		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1530	GSE2710	GSM52421;GSM52420;GSM52422;GSM52423;GSM52424	60;5;360;720;1440	1;0;2;3;4	minute	control sera	Drug or reagent treatment	control sera	10%			HDEC	Homo_sapiens	Microarray	16802364		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1531	GSE27524	GSM679847;GSM679848;GSM679849;GSM679851;GSM679852;GSM679853;GSM679854;GSM679855;GSM679856;GSM679857;GSM679858;GSM679859;GSM679860;GSM679861;GSM679862	0;0;0;18;18;18;36;36;36;53;53;72;72;96;96	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	Doxycyline	Drug or reagent treatment	Doxycyline	1娓璯			A673 cell line	Homo_sapiens	Microarray	23940108		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1532	GSE27629	GSM684710;GSM684711;GSM684712;GSM684713;GSM684714;GSM684715;GSM684716;GSM684717;GSM684718;GSM684719;GSM684720;GSM684721;GSM684722	0;30;60;120;180;300;360;420;480;510;540;600;660	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	minute	1st+2nd pulses	Stress treatment					Human mammary epithelial cells	Homo_sapiens	Microarray	21596316		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1533	GSE2803	GSM60807;GSM60808;GSM60809;GSM60810;GSM60811;GSM60812;GSM60813;GSM60814;GSM60815;GSM60816;GSM60817;GSM60818;GSM60819;GSM60820;GSM60821	3;3;3;6;6;6;12;12;12;18;18;18;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	gmcsf	Drug or reagent treatment					Human polymorphonuclear (PMN) leukocytes	Homo_sapiens	Microarray	16204629		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1534	GSE2803	GSM60792;GSM60793;GSM60794;GSM60795;GSM60796;GSM60797;GSM60798;GSM60799;GSM60800;GSM60801;GSM60802;GSM60803;GSM60804;GSM60805;GSM60806	3;3;3;6;6;6;12;12;12;18;18;18;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	spon	Drug or reagent treatment					Human polymorphonuclear (PMN) leukocytes	Homo_sapiens	Microarray	16204629		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1535	GSE28191	GSM697974;GSM697975;GSM697976;GSM697977;GSM697978;GSM697979;GSM697980;GSM697981;GSM697982;GSM697983;GSM697984;GSM697985	0;0;2;2;5;5;7;7;9;9;11;11	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	day	cardiac differentiation	Differentiation or development					hiPSC derivatives	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1536	GSE2822	GSM61502;GSM61503;GSM61504;GSM61505;GSM61506	1;4;168;24;48	0;1;4;2;3	hour	Skinethic epidermal substitutes	Differentiation or development					Skinethic epidermal substitute Keratinocytes	Homo_sapiens	Microarray	16023359		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1537	GSE2835	GSM61820;GSM61829;GSM61826;GSM61825;GSM61821;GSM61827;GSM61822;GSM61830;GSM61823;GSM61828	3;3;6;6;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	retinoic acid	Drug or reagent treatment	retinoic acid (RA)	100 nM			Human conjunctival epithelial cell line	Homo_sapiens	Microarray	16249480		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1554	GSE29641	GSM734516;GSM734517;GSM734518;GSM734519;GSM734520;GSM734521;GSM734522	1;2;4;8;12;16;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	hypoxia	Stress treatment					DU145	Homo_sapiens	Microarray	22356756		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1555	GSE29641	GSM734524;GSM734525;GSM734526;GSM734527;GSM734528;GSM734529;GSM734530	1;2;4;8;12;16;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	hypoxia	Stress treatment					HT29	Homo_sapiens	Microarray	22356756		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1556	GSE29641	GSM734532;GSM734533;GSM734534;GSM734535;GSM734536;GSM734537;GSM734538	1;2;4;8;12;16;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	hypoxia	Stress treatment					MCF7	Homo_sapiens	Microarray	22356756		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1557	GSE29917	GSM740799;GSM740800;GSM740801;GSM740802;GSM740803;GSM740804;GSM740805;GSM740806;GSM740807;GSM740808;GSM740809;GSM740810;GSM740811;GSM740812;GSM740813;GSM740814;GSM740815;GSM740816;GSM740817;GSM740818;GSM740819;GSM740820;GSM740821;GSM740822;GSM740823;GSM740824;GSM740825;GSM740826;GSM740827;GSM740828;GSM740829;GSM740830;GSM740831;GSM740832;GSM740833;GSM740834;GSM740835;GSM740836;GSM740837;GSM740838	2;2;2;2;6;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;12;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;72;96;96;96;96;96;96	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6	hour	17beta-estradiol	Drug or reagent treatment	17beta-estradiol	0.10%			MCF-7:2A	Homo_sapiens	Microarray	22011582		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1558	GSE29917	GSM740761;GSM740762;GSM740763;GSM740764;GSM740765;GSM740766;GSM740767;GSM740768;GSM740769;GSM740770;GSM740771;GSM740772;GSM740773;GSM740774;GSM740775;GSM740776;GSM740777;GSM740778;GSM740779;GSM740780;GSM740781;GSM740782;GSM740783;GSM740784;GSM740785;GSM740786;GSM740787;GSM740788;GSM740789;GSM740790;GSM740791;GSM740792;GSM740793;GSM740794;GSM740795;GSM740796;GSM740797;GSM740798	2;2;2;2;2;2;6;6;6;6;6;6;12;12;12;12;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;72;72;72;72;72;72;96;96;96;96;96;96	0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6	hour	17beta-estradiol	Drug or reagent treatment	17beta-estradiol	0.10%			MCF-7:5C	Homo_sapiens	Microarray	22011582		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1559	GSE29917	GSM740721;GSM740722;GSM740723;GSM740724;GSM740725;GSM740726;GSM740727;GSM740728;GSM740729;GSM740730;GSM740731;GSM740732;GSM740733;GSM740734;GSM740735;GSM740736;GSM740737;GSM740738;GSM740739;GSM740740;GSM740741;GSM740742;GSM740743;GSM740744;GSM740745;GSM740746;GSM740747;GSM740748;GSM740749;GSM740750;GSM740751;GSM740752;GSM740753;GSM740754;GSM740755;GSM740756;GSM740757;GSM740758;GSM740759;GSM740760	2;2;2;2;2;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;12;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;72;96;96;96;96;96;96	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6	hour	17beta-estradiol	Drug or reagent treatment	17beta-estradiol	0.10%			MCF-7:WS8	Homo_sapiens	Microarray	22011582		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1560	GSE30242	GSM748879;GSM748891;GSM748881;GSM748893;GSM748882;GSM748894;GSM748883;GSM748895;GSM748884;GSM748896;GSM748885;GSM748897;GSM748886;GSM748898	0.3;0.3;0.7;0.7;1;1;1.5;1.5;2;2;3;3;6;6	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	mometasone	Drug or reagent treatment	mometasone				Primary human lung fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1561	GSE3026	GSM66627;GSM66641;GSM66642;GSM66628;GSM66643;GSM66629;GSM66630;GSM66644;GSM66645;GSM66631	0;0;0.5;0.5;6;6;24;24;168;168	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	after intravenous endotoxin challenge	Drug or reagent treatment				female	peripheral blood monuclear cell	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1562	GSE3026	GSM66676;GSM66671;GSM66677;GSM66672;GSM66678;GSM66673;GSM66679;GSM66674;GSM66675	0;0;0.5;0.5;6;6;24;24;168	0;0;1;1;2;2;3;3;4	hour	saline	Drug or reagent treatment				female	peripheral blood monuclear cell	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1563	GSE3026	GSM66656;GSM66657;GSM66658;GSM66659;GSM66660	0;3;6;24;168	0;1;2;3;4	hour	after intravenous endotoxin challenge	Drug or reagent treatment				female	whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1564	GSE3026	GSM66649;GSM66622;GSM66646;GSM66637;GSM66632;GSM66617;GSM66618;GSM66638;GSM66633;GSM66623;GSM66650;GSM66639;GSM66624;GSM66634;GSM66619;GSM66647;GSM66648;GSM66651;GSM66635;GSM66620;GSM66625;GSM66626;GSM66640;GSM66621;GSM66636	0;0;0;0;0;0;0.5;0.5;0.5;0.5;6;6;6;6;6;6;24;24;24;24;24;168;168;168;168	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4	hour	after intravenous endotoxin challenge	Drug or reagent treatment				male	peripheral blood monuclear cell	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1565	GSE3026	GSM66680;GSM66685;GSM66686;GSM66681;GSM66682;GSM66687;GSM66683;GSM66688;GSM66689;GSM66684	0;0;0.5;0.5;6;6;24;24;168;168	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	saline	Drug or reagent treatment				male	peripheral blood monuclear cell	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1566	GSE3026	GSM66661;GSM66652;GSM66666;GSM66662;GSM66667;GSM66668;GSM66653;GSM66663;GSM66669;GSM66664;GSM66654;GSM66655;GSM66665;GSM66670	0;0;0;3;3;6;6;6;24;24;24;168;168;168	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	after intravenous endotoxin challenge	Drug or reagent treatment				male	whole blood	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1567	GSE30536	GSM757646;GSM757647;GSM757648;GSM757649;GSM757650;GSM757651	0;2;4;8;16;24	0;1;2;3;4;5	hour		Drug or reagent treatment					monocytes-derived-macrophages	Homo_sapiens	Microarray	22140520		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1568	GSE30536	GSM757652;GSM757653;GSM757654;GSM757655;GSM757656;GSM757657	0;2;4;8;16;24	0;1;2;3;4;5	hour		Drug or reagent treatment	IFN灏?	1000 IU/ml			monocytes-derived-macrophages	Homo_sapiens	Microarray	22140520		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1569	GSE30536	GSM757658;GSM757659;GSM757660;GSM757661;GSM757662	2;4;8;16;24	0;1;2;3;4	hour	HIV-1	Drug or reagent treatment	IFN灏?	1000 IU/ml			monocytes-derived-macrophages	Homo_sapiens	Microarray	22140520		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1570	GSE3113	GSM69661;GSM69662;GSM69663;GSM69664;GSM69665;GSM69666;GSM69667;GSM69668	0;1;2;4;6;8;12;24	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	Induced	Drug or reagent treatment	ponasterone A	5 娓璏			RKO colon cancer cells	Homo_sapiens	Microarray	17017123		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1571	GSE3113	GSM69669;GSM69670;GSM69671;GSM69672;GSM69673;GSM69674;GSM69675	1;2;4;6;8;12;24	0;1;2;3;4;5;6	hour		Drug or reagent treatment					RKO colon cancer cells	Homo_sapiens	Microarray	17017123		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1582	GSE33142	GSM820784;GSM820791;GSM820789;GSM820786;GSM820794;GSM820779;GSM820783;GSM820781;GSM820780;GSM820792;GSM820778;GSM820793	0;0;1.5;1.5;3;3;7;7;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	vn1203 infected	Virus or bacterial infection					calu3	Homo_sapiens	Microarray	22074594		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1583	GSE33142	GSM820795;GSM820788;GSM820787;GSM820785;GSM820782;GSM820790	0;1.5;3;7;12;24	0;1;2;3;4;5	hour	Mock	Virus or bacterial infection					calu3	Homo_sapiens	Microarray	22074594		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1584	GSE33180	GSM821415;GSM821416;GSM821417;GSM821418;GSM821419;GSM821420;GSM821421;GSM821422;GSM821423;GSM821424;GSM821425;GSM821426;GSM821427	1;3;6;12;18;24;30;36;42;48;72;120;168	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	hour	TPA	Drug or reagent treatment	TPA	50nM			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Homo_sapiens	Microarray	22213079		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1585	GSE33267	GSM823243;GSM823244;GSM823245;GSM823246;GSM823247;GSM823248;GSM823249;GSM823250;GSM823251;GSM823252;GSM823253;GSM823254;GSM823255;GSM823256;GSM823257;GSM823258;GSM823259;GSM823260;GSM823261;GSM823262;GSM823263;GSM823264;GSM823265;GSM823266;GSM823267;GSM823268;GSM823269;GSM823270;GSM823271;GSM823272;GSM823273;GSM823274;GSM823275	0;0;0;3;3;3;7;7;7;12;12;12;24;24;24;30;30;30;36;36;36;48;48;48;54;54;54;60;60;60;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	hour	SARS delta ORF6 infected	Virus or bacterial infection					Calu-3	Homo_sapiens	Microarray	23365422		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1586	GSE33267	GSM823177;GSM823178;GSM823179;GSM823180;GSM823181;GSM823182;GSM823183;GSM823184;GSM823185;GSM823186;GSM823187;GSM823188;GSM823189;GSM823190;GSM823191;GSM823192;GSM823193;GSM823194;GSM823195;GSM823196;GSM823197;GSM823198;GSM823199;GSM823200;GSM823201;GSM823202;GSM823203;GSM823204;GSM823205;GSM823206;GSM823207;GSM823208;GSM823209	0;0;0;3;3;3;7;7;7;12;12;12;24;24;24;30;30;30;36;36;36;48;48;48;54;54;54;60;60;60;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	hour	mock infected	Virus or bacterial infection					Calu-3	Homo_sapiens	Microarray	23365422		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1587	GSE33267	GSM823210;GSM823211;GSM823212;GSM823213;GSM823214;GSM823215;GSM823216;GSM823217;GSM823218;GSM823219;GSM823220;GSM823221;GSM823222;GSM823223;GSM823224;GSM823225;GSM823226;GSM823227;GSM823228;GSM823229;GSM823230;GSM823231;GSM823232;GSM823233;GSM823234;GSM823235;GSM823236;GSM823237;GSM823238;GSM823239;GSM823240;GSM823241;GSM823242	0;0;0;3;3;3;7;7;7;12;12;12;24;24;24;30;30;30;36;36;36;48;48;48;54;54;54;60;60;60;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	hour	SARS CoV Urbani infected	Virus or bacterial infection					Calu-3	Homo_sapiens	Microarray	23365422		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1588	GSE33831	GSM790659;GSM790660;GSM790661;GSM790662;GSM790663;GSM790664;GSM790665;GSM790666;GSM790667;GSM790668;GSM790669;GSM790670;GSM790671;GSM790672;GSM790673	0;0;0;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour		Differentiation or development					Mesenchymal stem cells	Homo_sapiens	Microarray	22412925		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1589	GSE34904	GSM857336;GSM857337;GSM857338;GSM857339;GSM857340;GSM857341;GSM857342;GSM857343	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day		Gene editing					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	Microarray	22482508		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1590	GSE34904	GSM857344;GSM857345;GSM857346;GSM857347;GSM857348;GSM857349;GSM857350;GSM857351	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	NANOG shRNA	Gene editing					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	Microarray	22482508		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1591	GSE34904	GSM857352;GSM857353;GSM857354;GSM857355;GSM857356;GSM857357;GSM857358;GSM857359	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	OCT4 shRNA	Gene editing					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	Microarray	22482508		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1592	GSE34904	GSM857360;GSM857361;GSM857362;GSM857363;GSM857364;GSM857365;GSM857366;GSM857367	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	SOX2 shRNA	Gene editing					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	Microarray	22482508		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1593	GSE34904	GSM857368;GSM857369;GSM857370;GSM857371;GSM857372;GSM857373;GSM857374;GSM857375	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	OCT4 shRNA	Gene editing					human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	Microarray	22482508		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1594	GSE34912	GSM857439;GSM857440;GSM857441;GSM857442;GSM857443;GSM857444;GSM857445;GSM857446	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day		Drug or reagent treatment					H1 hESCs	Homo_sapiens	Microarray	22482508		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1595	GSE34912	GSM857447;GSM857448;GSM857449;GSM857450;GSM857451;GSM857452;GSM857453;GSM857454	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	BMP4	Drug or reagent treatment					H1 hESCs	Homo_sapiens	Microarray	22482508		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1597	GSE3556	GSM81702;GSM81703;GSM81728;GSM81732;GSM81737;GSM81738	6;1;0.5;3;12;12	3;1;0;2;4;4	hour	cagA	Gene editing					gastric epithelial	Homo_sapiens	Microarray	12411577		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1598	GSE3556	GSM81697;GSM81699;GSM81701;GSM81708;GSM81710;GSM81712;GSM81716;GSM81718;GSM81720;GSM81730;GSM81736	0.5;3;1;0;0.5;3;6;12;0;6;12	1;3;2;0;1;3;4;5;0;4;5	hour	G27	Gene editing					gastric epithelial	Homo_sapiens	Microarray	12411577		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1603	GSE36553	GSM896823;GSM896824;GSM896825;GSM896826;GSM896827;GSM896828;GSM896829;GSM896830;GSM896831;GSM896832;GSM896833;GSM896834;GSM896835;GSM896836;GSM896837;GSM896838;GSM896839;GSM896840;GSM896841;GSM896842;GSM896843;GSM896844;GSM896845;GSM896846;GSM896847;GSM896848;GSM896849;GSM896850;GSM896851;GSM896852;GSM896853;GSM896854;GSM896855;GSM896856;GSM896857	0;0;0;0;0;0;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;8;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;72	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5	hour	H1N1 infection	Virus or bacterial infection					A549 cells	Homo_sapiens	Microarray	22438559		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1604	GSE36936	GSM906560;GSM906623;GSM906567;GSM906630;GSM906637;GSM906574;GSM906644;GSM906651;GSM906581;GSM906658;GSM906588;GSM906595;GSM906602;GSM906609;GSM906616	6;168;12;336;576;24;672;840;36;1008;48;60;72;84;96	0;9;1;10;11;2;12;13;3;14;4;5;6;7;8	hour		Differentiation or development					milk fat globules	Homo_sapiens	Microarray	22649065|23880316		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1605	GSE36936	GSM906561;GSM906624;GSM906568;GSM906631;GSM906638;GSM906575;GSM906645;GSM906652;GSM906582;GSM906659;GSM906589;GSM906596;GSM906603;GSM906610;GSM906617	6;168;12;336;576;24;672;840;36;1008;48;60;72;84;96	0;9;1;10;11;2;12;13;3;14;4;5;6;7;8	hour		Differentiation or development					milk fat globules	Homo_sapiens	Microarray	22649065|23880316		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1606	GSE36936	GSM906562;GSM906625;GSM906569;GSM906632;GSM906639;GSM906576;GSM906646;GSM906653;GSM906583;GSM906660;GSM906590;GSM906597;GSM906604;GSM906611;GSM906618	6;168;12;336;576;24;672;840;36;1008;48;60;72;84;96	0;9;1;10;11;2;12;13;3;14;4;5;6;7;8	hour		Differentiation or development					milk fat globules	Homo_sapiens	Microarray	22649065|23880316		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1607	GSE36936	GSM906563;GSM906626;GSM906570;GSM906633;GSM906640;GSM906577;GSM906647;GSM906654;GSM906584;GSM906661;GSM906591;GSM906598;GSM906605;GSM906612;GSM906619	6;168;12;336;576;24;672;840;36;1008;48;60;72;84;96	0;9;1;10;11;2;12;13;3;14;4;5;6;7;8	hour		Differentiation or development					milk fat globules	Homo_sapiens	Microarray	22649065|23880316		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1608	GSE36936	GSM906564;GSM906627;GSM906571;GSM906634;GSM906641;GSM906578;GSM906648;GSM906655;GSM906585;GSM906662;GSM906592;GSM906599;GSM906606;GSM906613;GSM906620	6;168;12;336;576;24;672;840;36;1008;48;60;72;84;96	0;9;1;10;11;2;12;13;3;14;4;5;6;7;8	hour		Differentiation or development					milk fat globules	Homo_sapiens	Microarray	22649065|23880316		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1609	GSE36936	GSM906565;GSM906628;GSM906572;GSM906635;GSM906642;GSM906579;GSM906649;GSM906656;GSM906586;GSM906663;GSM906593;GSM906600;GSM906607;GSM906614;GSM906621	6;168;12;336;576;24;672;840;36;1008;48;60;72;84;96	0;9;1;10;11;2;12;13;3;14;4;5;6;7;8	hour		Differentiation or development					milk fat globules	Homo_sapiens	Microarray	22649065|23880316		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1610	GSE36936	GSM906566;GSM906629;GSM906573;GSM906636;GSM906643;GSM906580;GSM906650;GSM906657;GSM906587;GSM906664;GSM906594;GSM906601;GSM906608;GSM906615;GSM906622	6;168;12;336;576;24;672;840;36;1008;48;60;72;84;96	0;9;1;10;11;2;12;13;3;14;4;5;6;7;8	hour		Differentiation or development					milk fat globules	Homo_sapiens	Microarray	22649065|23880316		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1611	GSE3697	GSM84566;GSM84570;GSM84571;GSM84582;GSM84583;GSM84581;GSM84574;GSM84572;GSM84573;GSM84586;GSM84584;GSM84585;GSM84575;GSM84577;GSM84576;GSM84588;GSM84587;GSM84589;GSM84567;GSM84569;GSM84568;GSM84579;GSM84578;GSM84580	0;0;0;0;0;0;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;2;2;2;2;2;2;4;4;4;4;4;4	0;0;0;0;0;0;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	HSF1 knockdown	Gene editing			HSF1 knockdown			Homo_sapiens	Microarray		cervical carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1612	GSE3697	GSM84603;GSM84590;GSM84602;GSM84605;GSM84604;GSM84606;GSM84593;GSM84592;GSM84591;GSM84607;GSM84595;GSM84594;GSM84596;GSM84598;GSM84597;GSM84599;GSM84601;GSM84600	0;0;0;0.5;0.5;0.5;2;2;2;4;4;4;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	Luc knockdown	Gene editing			Luc knockdown			Homo_sapiens	Microarray		cervical carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1613	GSE37349	GSM916546;GSM916547;GSM916548;GSM916549;GSM916550	6;12;24;36;48	0;1;2;3;4	hour		Differentiation or development					TW01 cells	Homo_sapiens	Microarray	23624915		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1614	GSE37761	GSM927296;GSM927297;GSM927301;GSM927302;GSM927284;GSM927285;GSM927304;GSM927305;GSM927290;GSM927291	5;5;10;10;0.2;0.2;15;15;0.4;0.4	2;2;3;3;0;0;4;4;1;1	day	oxygen levels	Drug or reagent treatment	oxygen	5%			human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	Microarray	20049902		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1615	GSE37761	GSM927298;GSM927303;GSM927286;GSM927306;GSM927292	5;10;0.2;15;0.4	2;3;0;4;1	day	oxygen levels	Drug or reagent treatment	oxygen	21%			human embyronic stem cells (hESCs)	Homo_sapiens	Microarray	20049902		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1616	GSE37827	GSM928559;GSM928560;GSM928561;GSM928562;GSM928563;GSM928564;GSM928565;GSM928566;GSM928567;GSM928568;GSM928569;GSM928570;GSM928571;GSM928572;GSM928573;GSM928574;GSM928575;GSM928576;GSM928577;GSM928578;GSM928579;GSM928580;GSM928581;GSM928582;GSM928583;GSM928584;GSM928585	0;0;0;12;12;12;24;24;24;30;30;30;36;36;36;48;48;48;54;54;54;60;60;60;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	Bat SRBD infected	Drug or reagent treatment	Bat SRBD infected	MOI=1			Calu -3 Cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1617	GSE37827	GSM928586;GSM928587;GSM928588;GSM928589;GSM928590;GSM928591;GSM928592;GSM928593;GSM928594;GSM928595;GSM928596;GSM928597;GSM928598;GSM928599;GSM928600;GSM928601;GSM928602;GSM928603;GSM928604;GSM928605;GSM928606;GSM928607;GSM928608;GSM928609;GSM928610;GSM928611;GSM928612;GSM928613;GSM928614;GSM928615	0;0;0;7;7;7;12;12;12;24;24;24;30;30;30;36;36;36;48;48;48;54;54;54;60;60;60;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	icSARS CoV infected	Drug or reagent treatment	icSARS CoV infected	MOI=1			Calu -3 Cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1618	GSE37827	GSM928529;GSM928530;GSM928531;GSM928532;GSM928533;GSM928534;GSM928535;GSM928536;GSM928537;GSM928538;GSM928539;GSM928540;GSM928541;GSM928542;GSM928543;GSM928544;GSM928545;GSM928546;GSM928547;GSM928548;GSM928549;GSM928550;GSM928551;GSM928552;GSM928553;GSM928554;GSM928555;GSM928556;GSM928557;GSM928558	0;0;0;7;7;7;12;12;12;24;24;24;30;30;30;36;36;36;48;48;48;54;54;54;60;60;60;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	mock infected	Drug or reagent treatment					Calu -3 Cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1619	GSE37836	GSM928749;GSM928750;GSM928751;GSM928752;GSM928753;GSM928754;GSM928755;GSM928756;GSM928757;GSM928758;GSM928759;GSM928760;GSM928761;GSM928762;GSM928763;GSM928764;GSM928765;GSM928766;GSM928767;GSM928768;GSM928769;GSM928770;GSM928771;GSM928772;GSM928773;GSM928774;GSM928775;GSM928776;GSM928777;GSM928778	0;0;0;1;1;1;12;12;12;24;24;24;48;48;48;96;96;96;144;144;144;216;216;216;288;288;288;360;360;360	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour		Drug or reagent treatment	human-insulin;dexamethasone;indomethacin;IBMX				human Mesenchymal stem cell (MSC)	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1620	GSE3846	GSM87853;GSM87854;GSM87855;GSM87856;GSM87857	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	grape.juice	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1621	GSE3846	GSM87858;GSM87859;GSM87860;GSM87861;GSM87862	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	wine	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1622	GSE3846	GSM87863;GSM87864;GSM87865;GSM87866;GSM87867	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	alcohol	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1623	GSE3846	GSM87868;GSM87869;GSM87870;GSM87871;GSM87872	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	water	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1624	GSE3846	GSM87873;GSM87874;GSM87875;GSM87876;GSM87877	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	water	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1625	GSE3846	GSM87882;GSM87883;GSM87884;GSM87885;GSM87886	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	wine	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1626	GSE3846	GSM87891;GSM87892;GSM87893;GSM87894;GSM87895	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	wine	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1627	GSE3846	GSM87896;GSM87897;GSM87898;GSM87899;GSM87900	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	alcohol	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1628	GSE3846	GSM87901;GSM87902;GSM87903;GSM87904;GSM87905	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	water	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1629	GSE3846	GSM87910;GSM87911;GSM87912;GSM87913;GSM87914	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	water	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1630	GSE3846	GSM87924;GSM87925;GSM87926;GSM87927;GSM87928	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	grape.juice	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1631	GSE3846	GSM87929;GSM87930;GSM87931;GSM87932;GSM87933	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	wine	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1632	GSE3846	GSM87938;GSM87939;GSM87940;GSM87941;GSM87942	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	water	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1633	GSE3846	GSM87943;GSM87944;GSM87945;GSM87946;GSM87947	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	alcohol	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1634	GSE3846	GSM87948;GSM87949;GSM87950;GSM87951;GSM87952	0;1;2;4;12	0;1;2;3;4	day	wine	Drug or reagent treatment					peripheral blood cell	Homo_sapiens	Microarray	17010189		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1635	GSE38720	GSM948653;GSM948654;GSM948655;GSM948656;GSM948657;GSM948658;GSM948661;GSM948662;GSM948663;GSM948664	4;4;12;12;24;24;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	HCV virus Jc1 infected	Virus or bacterial infection					Huh7/5-2	Homo_sapiens	Microarray	22810585		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1636	GSE3891	GSM88893;GSM88894;GSM88895;GSM88896;GSM88892	1;2;4;8;0.5	1;2;3;4;0	hour	matrigel	Differentiation or development					Human Umbilical Vein Endothelial Cells	Homo_sapiens	Microarray	16618722		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1637	GSE3891	GSM88897;GSM88899;GSM88900;GSM88901;GSM88898	1;2;4;8;0.5	1;2;3;4;0	hour	VEGF	Differentiation or development					Human Umbilical Vein Endothelial Cells	Homo_sapiens	Microarray	16618722		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1641	GSE3901	GSM89299;GSM89304;GSM89309;GSM89300;GSM89305;GSM89310;GSM89301;GSM89306;GSM89311;GSM89302;GSM89307;GSM89312;GSM89303;GSM89308;GSM89313	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	EGF	Drug or reagent treatment					Human WI-38 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1642	GSE3901	GSM89314;GSM89319;GSM89324;GSM89315;GSM89320;GSM89325;GSM89316;GSM89321;GSM89326;GSM89317;GSM89322;GSM89327;GSM89318;GSM89323;GSM89328	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	EGF	Drug or reagent treatment					Human 2091 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1643	GSE3901	GSM89329;GSM89334;GSM89339;GSM89330;GSM89335;GSM89340;GSM89331;GSM89336;GSM89341;GSM89332;GSM89337;GSM89342;GSM89333;GSM89338;GSM89343	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	EGF	Drug or reagent treatment					Human WI-38 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1644	GSE3901	GSM89344;GSM89349;GSM89354;GSM89345;GSM89350;GSM89355;GSM89346;GSM89351;GSM89356;GSM89347;GSM89352;GSM89357;GSM89348;GSM89353;GSM89358	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	PDGF	Drug or reagent treatment					Human 2091 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1645	GSE3901	GSM89359;GSM89364;GSM89369;GSM89360;GSM89365;GSM89370;GSM89361;GSM89366;GSM89371;GSM89362;GSM89367;GSM89372;GSM89363;GSM89368;GSM89373	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	PDGF	Drug or reagent treatment					Human WI-38 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1646	GSE3901	GSM89374;GSM89379;GSM89384;GSM89375;GSM89380;GSM89385;GSM89376;GSM89381;GSM89386;GSM89377;GSM89382;GSM89387;GSM89378;GSM89383;GSM89388	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	Serum	Drug or reagent treatment					Human 2091 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1647	GSE3901	GSM89389;GSM89394;GSM89399;GSM89390;GSM89395;GSM89400;GSM89391;GSM89396;GSM89401;GSM89392;GSM89397;GSM89402;GSM89393;GSM89398;GSM89403	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	Serum	Drug or reagent treatment					Human WI-38 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1648	GSE3902	GSM89404;GSM89405;GSM89406;GSM89407;GSM89408	0.5;1;2;4;8	0;1;2;3;4	hour	EGF	Drug or reagent treatment					Human 2091 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1649	GSE3902	GSM89409;GSM89410;GSM89411;GSM89412;GSM89413	0.5;1;2;4;8	0;1;2;3;4	hour	FGF	Drug or reagent treatment					Human 2091 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1650	GSE3902	GSM89414;GSM89415;GSM89416;GSM89417;GSM89418	0.5;1;2;4;8	0;1;2;3;4	hour	PDGF	Drug or reagent treatment					Human 2091 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1651	GSE3902	GSM89419;GSM89420;GSM89421;GSM89422;GSM89423	0.5;1;2;4;8	0;1;2;3;4	hour	Serum	Drug or reagent treatment					Human 2091 fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	16737555		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1652	GSE39149	GSM957039;GSM957040;GSM957041;GSM957042;GSM957043;GSM957044;GSM957045;GSM957046;GSM957047;GSM957048;GSM957049;GSM957050;GSM957051;GSM957052;GSM957053;GSM957054;GSM957055	0;0;0;4;4;4;8;8;8;12;12;12;24;24;24;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;5;5;5	hour	Phorbol ester and sodium butyrate induced Raji cells were treated with maslinic acid	Drug or reagent treatment	sodium n-butyrate;phorbol ester;maslinic acid	3 mM;0.05娓璏;19娓璏			Raji cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1653	GSE403	GSM5962;GSM5964;GSM5966;GSM5968;GSM5970;GSM5972	0;2;12;24;36;48	0;1;2;3;4;5	hour	cAMP induced	Differentiation or development					endometrial stromal cells	Homo_sapiens	Microarray	14532334		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1654	GSE403	GSM5963;GSM5965;GSM5967;GSM5969;GSM5971;GSM5973	0;2;12;24;36;48	0;1;2;3;4;5	hour	cAMP induced	Differentiation or development					endometrial stromal cells	Homo_sapiens	Microarray	14532334		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1655	GSE41067	GSM1008155;GSM1008163;GSM1008171;GSM1008156;GSM1008164;GSM1008172;GSM1008157;GSM1008165;GSM1008173;GSM1008158;GSM1008166;GSM1008174;GSM1008159;GSM1008167;GSM1008175;GSM1008160;GSM1008168;GSM1008176;GSM1008161;GSM1008169;GSM1008177	1;1;1;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	H1N1 influenza virus A/New  Caledonia/20/1999 (NC) virus infected	Virus or bacterial infection					monocyte-derived dendritic cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1656	GSE41352	GSM1015366;GSM1015367;GSM1015368;GSM1015377;GSM1015378;GSM1015379;GSM1015380;GSM1015381;GSM1015382;GSM1015369;GSM1015370;GSM1015371;GSM1015372;GSM1015373;GSM1015374;GSM1015375;GSM1015383;GSM1015376;GSM1015384;GSM1015385	0;0;0;24;24;24;72;72;72;4;4;4;8;8;8;12;288;12;288;288	0;0;0;4;4;4;5;5;5;1;1;1;2;2;2;3;6;3;6;6	hour	SGBS cell line differentiation	Differentiation or development					SGBS	Homo_sapiens	Microarray	24198249		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1657	GSE41491	GSM1018171;GSM1018172;GSM1018173;GSM1018174;GSM1018175;GSM1018176;GSM1018177	1;2;4;8;12;16;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	Tumour hypoxia	Stress treatment					cancer cell line (DU145)	Homo_sapiens	Microarray	24247433		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1658	GSE41491	GSM1018179;GSM1018180;GSM1018181;GSM1018182;GSM1018183;GSM1018184;GSM1018185	1;2;4;8;12;16;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	Tumour hypoxia	Stress treatment					cancer cell line (DU145)	Homo_sapiens	Microarray	24247433		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1659	GSE41491	GSM1018187;GSM1018188;GSM1018189;GSM1018190;GSM1018191;GSM1018192;GSM1018193	1;2;4;8;12;16;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	Tumour hypoxia	Stress treatment					cancer cell line (DU145)	Homo_sapiens	Microarray	24247433		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1660	GSE41714	GSM1023041;GSM1023043;GSM1023044;GSM1023045;GSM1023046;GSM1023047;GSM1023048;GSM1023049;GSM1023050;GSM1023051;GSM1023052	2;3;5;7;10;12;14;15;20;30;30_	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day		Differentiation or development					Human dermal fibroblast	Homo_sapiens	Microarray	23590226		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1661	GSE41828	GSM1025055;GSM1025056;GSM1025057;GSM1025058;GSM1025059;GSM1025070;GSM1025071;GSM1025072;GSM1025073;GSM1025074;GSM1025075;GSM1025076;GSM1025077;GSM1025078;GSM1025079;GSM1025060;GSM1025061;GSM1025062;GSM1025063;GSM1025064;GSM1025065;GSM1025066;GSM1025067;GSM1025068;GSM1025069	1;1;1;1;1;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;24;24;24;24;24	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;0;0;0;0;0;4;4;4;4;4	hour		Drug or reagent treatment	TWEAK	100 ng/ml			U2OS	Homo_sapiens	Microarray	23974006		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1662	GSE41828	GSM1025080;GSM1025081;GSM1025082;GSM1025083;GSM1025084;GSM1025095;GSM1025096;GSM1025097;GSM1025098;GSM1025099;GSM1025100;GSM1025101;GSM1025102;GSM1025103;GSM1025104;GSM1025085;GSM1025086;GSM1025087;GSM1025088;GSM1025089;GSM1025090;GSM1025091;GSM1025092;GSM1025093;GSM1025094	1;1;1;1;1;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;24;24;24;24;24	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;0;0;0;0;0;4;4;4;4;4	hour		Drug or reagent treatment					U2OS	Homo_sapiens	Microarray	23974006		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1663	GSE42045	GSM1031243;GSM1031244;GSM1031245;GSM1031246;GSM1031247;GSM1031248;GSM1031249;GSM1031250;GSM1031251;GSM1031252;GSM1031253;GSM1031254;GSM1031255;GSM1031256;GSM1031257;GSM1031258;GSM1031259;GSM1031260;GSM1031261;GSM1031262;GSM1031263;GSM1031264;GSM1031265;GSM1031266;GSM1031267	0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;1;1;1;1;1;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	hour		Drug or reagent treatment	TWEAK	0 ng/ml			MDA-MB-436 cells	Homo_sapiens	Microarray	23974006		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1664	GSE42045	GSM1031268;GSM1031269;GSM1031270;GSM1031271;GSM1031272;GSM1031273;GSM1031274;GSM1031275;GSM1031276;GSM1031277;GSM1031278;GSM1031279;GSM1031280;GSM1031281;GSM1031282;GSM1031283;GSM1031284;GSM1031285;GSM1031286;GSM1031287;GSM1031288;GSM1031289;GSM1031290;GSM1031291;GSM1031292	0.25;0.25;0.25;0.25;0.25;1;1;1;1;1;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	hour		Drug or reagent treatment	TWEAK	100 ng/ml			MDA-MB-436 cells	Homo_sapiens	Microarray	23974006		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1666	GSE43777	GSM1070879;GSM1070880;GSM1070881;GSM1070882;GSM1070883;GSM1070884	G0;G1;G2;G3;G5;G7	0;1;2;3;4;5	stage	dengue fever (DF) phases	Virus or bacterial infection					peripheral blood mononuclear cells	Homo_sapiens	Microarray	23875036		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1667	GSE43777	GSM1070885;GSM1070886;GSM1070887;GSM1070888;GSM1070889;GSM1070890	G2;G3;G4;G5;G6;G7	0;1;2;3;4;5	stage	dengue fever (DF) phases	Virus or bacterial infection					peripheral blood mononuclear cells	Homo_sapiens	Microarray	23875036		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1668	GSE43777	GSM1070944;GSM1070945;GSM1070946;GSM1070947;GSM1070949	G3;G4;G5;G6(1);G7	0;1;2;4;5	stage	dengue fever (DF) phases	Virus or bacterial infection					peripheral blood mononuclear cells	Homo_sapiens	Microarray	23875036		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1669	GSE43777	GSM1070959;GSM1070960;GSM1070961;GSM1070962;GSM1070963;GSM1070964	G2;G3;G4;G5;G6;G7	0;1;2;3;4;5	stage	dengue fever (DF) phases	Virus or bacterial infection					peripheral blood mononuclear cells	Homo_sapiens	Microarray	23875036		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1670	GSE43777	GSM1070965;GSM1070966;GSM1070967;GSM1070968;GSM1070969;GSM1070970	G1;G2;G3;G4;G6;G7	0;1;2;3;4;5	stage	dengue fever (DF) phases	Virus or bacterial infection					peripheral blood mononuclear cells	Homo_sapiens	Microarray	23875036		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1671	GSE43777	GSM1070977;GSM1070978;GSM1070979;GSM1070980;GSM1070981;GSM1070982	G2;G3;G4;G5;G6;G7	0;1;2;3;4;5	stage	dengue fever (DF) phases	Virus or bacterial infection					peripheral blood mononuclear cells	Homo_sapiens	Microarray	23875036		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1675	GSE45630	GSM1111047;GSM1111048;GSM1111050;GSM1111054;GSM1111055;GSM1111056;GSM1111060;GSM1111061;GSM1111062;GSM1111066;GSM1111067;GSM1111068;GSM1111072;GSM1111073;GSM1111074	2;2;2;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	DMSO	Drug or reagent treatment	DMSO				diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)	Homo_sapiens	Microarray	24332044		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1676	GSE45630	GSM1111052;GSM1111051;GSM1111053;GSM1111058;GSM1111057;GSM1111059;GSM1111064;GSM1111063;GSM1111065;GSM1111070;GSM1111069;GSM1111071;GSM1111076;GSM1111075;GSM1111077	2;2;2;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	JQ1	Drug or reagent treatment	JQ1				diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)	Homo_sapiens	Microarray	24332044		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1677	GSE45630	GSM1110939;GSM1110940;GSM1110941;GSM1110945;GSM1110946;GSM1110947;GSM1110951;GSM1110952;GSM1110953;GSM1110957;GSM1110958;GSM1110959;GSM1110963;GSM1110964;GSM1110965	2;2;2;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	DMSO	Drug or reagent treatment	DMSO				diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)	Homo_sapiens	Microarray	24332044		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1678	GSE45630	GSM1110942;GSM1110943;GSM1110944;GSM1110948;GSM1110949;GSM1110950;GSM1110954;GSM1110955;GSM1110956;GSM1110960;GSM1110961;GSM1110962;GSM1110966;GSM1110967;GSM1110968	2;2;2;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	JQ1	Drug or reagent treatment	JQ1				diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)	Homo_sapiens	Microarray	24332044		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1679	GSE45630	GSM1110903;GSM1110904;GSM1110905;GSM1110909;GSM1110910;GSM1110911;GSM1110915;GSM1110916;GSM1110917;GSM1110921;GSM1110922;GSM1110923;GSM1110927;GSM1110928;GSM1110929	2;2;2;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	DMSO	Drug or reagent treatment	DMSO				diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)	Homo_sapiens	Microarray	24332044		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD1688	GSE45734	GSM1113335;GSM1113336;GSM1113337;GSM1113338;GSM1113339;GSM1113340;GSM1113341;GSM1113342;GSM1113343;GSM1113344	1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9	day	vaccinated for influenza	Drug or reagent treatment					circulating B cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	23900141		GEO	No data preprocessing information
TCD1689	GSE45734	GSM1113346;GSM1113347;GSM1113348;GSM1113349;GSM1113350;GSM1113351;GSM1113352;GSM1113353;GSM1113354;GSM1113355	1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9	day	vaccinated for influenza	Drug or reagent treatment					circulating B cells	Homo_sapiens	RNA-Seq	23900141		GEO	No data preprocessing information
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TCD1695	GSE45735	GSM1113411;GSM1113412;GSM1113413;GSM1113414;GSM1113415;GSM1113416;GSM1113417;GSM1113418;GSM1113419;GSM1113420;GSM1113421	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day	post-vaccine	Drug or reagent treatment					PBMC	Homo_sapiens	RNA-Seq	23900141		GEO	No data preprocessing information
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TCD1698	GSE511	GSM2591;GSM2597;GSM2601;GSM2603;GSM2605	0;12;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	uninfected	Virus or bacterial infection					PBMC	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1699	GSE511	GSM2608;GSM2610;GSM2612;GSM2614;GSM2616	0;12;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	HIV infected	Virus or bacterial infection					PBMC	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1700	GSE511	GSM2607;GSM2609;GSM2611;GSM2613;GSM2615	0;12;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	uninfected	Virus or bacterial infection					PBMC	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1701	GSE511	GSM2618;GSM2620;GSM2622;GSM2624;GSM2626	0;12;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	HIV infected	Virus or bacterial infection					PBMC	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1702	GSE511	GSM2617;GSM2619;GSM2621;GSM2623;GSM2625	0;12;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	uninfected	Virus or bacterial infection					PBMC	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1703	GSE5264	GSM119354;GSM119355;GSM119356;GSM119357;GSM119358;GSM119359;GSM119360;GSM119361	0;1;4;8;10;14;21;28	0;1;2;3;4;5;6;7	day	collected time	Differentiation or development					Primary human bronchial epithelial cells	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
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TCD1708	GSE5339	GSM120330;GSM120331;GSM120332;GSM120333;GSM120334;GSM120335;GSM120336;GSM120337;GSM120338;GSM120339;GSM120340;GSM120341;GSM120342;GSM120343;GSM120344	12;12;12;1;1;1;24;24;24;4;4;4;8;8;8	3;3;3;0;0;0;4;4;4;1;1;1;2;2;2	hour	treated with 10 ug/cm2 vanadium pentoxide	Drug or reagent treatment	vanadium pentoxide	10 ug/cm2			human lung fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray	17459161		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1709	GSE55963	GSM1349441;GSM1349442;GSM1349443;GSM1349444;GSM1349445;GSM1349446;GSM1349447	2;4;8;12;16;20;24	0;1;2;3;4;5;6	hour	post infection with Human orthopneumovirus	Virus or bacterial infection					human lung epithelial cells	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD1711	GSE6013	GSM139646;GSM139647;GSM139648;GSM139649;GSM139652;GSM139653	0;1;6;168;48;24	0;1;2;5;4;3	hour	asbestos non-exposed	Stress treatment					epithelial	Homo_sapiens	Microarray	17331233	lung carcinoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1712	GSE6013	GSM139660;GSM139661;GSM139663;GSM139664;GSM139666	0;1;6;24;48	0;1;2;3;4	hour	asbestos non-exposed	Stress treatment					epithelial	Homo_sapiens	Microarray	17331233		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1713	GSE6207	GSM143397;GSM143389;GSM143391;GSM143393;GSM143385;GSM143395;GSM143387	120;16;24;32;4;72;8	6;2;3;4;0;5;1	hour	miR-124 transfection	Gene editing			miR-124 overexpression		liver	Homo_sapiens	Microarray	16549876		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1714	GSE6207	GSM143398;GSM143390;GSM143392;GSM143394;GSM143386;GSM143396;GSM143388	120;16;24;32;4;72;8	6;2;3;4;0;5;1	hour	negative control transfection	Gene editing					liver	Homo_sapiens	Microarray	16549876		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1715	GSE6432	GSM6043;GSM6044;GSM6045;GSM6050;GSM6051;GSM6057;GSM6059;GSM6058;GSM6067;GSM6064;GSM6066;GSM6065;GSM6038;GSM6039;GSM6037;GSM6047;GSM6048;GSM6055;GSM6054	1;1;1;2;2;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;24;24;48;48	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;5;5;6;6	hour	collagen/chondroitin tissue engineering scaffold mesh	Drug or reagent treatment					fetal lung fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1716	GSE6432	GSM6046;GSM6053;GSM6052;GSM6061;GSM6060;GSM6062;GSM6069;GSM6068;GSM6041;GSM6042;GSM6040;GSM6049;GSM6056	1;2;2;4;4;4;8;8;12;12;12;24;48	0;1;1;2;2;2;3;3;4;4;4;5;6	hour	tissue culture polystyrene dish	Drug or reagent treatment					fetal lung fibroblasts	Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1717	GSE6462	GSM148518;GSM148519;GSM148520;GSM148521;GSM148522;GSM148523;GSM148524	5;10;15;30;45;60;90	0;1;2;3;4;5;6	minute	epidermal growth factor	Drug or reagent treatment	epidermal growth factor	0.1 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1718	GSE6462	GSM148525;GSM148526;GSM148527;GSM148528;GSM148529;GSM148530;GSM148531	5;10;15;30;45;60;90	0;1;2;3;4;5;6	minute	epidermal growth factor	Drug or reagent treatment	epidermal growth factor	0.5 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1719	GSE6462	GSM148532;GSM148533;GSM148534;GSM148535;GSM148536;GSM148537;GSM148538	5;10;15;30;45;60;90	0;1;2;3;4;5;6	minute	epidermal growth factor	Drug or reagent treatment	epidermal growth factor	1 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1720	GSE6462	GSM148539;GSM148540;GSM148541;GSM148542;GSM148543;GSM148544	5;10;15;30;45;90	0;1;2;3;4;5	minute	epidermal growth factor	Drug or reagent treatment	epidermal growth factor	10 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1721	GSE6462	GSM148545;GSM148546;GSM148547;GSM148548;GSM148549;GSM148550;GSM148551	5;10;15;30;45;60;90	0;1;2;3;4;5;6	minute	heregulin	Drug or reagent treatment	heregulin	0.1 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1722	GSE6462	GSM148552;GSM148553;GSM148554;GSM148555;GSM148556;GSM148557;GSM148558	5;10;15;30;45;60;90	0;1;2;3;4;5;6	minute	heregulin	Drug or reagent treatment	heregulin	0.5 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1723	GSE6462	GSM148559;GSM148560;GSM148561;GSM148562;GSM148563;GSM148564;GSM148565	5;10;15;30;45;60;90	0;1;2;3;4;5;6	minute	heregulin	Drug or reagent treatment	heregulin	1 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1724	GSE6462	GSM148566;GSM148567;GSM148568;GSM148569;GSM148570;GSM148571;GSM148572	5;10;15;30;45;60;90	0;1;2;3;4;5;6	minute	heregulin	Drug or reagent treatment	heregulin	10 nanomole			epithelial	Homo_sapiens	Microarray		breast cancer	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1725	GSE67758	GSM1924790;GSM1924791;GSM1924792;GSM1924793;GSM1924794;GSM1924795;GSM1924796;GSM1924797;GSM1924798;GSM1924799;GSM1924800;GSM1924801;GSM1924802;GSM1924803;GSM1924804	2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	mock infection	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	RNA-Seq	26789254		GEO	No data preprocessing information
TCD1726	GSE67758	GSM1924754;GSM1924755;GSM1924756;GSM1924757;GSM1924758;GSM1924759;GSM1924760;GSM1924761;GSM1924762;GSM1924763;GSM1924764;GSM1924765;GSM1924766;GSM1924767;GSM1924768;GSM1924769;GSM1924770;GSM1924771	0;0;0;2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	post infection with Salmonella Typhimurium SL1344 delta-pinT	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	RNA-Seq	26789254		GEO	No data preprocessing information
TCD1727	GSE67758	GSM1924772;GSM1924773;GSM1924774;GSM1924775;GSM1924776;GSM1924777;GSM1924778;GSM1924779;GSM1924780;GSM1924781;GSM1924782;GSM1924783;GSM1924784;GSM1924785;GSM1924786;GSM1924787;GSM1924788;GSM1924789	0;0;0;2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	post infection with Salmonella Typhimurium SL1344	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	RNA-Seq	26789254		GEO	No data preprocessing information
TCD1728	GSE6783	GSM156765;GSM156766;GSM156767;GSM156768;GSM156769;GSM156770	20;40;60;120;240;480	0;1;2;3;4;5	minute	stimulated with EGF	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	17322878	Human cervical carcinoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1729	GSE6784	GSM156772;GSM156773;GSM156774;GSM156775;GSM156776;GSM156777	20;40;60;120;240;480	0;1;2;3;4;5	minute	stimulation with EGF	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	17322878		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1730	GSE6784	GSM156778;GSM156779;GSM156780;GSM156781;GSM156782;GSM156783	20;40;60;120;240;480	0;1;2;3;4;5	minute	stimulation with SERUM	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	17322878		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1731	GSE6932	GSM159935;GSM159936;GSM159939;GSM159940;GSM159943;GSM159944;GSM159947;GSM159948;GSM159933;GSM159934	12;12;24;24;36;36;48;48;0;0	1;1;2;2;3;3;4;4;0;0	hour	treatments of cells with DMSO	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	17348628		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1732	GSE701	GSM10967;GSM10968;GSM10969;GSM10970;GSM10971	1;2;6;12;24	0;1;2;3;4	hour	after 3 Gy of IR exposure	Stress treatment					lymphoblastoid cell lines	Homo_sapiens	Microarray	12915489		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1733	GSE701	GSM10972;GSM10973;GSM10974;GSM10975;GSM10976	1;2;6;12;24	0;1;2;3;4	hour	after 10 Gy of IR exposure	Stress treatment					lymphoblastoid cell lines	Homo_sapiens	Microarray	12915489		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1734	GSE712	GSM11031;GSM11033;GSM11035;GSM11037;GSM11039	0.5;1;3;5;7	0;1;2;3;4	hour	CVB3 infection	Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1735	GSE712	GSM11029;GSM11030;GSM11032;GSM11034;GSM11036;GSM11038;GSM11040	0;0.5;1;3;5;7;9	0;1;2;3;4;5;6	hour		Virus or bacterial infection						Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1736	GSE770	GSM12094;GSM12183;GSM12184;GSM12185;GSM12186;GSM12187;GSM12188;GSM12189;GSM12190	1;2;4;6;8;12;16;20;24	0;1;2;3;4;5;6;7;8	hour	harvested after irradiation to a dose of 10 Sv	Stress treatment						Homo_sapiens	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1737	GSE973	GSM15389;GSM15390;GSM15391;GSM15392;GSM15393	0;0.5;1;2.5;6	0;1;2;3;4	hour	HUVEC (human umbilical vein endothelial cells) were stimulated with interleukin-1	Drug or reagent treatment						Homo_sapiens	Microarray	15130917		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1739	GSE103042	GSM2753147;GSM2753150;GSM2753152;GSM2753164;GSM2753170;GSM2753153;GSM2753162;GSM2753163;GSM2753165;GSM2753166;GSM2753139;GSM2753146;GSM2753148;GSM2753159;GSM2753161;GSM2753141;GSM2753143;GSM2753158;GSM2753172;GSM2753173;GSM2753142;GSM2753145;GSM2753155;GSM2753168;GSM2753169;GSM2753140;GSM2753144;GSM2753154;GSM2753156;GSM2753157;GSM2753149;GSM2753151;GSM2753160;GSM2753167;GSM2753171	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;7;7;7;7;7	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6	timepoint	Plasmodium coatneyi Hackeri	Virus or bacterial infection				Plasmodium coatneyi Hackeri	bone marrow	Macaca_mulatta	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1740	GSE103259	GSM2759329;GSM2759330;GSM2759331;GSM2759332;GSM2759333;GSM2759334;GSM2759335;GSM2759336;GSM2759337;GSM2759338;GSM2759339;GSM2759340;GSM2759341;GSM2759342;GSM2759343;GSM2759344;GSM2759345;GSM2759346;GSM2759347;GSM2759348;GSM2759349;GSM2759350;GSM2759351;GSM2759352;GSM2759353;GSM2759354;GSM2759355;GSM2759356;GSM2759357;GSM2759358;GSM2759359;GSM2759360;GSM2759361;GSM2759362;GSM2759363	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;7;7;7;7;7	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6	timepoint	Plasmodium coatneyi Hackeri	Virus or bacterial infection				Plasmodium coatneyi Hackeri	whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	31045574		GEO	No data preprocessing information
TCD1741	GSE103507	GSM2772566;GSM2772569;GSM2772574;GSM2772585;GSM2772594;GSM2772567;GSM2772573;GSM2772577;GSM2772584;GSM2772587;GSM2772568;GSM2772570;GSM2772578;GSM2772589;GSM2772591;GSM2772572;GSM2772576;GSM2772582;GSM2772593;GSM2772571;GSM2772575;GSM2772580;GSM2772592;GSM2772557;GSM2772559;GSM2772560;GSM2772561;GSM2772556;GSM2772558;GSM2772564;GSM2772565	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;7	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6	timepoint	Plasmodium cynomolgi strain B	Virus or bacterial infection				Plasmodium cynomolgi strain B	whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1742	GSE10367	GSM261983;GSM261984;GSM261985;GSM261986;GSM261987;GSM261988;GSM261989;GSM261990;GSM261991;GSM261992;GSM261993;GSM261994;GSM261975;GSM261976;GSM261977;GSM261978;GSM261979;GSM261980;GSM261981;GSM261982	10_12;10_12;10_12;10_12;14_16;14_16;14_16;14_16;18_19;18_19;18_19;18_19;3_5;3_5;3_5;3_5;7_8;7_8;7_8;7_8	2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;0;0;0;0;1;1;1;1	day	the stage of the luteum	Differentiation or development						Macaca_mulatta	Microarray	18258683|18635657		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1743	GSE104223	GSM2792849;GSM2792855;GSM2792860;GSM2792865;GSM2792872;GSM2792879;GSM2792851;GSM2792857;GSM2792862;GSM2792867;GSM2792874;GSM2792881;GSM2792852;GSM2792858;GSM2792863;GSM2792868;GSM2792875;GSM2792882;GSM2792877;GSM2792885;GSM2792888;GSM2792895;GSM2792869;GSM2792886;GSM2792889;GSM2792891;GSM2792894;GSM2792883;GSM2792890;GSM2792892;GSM2792893;GSM2792848;GSM2792854;GSM2792859;GSM2792864;GSM2792871;GSM2792878;GSM2792850;GSM2792856;GSM2792861;GSM2792866;GSM2792873;GSM2792880;GSM2792853;GSM2792870;GSM2792876;GSM2792884;GSM2792887	1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;5;7;7;7;7;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;2;2;2;2	timepoint	Plasmodium cynomolgi strain B	Virus or bacterial infection				Plasmodium cynomolgi strain B	whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1744	GSE106245	GSM2832735;GSM2832736;GSM2832737;GSM2832738;GSM2832739;GSM2832740;GSM2832741;GSM2832742;GSM2832743;GSM2832744;GSM2832745;GSM2832746	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	week	differentiation time	Differentiation or development					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Macaca_mulatta	RNA-Seq	29856954|30639214|33319914		GEO	No data preprocessing information
TCD1745	GSE12254	GSM307741;GSM307742;GSM307743;GSM307744;GSM307745;GSM307746;GSM307747;GSM307748;GSM307749;GSM307914;GSM307915	1;1;2;3;4;4;6;6;7;11;12	0;0;1;2;3;3;4;4;5;6;7	day	LCMV-WE infected	Virus or bacterial infection				LCMV-WE infected		Macaca_mulatta	Microarray	19216742		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1746	GSE123495	GSM3505068;GSM3505071;GSM3505074;GSM3505077;GSM3505088;GSM3505091;GSM3505106;GSM3505109;GSM3505112;GSM3505115	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	timepoint	collected time	Differentiation or development					bone marrow	Macaca_mulatta	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1747	GSE123495	GSM3505067;GSM3505070;GSM3505073;GSM3505076;GSM3505087;GSM3505090;GSM3505105;GSM3505108;GSM3505111;GSM3505114	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	timepoint	collected time	Differentiation or development					capillary	Macaca_mulatta	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1748	GSE123495	GSM3505066;GSM3505069;GSM3505072;GSM3505075;GSM3505086;GSM3505089;GSM3505104;GSM3505107;GSM3505110;GSM3505113	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	timepoint	collected time	Differentiation or development				infected with Plasmodium knowlesi	venous	Macaca_mulatta	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1749	GSE123495	GSM3505079;GSM3505078;GSM3505081;GSM3505080;GSM3505083;GSM3505082;GSM3505085;GSM3505084;GSM3505099;GSM3505098;GSM3505101;GSM3505100;GSM3505103;GSM3505102;GSM3505116;GSM3505117;GSM3505118;GSM3505119	-14;-14;-12;-12;-10;-10;-8;-8;2;2;4;4;6;6;12;14;16;18	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;8;9;10	day	pyrimethamine	Drug or reagent treatment	pyrimethamine	1 mg/kg			whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	25453034|31045574|28938907|34593836		GEO	No data preprocessing information
TCD1750	GSE207665	GSM6304531;GSM6304535;GSM6304539;GSM6304543;GSM6304545;GSM6304547	0;1;2;4;5;5	0;1;2;3;4;4	day	response to Sars-cov-2	Virus or bacterial infection					whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	36324810		GEO	No data preprocessing information
TCD1751	GSE207665	GSM6304571;GSM6304575;GSM6304578;GSM6304583;GSM6304588;GSM6304587	0;1;2;4;5;7	0;1;2;3;4;5	day	response to Sars-cov-2	Virus or bacterial infection					whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	36324810		GEO	No data preprocessing information
TCD1752	GSE207665	GSM6304551;GSM6304555;GSM6304559;GSM6304563;GSM6304565;GSM6304567	0;1;2;4;5;7	0;1;2;3;4;5	day	response to Sars-cov-2	Virus or bacterial infection					whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	36324810		GEO	No data preprocessing information
TCD1753	GSE207665	GSM6304532;GSM6304536;GSM6304540;GSM6304544;GSM6304546;GSM6304548	0;1;2;4;5;5	0;1;2;3;4;4	day	response to Sars-cov-2	Drug or reagent treatment	IFNmod	1mg/day			whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	36324810		GEO	No data preprocessing information
TCD1754	GSE207665	GSM6304552;GSM6304556;GSM6304560;GSM6304564;GSM6304568	0;1;2;4;7	0;1;2;3;4	day	response to Sars-cov-2	Drug or reagent treatment	IFNmod	1mg/day			whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	36324810		GEO	No data preprocessing information
TCD1755	GSE207665	GSM6304572;GSM6304576;GSM6304584;GSM6304586;GSM6304585	0;1;4;5;7	0;1;2;3;4	day	response to Sars-cov-2	Drug or reagent treatment	IFNmod	1mg/day			whole blood	Macaca_mulatta	RNA-Seq	36324810		GEO	No data preprocessing information
TCD1756	GSE2703	GSM52016;GSM52014;GSM52012;GSM52018;GSM52013;GSM52015	7pm;11am;3am;11pm;7am;3pm	4;5;0;5;1;3	time	circadianly regulated	Differentiation or development					adrenal gland	Macaca_mulatta	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1757	GSE58340	GSM1407431;GSM1407433;GSM1407430;GSM1407432;GSM1407429;GSM1407441;GSM1407443;GSM1407439;GSM1407440;GSM1407442;GSM1407449;GSM1407453;GSM1407451;GSM1407452;GSM1407450;GSM1407463;GSM1407459;GSM1407461;GSM1407460;GSM1407462;GSM1407471;GSM1407469;GSM1407472;GSM1407473;GSM1407470;GSM1407481;GSM1407480;GSM1407483;GSM1407479;GSM1407482;GSM1407491;GSM1407493;GSM1407490;GSM1407492;GSM1407489	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;7;7;7;7;7	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6	timepoint	pyrimethamine	Drug or reagent treatment	pyrimethamine	1 mg/kg			bone marrow	Macaca_mulatta	RNA-Seq	25453034		GEO	No data preprocessing information
TCD1758	GSE94273	GSM2472050;GSM2472051;GSM2472052;GSM2472053;GSM2472054;GSM2472055;GSM2472056;GSM2472057;GSM2472058;GSM2472059;GSM2472060;GSM2472061;GSM2472062;GSM2472063;GSM2472080;GSM2472064;GSM2472065;GSM2472066;GSM2472067;GSM2472068;GSM2472069;GSM2472070;GSM2472071;GSM2472072;GSM2472073;GSM2472074;GSM2472075;GSM2472076;GSM2472077;GSM2472078;GSM2472079	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;7	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6	timepoint	Plasmodium cynomolgi strain B	Virus or bacterial infection				Plasmodium cynomolgi strain B	bone marrow	Macaca_mulatta	RNA-Seq	28938907		GEO	No data preprocessing information
TCD1759	GSE143964	GSM4277364;GSM4277365;GSM4277366;GSM4277367;GSM4277368;GSM4277369;GSM4277370;GSM4277371;GSM4277372;GSM4277373;GSM4277374;GSM4277375;GSM4277376;GSM4277377;GSM4277378	0;0;0;3;3;3;6;6;6;9;9;9;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	post challenge with viable Aspergillus fumigatus conidia	Virus or bacterial infection					bone marrow	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1760	GSE143964	GSM4277379;GSM4277380;GSM4277381;GSM4277382;GSM4277383;GSM4277384;GSM4277385;GSM4277386;GSM4277387;GSM4277388;GSM4277389;GSM4277390;GSM4277391;GSM4277392;GSM4277393	0;0;0;3;3;3;6;6;6;9;9;9;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	post challenge with viable Aspergillus fumigatus conidia	Virus or bacterial infection			Nlrx1 knockout		bone marrow	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1763	GSE181708	GSM5509552;GSM5509553;GSM5509554;GSM5509555;GSM5509556;GSM5509557;GSM5509558;GSM5509559;GSM5509560;GSM5509561	8;8;24;24;48;48;96;96;144;144	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	time-course cooccurrence with lost all H3K4 methylations	Gene editing				Auxin		Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1764	GSE181708	GSM5509562;GSM5509563;GSM5509564;GSM5509565;GSM5509566;GSM5509567;GSM5509568;GSM5509569;GSM5509570;GSM5509571;GSM5509572;GSM5509573	0;0;8;8;24;24;48;48;96;96;144;144	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	time-course cooccurrence with lost all H3K4 methylations	Gene editing				DMSO		Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1765	GSE181708	GSM5509586;GSM5509587;GSM5509588;GSM5509589;GSM5509590;GSM5509591;GSM5509592;GSM5509593;GSM5509594;GSM5509595;GSM5509596;GSM5509597	0;0;24;24;2;2;48;48;4;4;8;8	0;0;4;4;1;1;5;5;2;2;3;3	hour	time-course cooccurrence with lost all H3K4 methylations	Gene editing			Kdm5a;Kdm5b knockout	DPY30mAID		Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1768	E-MEXP-1511	Control48hr.cel;Control0hr.cel;Control12hr.cel;Control24hr.cel;Control6hr.cel	48;0;12;24;6	4;0;2;3;1	hour	treated with 5ug/ml anti-IgM	Drug or reagent treatment	anti-IgM	5ug/ml	Mef2c knockout		spleen	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1769	E-MEXP-1511	Mef2ccKO0hr.cel;Mef2ccKO12hr.cel;Mef2ccKO24hr.cel;Mef2ccKO48hr.cel;Mef2ccKO6hr.cel	0;12;24;48;6	0;2;3;4;1	hour	treated with 5ug/ml anti-IgM	Drug or reagent treatment	anti-IgM	5ug/ml	Mef2c;Cd19 knockout		spleen	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1770	E-MEXP-1689	ERY_90_241_230502U74A.CEL;ERY_102_311_230502U74A.CEL;ERY_93_244_230502U74A.CEL;ERY_118_341_270502U74A.CEL;ERY_77_217_220502U74A.CEL;ERY_106_315_270502U74A.CEL;ERY_71_211_220502U74A.CEL;ERY_120_344_270502U74A.CEL;ERY_94_245_230502U74A.CEL;ERY_121_345_270502U74A.CEL	0;6;46;0;2;2;6;46;60;60	0;2;3;0;1;1;2;3;4;4	hour	erythroid differentiation	Differentiation or development	Epo;Fe-loaded transferrin	5U/ml;0.5mg/ml		I-11 cell line	erythroblast	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1771	E-MEXP-1689	ERY_60_141_220502U74A.CEL;ERY_28_41_070502U74A.CEL;ERY_45_115_070502U74A.CEL;ERY_13_15_060502U74A.CEL;ERY_41_111_070502U74A.CEL;ERY_9_11_060502U74A.CEL;ERY_31_44_070502U74A.CEL;ERY_63_144_030602U74A.CEL;ERY_32_45_070502U74A.CEL;ERY_64_145_030602U74A.CEL	0;0;2;2;6;6;46;46;60;60	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	erythroid differentiation	Differentiation or development	Epo;Fe-loaded transferrin	5U/ml;0.5mg/ml		R10 cell line	erythroblast	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1772	E-MEXP-1976	AFFS070.m412d2.141004.CEL;M4.12d2.8mouse430_2.CEL;affs314.3.230605.CEL;affs447.7.201005.CEL;affs447.4.201005.CEL;affs447.3.201005.CEL;affs314.4.230605.CEL;affs447.8.201005.CEL;M4.12d3240804.CEL;AnnaM_050804_M147d4.CEL;AFFS070.m412d6.141004.CEL	2;2.8;2.8;2.8;2.8;2.8;2.8;2.8;3;4;6	0;1;1;1;1;1;1;1;2;3;4	day	early development	Differentiation or development			Mixl1 knockout		ES cell	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1773	E-MEXP-1976	AFFS070.m147d2.141004.CEL;affs447.2.201005.CEL;affs447.1.201005.CEL;affs314.2.230605.CEL;affs447.6.201005.CEL;M147d2.8mouse430_2.CEL;affs447.5.201005.CEL;affs314.1.230605.CEL;M147d3240804.CEL;AnnaM_050804_M4.12d4.CEL;AFFS070.m147d6.141004.CEL	2;2.8;2.8;2.8;2.8;2.8;2.8;2.8;3;4;6	0;1;1;1;1;1;1;1;2;3;4	day	early development	Differentiation or development			Mixl1 heterozygous knockout		ES cell	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1774	E-MEXP-759	H_24h_DKK1;H_36h_DKK1;H_48h_DKK1;H_54h_DKK1;H_60h_DKK1;H_66h_DKK1;H_72h_DKK1;H_96h_DKK1	24;36;48;54;60;66;72;96	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	effect of DKK1 treatment	Drug or reagent treatment	DKK1				differentiating embryonic stem cells	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1775	E-MEXP-759	H_0h;H_24h;H_36h;H_48h;H_54h;H_60h;H_66h;H_72h;H_96h	0;24;36;48;54;60;66;72;96	0;1;2;3;4;5;6;7;8	hour	none	Drug or reagent treatment					differentiating embryonic stem cells	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1776	E-MEXP-842	H_ZT0MinusDox_13;H_ZT0MinusDox_1;H_ZT4MinusDox_14;H_ZT4MinusDox_2;H_ZT8MinusDox_3;H_ZT8MinusDox_15;H_ZT12MinusDox_16;H_ZT12MinusDox_4;H_ZT16MinusDox_5;H_ZT16MinusDox_17;H_ZT20MinusDox_6;H_ZT20MinusDox_18	0;0;4;4;8;8;12;12;16;16;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	conditionally active liver clock	Drug or reagent treatment	doxycycline	0 g/kg			liver	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1778	E-MEXP-878	H_SAMPLE191634SUB2801;H_SAMPLE191635SUB2801;H_SAMPLE191636SUB2801;H_SAMPLE191638SUB2801;H_SAMPLE191637SUB2801;H_SAMPLE191639SUB2801;H_SAMPLE191642SUB2801;H_SAMPLE191641SUB2801;H_SAMPLE191640SUB2801;H_SAMPLE191645SUB2801;H_SAMPLE191644SUB2801;H_SAMPLE191643SUB2801;H_SAMPLE191648SUB2801;H_SAMPLE191647SUB2801;H_SAMPLE191646SUB2801;H_SAMPLE191649SUB2801;H_SAMPLE191650SUB2801;H_SAMPLE191651SUB2801;H_SAMPLE191652SUB2801;H_SAMPLE191653SUB2801;H_SAMPLE191654SUB2801	0.25;0.25;0.25;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8;12;12;12;16;16;16	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	day	differentiating hippocampus neurons	Differentiation or development					hippocampus	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1779	E-MIMR-38	Hybridization.FFR2004100501A;Hybridization.FFR2004100502A;Hybridization.FFR2004100503A;Hybridization.FFR2004100504A;Hybridization.FFR2004100507A;Hybridization.FFR2004100506A;Hybridization.FFR2004100505A;Hybridization.FFR2004100508A	0;12;24;48;72;72;72;96	0;1;2;3;4;4;4;5	hour	naive CD8+ T-cell differentiation during a primary immune response	Differentiation or development					spleen	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1780	E-MTAB-10217	ERR5630253;ERR5630254;ERR5630255;ERR5630256;ERR5630257;ERR5630258;ERR5630259;ERR5630260;ERR5630261;ERR5630262;ERR5630263;ERR5630264;ERR5630265;ERR5630266;ERR5630267;ERR5630268;ERR5630269;ERR5630270	0;0;0;1;1;1;24;24;24;24;2;2;2;2;0.5;0.5;0.5;0.5	0;0;0;2;2;2;4;4;4;4;3;3;3;3;1;1;1;1	hour	TNF	Drug or reagent treatment	TNF	40 nanogram per milliliter	Il10 knockout			Mus_musculus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD1784	E-MTAB-3474	X01_Meyer.CEL;X02_Meyer.CEL;X03_Meyer.CEL;X10_Meyer.CEL;X11_Meyer.CEL;X09_Meyer.CEL;X05_Meyer.CEL;X06_Meyer.CEL;X07_Meyer.CEL;X25_Meyer.CEL;X26_Meyer.CEL;X27_Meyer.CEL;X21_Meyer.CEL;X22_Meyer.CEL;X23_Meyer.CEL;X45_Meyer.CEL;X46_Meyer.CEL;X47_Meyer.CEL;X69_Meyer.CEL;X70_Meyer.CEL;X71_Meyer.CEL;X37_Meyer.CEL;X38_Meyer.CEL;X39_Meyer.CEL	0_hours_growth;0_hours_growth;0_hours_growth;4_hours_differentiation;4_hours_differentiation;4_hours_differentiation;4_hours_growth;4_hours_growth;4_hours_growth;12_hours_differentiation;12_hours_differentiation;12_hours_differentiation;12_hours_growth;12_hours_growth;12_hours_growth;24_hours_differentiation;24_hours_differentiation;24_hours_differentiation;24_hours_differentiation;24_hours_differentiation;24_hours_differentiation;24_hours_growth;24_hours_growth;24_hours_growth	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;5;5;5;6;6;6	development_stage	skeletal myoblast differentiation	Differentiation or development					myoblast	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1786	E-MTAB-7115	ERR6688384;ERR6688385;ERR6688386;ERR6688387;ERR6688388;ERR6688389;ERR6688390;ERR6688391;ERR6688392;ERR6688393;ERR6688394;ERR6688395	0;1;2;3;3;6;6;12;24;0.5;48;72	0;2;3;4;4;5;5;6;7;1;8;9	hour	collected time	Differentiation or development			CEBPA overexpression		blood	Mus_musculus	RNA-Seq		lymphoma	ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD1787	E-MTAB-7743	CY_01.CEL;CY_02.CEL;CY_03.CEL;CY_04.CEL;CY_05.CEL;CY_06.CEL;CY_07.CEL;CY_08.CEL;CY_10.CEL;CY_09.CEL;CY_11.CEL;CY_12.CEL;X01.CEL;X02.CEL;X03.CEL;X04.CEL;X05.CEL;X06.CEL;X07.CEL;X08.CEL;X09.CEL;X10.CEL;X11.CEL;X12.CEL	36;36;40;40;44;44;48;48;52;52;56;56;60;60;64;64;68;68;72;72;76;76;80;80	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11	hour	circadian manner	Differentiation or development					tail	Mus_musculus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD1788	E-MTAB-7957	ERR3320831;ERR3320842;ERR3320853;ERR3320864;ERR3320875;ERR3320877;ERR3320832;ERR3320878;ERR3320879;ERR3320880;ERR3320833;ERR3320834;ERR3320835;ERR3320836;ERR3320837;ERR3320838;ERR3320839;ERR3320840;ERR3320841	3;3;3;7;7;7;14;14;14;14;28;28;28;28;28;42;42;42;42	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3	day	after the initial ischemic	Stress treatment					kidney	Mus_musculus	RNA-Seq		regeneration	ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD1789	E-MTAB-7957	ERR3320846;ERR3320847;ERR3320848;ERR3320849;ERR3320850;ERR3320851;ERR3320852;ERR3320854;ERR3320855;ERR3320856;ERR3320857;ERR3320858;ERR3320859;ERR3320860;ERR3320861;ERR3320862;ERR3320863;ERR3320865;ERR3320866;ERR3320867;ERR3320868;ERR3320869;ERR3320870;ERR3320871;ERR3320872	3;3;3;3;3;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;28;28;28;28;28;42;42;42;42;42	3;4;4;4;4;4;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	day	after the initial ischemic	Stress treatment					kidney	Mus_musculus	RNA-Seq		fibrosis	ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD1790	E-MTAB-8046	ERR3366428;ERR3366437;ERR3366443;ERR3366431;ERR3366434;ERR3366440	1;3;6;12;24;48	0;1;2;3;4;5	hour	reprogramming trajectories	Differentiation or development					epiblast	Mus_musculus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD1791	E-MTAB-8046	ERR3366459;ERR3366410;ERR3366418;ERR3366424;ERR3366412;ERR3366415;ERR3366421	0;1;3;6;12;24;48	0;1;2;3;4;5;6	hour	reprogramming trajectories	Differentiation or development			Rex1-GFP; Esrrb transgene		epiblast	Mus_musculus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD1792	E-MTAB-8046	ERR3366460;ERR3366463;ERR3366472;ERR3366478;ERR3366466;ERR3366469;ERR3366475	0;1;3;6;12;24;48	0;1;2;3;4;5;6	hour	reprogramming trajectories	Differentiation or development			Rex1-GFP; Klf2 transgene		epiblast	Mus_musculus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD1793	E-MTAB-8046	ERR3366427;ERR3366436;ERR3366442;ERR3366430;ERR3366433;ERR3366439	1;3;6;12;24;48	0;1;2;3;4;5	hour	reprogramming trajectories	Differentiation or development					epiblast	Mus_musculus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
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TCD1795	E-MTAB-8046	ERR3366462;ERR3366471;ERR3366477;ERR3366465;ERR3366468;ERR3366474	1;3;6;12;24;48	0;1;2;3;4;5	hour	reprogramming trajectories	Differentiation or development			Rex1-GFP; Klf2 transgene		epiblast	Mus_musculus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
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TCD1827	GSE1025	GSM15863;GSM15864;GSM15865;GSM15936;GSM15937;GSM15938;GSM16451;GSM16452;GSM16453;GSM16457;GSM16458;GSM16459;GSM16463;GSM16464;GSM16465;GSM16469;GSM16470;GSM16471	7;7;7;14;14;14;23;23;23;28;28;28;56;56;56;112;112;112	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	dystrophin-deficient	Stress treatment				dystrophin-deficient		Mus_musculus	Microarray	12874102	dystrophin-deficient	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1828	GSE1026	GSM16472;GSM16473;GSM16474;GSM16478;GSM16479;GSM16480;GSM16484;GSM16485;GSM16486;GSM16490;GSM16491;GSM16492;GSM16496;GSM16497;GSM16498;GSM16502;GSM16503;GSM16504	7;7;7;14;14;14;23;23;23;28;28;28;56;56;56;112;112;112	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	dystrophin-deficient	Stress treatment						Mus_musculus	Microarray	14681298	dystrophin-deficient	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1829	GSE1026	GSM16475;GSM16476;GSM16477;GSM16481;GSM16482;GSM16483;GSM16487;GSM16488;GSM16489;GSM16493;GSM16494;GSM16495;GSM16499;GSM16500;GSM16501;GSM16505;GSM16506;GSM16507	7;7;7;14;14;14;23;23;23;28;28;28;56;56;56;112;112;112	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	dystrophin-deficient	Stress treatment				dystrophin-deficient		Mus_musculus	Microarray	14681298	dystrophin-deficient	GEO	The data has not been log2 converted
TCD1830	GSE103662	GSM2778500;GSM2778501;GSM2778502;GSM2778503;GSM2778504;GSM2778505;GSM2778506;GSM2778507	0;5;9;12;16;16;16;20	0;1;2;3;4;4;4;5	day	after induction with doxycycline	Drug or reagent treatment	doxycycline		Sdhc knockout			Mus_musculus	RNA-Seq	29888767|31234811		GEO	No data preprocessing information
TCD1831	GSE103662	GSM2778508;GSM2778509;GSM2778510;GSM2778511;GSM2778512;GSM2778513;GSM2778514;GSM2778515	0;5;9;12;16;16;16;20	0;1;2;3;4;4;4;5	day	after induction with doxycycline	Drug or reagent treatment	doxycycline					Mus_musculus	RNA-Seq	29888767|31234811		GEO	No data preprocessing information
TCD1832	GSE103979	GSM2787269;GSM2787295;GSM2787270;GSM2787296;GSM2787271;GSM2787297;GSM2787272;GSM2787298;GSM2787273;GSM2787299	0;0;1;1;3;3;5;5;8;8	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day	different time points during the somatic cell reprogramming	Differentiation or development			Oct4 mutant			Mus_musculus	RNA-Seq	31375664		GEO	No data preprocessing information
TCD1833	GSE103979	GSM2787284;GSM2787310;GSM2787285;GSM2787311;GSM2787286;GSM2787312;GSM2787287;GSM2787313;GSM2787288;GSM2787314	0;0;1;1;3;3;5;5;8;8	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day	different time points during the somatic cell reprogramming	Differentiation or development			Oct4;Sox2 mutant			Mus_musculus	RNA-Seq	31375664		GEO	No data preprocessing information
TCD1834	GSE103979	GSM3381672;GSM3381673;GSM3381674;GSM3381675;GSM3381677;GSM3381676;GSM3381678;GSM3381679;GSM3381680;GSM3381681	0;0;1;1;3;3;5;5;8;8	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day	different time points during the somatic cell reprogramming	Differentiation or development						Mus_musculus	RNA-Seq	31375664		GEO	No data preprocessing information
TCD1835	GSE104284	GSM3146616;GSM3146617;GSM3146614;GSM3146615;GSM3146618;GSM3146619;GSM3146620;GSM3146621;GSM3146612;GSM3146613	3;3;24;24;48;48;72;72;168;168	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	Severe Trauma	Stress treatment						Mus_musculus	RNA-Seq	27773702		GEO	No data preprocessing information
TCD1836	GSE1049	GSM16840;GSM16841;GSM16842;GSM16843;GSM16844;GSM16845;GSM16846;GSM16847;GSM16848;GSM16849;GSM16850;GSM16851;GSM16852;GSM16853;GSM16854	0;0;0;4;4;4;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	during myogenesis in novel cell lines from extraocular and hindlimb muscle	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	16291736		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1838	GSE1052	GSM16855;GSM16856;GSM16857;GSM16858;GSM16859;GSM16860;GSM16861;GSM16862;GSM16863;GSM16957;GSM16958;GSM16959;GSM16960;GSM16961;GSM16962	0;0;0;4;4;4;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	culture time	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	16291736		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1840	GSE105413	GSM2825717;GSM2825725;GSM2825718;GSM2825726;GSM2825719;GSM2825727;GSM2825720;GSM2825728;GSM2825721;GSM2825729;GSM2825722;GSM2825730;GSM2825723;GSM2825731;GSM2825724;GSM2825732	0;0;3;3;6;6;9;9;12;12;15;15;18;18;21;21	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	zeitgeber_time	metabolic amplitude	Differentiation or development						Mus_musculus	RNA-Seq	29386110		GEO	No data preprocessing information
TCD1841	GSE105413	GSM2825733;GSM2825741;GSM2825734;GSM2825742;GSM2825735;GSM2825743;GSM2825736;GSM2825744;GSM2825737;GSM2825745;GSM2825738;GSM2825746;GSM2825739;GSM2825747;GSM2825740;GSM2825748	0;0;3;3;6;6;9;9;12;12;15;15;18;18;21;21	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	zeitgeber_time	metabolic amplitude	Differentiation or development			Noct knockout			Mus_musculus	RNA-Seq	29386110		GEO	No data preprocessing information
TCD1842	GSE10562	GSM266781;GSM266782;GSM266783;GSM266784;GSM266785;GSM266786;GSM266787;GSM266788;GSM266789;GSM266790;GSM266791;GSM266792	20;40;60;80;100;120;140;160;180;200;220;240	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	minute	a retrovirus carryng the DNp63alpha	Virus or bacterial infection	Tamoxifen					Mus_musculus	Microarray	18441228		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1843	GSE10563	GSM266795;GSM266796;GSM266797;GSM266798;GSM266799;GSM266800	20;40;60;120;180;240	0;1;2;3;4;5	minute	a retrovirus carryng the DNp63alpha	Virus or bacterial infection	Tamoxifen					Mus_musculus	Microarray	18441228		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1844	GSE106	GSM3053;GSM3054;GSM3055;GSM3056;GSM3057	0;1;3;6;9	0;1;2;3;4	hour	progesterone	Drug or reagent treatment	progesterone	0.2mg/0.1mL				Mus_musculus	Microarray	12554760		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1845	GSE10644	GSM268268;GSM268269;GSM268270;GSM268259;GSM268260;GSM268261;GSM268271;GSM268272;GSM268273;GSM268262;GSM268263;GSM268264;GSM268256;GSM268257;GSM268258;GSM268265;GSM268266;GSM268267	12am;12am;12am;12pm;12pm;12pm;4am;4am;4am;4pm;4pm;4pm;8am;8am;8am;8pm;8pm;8pm	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	clock	collected time	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	18848557		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1846	GSE106793	GSM2850366;GSM2850367;GSM2850368;GSM2850369;GSM2850370;GSM2850371;GSM2850372;GSM2850373;GSM2850374;GSM2850375;GSM2850376;GSM2850377;GSM2850378;GSM2850379;GSM2850380;GSM2850381;GSM2850382;GSM2850383;GSM2850384;GSM2850385;GSM2850386;GSM2850387;GSM2850388;GSM2850389;GSM2850390;GSM2850391;GSM2850392;GSM2850393;GSM2850394;GSM2850395;GSM2850396;GSM2850397;GSM2850398;GSM2850399;GSM2850400;GSM2850401;GSM2850402;GSM2850403;GSM2850404;GSM2850405;GSM2850406;GSM2850407;GSM2850408;GSM2850409	0;0;0;0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;96;96;96;120;144;144;144;168	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11;12;12;12;13;14;14;14;15	hour	after B cell differentiation of iLS cells	Differentiation or development					fetal liver induced leukocyte stem cell (FL iLS)	Mus_musculus	RNA-Seq	29440259		GEO	No data preprocessing information
TCD1847	GSE106941	GSM2857862;GSM2857863;GSM2857864;GSM2857865;GSM2857870;GSM2857871;GSM2857872;GSM2857873;GSM2857878;GSM2857879;GSM2857880;GSM2857881;GSM2857885;GSM2857886;GSM2857887;GSM2857855;GSM2857856;GSM2857857;GSM2857858	E10.5;E10.5;E10.5;E10.5;E11.5;E11.5;E11.5;E11.5;E12.5;E12.5;E12.5;E12.5;E13.5;E13.5;E13.5;E9.5;E9.5;E9.5;E9.5	1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;0;0;0;0	age	eye development	Differentiation or development			Aey69 mutant		embryo	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1848	GSE106941	GSM2857866;GSM2857867;GSM2857868;GSM2857869;GSM2857874;GSM2857875;GSM2857876;GSM2857877;GSM2857882;GSM2857883;GSM2857884;GSM2857888;GSM2857889;GSM2857890;GSM2857859;GSM2857860;GSM2857861	E10.5;E10.5;E10.5;E10.5;E11.5;E11.5;E11.5;E11.5;E12.5;E12.5;E12.5;E12.5;E13.5;E13.5;E9.5;E9.5;E9.5	1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;0;0;0	age	eye development	Differentiation or development					embryo	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1849	GSE107	GSM3059;GSM3060;GSM3061;GSM3062;GSM3063	6;12;15;18;24	0;1;2;3;4	hour	progesterone	Drug or reagent treatment	progesterone	0.2mg/0.1mL			uterus	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1851	GSE109345	GSM2940129;GSM2940130;GSM2940131;GSM2940185;GSM2940198;GSM2940206;GSM2940134;GSM2940136;GSM2940137;GSM2940192;GSM2940193;GSM2940195;GSM2940132;GSM2940133;GSM2940135;GSM2940194;GSM2940196;GSM2940197;GSM2940161;GSM2940162;GSM2940202;GSM2940203;GSM2940204;GSM2940205;GSM2940147;GSM2940148;GSM2940171;GSM2940183;GSM2940184;GSM2940186	0;0;0;0;0;0;6;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;12;18;18;18;18;18;18;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	week	standard diet	Stress treatment			LDLr knockout		liver	Mus_musculus	RNA-Seq	29276754|35897797		GEO	No data preprocessing information
TCD1852	GSE10941	GSM237390;GSM237395;GSM237397;GSM237393;GSM237399;GSM237401	3;12;24;7;36;48	0;2;3;1;4;5	week	gene expression pattern	Gene editing					kidney	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1853	GSE10941	GSM237392;GSM237396;GSM237398;GSM237394;GSM237400;GSM237402	3;12;24;7;36;48	0;2;3;1;4;5	week	gene expression pattern	Gene editing			Mxi1 knockout		kidney	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1854	GSE109847	GSM2971221;GSM2971222;GSM2971223;GSM2971224;GSM2971225;GSM2971226;GSM2971227	E13.5;E15.5;E18.5;E18.5;P14;P56;P56	0;1;2;2;3;4;4	development_stage	the different developmental stages of the lungs	Differentiation or development					lung	Mus_musculus	RNA-Seq	30639966|30842492		GEO	No data preprocessing information
TCD1855	GSE109863	GSM2971788;GSM2971789;GSM2971790;GSM2971794;GSM2971795;GSM2971796;GSM2971800;GSM2971801;GSM2971802;GSM2971806;GSM2971807;GSM2971808;GSM2971812;GSM2971813;GSM2971814;GSM2971818;GSM2971819;GSM2971820;GSM2971824;GSM2971825;GSM2971826	2;2;2;4;4;4;8;8;8;12;12;12;24;24;24;72;72;72;168;168;168	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	sesame oil treatment	Drug or reagent treatment					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	29752288		GEO	No data preprocessing information
TCD1856	GSE109863	GSM2971791;GSM2971792;GSM2971793;GSM2971797;GSM2971798;GSM2971799;GSM2971803;GSM2971804;GSM2971805;GSM2971809;GSM2971810;GSM2971811;GSM2971815;GSM2971816;GSM2971817;GSM2971821;GSM2971822;GSM2971823;GSM2971827;GSM2971828;GSM2971829	2;2;2;4;4;4;8;8;8;12;12;12;24;24;24;72;72;72;168;168;168	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	TCDD treatment	Drug or reagent treatment	TCDD	30娓璯/ kg			liver	Mus_musculus	RNA-Seq	29752288		GEO	No data preprocessing information
TCD1857	GSE110015	GSM2976418;GSM2976419;GSM2976420;GSM2976421;GSM2976422;GSM2976423;GSM2976424	1;2;3;4;5;7;10	0;1;2;3;4;5;6	day	injury	Drug or reagent treatment	notexin			injury	liver	Mus_musculus	RNA-Seq	31809738		GEO	No data preprocessing information
TCD1858	GSE11005	GSM278295;GSM278296;GSM278297;GSM278298;GSM278299;GSM278300;GSM278301;GSM278302;GSM278281;GSM278282;GSM278283;GSM278284;GSM278285;GSM278286;GSM278287;GSM278288;GSM278289;GSM278290;GSM278291;GSM278292;GSM278293;GSM278294;GSM278235;GSM278236;GSM278237;GSM278251;GSM278252;GSM278253;GSM278254;GSM278255;GSM278256;GSM278257;GSM278258;GSM278259;GSM278260;GSM278261;GSM278262;GSM278263;GSM278264;GSM278265;GSM278266;GSM278267;GSM278268;GSM278269;GSM278270;GSM278243;GSM278244;GSM278245	7;7;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14;14;14;21;21;21;21;21;21;32;32;32;34;34;34;34;34;34;34;34;34;34;41;41;41;41;41;41;41;41;41;41;75;75;75	0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;6;6;6	day	exposed to Pneumocystis	Virus or bacterial infection					liver	Mus_musculus	Microarray	18467653		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD1880	GSE115104	GSM3165318;GSM3165319;GSM3165320;GSM3165321;GSM3165322;GSM3165323;GSM3165324;GSM3165325;GSM3165326;GSM3165327;GSM3165328;GSM3165329;GSM3165330;GSM3165331;GSM3165332;GSM3165333;GSM3165334;GSM3165335;GSM3165336;GSM3165337;GSM3165338;GSM3165339;GSM3165340;GSM3165341	1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	timepoint	the presence of non-epidermal clocks	Differentiation or development			Bmal1 knockout;Bmal1 reexpression	light entrainment	interfollicular epidermis	Mus_musculus	RNA-Seq	31150620		GEO	No data preprocessing information
TCD1881	GSE11516	GSM290057;GSM290058;GSM290059;GSM290060;GSM290061;GSM290062;GSM290063;GSM290064;GSM290065;GSM290066;GSM290067;GSM290068;GSM290069;GSM290070;GSM290071;GSM290072;GSM290073;GSM290074;GSM290075;GSM290076;GSM290077;GSM290078;GSM290079;GSM290080;GSM290081;GSM290082;GSM290083;GSM290084;GSM290085;GSM290086;GSM290087;GSM290088;GSM290089;GSM290090;GSM290091;GSM290092	4;4;4;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20;24;24;24;28;28;28;32;32;32;36;36;36;40;40;40;44;44;44;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	Microarray	19478556		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1882	GSE115264	GSM3172819;GSM3172820;GSM3172821;GSM3172822;GSM3172823;GSM3172824;GSM3172825;GSM3172826;GSM3172827;GSM3172828;GSM3172829;GSM3172830;GSM3172831;GSM3172832;GSM3172833;GSM3172834;GSM3172835;GSM3172836;GSM3172837;GSM3172838;GSM3172839;GSM3172840;GSM3172841	0;0;0;0;4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;20;20;20;20	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;5;5;5;5	timepoint	Liver metabolism	Differentiation or development			Bmal1 knockout		liver	Mus_musculus	RNA-Seq	34724846		GEO	No data preprocessing information
TCD1883	GSE115264	GSM3172842;GSM3172843;GSM3172844;GSM3172845;GSM3172846;GSM3172847;GSM3172848;GSM3172849;GSM3172850;GSM3172851;GSM3172852;GSM3172853;GSM3172854;GSM3172855;GSM3172856;GSM3172857;GSM3172858;GSM3172859;GSM3172860;GSM3172861;GSM3172862;GSM3172863;GSM3172864;GSM3172865;GSM3172866	0;0;0;0;4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;16;16;20;20;20;20	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5	timepoint	Liver metabolism	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	34724846		GEO	No data preprocessing information
TCD1884	GSE11539	GSM290631;GSM290632;GSM290633;GSM290634;GSM290635	E11.5;E13.5;E14.5;E16.5;P5	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	Murine embryonic lung development	Differentiation or development					lung	Mus_musculus	Microarray	18611264		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1885	GSE116479	GSM3239858;GSM3239859;GSM3239860;GSM3239861;GSM3239862;GSM3239863;GSM3239864;GSM3239865;GSM3239866;GSM3239867	0;0;4;4;8;8;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	doxycycline	Drug or reagent treatment	doxycycline	1ug/ml				Mus_musculus	RNA-Seq	30595450		GEO	No data preprocessing information
TCD1886	GSE117736	GSM3307917;GSM3307926;GSM3307934;GSM3307918;GSM3307927;GSM3307935;GSM3307920;GSM3307929;GSM3307937;GSM3307922;GSM3307931;GSM3307939;GSM3307924;GSM3307933;GSM3307941	0;0;0;6;6;6;24;24;24;48;48;48;72;72;72	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	zeitgeber_time	incubated time after neural progenitor cells-derived astrocytes differentiation	Differentiation or development					Neural progenitor cells	Mus_musculus	Microarray	33917855		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1887	GSE117896	GSM3314677;GSM3314678;GSM3314679;GSM3314680;GSM3314681;GSM3314682;GSM3314683;GSM3314684;GSM3314685;GSM3314686;GSM3314687;GSM3314688;GSM3314689;GSM3314690;GSM3314691;GSM3314692	0;0;1;1;6;6;12;12;24;24;36;36;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	embryonic stem cells (ESCs) to epiblast-like cells (EpiLCs) transition	Differentiation or development					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	RNA-Seq	31078527		GEO	No data preprocessing information
TCD1888	GSE118083	GSM3318384;GSM3318385;GSM3318386;GSM3318387;GSM3318388;GSM3318389;GSM3318390;GSM3318391;GSM3318392;GSM3318393;GSM3318394;GSM3318395;GSM3318396;GSM3318397;GSM3318398	E12.5;E13.5;E14.5;E15.5;E16.5;E17.5;E18.5;PD1;PD3;PD5;PW1;PW2;PW3;PW6;PW8	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14	development_stage	Mouse stomach development	Differentiation or development					stomach	Mus_musculus	RNA-Seq	30464175		GEO	No data preprocessing information
TCD1889	GSE11858	GSM299491;GSM299492;GSM299493;GSM299494;GSM299495;GSM299496	1;3;6;12;18;24	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	E2	Drug or reagent treatment	E2	0.05 ug mg			mammary gland	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1890	GSE118616	GSM3335455;GSM3335456;GSM3335457;GSM3335458;GSM3335459;GSM3335460;GSM3335461;GSM3335462;GSM3335463;GSM3335464;GSM3335465;GSM3335466;GSM3335467;GSM3335468;GSM3335469;GSM3335470;GSM3335471;GSM3335472;GSM3335473;GSM3335474;GSM3335475;GSM3335476;GSM3335477;GSM3335478;GSM3335479;GSM3335480;GSM3335481;GSM3335482;GSM3335483;GSM3335484	2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;5;5;5;5;5;5;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	zeitgeber_time	after control injection	Drug or reagent treatment					whole blood	Mus_musculus	Microarray	32931585		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1891	GSE118616	GSM3335485;GSM3335486;GSM3335487;GSM3335488;GSM3335489;GSM3335490;GSM3335491;GSM3335492;GSM3335493;GSM3335494;GSM3335495;GSM3335496;GSM3335497;GSM3335498;GSM3335499;GSM3335500;GSM3335501;GSM3335502;GSM3335503;GSM3335504;GSM3335505;GSM3335506;GSM3335507;GSM3335508;GSM3335509;GSM3335510;GSM3335511;GSM3335512;GSM3335513;GSM3335514	2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;5;5;5;5;5;5;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	zeitgeber_time	injected with 137 CsCl solution	Drug or reagent treatment	137 CsCl	158 microCurie			whole blood	Mus_musculus	Microarray	32931585		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1892	GSE118616	GSM3335515;GSM3335516;GSM3335517;GSM3335518;GSM3335519;GSM3335520;GSM3335521;GSM3335522;GSM3335523;GSM3335524;GSM3335525;GSM3335526;GSM3335527;GSM3335528;GSM3335529;GSM3335530;GSM3335531;GSM3335532;GSM3335533;GSM3335534;GSM3335535;GSM3335536;GSM3335537;GSM3335538;GSM3335539;GSM3335540;GSM3335541;GSM3335542;GSM3335543;GSM3335544;GSM3335545	2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;5;5;5;5;5;5;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	zeitgeber_time	injected with 137 CsCl solution	Drug or reagent treatment	137 CsCl	191 microCurie			whole blood	Mus_musculus	Microarray	32931585		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1893	GSE118616	GSM3335546;GSM3335547;GSM3335548;GSM3335549;GSM3335550;GSM3335551;GSM3335552;GSM3335553;GSM3335554;GSM3335555;GSM3335556;GSM3335557;GSM3335558;GSM3335559;GSM3335560;GSM3335561;GSM3335562;GSM3335563;GSM3335564;GSM3335565;GSM3335566;GSM3335567;GSM3335568;GSM3335569;GSM3335570;GSM3335571;GSM3335572;GSM3335573;GSM3335574;GSM3335575;GSM3335576	2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;5;5;5;5;5;5;7;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4	zeitgeber_time	injected with 137 CsCl solution	Drug or reagent treatment	137 CsCl	215 microCurie			whole blood	Mus_musculus	Microarray	32931585		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1894	GSE118616	GSM3335577;GSM3335578;GSM3335579;GSM3335580;GSM3335581;GSM3335582;GSM3335583;GSM3335584;GSM3335585;GSM3335586;GSM3335587;GSM3335588;GSM3335589;GSM3335590;GSM3335591;GSM3335592;GSM3335593;GSM3335594;GSM3335595;GSM3335596;GSM3335597;GSM3335598;GSM3335599;GSM3335600;GSM3335601;GSM3335602;GSM3335603;GSM3335604;GSM3335605;GSM3335606	2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;5;5;5;5;5;5;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	zeitgeber_time	injected with 137 CsCl solution	Drug or reagent treatment	137 CsCl	259 microCurie			whole blood	Mus_musculus	Microarray	32931585		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1895	GSE11922	GSM301300;GSM301301;GSM301302;GSM301303;GSM301304;GSM301305;GSM301306;GSM301307;GSM301308;GSM301309;GSM301310;GSM301311;GSM301312;GSM301313;GSM301314;GSM301315;GSM301316;GSM301317;GSM301318;GSM301319;GSM301320;GSM301321;GSM301322;GSM301323;GSM301324;GSM301325;GSM301326;GSM301327;GSM301328;GSM301329;GSM301330;GSM301331;GSM301332;GSM301333;GSM301334;GSM301335;GSM301336;GSM301337;GSM301338;GSM301339;GSM301340;GSM301341;GSM301342;GSM301343;GSM301344;GSM301345;GSM301346;GSM301347	20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35;36;37;38;39;40;41;42;43;44;45;46;47;48;49;50;51;52;53;54;55;56;57;58;59;60;61;62;63;64;65;66;67	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35;36;37;38;39;40;41;42;43;44;45;46;47	zeitgeber_time	synchronized with forskolin	Drug or reagent treatment					NIH3T3 fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	19343201		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1898	GSE123427	GSM3502979;GSM3502980;GSM3502981;GSM3502982;GSM3502983;GSM3502984;GSM3502985;GSM3502986;GSM3502987;GSM3502988;GSM3502989;GSM3502990;GSM3502991;GSM3502992;GSM3502993;GSM3502994;GSM3502995;GSM3502996;GSM3502997;GSM3502998;GSM3502999;GSM3503000;GSM3503001;GSM3503002;GSM3503003;GSM3503004;GSM3503005;GSM3503006;GSM3503007;GSM3503008	1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;7;7;7;7;7;7;9;9;9;12;12;12;16;16;16	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	Month	liver tumourigenesis	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1899	GSE123427	GSM3503021;GSM3503022;GSM3503023;GSM3503024;GSM3503025;GSM3503026;GSM3503027;GSM3503028;GSM3503029;GSM3503030;GSM3503031;GSM3503032;GSM3503033;GSM3503034;GSM3503035;GSM3503036;GSM3503037;GSM3503038;GSM3503039;GSM3503040;GSM3503041;GSM3503042;GSM3503043;GSM3503044;GSM3503045;GSM3503046;GSM3503047	1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;7;7;7;7;7;7;9;9;9;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;5;5;5;6;6;6;7;7;7	Month	liver tumourigenesis	Differentiation or development			Pten knockout		liver	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD1902	GSE12769	GSM320298;GSM320299;GSM320311;GSM320300;GSM320301;GSM320302;GSM320303;GSM320304;GSM320305;GSM320306;GSM320307;GSM320308;GSM320309;GSM320310;GSM320312;GSM320313;GSM320314;GSM320315;GSM320316;GSM320317	0;0;0;3;3;6;6;8;8;10;10;14;14;18;20;20;30;30;35;35	0;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;7;7;8;8;9;9	zeitgeber_time	Murine postpartum testis development	Differentiation or development					testis	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
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TCD1910	GSE128830	GSM3686835;GSM3686836;GSM3686837;GSM3686838;GSM3686839;GSM3686840;GSM3686841;GSM3686842;GSM3686843;GSM3686844;GSM3686845;GSM3686846;GSM3686847;GSM3686848;GSM3686849;GSM3686850;GSM3686851;GSM3686852;GSM3686853;GSM3686854;GSM3686855	0;0;0;4;4;4;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	zeitgeber_time	aging	Differentiation or development					macrophage	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD1916	GSE129961	GSM4453919;GSM4453920;GSM4453921;GSM4453922;GSM4453923;GSM4453924;GSM4453925;GSM4453926;GSM4453927;GSM4453928;GSM4453929;GSM4453930;GSM4453931;GSM4453932;GSM4453933	0;0;0;4;4;4;8;8;8;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour		Gene editing					femurs;tibias	Mus_musculus	RNA-Seq	32513690		GEO	No data preprocessing information
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TCD1919	GSE130890	GSM3755752;GSM3755753;GSM3755754;GSM3755755;GSM3755756;GSM3755757;GSM3755758;GSM3755759;GSM3755760;GSM3755761;GSM3755762;GSM3755763;GSM3755764;GSM3755765;GSM3755766;GSM3755767;GSM3755768;GSM3755769;GSM3755770;GSM3755771;GSM3755772;GSM3755773;GSM3755774;GSM3755775;GSM3755776;GSM3755777;GSM3755778;GSM3755779;GSM3755780;GSM3755781;GSM3755782;GSM3755783;GSM3755784;GSM3755785;GSM3755786;GSM3755787;GSM3755788;GSM3755789;GSM3755790;GSM3755791;GSM3755792;GSM3755793;GSM3755794;GSM3755795;GSM3755796;GSM3755797;GSM3755798;GSM3755799	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;10;10;12;12;14;14;16;16;18;18;20;20;22;22;24;24;26;26;28;28;30;30;32;32;34;34;36;36;38;38;40;40;42;42;44;44;46;46	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15;16;16;17;17;18;18;19;19;20;20;21;21;22;22;23;23	hour	XBP1 knockout	Gene editing			XBP1 knockout		liver	Mus_musculus	RNA-Seq	31935211		GEO	No data preprocessing information
TCD1920	GSE131032	GSM3760142;GSM3760143;GSM3760144;GSM3760145;GSM3760146;GSM3760147;GSM3760148;GSM3760149;GSM3760150;GSM3760151;GSM3760152;GSM3760153;GSM3760154;GSM3760155;GSM3760156;GSM3760157;GSM3760158;GSM3760159;GSM3760160;GSM3760161;GSM3760162;GSM3760163;GSM3760164	2;2;2;4;4;4;6;6;6;7;7;7;8;8;8;10;10;12;12;12;14;14;14	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7;7	day	dextran sodium sulfate	Drug or reagent treatment	dextran sodium sulfate	2.50%			colon	Mus_musculus	RNA-Seq	31253778		GEO	No data preprocessing information
TCD1921	GSE13149	GSM329271;GSM329272;GSM329273;GSM329274;GSM329275;GSM329276;GSM329277;GSM329278;GSM329279;GSM329280;GSM329281;GSM329282;GSM329283;GSM329284;GSM329285;GSM329286;GSM329287;GSM329288;GSM329289;GSM329290;GSM329291;GSM329292;GSM329293;GSM329294;GSM329295	E11.5;E11.5;E12.5;E12.5;E13.5;E13.5;E14.5;E14.5;E15.5;E15.5;E16.5;E16.5;E17.5;E17.5;E18.5;0;0;3;3;7;14;21;21;NL;NL	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;8;8;9;9;10;11;12;12;13;13	zeitgeber_time	Liver development	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	Microarray	19015022		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD1925	GSE132136	GSM3846996;GSM3846997;GSM3846998;GSM3847007;GSM3847008;GSM3847014;GSM3847018;GSM3847022;GSM3847026;GSM3847032;GSM3847033;GSM3847034;GSM3847042;GSM3847046;GSM3847050;GSM3847055;GSM3847056;GSM3847064;GSM3847065;GSM3847066;GSM3847074;GSM3847078;GSM3847086;GSM3847087;GSM3847088;GSM3847089;GSM3847090;GSM3847102;GSM3847106;GSM3847110	6;6;6;7;7;8;9;10;11;12;12;12;13;14;15;16;16;17;17;17;18;19;20;20;20;20;20;21;22;23	0;0;0;1;1;2;3;4;5;6;6;6;7;8;9;10;10;11;11;11;12;13;14;14;14;14;14;15;16;17	zeitgeber_time	castration induced regrowth	Differentiation or development					medullary lymphocyte	Mus_musculus	Microarray	35172147		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1926	GSE132136	GSM3847002;GSM3847003;GSM3847004;GSM3847011;GSM3847012;GSM3847016;GSM3847020;GSM3847024;GSM3847028;GSM3847038;GSM3847039;GSM3847040;GSM3847044;GSM3847048;GSM3847052;GSM3847059;GSM3847060;GSM3847070;GSM3847071;GSM3847072;GSM3847076;GSM3847080;GSM3847096;GSM3847097;GSM3847098;GSM3847099;GSM3847100;GSM3847104;GSM3847108;GSM3847112	6;6;6;7;7;8;9;10;11;12;12;12;13;14;15;16;16;17;17;17;18;19;20;20;20;20;20;21;22;23	0;0;0;1;1;2;3;4;5;6;6;6;7;8;9;10;10;11;11;11;12;13;14;14;14;14;14;15;16;17	zeitgeber_time	castration induced regrowth	Differentiation or development					medullary tissue	Mus_musculus	Microarray	35172147		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1927	GSE132916	GSM3896331;GSM3896332;GSM3896333;GSM3896334;GSM3896335;GSM3896336	4;8;12;16;20;24	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development			Bmal1 knockout			Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1928	GSE132916	GSM3896337;GSM3896338;GSM3896339;GSM3896340;GSM3896341;GSM3896342	4;8;12;16;20;24	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1929	GSE133642	GSM4635828;GSM4635832;GSM4635844;GSM4635848;GSM4635860;GSM4635864;GSM4635876;GSM4635880;GSM4635890;GSM4635900;GSM4635903;GSM4635911;GSM4635914	0;0;1;1;2;2;3;3;4;5;5;6;6	0;0;1;1;2;2;3;3;4;5;5;6;6	month	induced by the Cbfb-MYH11 (CM)	Gene editing			Cbfb;MYH11 knockin		PBMC	Mus_musculus	RNA-Seq	32414754|34686664|35452289		GEO	No data preprocessing information
TCD1930	GSE133642	GSM3913988;GSM3913982;GSM3914012;GSM3914027;GSM3914043;GSM3914051;GSM3914066;GSM3914068;GSM3914079	0;1;2;3;4;5;6;6;7	0;1;2;3;4;5;6;6;7	month	induced by the Cbfb-MYH11 (CM)	Gene editing			Cbfb;MYH11 knockin		PBMC	Mus_musculus	RNA-Seq	32414754|34686664|35452289		GEO	No data preprocessing information
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TCD1971	GSE13986	GSM351364;GSM351365;GSM351366;GSM351367;GSM351368;GSM351355;GSM351356;GSM351357;GSM351358;GSM351359;GSM351360;GSM351361;GSM351362;GSM351363	8;8;8;14;14;1;1;1;2;2;2;4;4;4	3;3;3;4;4;0;0;0;1;1;1;2;2;2	zeitgeber_time	Ras induction	Drug or reagent treatment	doxycycline	2 mg/ml			mammary gland	Mus_musculus	Microarray	19094238		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1972	GSE140749	GSM4183125;GSM4183126;GSM4183127;GSM4183128;GSM4183129;GSM4183130;GSM4183131;GSM4183132;GSM4183133;GSM4183134;GSM4183135;GSM4183136;GSM4183137;GSM4183138;GSM4183139;GSM4183140;GSM4183141;GSM4183142;GSM4183143;GSM4183144;GSM4183145;GSM4183146;GSM4183147;GSM4183148;GSM4183149;GSM4183150;GSM4183151;GSM4183152;GSM4183153;GSM4183154;GSM4183155;GSM4183156;GSM4183157	0.5;0.5;0.5;1;1;1;1.5;1.5;1.5;2;2;2;2.5;2.5;2.5;3;3;3;3.5;3.5;3.5;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	day	mouse stem cell (mESC) differentiation to motor neurons	Differentiation or development	RA;SAG				Neural progenitor cells	Mus_musculus	RNA-Seq	32943498		GEO	No data preprocessing information
TCD1973	GSE141451	GSM4203240;GSM4203241;GSM4203242;GSM4203243;GSM4203256;GSM4203257;GSM4203258;GSM4203259;GSM4203272;GSM4203273;GSM4203274;GSM4203275;GSM4203288;GSM4203289;GSM4203290;GSM4203291;GSM4203304;GSM4203305;GSM4203306;GSM4203307	3;3;3;3;6;6;6;6;9;9;9;9;12;12;12;12;18;18;18;18	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	zeitgeber_time		Differentiation or development			brd2 knockout		humerus	Mus_musculus	Microarray	35229061		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1974	GSE141451	GSM4203248;GSM4203249;GSM4203250;GSM4203251;GSM4203264;GSM4203265;GSM4203266;GSM4203267;GSM4203280;GSM4203281;GSM4203282;GSM4203283;GSM4203296;GSM4203297;GSM4203298;GSM4203299;GSM4203312;GSM4203313;GSM4203314;GSM4203315	3;3;3;3;6;6;6;6;9;9;9;9;12;12;12;12;18;18;18;18	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	zeitgeber_time		Differentiation or development			brd2 knockout		humerus	Mus_musculus	Microarray	35229061		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1975	GSE141451	GSM4203236;GSM4203237;GSM4203238;GSM4203239;GSM4203252;GSM4203253;GSM4203254;GSM4203255;GSM4203268;GSM4203269;GSM4203270;GSM4203271;GSM4203284;GSM4203285;GSM4203286;GSM4203287;GSM4203300;GSM4203301;GSM4203302;GSM4203303	3;3;3;3;6;6;6;6;9;9;9;9;12;12;12;12;18;18;18;18	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	zeitgeber_time		Differentiation or development					humerus	Mus_musculus	Microarray	35229061		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1976	GSE141451	GSM4203244;GSM4203245;GSM4203246;GSM4203247;GSM4203260;GSM4203261;GSM4203262;GSM4203263;GSM4203276;GSM4203277;GSM4203278;GSM4203279;GSM4203292;GSM4203293;GSM4203294;GSM4203295;GSM4203308;GSM4203309;GSM4203310;GSM4203311	3;3;3;3;6;6;6;6;9;9;9;9;12;12;12;12;18;18;18;18	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	zeitgeber_time		Differentiation or development					humerus	Mus_musculus	Microarray	35229061		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1977	GSE141473	GSM4204331;GSM4204332;GSM4204333;GSM4204334;GSM4204335	0;4;8;12;24	0;1;2;3;4	hour	stimulated with LPS	Drug or reagent treatment					bone marrow	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD1978	GSE142165	GSM4221890;GSM4221891;GSM4221892;GSM4221893;GSM4221894	1;2;4;6;24	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	treated with 1% IMQ	Drug or reagent treatment	Imiquimod (IMQ)	1%			dorsal back skin	Mus_musculus	Microarray	32132203		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1979	GSE142416	GSM4227114;GSM4227115;GSM4227116;GSM4227117;GSM4227118	1;3;7;14;21	0;1;2;3;4	day	treated with preformed fibrils (PFFs)	Stress treatment					primary neuron	Mus_musculus	RNA-Seq	32075919		GEO	No data preprocessing information
TCD1980	GSE144738	GSM4294560;GSM4294561;GSM4294562;GSM4294566;GSM4294567;GSM4294568;GSM4294572;GSM4294573;GSM4294574;GSM4294578;GSM4294579;GSM4294580;GSM4294584;GSM4294585;GSM4294586;GSM4294590;GSM4294591;GSM4294592;GSM4294596;GSM4294597	4;4;4;8;8;8;12;12;12;14;14;14;16;16;16;18;18;18;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6	week		Virus or bacterial infection					hippocampus	Mus_musculus	RNA-Seq	35676449		GEO	No data preprocessing information
TCD1981	GSE144738	GSM4294563;GSM4294564;GSM4294565;GSM4294569;GSM4294570;GSM4294571;GSM4294575;GSM4294576;GSM4294577;GSM4294581;GSM4294582;GSM4294583;GSM4294587;GSM4294588;GSM4294589;GSM4294593;GSM4294594;GSM4294595;GSM4294598;GSM4294599;GSM4294600	4;4;4;8;8;8;12;12;12;14;14;14;16;16;16;18;18;18;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	week	prion infection	Virus or bacterial infection					hippocampus	Mus_musculus	RNA-Seq	35676449		GEO	No data preprocessing information
TCD1982	GSE144854	GSM4299502;GSM4299503;GSM4299504;GSM4299505;GSM4299506;GSM4299507;GSM4299508;GSM4299509;GSM4299510;GSM4299511;GSM4299512;GSM4299513;GSM4299514;GSM4299515;GSM4299516	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;5;5;7;7;7	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;4;4;5;5;5	day	virulent T. gondii genotype	Virus or bacterial infection					Cells from mouse peritoneal cavity	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1983	GSE14514	GSM362845;GSM362846;GSM362847;GSM362848;GSM362849;GSM362850;GSM362851;GSM362852;GSM362853;GSM362854;GSM362855;GSM362856;GSM362857;GSM362858;GSM362859;GSM362860;GSM362861;GSM362862;GSM362863	10;10;15;15;1;1;21;21;30;30;3;3;50;5;5;60;60;7;7	4;4;5;5;0;0;6;6;7;7;1;1;8;2;2;9;9;3;3	zeitgeber_time	cerebellar development	Differentiation or development					cerebellum	Mus_musculus	Microarray	15075291		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1984	GSE145653	GSM4323419;GSM4323420;GSM4323421;GSM4323422;GSM4323423;GSM4323424;GSM4323425;GSM4323426;GSM4323427;GSM4323428;GSM4323429;GSM4323430;GSM4323431;GSM4323432;GSM4323433;GSM4323434;GSM4323435	2;4;6;8;10;12;14;16;18;20;22;24;26;28;30;32;32	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;12;13;14;15	hour	embryonic stem cells (ESCs) differentiation	Differentiation or development					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	RNA-Seq	33687089		GEO	No data preprocessing information
TCD1985	GSE147060	GSM4413981;GSM4413982;GSM4413983;GSM4413984;GSM4413985	1;3;7;14;28	0;1;2;3;4	day	post stroke	Stress treatment					cerebral cortex	Mus_musculus	RNA-Seq	32264906		GEO	No data preprocessing information
TCD1990	GSE14769	GSM368813;GSM368818;GSM368824;GSM368814;GSM368819;GSM368825;GSM368815;GSM368820;GSM368826;GSM368816;GSM368821;GSM368827;GSM368812;GSM368822;GSM368828;GSM368829;GSM368830;GSM368833;GSM368834;GSM368831;GSM368832	20;20;20;40;40;40;60;60;60;80;80;80;120;120;120;240;240;240;240;360;360	0;0;0;1;1;1;2;2;2;2;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	zeitgeber_time	LPS	Drug or reagent treatment	LPS	10ng/ml			bone marrow	Mus_musculus	Microarray	19270711		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD1992	GSE1479	GSM25160;GSM25159;GSM25161;GSM25165;GSM25166;GSM25167;GSM25171;GSM25173;GSM25172;GSM25179;GSM25177;GSM25178;GSM25183;GSM25184	E12.5;E12.5;E12.5;E13.5;E13.5;E13.5;E14.5;E14.5;E14.5;E16.5;E16.5;E16.5;E18.5;E18.5	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4	development_stage	developmental stage	Differentiation or development					atrial chamber	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1993	GSE1479	GSM25156;GSM25157;GSM25158;GSM25164;GSM25163;GSM25162;GSM25168;GSM25170;GSM25169;GSM25174;GSM25176;GSM25175;GSM25181;GSM25182;GSM25180	E12.5;E12.5;E12.5;E13.5;E13.5;E13.5;E14.5;E14.5;E14.5;E16.5;E16.5;E16.5;E18.5;E18.5;E18.5	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	development_stage	developmental stage	Differentiation or development					both ventricles	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD1994	GSE14810	GSM370616;GSM370617;GSM370618;GSM370619;GSM370620;GSM370621;GSM370622;GSM370623;GSM370624;GSM370625;GSM370626;GSM370627;GSM370628;GSM370629;GSM370630;GSM370631;GSM370632;GSM370633	1;1;1;2;2;2;4;4;4;7;7;7;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	rosiglitazone (RSG)	Drug or reagent treatment	rosiglitazone (RSG)	1娓璏			differentiated adipocytes	Mus_musculus	Microarray	22013433		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1995	GSE14810	GSM370634;GSM370635;GSM370636;GSM370637;GSM370638;GSM370639;GSM370640;GSM370641;GSM370642;GSM370643;GSM370644;GSM370645;GSM370646;GSM370647;GSM370648;GSM370649;GSM370650;GSM370651	1;1;1;2;2;2;4;4;4;7;7;7;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	rosiglitazone (RSG)	Drug or reagent treatment	rosiglitazone (RSG)	1娓璏			differentiated adipocytes	Mus_musculus	Microarray	22013433		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1996	GSE14810	GSM370652;GSM370653;GSM370654;GSM370655;GSM370656;GSM370657;GSM370658;GSM370659;GSM370660;GSM370661;GSM370662;GSM370663;GSM370664;GSM370665;GSM370666;GSM370667;GSM370668;GSM370669	1;1;1;2;2;2;4;4;4;7;7;7;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time		Drug or reagent treatment					differentiated adipocytes	Mus_musculus	Microarray	22013433		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1997	GSE14810	GSM370670;GSM370671;GSM370672;GSM370673;GSM370674;GSM370675;GSM370676;GSM370677;GSM370678;GSM370679;GSM370680;GSM370681;GSM370682;GSM370683;GSM370684;GSM370685;GSM370686	1;1;1;2;2;4;4;4;7;7;7;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time		Drug or reagent treatment					differentiated adipocytes	Mus_musculus	Microarray	22013433		GEO	The data has not been log2 converted
TCD1998	GSE148475	GSM4472133;GSM4472134;GSM4472135;GSM4472136;GSM4472137;GSM4472138;GSM4472139;GSM4472140;GSM4472141;GSM4472142;GSM4472143;GSM4472144;GSM4472145;GSM4472146;GSM4472147;GSM4472148;GSM4472149;GSM4472150;GSM4472151	4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;16;20;20;20	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4	hour	Circadian clock regulation	Differentiation or development					fetal kidney	Mus_musculus	RNA-Seq	32433970		GEO	No data preprocessing information
TCD1999	GSE148475	GSM4472156;GSM4472157;GSM4472158;GSM4472159;GSM4472160;GSM4472161;GSM4472162;GSM4472163;GSM4472164;GSM4472165;GSM4472166;GSM4472167;GSM4472168;GSM4472169;GSM4472170;GSM4472171;GSM4472172;GSM4472173;GSM4472174;GSM4472175	4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;16;20;20;20;20	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	hour	Circadian clock regulation	Differentiation or development					fetal kidney	Mus_musculus	RNA-Seq	32433970		GEO	No data preprocessing information
TCD2000	GSE149352	GSM4498405;GSM4498413;GSM4498425;GSM4498473;GSM4498409;GSM4498433;GSM4498457;GSM4498481;GSM4498469;GSM4498477;GSM4498485;GSM4498493;GSM4498449;GSM4498453;GSM4498461;GSM4498489;GSM4498417;GSM4498441;GSM4498465;GSM4498497;GSM4498421;GSM4498429;GSM4498437;GSM4498445	3;3;3;3;6;6;6;6;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;144;144;144;144	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	polyI:C	Drug or reagent treatment	polyI:C	20mg / kg			placenta	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2001	GSE149352	GSM4498403;GSM4498411;GSM4498423;GSM4498471;GSM4498407;GSM4498431;GSM4498455;GSM4498479;GSM4498467;GSM4498475;GSM4498483;GSM4498491;GSM4498447;GSM4498451;GSM4498459;GSM4498487;GSM4498415;GSM4498439;GSM4498463;GSM4498495;GSM4498419;GSM4498427;GSM4498435;GSM4498443	3;3;3;3;6;6;6;6;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;144;144;144;144	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour		Drug or reagent treatment					placenta	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2002	GSE149352	GSM4498404;GSM4498412;GSM4498424;GSM4498472;GSM4498408;GSM4498432;GSM4498456;GSM4498480;GSM4498468;GSM4498476;GSM4498484;GSM4498492;GSM4498448;GSM4498452;GSM4498460;GSM4498488;GSM4498416;GSM4498440;GSM4498464;GSM4498496;GSM4498420;GSM4498428;GSM4498436;GSM4498444	3;3;3;3;6;6;6;6;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;144;144;144;144	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	polyI:C	Drug or reagent treatment	polyI:C	20mg / kg			placenta	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2003	GSE149352	GSM4498402;GSM4498410;GSM4498422;GSM4498470;GSM4498406;GSM4498430;GSM4498454;GSM4498478;GSM4498466;GSM4498474;GSM4498482;GSM4498490;GSM4498446;GSM4498450;GSM4498458;GSM4498486;GSM4498414;GSM4498438;GSM4498462;GSM4498494;GSM4498418;GSM4498426;GSM4498434;GSM4498442	3;3;3;3;6;6;6;6;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;144;144;144;144	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	hour	Saline	Drug or reagent treatment					placenta	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2004	GSE15018	GSM375503;GSM375504;GSM375505;GSM375506;GSM375507;GSM375508;GSM375509;GSM375510;GSM375511;GSM375512;GSM375513;GSM375514;GSM375515;GSM375516;GSM375517;GSM375518;GSM375519;GSM375520	0;0.25;0.5;1;2;3;5;9;12;15;24;36;48;96;144;192;240;288	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17	zeitgeber_time	Untreated	Drug or reagent treatment					3T3-L1 Preadipocytes	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2005	GSE15018	GSM375521;GSM375522;GSM375523;GSM375524;GSM375525;GSM375526;GSM375527;GSM375528;GSM375529;GSM375530;GSM375531;GSM375532;GSM375533;GSM375534;GSM375535;GSM375536;GSM375537;GSM375538	0;0.25;0.5;1;2;3;5;9;12;15;24;36;48;96;144;192;240;288	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17	zeitgeber_time	DMSO treated	Drug or reagent treatment					3T3-L1 Preadipocytes	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2006	GSE15018	GSM375539;GSM375540;GSM375541;GSM375542;GSM375543;GSM375544;GSM375545;GSM375546;GSM375547;GSM375548;GSM375549;GSM375550;GSM375551;GSM375552;GSM375553;GSM375554;GSM375555;GSM375556	0;0.25;0.5;1;2;3;5;9;12;15;24;36;48;96;144;192;240;288	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17	zeitgeber_time	Prieurianin	Drug or reagent treatment	Prieurianin	2娓璏			3T3-L1 Preadipocytes	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2007	GSE150888	GSM4560206;GSM4560207;GSM4560208;GSM4560209;GSM4560210;GSM4560211;GSM4560212;GSM4560213;GSM4560214;GSM4560215;GSM4560216;GSM4560217;GSM4560218;GSM4560219;GSM4560220;GSM4560221;GSM4560222;GSM4560223;GSM4560224;GSM4560225;GSM4560226;GSM4560227;GSM4560228;GSM4560229;GSM4560230;GSM4560231;GSM4560232;GSM4560233;GSM4560234;GSM4560235;GSM4560236;GSM4560237;GSM4560238;GSM4560239;GSM4560240;GSM4560241;GSM4560242;GSM4560243;GSM4560244;GSM4560245;GSM4560246;GSM4560247;GSM4560248;GSM4560249;GSM4560250;GSM4560251;GSM4560252;GSM4560253	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;10;10;12;12;14;14;16;16;18;18;20;20;22;22;24;24;26;26;28;28;30;30;32;32;34;34;36;36;38;38;40;40;42;42;44;44;46;46	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15;16;16;17;17;18;18;19;19;20;20;21;21;22;22;23;23	hour		Stress treatment			XBP1 knockout	constant darkness	liver	Mus_musculus	RNA-Seq	33277471		GEO	No data preprocessing information
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TCD2009	GSE151009	GSM4869447;GSM4869457;GSM4869467;GSM4869448;GSM4869458;GSM4869468;GSM4869449;GSM4869459;GSM4869469;GSM4869450;GSM4869460;GSM4869470;GSM4869451;GSM4869461;GSM4869471	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	Xist knockout	Gene editing			Xist knockout		Mouse embryonic stem cell	Mus_musculus	RNA-Seq	34131144		GEO	No data preprocessing information
TCD2010	GSE151009	GSM4869452;GSM4869462;GSM4869472;GSM4869453;GSM4869463;GSM4869473;GSM4869454;GSM4869464;GSM4869474;GSM4869455;GSM4869465;GSM4869475;GSM4869456;GSM4869466;GSM4869476	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	Xist knockout	Gene editing			Xist knockout		Mouse embryonic stem cell	Mus_musculus	RNA-Seq	34131144		GEO	No data preprocessing information
TCD2011	GSE151009	GSM4869477;GSM4869478;GSM4869479;GSM4869480;GSM4869481;GSM4869482;GSM4869483;GSM4869484;GSM4869485;GSM4869486;GSM4869487;GSM4869488;GSM4869489;GSM4869490;GSM4869491	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	differentiation induced by 2i/Lif withdrawal	Differentiation or development					Mouse embryonic stem cell	Mus_musculus	RNA-Seq	34131144		GEO	No data preprocessing information
TCD2012	GSE151834	GSM4592088;GSM4592090;GSM4592092;GSM4592094;GSM4592100;GSM4592102;GSM4592096;GSM4592098;GSM4592110;GSM4592104;GSM4592106;GSM4592108;GSM4592116;GSM4592118;GSM4592112;GSM4592114;GSM4592120;GSM4592126;GSM4592122;GSM4592124	3;3;3;3;7;7;7;7;14;14;14;14;21;21;21;21;42;42;42;42	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	day	ischemic cardiac injury	Stress treatment					heart	Mus_musculus	RNA-Seq	32621799		GEO	No data preprocessing information
TCD2013	GSE151834	GSM4592089;GSM4592091;GSM4592093;GSM4592095;GSM4592101;GSM4592103;GSM4592097;GSM4592099;GSM4592111;GSM4592105;GSM4592107;GSM4592109;GSM4592117;GSM4592119;GSM4592113;GSM4592115;GSM4592121;GSM4592127;GSM4592123;GSM4592125	3;3;3;3;7;7;7;7;14;14;14;14;21;21;21;21;42;42;42;42	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	day	no ischemic cardiac injury	Stress treatment					heart	Mus_musculus	RNA-Seq	32621799		GEO	No data preprocessing information
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TCD2016	GSE152751	GSM4625672;GSM4625673;GSM4625706;GSM4625704;GSM4625714;GSM4625712;GSM4625682;GSM4625680;GSM4625690;GSM4625688;GSM4625698;GSM4625696	0;0;4;4;8;8;12;12;16;16;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	doxycycline	Drug or reagent treatment	doxycycline	300mg			pancreatic islet	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2017	GSE152751	GSM4625674;GSM4625675;GSM4625707;GSM4625705;GSM4625715;GSM4625713;GSM4625683;GSM4625681;GSM4625691;GSM4625689;GSM4625699;GSM4625697	0;0;4;4;8;8;12;12;16;16;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	doxycycline	Drug or reagent treatment	doxycycline	300mg			pancreatic islet	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD2019	GSE153222	GSM4636120;GSM4636122;GSM4636124;GSM4636126;GSM4636128;GSM4636130;GSM4636132;GSM4636134;GSM4636136;GSM4636138;GSM4636140;GSM4636142;GSM4636144;GSM4636146;GSM4636148;GSM4636150;GSM4636152;GSM4636154;GSM4636156;GSM4636158;GSM4636160;GSM4636162;GSM4636164;GSM4636166	4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;16;20;20;20;20;24;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	week	60% high-fat diet (HFD)	Stress treatment					pancreatic islet	Mus_musculus	RNA-Seq	33817571		GEO	No data preprocessing information
TCD2020	GSE153222	GSM4636073;GSM4636075;GSM4636077;GSM4636079;GSM4636081;GSM4636083;GSM4636085;GSM4636087;GSM4636089;GSM4636091;GSM4636093;GSM4636095;GSM4636097;GSM4636099;GSM4636101;GSM4636103;GSM4636105;GSM4636107;GSM4636109;GSM4636111;GSM4636113;GSM4636115;GSM4636117;GSM4636119	4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;16;20;20;20;20;24;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	week		Stress treatment					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	33817571		GEO	No data preprocessing information
TCD2021	GSE153222	GSM4636121;GSM4636123;GSM4636125;GSM4636127;GSM4636129;GSM4636131;GSM4636133;GSM4636135;GSM4636137;GSM4636139;GSM4636141;GSM4636143;GSM4636145;GSM4636147;GSM4636149;GSM4636151;GSM4636153;GSM4636155;GSM4636157;GSM4636159;GSM4636161;GSM4636163;GSM4636165;GSM4636167	4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;16;20;20;20;20;24;24;24;24	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	week	60% high-fat diet (HFD)	Stress treatment					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	33817571		GEO	No data preprocessing information
TCD2022	GSE154397	GSM4670431;GSM4670432;GSM4670433;GSM4670437;GSM4670438;GSM4670439;GSM4670443;GSM4670444;GSM4670445;GSM4670449;GSM4670450;GSM4670451;GSM4670455;GSM4670456;GSM4670457	0.25;0.25;0.25;0.75;0.75;0.75;1.5;1.5;1.5;2.5;2.5;2.5;4;4;4	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	Day	murine tendon and fibrocartilage fate	Differentiation or development					Monolayer (cell culture)	Mus_musculus	RNA-Seq	34244516		GEO	No data preprocessing information
TCD2023	GSE154397	GSM4670428;GSM4670429;GSM4670430;GSM4670434;GSM4670435;GSM4670436;GSM4670440;GSM4670441;GSM4670442;GSM4670446;GSM4670447;GSM4670448;GSM4670452;GSM4670453;GSM4670454	0.25;0.25;0.25;0.75;0.75;0.75;1.5;1.5;1.5;2.5;2.5;2.5;4;4;4	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	Day	murine tendon and fibrocartilage fate	Differentiation or development					Monolayer (cell culture)	Mus_musculus	RNA-Seq	34244516		GEO	No data preprocessing information
TCD2024	GSE15585	GSM389852;GSM389853;GSM389854;GSM389855;GSM389856	1;2;4;7;14	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	differentiating ventral otic Epithelial Cell line	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	17331193|19774072		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2028	GSE156141	GSM4725424;GSM4725426;GSM4725430;GSM4725431;GSM4725436;GSM4725437;GSM4725441;GSM4725443;GSM4725447;GSM4725449;GSM4725453;GSM4725455	2;2;6;6;10;10;14;14;18;18;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	"short day and cool (SC), winter-like"	Stress treatment					eye	Mus_musculus	RNA-Seq	33469071		GEO	No data preprocessing information
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TCD2033	GSE159346	GSM4827003;GSM4827004;GSM4826987;GSM4826988;GSM4826989;GSM4827005;GSM4827006;GSM4827007;GSM4826990;GSM4826991;GSM4826992;GSM4827008;GSM4827009;GSM4827010;GSM4826993;GSM4826994;GSM4826995;GSM4827011;GSM4827012;GSM4827013;GSM4826996;GSM4826997;GSM4826998;GSM4827014;GSM4827015;GSM4827016;GSM4826999;GSM4827000;GSM4827001	0;0;0;0;0;2;2;2;2;2;2;6;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;12;15;15;15;15;15;15	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	LPS	Drug or reagent treatment	LPS	80 ng/ml			Raw264.7 cells	Mus_musculus	RNA-Seq	36057640		GEO	No data preprocessing information
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TCD2035	GSE160698	GSM4877865;GSM4877866;GSM4877869;GSM4877870;GSM4877875;GSM4877876;GSM4877867;GSM4877868;GSM4877871;GSM4877872;GSM4877873;GSM4877874	0.5;0.5;1;1;6;6;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	auxin (3-indole acetic acid)	Drug or reagent treatment	auxin (3-indole acetic acid)	500 娓璏			Mouse embryonic stem cell	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD2037	GSE167763	GSM5112273;GSM5112274;GSM5112275;GSM5112334;GSM5112335;GSM5112336;GSM5112276;GSM5112277;GSM5112337;GSM5112338;GSM5112270;GSM5112271;GSM5112272;GSM5112278;GSM5112279;GSM5112280;GSM5112332;GSM5112333;GSM5112339;GSM5112340;GSM5112281;GSM5112282;GSM5112283;GSM5112284;GSM5112341;GSM5112342;GSM5112343;GSM5112344;GSM5112266;GSM5112267;GSM5112268;GSM5112269;GSM5112328;GSM5112329;GSM5112330;GSM5112331	4;4;4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;12;12;12;12;12;12;16;16;16;16;16;16;16;16;20;20;20;20;20;20;20;20	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4	time	HH	Stress treatment					mouse fibroblasts	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2038	GSE167763	GSM5112308;GSM5112309;GSM5112310;GSM5112368;GSM5112369;GSM5112370;GSM5112311;GSM5112312;GSM5112313;GSM5112314;GSM5112371;GSM5112372;GSM5112373;GSM5112374;GSM5112304;GSM5112305;GSM5112306;GSM5112307;GSM5112315;GSM5112316;GSM5112317;GSM5112364;GSM5112365;GSM5112366;GSM5112367;GSM5112375;GSM5112376;GSM5112377;GSM5112318;GSM5112319;GSM5112320;GSM5112321;GSM5112378;GSM5112379;GSM5112380;GSM5112285;GSM5112286;GSM5112287;GSM5112345;GSM5112346;GSM5112347	4;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;8;8;8;12;12;12;12;12;12;12;12;12;12;12;12;12;12;16;16;16;16;16;16;16;20;20;20;20;20;20	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	time	HL	Stress treatment					mouse fibroblasts	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2039	GSE169505	GSM5207670;GSM5207678;GSM5207690;GSM5207704;GSM5207718;GSM5207726;GSM5207738;GSM5207672;GSM5207682;GSM5207698;GSM5207702;GSM5207720;GSM5207730;GSM5207745;GSM5207668;GSM5207676;GSM5207694;GSM5207708;GSM5207716;GSM5207724;GSM5207742;GSM5207666;GSM5207680;GSM5207692;GSM5207710;GSM5207714;GSM5207728;GSM5207740;GSM5207747;GSM5207674;GSM5207684;GSM5207696;GSM5207700;GSM5207722;GSM5207732	2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;0.75;0.75;0.75;0.75;0.75;0.75;0.75;0.75;1.5;1.5;1.5;1.5;1.5;1.5	2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1	hour	the effect of acute swim stress (6min at 18℃)	Stress treatment					hippocampus	Mus_musculus	RNA-Seq	35383160		GEO	No data preprocessing information
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TCD2094	GSE18042	GSM451138;GSM451139;GSM451140;GSM451141;GSM451142;GSM451143;GSM451144;GSM451145;GSM451146;GSM451147;GSM451148;GSM451149;GSM451150;GSM451151;GSM451152	3;3;3;7;7;7;14;14;14;21;21;21;30;30;30	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	zeitgeber_time	estradiol	Drug or reagent treatment	estradiol	20nM			G1E-ER4 cells	Mus_musculus	Microarray	19887574		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2104	GSE182834	GSM5537885;GSM5537886;GSM5537887;GSM5537888;GSM5537889;GSM5537890;GSM5537891;GSM5537892	0;3;6;9;12;15;18;21	0;1;2;3;4;5;6;7	hour		Gene editing					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	35789210		GEO	No data preprocessing information
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TCD2236	GSE2195	GSM40029;GSM40037;GSM40031;GSM40039;GSM40033;GSM40041;GSM40035	1;24;2;48;4;72;8	0;4;1;5;2;6;3	zeitgeber_time	17beta-estradiol (E2)	Drug or reagent treatment	17beta-estradiol (E2)	0.4mg/kg			uterus	Mus_musculus	Microarray	15598610		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2237	GSE2259	GSM41507;GSM41510;GSM41511;GSM41513;GSM41516	8;10;12;16;20	0;1;2;3;4	zeitgeber_time		Gene editing					testis	Mus_musculus	Microarray	16166195		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2239	GSE23714	GSM585215;GSM585216;GSM585228;GSM585217;GSM585218;GSM585219;GSM585220;GSM585221;GSM585222;GSM585223;GSM585224;GSM585225;GSM585226	1;1;1;3;3;6;6;12;12;24;24;72;72	0;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	acute LPS treatment	Drug or reagent treatment						Mus_musculus	Microarray	21349147		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2242	GSE24504	GSM603539;GSM603540;GSM603541;GSM603542;GSM603562;GSM603543;GSM603544;GSM603545;GSM603546;GSM603547;GSM603548;GSM603549;GSM603550;GSM603551;GSM603552;GSM603553;GSM603554;GSM603555;GSM603556;GSM603557;GSM603558;GSM603559;GSM603560;GSM603561	0;0;0;0;0;12;12;12;12;12;24;24;24;24;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	zeitgeber_time	fasted	Stress treatment					kidney	Mus_musculus	Microarray	21393243		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2245	GSE25432	GSM624282;GSM624283;GSM624284;GSM624285;GSM624286;GSM624287	0;1;3;4;5;6	0;1;2;3;4;5	hour	the response of DCs to LPS stimulation	Drug or reagent treatment					Dendritic cells	Mus_musculus	RNA-Seq	21516085		GEO	No data preprocessing information
TCD2246	GSE25525	GSM627515;GSM627516;GSM627517;GSM627518;GSM627519;GSM627520;GSM627521;GSM627522;GSM627523;GSM627524;GSM627525;GSM627526;GSM627527;GSM627528;GSM627529;GSM627530;GSM627531;GSM627532;GSM627533;GSM627534;GSM627535	1;1;1;3;3;3;4;4;4;5;5;5;7;7;7;9;9;9;11;11;11	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	zeitgeber_time	lactic acid	Drug or reagent treatment	lactic acid	20mM			murine breast cancer cell line	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2247	GSE25585	GSM629029;GSM629030;GSM629031;GSM629032;GSM629033;GSM629034	0;4;8;12;16;20	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					peritoneal macrophages	Mus_musculus	Microarray	19955445		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2248	GSE25585	GSM629035;GSM629036;GSM629037;GSM629038;GSM629039;GSM629040	0;4;8;12;16;20	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					peritoneal macrophages	Mus_musculus	Microarray	19955445		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2249	GSE2565	GSM49328;GSM49329;GSM49330;GSM49331;GSM49332;GSM49333;GSM49336;GSM49337;GSM49338;GSM49339;GSM49340;GSM49341;GSM49342;GSM49343;GSM49344;GSM49345;GSM49346;GSM49347;GSM49350;GSM49351;GSM49352;GSM49353;GSM49380;GSM49381;GSM49354;GSM49355;GSM49356;GSM49357;GSM49360;GSM49361;GSM49362;GSM49363;GSM49364;GSM49365;GSM49366;GSM49367;GSM49368;GSM49369;GSM49370;GSM49371;GSM49382;GSM49383;GSM49384;GSM49385;GSM49372;GSM49373;GSM49386;GSM49387;GSM49388;GSM49389	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;4;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;8;12;12;12;12;12;12;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;72	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6;7;7;7;7;7;7	hour	exposed whole-body to air	Stress treatment					lung	Mus_musculus	Microarray	16300373		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2251	GSE2570	GSM49525;GSM49526;GSM49527;GSM49528;GSM49529;GSM49530;GSM49531;GSM49532;GSM49533;GSM49534;GSM49535;GSM49536;GSM49537;GSM49538;GSM49539;GSM49540;GSM49541;GSM49542;GSM49543;GSM49544;GSM49545;GSM49546;GSM49547;GSM49548;GSM49549;GSM49550;GSM49551;GSM49552;GSM49553;GSM49554;GSM49555	1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;12;12;24;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4	hour	Neuro2A Differentiation + all-trans-retinoic acid	Differentiation or development					euro2A cells	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2253	GSE27366	GSM676412;GSM676413;GSM676414;GSM676415;GSM676416;GSM676417;GSM676418;GSM676419;GSM676420;GSM676421;GSM676422	0;0;4;4;8;12;12;16;16;20;20	0;0;1;1;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development			Clock knockout		kidney	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2254	GSE2746	GSM60213;GSM60214;GSM60231;GSM60232;GSM60215;GSM60216;GSM60217;GSM60218;GSM60233;GSM60234;GSM60219;GSM60220;GSM60235;GSM60236;GSM60221;GSM60222;GSM60237;GSM60238	0;0;0;0;2;2;6;6;6;6;24;24;24;24;48;48;48;48	0;0;0;0;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	time	DMEM treated	Drug or reagent treatment			PKBa knockout		embryonic fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	16478789		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2255	GSE2746	GSM60203;GSM60204;GSM60223;GSM60224;GSM60205;GSM60206;GSM60207;GSM60208;GSM60225;GSM60226;GSM60209;GSM60210;GSM60227;GSM60228;GSM60211;GSM60212;GSM60229;GSM60230	0;0;0;0;2;2;6;6;6;6;24;24;24;24;48;48;48;48	0;0;0;0;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	time	DMEM treated	Drug or reagent treatment					embryonic fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	16478789		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2256	GSE27492	GSM678580;GSM678581;GSM678582;GSM678583;GSM678584;GSM678585;GSM678586;GSM678587;GSM678588;GSM678589;GSM678590;GSM678591;GSM678592;GSM678593;GSM678594;GSM678595;GSM678596;GSM678597;GSM678598	0;0;0;0;1;1;3;3;3;7;7;7;7;12;12;12;18;18;18	0;0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	gene expression in ankle synovial fluid cells and peripheral blood leukocytes during serum transferred arthritis	Differentiation or development					ankle	Mus_musculus	Microarray	20506316	arthritis	GEO	The data has not been log2 converted
TCD2257	GSE27492	GSM678612;GSM678613;GSM678614;GSM678615;GSM678616;GSM678617;GSM678618;GSM678619;GSM678620;GSM678621;GSM678622;GSM678623;GSM678624;GSM678625;GSM678626;GSM678627;GSM678628	0;0;0;1;1;1;3;3;3;7;7;7;12;12;12;18;18	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5	day	gene expression in ankle synovial fluid cells and peripheral blood leukocytes during serum transferred arthritis	Differentiation or development					peripheral blood	Mus_musculus	Microarray	20506316	arthritis	GEO	The data has not been log2 converted
TCD2258	GSE280	GSM3870;GSM3871;GSM3876;GSM3878;GSM3872;GSM3873;GSM3879;GSM3875;GSM3877;GSM3874	2;2;24;72;8;8;72;12;24;12	0;0;3;4;1;1;4;2;3;2	hour	17-alpha-ethynylestradiol	Drug or reagent treatment	17-alpha-ethynylestradiol	0 milligram per kilogram			uterus	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2259	GSE280	GSM3880;GSM3886;GSM3884;GSM3885;GSM3888;GSM3887;GSM3881;GSM3889;GSM3883;GSM3882	2;24;12;12;72;24;2;72;8;8	0;3;2;2;4;3;0;4;1;1	hour	17-alpha-ethynylestradiol	Drug or reagent treatment	17-alpha-ethynylestradiol	0.1 milligram per kilogram			uterus	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2260	GSE28165	GSM697536;GSM697537;GSM697538;GSM697539;GSM697540;GSM697541;GSM697542	0;0;0;4;12;24;72	0;0;0;1;2;3;4	hour	Activation on CD4 T cells	Stress treatment					CD4+	Mus_musculus	Microarray	21711441		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2261	GSE28165	GSM697550;GSM697551;GSM697552;GSM697553;GSM697554;GSM697555;GSM697556	0;0;0;4;12;24;72	0;0;0;1;2;3;4	hour	Activation on CD8 T cells	Stress treatment					CD8+	Mus_musculus	Microarray	21711441		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2262	GSE28165	GSM697543;GSM697544;GSM697545;GSM697546;GSM697547;GSM697548;GSM697549	0;0;0;4;12;24;72	0;0;0;1;2;3;4	hour	Activation on CD4 T cells	Stress treatment					CD4+	Mus_musculus	Microarray	21711441		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2263	GSE28165	GSM697557;GSM697558;GSM697559;GSM697560;GSM697561;GSM697562;GSM697563	0;0;0;4;12;24;72	0;0;0;1;2;3;4	hour	Activation on CD8 T cells	Stress treatment					CD8+	Mus_musculus	Microarray	21711441		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2264	GSE3074	GSM67504;GSM67507;GSM67509;GSM67502;GSM67500;GSM67498;GSM67496;GSM67494;GSM67493;GSM67505	0;0;0;0.5;1;2;3;4;6;8	0;0;0;1;2;3;4;5;6;7	hour	Heat Shock	Stress treatment			HSF1 knockout		Fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	14668476		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2265	GSE3074	GSM67506;GSM67510;GSM67512;GSM67508;GSM67503;GSM67501;GSM67499;GSM67497;GSM67495;GSM67511	0;0;0;0.5;1;2;3;4;6;8	0;0;0;1;2;3;4;5;6;7	hour	Heat Shock	Stress treatment					Fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	14668476		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2266	GSE31049	GSM769191;GSM769192;GSM769193;GSM769194;GSM769195;GSM769196;GSM769197;GSM769198;GSM769199;GSM769200;GSM769201;GSM769202;GSM769203;GSM769204;GSM769205;GSM769206;GSM769207;GSM769208;GSM769209;GSM769210;GSM769211;GSM769212;GSM769213;GSM769214	12;14;16;18;20;22;24;26;28;30;32;34;36;38;40;42;44;46;48;50;52;54;56;58	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23	hour	post-serum shock	Stress treatment					hepatocytes	Mus_musculus	Microarray	22042857		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2267	GSE31995	GSM792470;GSM792471;GSM792472;GSM792473;GSM792474;GSM792475;GSM792476;GSM792477;GSM792478;GSM792479;GSM792480;GSM792481;GSM792482;GSM792483;GSM792484;GSM792485;GSM792486;GSM792487	0;0;0;1;1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour		Virus or bacterial infection					bone marrow	Mus_musculus	Microarray	22928052|26871576		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2268	GSE31995	GSM792488;GSM792489;GSM792490;GSM792491;GSM792492;GSM792493;GSM792494;GSM792495;GSM792496;GSM792497;GSM792498;GSM792499;GSM792500;GSM792501	1;1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4	hour	infected with live parasite (P)	Virus or bacterial infection					bone marrow	Mus_musculus	Microarray	22928052|26871576		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2269	GSE31995	GSM792504;GSM792505;GSM792506;GSM792507;GSM792508;GSM792509;GSM792510;GSM792511;GSM792512;GSM792513;GSM792514;GSM792515;GSM792516;GSM792517	1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24	0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	infected with Killed parasite (KP)	Virus or bacterial infection					bone marrow	Mus_musculus	Microarray	22928052|26871576		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2270	GSE31996	GSM792519;GSM792520;GSM792521;GSM792522;GSM792523;GSM792524;GSM792525;GSM792526;GSM792527;GSM792528;GSM792529;GSM792530;GSM792531;GSM792532;GSM792533;GSM792534;GSM792535	0;0;1;1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24	0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour		Virus or bacterial infection					bone marrow	Mus_musculus	Microarray	24148319		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2271	GSE31996	GSM792551;GSM792552;GSM792553;GSM792554;GSM792555;GSM792556;GSM792557;GSM792558;GSM792559;GSM792560;GSM792561;GSM792562;GSM792563;GSM792564;GSM792565	1;1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	infected with Killed parasite (KP)	Virus or bacterial infection					bone marrow	Mus_musculus	Microarray	24148319		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2273	GSE33088	GSM819355;GSM819356;GSM819357;GSM819358;GSM819359;GSM819360;GSM819361;GSM819362;GSM819363;GSM819364;GSM819365;GSM819366;GSM819367;GSM819368;GSM819369;GSM819370;GSM819371;GSM819372;GSM819373;GSM819374;GSM819375;GSM819376	P1;P2;P3;P4;P5;P6;P6;P7;P8;P9;P10;P11;P12;P13;P14;P15;P16;P17;P18;P19;P20;P43	0;1;2;3;4;5;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20	age	developmental time course of adult cell type-specific gene expression	Differentiation or development					Retinal Arc amacrine cell	Mus_musculus	Microarray	22267162		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2274	GSE33252	GSM806957;GSM806958;GSM806959;GSM806960;GSM806961;GSM806962;GSM806963;GSM806964;GSM806965;GSM806966	0;0;1;1;2;2;4;4;8;8	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	actinomycin D treatment	Drug or reagent treatment					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	22806141		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2275	GSE3414	GSM76972;GSM76973;GSM76974;GSM76978;GSM76979;GSM76980;GSM76984;GSM76985;GSM76986;GSM76990;GSM76991;GSM76992;GSM76996;GSM76997;GSM76998	2;2;2;3;3;3;4;4;4;8;8;8;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	infected with 500 L3 stage infectious Nippostrongylus brasiliensis SC	Virus or bacterial infection					lung	Mus_musculus	Microarray	16926388		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2276	GSE3414	GSM76969;GSM76970;GSM76971;GSM76975;GSM76976;GSM76977;GSM76981;GSM76982;GSM76983;GSM76987;GSM76988;GSM76989;GSM76993;GSM76994;GSM76995	2;2;2;3;3;3;4;4;4;8;8;8;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	infected with 500 L3 stage infectious Nippostrongylus brasiliensis SC	Virus or bacterial infection					lung	Mus_musculus	Microarray	16926388		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2277	GSE34150	GSM842903;GSM842911;GSM842919;GSM842904;GSM842912;GSM842920;GSM842905;GSM842913;GSM842921;GSM842906;GSM842914;GSM842922;GSM842907;GSM842915;GSM842923	6;6;6;8;8;8;10;10;10;14;14;14;18;18;18	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	treated with maturation medium containing insulin	Drug or reagent treatment					adipocyte	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2279	GSE34279	GSM846219;GSM846220;GSM846221;GSM846222;GSM846223;GSM846224;GSM846225;GSM846226;GSM846227;GSM846228;GSM846229;GSM846230;GSM846231;GSM846232;GSM846233;GSM846234;GSM846235;GSM846236;GSM846237;GSM846238;GSM846239;GSM846240;GSM846241;GSM846242;GSM846243;GSM846244;GSM846245;GSM846246;GSM846247;GSM846248	8;8;8;12;12;12;12;12;12;16;16;16;24;24;24;24;24;24;36;36;36;48;48;48;60;60;60;72;72;72	0;0;0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	hour	Retinoic acid (RA) induction	Drug or reagent treatment					Mouse embryonic stem cell	Mus_musculus	Microarray	23260668		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2280	GSE34394	GSM848190;GSM848194;GSM848191;GSM848195;GSM848192;GSM848196;GSM848193;GSM848197	0;24;3;120;6;240;12;336	0;4;1;5;2;6;3;7	hour	mouse digit amputation collected time	Stress treatment					hindfoot digit	Mus_musculus	RNA-Seq	23505351		GEO	No data preprocessing information
TCD2281	GSE3440	GSM77688;GSM77689;GSM77690;GSM77691;GSM77692;GSM77693;GSM77694;GSM77695	0;0.5;1;2;3;4;5;12	0;1;2;3;4;5;6;7	hour		Stress treatment					heart	Mus_musculus	Microarray	16601137		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2282	GSE3440	GSM77696;GSM77697;GSM77698;GSM77699;GSM77700;GSM77701;GSM77702	0.5;1;2;3;4;5;12	0;1;2;3;4;5;6	hour	aldosterone	Drug or reagent treatment	aldosterone	10 mcg/kg			heart	Mus_musculus	Microarray	16601137		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2283	GSE3455	GSM78344;GSM78345;GSM78346;GSM80186;GSM80187;GSM80188;GSM80189;GSM80190;GSM80191;GSM80192;GSM80193;GSM80194;GSM80195;GSM80196;GSM80197	0;0;0;2;2;2;8;8;8;16;16;16;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	olfactory bulbectomy	Gene editing					olfactory epithelium	Mus_musculus	Microarray	16882882		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2284	GSE3455	GSM80198;GSM80199;GSM80200;GSM80201;GSM80202;GSM80203;GSM80204;GSM80205;GSM80206;GSM80207;GSM80208;GSM80209;GSM80210;GSM80211;GSM80212	0;0;0;2;2;2;8;8;8;16;16;16;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	olfactory bulbectomy	Gene editing			SR-A mutant		olfactory epithelium	Mus_musculus	Microarray	16882882		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2285	GSE3530	GSM80531;GSM80532;GSM80533;GSM80537;GSM80538;GSM80539	1;2;3;8;9;10	0;1;2;3;4;5	timepoint		Gene editing					cardiac left ventricle	Mus_musculus	Microarray	16368875		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2286	GSE3530	GSM80534;GSM80535;GSM80536;GSM80540;GSM80541;GSM80542	5;6;7;13;14;15	0;1;2;3;4;5	timepoint	MKK7D transgenic	Gene editing			MKK7D transgenic		cardiac left ventricle	Mus_musculus	Microarray	16368875		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2287	GSE35485	GSM869017;GSM869018;GSM869070;GSM869095;GSM869096;GSM869097;GSM869098;GSM869099;GSM869100;GSM869101;GSM869102;GSM869103;GSM869104;GSM869105;GSM869106;GSM869107;GSM869108;GSM869109;GSM869110;GSM869111;GSM869112	E15.5;E15.5;E15.5;E16.5;E16.5;E16.5;E17.5;E17.5;E17.5;E18.5;E18.5;E18.5;E19.5;E19.5;E19.5;E20.5;E20.5;E20.5;PN0;PN0;PN0	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	timepoint	gestational and postnatal time point	Differentiation or development					lung	Mus_musculus	Microarray	22916088		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2288	GSE35485	GSM869115;GSM869116;GSM869117;GSM869118;GSM869216;GSM869217;GSM869218;GSM869227;GSM869228;GSM869229;GSM869230;GSM869231;GSM869247;GSM869248;GSM869249;GSM869250	E15.5;E15.5;E15.5;E16.5;E16.5;E16.5;E17.5;E17.5;E17.5;E18.5;E18.5;E18.5;E18.5;PN0;PN0;PN0	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4	timepoint	gestational and postnatal time point	Differentiation or development					lung	Mus_musculus	Microarray	22916088		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2289	GSE35609	GSM871602;GSM871606;GSM871620;GSM871624;GSM871628;GSM871605;GSM871610;GSM871623;GSM871625;GSM871627;GSM871601;GSM871604;GSM871609;GSM871619;GSM871626;GSM871600;GSM871603;GSM871608;GSM871614;GSM871618;GSM871599;GSM871607;GSM871613;GSM871617;GSM871631;GSM871598;GSM871612;GSM871616;GSM871622;GSM871630	9;9;9;9;9;14;14;14;14;14;16;16;16;16;16;21;21;21;21;21;23;23;23;23;23;28;28;28;28;28	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5	day	collected time	Differentiation or development					distal colon	Mus_musculus	Microarray	23226271		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2291	GSE35944	GSM530900;GSM530901;GSM530902;GSM530903;GSM530904;GSM530905;GSM530906;GSM530907;GSM530908;GSM530909;GSM530910;GSM530911;GSM530912;GSM530913;GSM530914	0;0;0;10;10;10;50;50;50;110;110;110;230;230;230	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	collected after actinomycin D treatment	Drug or reagent treatment						Mus_musculus	Microarray	22956911		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2292	GSE35944	GSM877964;GSM877965;GSM877966;GSM877967;GSM877968;GSM877969;GSM877970;GSM877971;GSM877972;GSM877973;GSM877974;GSM877975;GSM877976;GSM877977;GSM877978	0;0;0;10;10;10;50;50;50;110;110;110;230;230;230	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	collected after actinomycin D treatment	Drug or reagent treatment			PARN knockdown			Mus_musculus	Microarray	22956911		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2293	GSE36664	GSM898265;GSM898266;GSM898267;GSM898268;GSM898269;GSM898270;GSM898271;GSM898272;GSM898273;GSM898274;GSM898275;GSM898276;GSM898277;GSM898278;GSM898279;GSM898280;GSM898281;GSM898282;GSM898283;GSM898284;GSM898285	30;30;30;60;60;60;120;120;120;240;240;240;360;360;360;480;480;480;600;600;600	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	minute	collected after addition of spermidine	Drug or reagent treatment					Fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	22942278		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2294	GSE37387	GSM917394;GSM917395;GSM917397;GSM917398;GSM917399;GSM917400;GSM917401;GSM917402;GSM917403;GSM917404;GSM917406;GSM917407;GSM917408;GSM917409;GSM917410;GSM917411;GSM917412;GSM917413;GSM917414;GSM917416;GSM917417;GSM917418;GSM917419;GSM917420	0;0;0;3;3;3;6;6;6;9;9;9;12;12;12;15;15;15;18;18;18;21;21;21	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	timepoint	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	Microarray	23297224		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2295	GSE3746	GSM86176;GSM86177;GSM86178;GSM86179;GSM86180;GSM86181;GSM86182;GSM86183;GSM86184;GSM86185;GSM86186;GSM86187;GSM86188;GSM86189;GSM86190;GSM86191;GSM86192;GSM86193;GSM86194;GSM86195;GSM86196;GSM86197;GSM86198;GSM86199	18;18;22;22;26;26;30;30;34;34;38;38;42;42;46;46;50;50;54;54;58;58;62;62	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11	hour	collected time	Differentiation or development					skeletal muscle	Mus_musculus	Microarray	17360649|17462724|17550994		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2296	GSE3746	GSM86204;GSM86205;GSM86210;GSM86211;GSM86200;GSM86201;GSM86212;GSM86213;GSM86206;GSM86207;GSM86202;GSM86203;GSM86208;GSM86209	11am;11am;11pm;11pm;3am;3am;3am;3am;3pm;3pm;7am;7am;7pm;7pm	0;0;1;1;2;2;2;2;3;3;4;4;5;5	timepoint	collected time	Differentiation or development			Clock knockout		muscle	Mus_musculus	Microarray	17360649|17462724|17550994		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2297	GSE3748	GSM86252;GSM86253;GSM86254;GSM86255;GSM86256;GSM86257;GSM86258;GSM86259;GSM86260;GSM86261;GSM86262;GSM86263;GSM86264;GSM86265;GSM86266;GSM86267;GSM86268;GSM86269;GSM86270;GSM86271;GSM86272;GSM86273;GSM86274;GSM86275	18;18;22;22;26;26;30;30;34;34;38;38;42;42;46;46;50;50;54;54;58;58;62;62	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11	timepoint	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	Microarray	17360649|17462724		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2298	GSE3748	GSM86280;GSM86281;GSM86282;GSM86283;GSM86284;GSM86285;GSM86286;GSM86287;GSM86288;GSM86289	30;30;34;34;38;38;42;42;46;46	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	timepoint	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	Microarray	17360649|17462724		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2299	GSE38462	GSM942325;GSM942326;GSM942327;GSM942328;GSM942329;GSM942330;GSM942331;GSM942332;GSM942333;GSM942334;GSM942335;GSM942336;GSM942337;GSM942338;GSM942339;GSM942340;GSM942341	8;8;8;46;46;46;46;156;156;156;156;286;286;286;400;400;400	0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	infection with LCMV	Virus or bacterial infection					spleen	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2300	GSE38509	GSM943796;GSM943797;GSM2306210;GSM2306211;GSM943798;GSM943799;GSM943800;GSM943801;GSM943802;GSM943803;GSM943804;GSM943805;GSM943806;GSM943807;GSM943808;GSM943809	1;1;10;12;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;8;8	0;0;7;8;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	day	"infected with retroviruses encoding 4 transcription factors (Oct4, Sox2, Klf4 and c-Myc)"	Virus or bacterial infection					mouse embryonic fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	24496101		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2301	GSE38509	GSM943810;GSM943811;GSM2306212;GSM943812;GSM943813;GSM943814;GSM943815;GSM943816;GSM943817	1;1;12;3;3;5;5;8;8	0;0;4;1;1;2;2;3;3	day		Virus or bacterial infection					mouse embryonic fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	24496101		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2302	GSE38831	GSM950404;GSM950405;GSM950406;GSM950407;GSM950408;GSM950409	13.5;14.5;15.5;16.5;17.5;18.5	0;1;2;3;4;5	development_stage	embryonic development of colon	Differentiation or development					colon	Mus_musculus	Microarray	24260186		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2303	GSE39304	GSM960545;GSM960546;GSM960547;GSM960548;GSM960549;GSM960550;GSM960539;GSM960540;GSM960541;GSM960542;GSM960543;GSM960544;GSM960509;GSM960510;GSM960511;GSM960512;GSM960513;GSM960514;GSM960533;GSM960534;GSM960535;GSM960536;GSM960537;GSM960538;GSM960527;GSM960528;GSM960529;GSM960530;GSM960531;GSM960532;GSM960521;GSM960522;GSM960523;GSM960524;GSM960525;GSM960526;GSM960515;GSM960516;GSM960517;GSM960518;GSM960519;GSM960520	2;2;2;2;2;2;6;6;6;6;6;6;168;168;168;168;168;168;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;72;96;96;96;96;96;96	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;6;6;6;6;6;6;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5	hour		Drug or reagent treatment					lung homogenate	Mus_musculus	Microarray	22990623		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2304	GSE39304	GSM960551;GSM960552;GSM960553;GSM960554;GSM960555;GSM960556;GSM960557;GSM960558;GSM960559;GSM960560;GSM960561;GSM960562;GSM960597;GSM960598;GSM960600;GSM960602;GSM960604;GSM960605;GSM960563;GSM960564;GSM960565;GSM960566;GSM960567;GSM960568;GSM960569;GSM960570;GSM960571;GSM960572;GSM960573;GSM960574;GSM960576;GSM960578;GSM960580;GSM960582;GSM960584;GSM960585;GSM960587;GSM960589;GSM960590;GSM960592;GSM960594;GSM960595	2;2;2;2;2;2;6;6;6;6;6;6;168;168;168;168;168;168;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;72;96;96;96;96;96;96	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;6;6;6;6;6;6;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5	hour	Polyinosinic:polycytidylic acid (poly I:C)	Drug or reagent treatment	Polyinosinic:polycytidylic acid (poly I:C)	30 娓璯			lung homogenate	Mus_musculus	Microarray	22990623		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2305	GSE39549	GSM971546;GSM971547;GSM971548;GSM971549;GSM971550;GSM971551;GSM971552;GSM971553;GSM971554;GSM971555;GSM971556;GSM971557;GSM971558;GSM971559;GSM971560	2;2;2;4;4;4;8;8;8;20;20;20;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	week	fed Normal diet	Stress treatment					epididymal adipose tissue	Mus_musculus	Microarray	22947075|21618427		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2306	GSE39549	GSM971561;GSM971562;GSM971563;GSM971564;GSM971565;GSM971566;GSM971567;GSM971568;GSM971569;GSM971570;GSM971571;GSM971572;GSM971573;GSM971574;GSM971575	2;2;2;4;4;4;8;8;8;20;20;20;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	week	fed High fat diet	Stress treatment					epididymal adipose tissue	Mus_musculus	Microarray	22947075|21618427		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2307	GSE39549	GSM971576;GSM971577;GSM971578;GSM971579;GSM971580	2;4;8;20;24	0;1;2;3;4	week	fed Normal diet	Stress treatment					mesenteric adipose tissue	Mus_musculus	Microarray	22947075|21618427		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2308	GSE39549	GSM971581;GSM971582;GSM971583;GSM971584;GSM971585	2;4;8;20;24	0;1;2;3;4	week	fed High fat diet	Stress treatment					mesenteric adipose tissue	Mus_musculus	Microarray	22947075|21618427		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2309	GSE39549	GSM994790;GSM994791;GSM994792;GSM994793;GSM994794;GSM994795;GSM994796;GSM994797;GSM994798;GSM994799;GSM994800;GSM994801;GSM994802;GSM994803;GSM994804;GSM994805;GSM994806;GSM994807;GSM994808;GSM994809;GSM994810;GSM994811;GSM994812;GSM994813	2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	week	fed Normal diet	Stress treatment					liver	Mus_musculus	Microarray	22947075|21618427		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2310	GSE39549	GSM994814;GSM994815;GSM994816;GSM994817;GSM994818;GSM994819;GSM994820;GSM994821;GSM994822;GSM994823;GSM994824;GSM994825;GSM994826;GSM994827;GSM994828;GSM994829;GSM994830;GSM994831;GSM994832;GSM994833;GSM994834;GSM994835;GSM994836;GSM994837	2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	week	fed High fat diet	Stress treatment					liver	Mus_musculus	Microarray	22947075|21618427		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2311	GSE39621	GSM973242;GSM973243;GSM973246;GSM973251;GSM973256;GSM973257;GSM973260;GSM973263;GSM973264	20;25;37;55;59;62;67;82;84	0;1;2;3;4;5;6;7;8	day	Npc1 knockout	Gene editing			Npc1 knockout		brain	Mus_musculus	Microarray	23094108		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2312	GSE39621	GSM973267;GSM973268;GSM973271;GSM973272;GSM973275;GSM973276	20;25;54;55;67;71	0;1;2;3;4;5	day	Npc1 knockout	Gene editing			Npc1 knockout		liver	Mus_musculus	Microarray	23094108		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2313	GSE39621	GSM973279;GSM973280;GSM973283;GSM973284;GSM973287;GSM973288	20;25;54;55;67;71	0;1;2;3;4;5	day	Npc1 knockout	Gene editing			Npc1 knockout		spleen	Mus_musculus	Microarray	23094108		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2314	GSE39621	GSM973240;GSM973241;GSM973244;GSM973245;GSM973254;GSM973255;GSM973259;GSM973261;GSM973262	20;25;37;40;59;62;67;81;82	0;1;2;3;4;5;6;7;8	day	Npc1 knockout	Gene editing			Npc1 knockout		brain	Mus_musculus	Microarray	23094108		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2315	GSE39621	GSM973265;GSM973266;GSM973269;GSM973270;GSM973273	20;25;54;55;67	0;1;2;3;4	day	Npc1 knockout	Gene editing			Npc1 knockout		liver	Mus_musculus	Microarray	23094108		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2316	GSE39621	GSM973277;GSM973278;GSM973281;GSM973282;GSM973285	20;25;54;55;67	0;1;2;3;4	day	Npc1 knockout	Gene editing			Npc1 knockout		spleen	Mus_musculus	Microarray	23094108		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2317	GSE39817	GSM979791;GSM979792;GSM979793;GSM979794;GSM979795	3;7;14;28;56	0;1;2;3;4	day	post-left pneumonectomy	Stress treatment					medial lobe of right lung	Mus_musculus	Microarray	23997171		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2318	GSE39817	GSM979798;GSM979799;GSM979800;GSM979801;GSM979802	3;7;14;28;56	0;1;2;3;4	day	post-left pneumonectomy	Stress treatment					cardiac lobe of right lung	Mus_musculus	Microarray	23997171		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2319	GSE39817	GSM979805;GSM979806;GSM979807;GSM979808;GSM979809	3;7;14;28;56	0;1;2;3;4	day	post-left pneumonectomy	Stress treatment					right lung	Mus_musculus	Microarray	23997171		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2320	GSE39897	GSM980906;GSM980907;GSM980908;GSM980909;GSM980910;GSM980911;GSM980912;GSM980913;GSM980914;GSM980915;GSM980916;GSM980917;GSM980918;GSM980919;GSM980920;GSM980921;GSM980922;GSM980923;GSM980897;GSM980898;GSM980899;GSM980900;GSM980901;GSM980902;GSM980903;GSM980904;GSM980905;GSM980894;GSM980895;GSM980896;GSM980924;GSM980925;GSM980926;GSM980891;GSM980892;GSM980893	E10;E10;E10;E11.5;E11.5;E11.5;E12.5;E12.5;E12.5;E14;E14;E14;E15;E15;E15;E17;E17;E17;E6.5;E6.5;E6.5;E7.5;E7.5;E7.5;E8.5;E8.5;E8.5;fertilized_eggs;fertilized_eggs;fertilized_eggs;Newborn;Newborn;Newborn;unfertilized_eggs;unfertilized_eggs;unfertilized_eggs	5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;2;2;2;3;3;3;4;4;4;1;1;1;11;11;11;0;0;0	development_stage	developmental stage from oocyte to the end of organogenesis	Differentiation or development					embryo	Mus_musculus	Microarray	23961710		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2321	GSE40151	GSM986312;GSM986313;GSM986314;GSM986315;GSM986316;GSM986317;GSM986318;GSM986319;GSM986328;GSM986329;GSM986330;GSM986331;GSM986332;GSM986333;GSM986334;GSM986335;GSM986344;GSM986345;GSM986346;GSM986347;GSM986348;GSM986349;GSM986350;GSM986351;GSM986359;GSM986360;GSM986361;GSM986362;GSM986363;GSM986364;GSM986365;GSM986366;GSM986375;GSM986376;GSM986377;GSM986378;GSM986379;GSM986380;GSM986381;GSM986382;GSM986391;GSM986392;GSM986393;GSM986394;GSM986395;GSM986396;GSM986397;GSM986398;GSM986407;GSM986408;GSM986409;GSM986410;GSM986411;GSM986412;GSM986413;GSM986414	1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;7;7;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14;14;14;21;21;21;21;21;21;21;21;28;28;28;28;28;28;28;28;35;35;35;35;35;35;35;35	0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6;6;6	day	bleomycin	Drug or reagent treatment					lung	Mus_musculus	Microarray	23565148		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2322	GSE40151	GSM986304;GSM986305;GSM986306;GSM986307;GSM986308;GSM986309;GSM986310;GSM986311;GSM986320;GSM986321;GSM986322;GSM986323;GSM986324;GSM986325;GSM986326;GSM986327;GSM986336;GSM986337;GSM986338;GSM986339;GSM986340;GSM986341;GSM986342;GSM986343;GSM986352;GSM986353;GSM986354;GSM986355;GSM986356;GSM986357;GSM986358;GSM986367;GSM986368;GSM986369;GSM986370;GSM986371;GSM986372;GSM986373;GSM986374;GSM986383;GSM986384;GSM986385;GSM986386;GSM986387;GSM986388;GSM986389;GSM986390;GSM986399;GSM986400;GSM986401;GSM986402;GSM986403;GSM986404;GSM986405;GSM986406	1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;7;7;7;7;7;7;7;7;14;14;14;14;14;14;14;21;21;21;21;21;21;21;21;28;28;28;28;28;28;28;28;35;35;35;35;35;35;35;35	0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;6;6;6	day		Drug or reagent treatment					lung	Mus_musculus	Microarray	23565148		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2323	GSE4051	GSM92610;GSM92611;GSM92612;GSM92613;GSM92614;GSM92615;GSM92616;GSM92617;GSM92618;GSM92619;GSM92620;GSM92621;GSM92622;GSM92623;GSM92624;GSM92625;GSM92626;GSM92627;GSM92628	4_weeks;4_weeks;4_weeks;4_weeks;E16;E16;E16;P10;P10;P10;P10;P2;P2;P2;P2;P6;P6;P6;P6	4;4;4;4;0;0;0;3;3;3;3;1;1;1;1;2;2;2;2	development_stage	different developmental stages	Differentiation or development			Nrl knockout		Gfp+ photoreceptor cells	Mus_musculus	Microarray	16505381		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2324	GSE4051	GSM92629;GSM92630;GSM92631;GSM92632;GSM92633;GSM92634;GSM92635;GSM92636;GSM92637;GSM92638;GSM92639;GSM92640;GSM92641;GSM92642;GSM92643;GSM92644;GSM92645;GSM92646;GSM92647;GSM92648	4_weeks;4_weeks;4_weeks;4_weeks;E16;E16;E16;E16;P10;P10;P10;P10;P2;P2;P2;P2;P6;P6;P6;P6	4;4;4;4;0;0;0;0;3;3;3;3;1;1;1;1;2;2;2;2	development_stage	different developmental stages	Differentiation or development					Gfp+ photoreceptor cells	Mus_musculus	Microarray	16505381		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2325	GSE40565	GSM1229007;GSM1229008;GSM1229009;GSM1371239;GSM1371240;GSM1371241;GSM1371242;GSM1371243;GSM1371244;GSM1371245;GSM1371246;GSM1371247;GSM1371248;GSM1371249;GSM1371250;GSM1371251;GSM1371252;GSM1371253;GSM996655;GSM996656;GSM996657	0;0;0;0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;8;8;8;48;48;48	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	treatment with differentiation cocktail	Differentiation or development					3T3-L1 cells	Mus_musculus	Microarray	25047837		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2326	GSE40918	GSM1004873;GSM1004874;GSM1004920;GSM1004870;GSM1004871;GSM1004872;GSM1004889	1;3;6;16;16;16;48	0;1;2;3;3;3;4	hour	Naive CD4 T cells were typically cultured under standard non-polarizing Th0 differentiation conditions	Differentiation or development					Th0	Mus_musculus	RNA-Seq	23021777		GEO	No data preprocessing information
TCD2327	GSE40918	GSM1004941;GSM1004943;GSM1005002;GSM1005003;GSM1004934;GSM1004935;GSM1004936;GSM1004937;GSM1004942;GSM1004960	1;3;6;9;12;16;16;16;24;48	0;1;2;3;4;5;5;5;6;7	hour	Naive CD4 T cells were typically cultured under standard non-polarizing Th17 differentiation conditions	Differentiation or development					Th17 cells	Mus_musculus	RNA-Seq	23021777		GEO	No data preprocessing information
TCD2328	GSE414	GSM6090;GSM6102;GSM6091;GSM6092;GSM6093;GSM6094;GSM6095;GSM6096;GSM6097;GSM6098;GSM6099;GSM6100;GSM6101	18;18;22;26;30;34;38;42;46;50;54;58;62	0;0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	hour	collected time	Differentiation or development					aorta	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2329	GSE41789	GSM1024320;GSM1024321;GSM1024322;GSM1024329;GSM1024330;GSM1024331;GSM1024338;GSM1024339;GSM1024340;GSM1024347;GSM1024348;GSM1024349;GSM1024356;GSM1024357;GSM1024358	2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;30;30;30	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	week		Stress treatment					lung	Mus_musculus	Microarray	24052614		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2330	GSE41789	GSM1024326;GSM1024327;GSM1024328;GSM1024335;GSM1024336;GSM1024337;GSM1024344;GSM1024345;GSM1024346;GSM1024353;GSM1024354;GSM1024355;GSM1024362;GSM1024363;GSM1024364	2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;30;30;30	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	week	17.5 Gy radiation treated	Stress treatment					lung	Mus_musculus	Microarray	24052614		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2331	GSE41789	GSM1024323;GSM1024324;GSM1024325;GSM1024332;GSM1024333;GSM1024334;GSM1024341;GSM1024342;GSM1024343;GSM1024350;GSM1024351;GSM1024352;GSM1024359;GSM1024360;GSM1024361	2;2;2;4;4;4;8;8;8;16;16;16;30;30;30	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	week	5 Gy radiation treated	Stress treatment					lung	Mus_musculus	Microarray	24052614		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2332	GSE41948	GSM1028010;GSM1028011;GSM1028012;GSM1028028;GSM1028029;GSM1028030;GSM1028031;GSM1028032;GSM1028013;GSM1028014;GSM1028015;GSM1028033;GSM1028034;GSM1028035;GSM1028016;GSM1028017;GSM1028018;GSM1028036;GSM1028037;GSM1028038;GSM1028019;GSM1028020;GSM1028021;GSM1028039;GSM1028040;GSM1028041;GSM1028022;GSM1028023;GSM1028024;GSM1028042;GSM1028043;GSM1028044;GSM1028025;GSM1028026;GSM1028027;GSM1028045;GSM1028046	E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.2;E11.2;E11.2;E11.2;E11.2;E11.2;E11.4;E11.4;E11.4;E11.4;E11.4;E11.4;E11.6;E11.6;E11.6;E11.6;E11.6;E11.6;E11.8;E11.8;E11.8;E11.8;E11.8;E11.8;E12.0;E12.0;E12.0;E12.0;E12.0	0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5	development_stage	collected time	Differentiation or development					gonad	Mus_musculus	Microarray	23874228		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2333	GSE41948	GSM1028047;GSM1028048;GSM1028049;GSM1028065;GSM1028066;GSM1028067;GSM1028050;GSM1028051;GSM1028052;GSM1028068;GSM1028069;GSM1028070;GSM1028071;GSM1028053;GSM1028054;GSM1028055;GSM1028072;GSM1028073;GSM1028074;GSM1028056;GSM1028057;GSM1028058;GSM1028075;GSM1028076;GSM1028077;GSM1028059;GSM1028060;GSM1028061;GSM1028078;GSM1028079;GSM1028080;GSM1028062;GSM1028063;GSM1028064;GSM1028081;GSM1028082;GSM1028083	E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.0;E11.2;E11.2;E11.2;E11.2;E11.2;E11.2;E11.2;E11.4;E11.4;E11.4;E11.4;E11.4;E11.4;E11.6;E11.6;E11.6;E11.6;E11.6;E11.6;E11.8;E11.8;E11.8;E11.8;E11.8;E11.8;E12.0;E12.0;E12.0;E12.0;E12.0;E12.0	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5	development_stage	collected time	Differentiation or development					gonad	Mus_musculus	Microarray	23874228		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2334	GSE4222	GSM96209;GSM96210;GSM96211;GSM96212;GSM96213;GSM96214;GSM96215;GSM96216;GSM96221;GSM96222;GSM96223;GSM96224;GSM96217;GSM96218;GSM96219;GSM96220;GSM96225;GSM96226;GSM96227;GSM96228	Lactation_Day_2;Lactation_Day_2;Lactation_Day_2;Lactation_Day_2;Lactation_Day_9;Lactation_Day_9;Lactation_Day_9;Lactation_Day_9;Laction_Day_1;Laction_Day_1;Laction_Day_1;Laction_Day_1;Pregnant_Day_12;Pregnant_Day_12;Pregnant_Day_12;Pregnant_Day_12;Pregnant_Day_17;Pregnant_Day_17;Pregnant_Day_17;Pregnant_Day_17	3;3;3;3;4;4;4;4;2;2;2;2;0;0;0;0;1;1;1;1	day	developmental time	Differentiation or development					mammary gland	Mus_musculus	Microarray	17105756		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2335	GSE4232	GSM96574;GSM96575;GSM96576;GSM96592;GSM96577;GSM96578;GSM96579;GSM96580	0.5;1;2;4;12;16;24;48	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	IFNg knockout	Gene editing			IFNg knockout		liver	Mus_musculus	Microarray	16473883		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2336	GSE4232	GSM96584;GSM96585;GSM96586;GSM96587;GSM96588;GSM96589;GSM96590;GSM96591	0.5;1;2;4;12;16;24;48	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	IFNg;SOCS1 knockout	Gene editing			IFNg;SOCS1 knockout		liver	Mus_musculus	Microarray	16473883		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2337	GSE4238	GSM96630;GSM96923;GSM96631;GSM96924;GSM96632;GSM96925;GSM96633;GSM96926;GSM96634;GSM96927;GSM96635;GSM96928;GSM96636;GSM96929;GSM96637;GSM96930;GSM96638;GSM96931;GSM96639;GSM96932;GSM96640;GSM96933;GSM96641;GSM96934	38;38;42;42;46;46;50;50;54;54;58;58;62;62;66;66;70;70;74;74;78;78;82;82	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11	hour	after lights off	Stress treatment					adrenal gland	Mus_musculus	Microarray	16998155		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2338	GSE43955	GSM1074947;GSM1074948;GSM1074987;GSM1074949;GSM1074950;GSM1074988;GSM1074951;GSM1074952;GSM1074953;GSM1074989;GSM1074954;GSM1074955;GSM1074956;GSM1074990;GSM1074957;GSM1074958;GSM1074991;GSM1074959;GSM1074992;GSM1074960;GSM1074961;GSM1074962;GSM1074993;GSM1074963;GSM1074994;GSM1074964	0.5;1;1;2;4;4;6;8;10;10;12;16;20;20;24;30;30;42;42;48;50;52;52;60;60;72	0;1;1;2;3;3;4;5;6;6;7;8;9;9;10;11;11;12;12;13;14;15;15;16;16;17	hour	Th17 differentiation	Differentiation or development					Th17 cells	Mus_musculus	Microarray	23467089		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2339	GSE43955	GSM1074965;GSM1074966;GSM1074995;GSM1074967;GSM1074968;GSM1074996;GSM1074969;GSM1074970;GSM1074971;GSM1074997;GSM1074972;GSM1074973;GSM1074974;GSM1074998;GSM1074975;GSM1074976;GSM1074999;GSM1074977;GSM1075000;GSM1074978;GSM1074979;GSM1074983;GSM1074980;GSM1074984;GSM1075001;GSM1075003;GSM1074981;GSM1074985;GSM1075002;GSM1075004;GSM1074982;GSM1074986	0.5;1;1;2;4;4;6;8;10;10;12;16;20;20;24;30;30;42;42;48;50;50;52;52;52;52;60;60;60;60;72;72	0;1;1;2;3;3;4;5;6;6;7;8;9;9;10;11;11;12;12;13;14;14;15;15;15;15;16;16;16;16;17;17	hour	Th17 differentiation	Differentiation or development	rhTGF-灏?;rmIl-6	2ng/mL;25ng/mL rmIl-6			Th17 cells	Mus_musculus	Microarray	23467089		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2340	GSE43969	GSM1075104;GSM1075105;GSM1075106;GSM1075107;GSM1075108;GSM1075109	24;48;49;54;65;72	0;1;2;3;4;5	hour	Th17 differentiation	Differentiation or development	rhTGF-灏?;rmIl-6	2ng/mL;25ng/mL rmIl-6			Th17 cells	Mus_musculus	Microarray	23467089|23467085		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2341	GSE43969	GSM1075110;GSM1075111;GSM1075112;GSM1075113;GSM1075114;GSM1075115	24;48;49;54;65;72	0;1;2;3;4;5	hour	Th17 differentiation	Differentiation or development	rhTGF-灏?;rmIl-6	IL23 knockout			Th17 cells	Mus_musculus	Microarray	23467089|23467085		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2342	GSE44340	GSM1083554;GSM1083555;GSM1083556;GSM1083557;GSM1083558;GSM1083559;GSM1083552;GSM1083560;GSM1083561;GSM1083562;GSM1083563;GSM1083564;GSM1083565;GSM1083566;GSM1083567;GSM1083568;GSM1083569	6;12;18;24;28;32;36;36;40;44;48;52;56;60;66;72;84	0;1;2;3;4;5;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15	hour	Mouse Pgk12.1 ES cells or E14 cells with different sex chromosome compliment were differentiated into EpiSC	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	24506884		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2343	GSE44340	GSM1083536;GSM1083537;GSM1083538;GSM1083539;GSM1083540;GSM1083534;GSM1083541;GSM1083542;GSM1083543;GSM1083544;GSM1083545;GSM1083546;GSM1083547;GSM1083548;GSM1083549;GSM1083550	6;12;18;24;32;36;36;40;44;48;52;56;60;66;72;84	0;1;2;3;4;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14	hour	Mouse Pgk12.1 ES cells or E14 cells with different sex chromosome compliment were differentiated into EpiSC	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	24506884		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2344	GSE44340	GSM1083572;GSM1083573;GSM1083574;GSM1083575;GSM1083576;GSM1083577;GSM1083578;GSM1083579	8;16;24;32;48;60;72;84	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	Mouse Pgk12.1 ES cells or E14 cells with different sex chromosome compliment were differentiated into EpiSC	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	24506884		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2345	GSE44705	GSM1089153;GSM1089155;GSM1089157;GSM1089159;GSM1089161	3;7;14;21;28	0;1;2;3;4	day	optic nerve crush (ONC) in the ON	Stress treatment					left optic nerve	Mus_musculus	Microarray	24767545		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2346	GSE44705	GSM1089154;GSM1089156;GSM1089158;GSM1089160;GSM1089162	3;7;14;21;28	0;1;2;3;4	day	optic nerve crush (ONC) in the ON	Stress treatment					right optic nerve	Mus_musculus	Microarray	24767545		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2347	GSE44707	GSM1089177;GSM1089179;GSM1089181;GSM1089183;GSM1089185	3;7;14;21;28	0;1;2;3;4	day	optic nerve crush (ONC) in the ON	Stress treatment					left retina	Mus_musculus	Microarray	24767545		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2348	GSE44707	GSM1089178;GSM1089180;GSM1089182;GSM1089184;GSM1089186	3;7;14;21;28	0;1;2;3;4	day	optic nerve crush (ONC) in the ON	Stress treatment					right retina	Mus_musculus	Microarray	24767545		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2349	GSE4648	GSM104591;GSM104592;GSM104593;GSM104594;GSM104595;GSM104596;GSM104689;GSM104690;GSM104691;GSM104692;GSM104693;GSM104694	0.25;1;4;12;24;48;0.25;1;4;12;24;48	0;1;2;3;4;5;0;1;2;3;4;5	hour	acute myocardial infarction (AMI)	Stress treatment					interventricular septum (IVS)	Mus_musculus	Microarray	16845475		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2350	GSE4648	GSM104531;GSM104532;GSM104533;GSM104534;GSM104535;GSM104536;GSM104632;GSM104633;GSM104634;GSM104635;GSM104636;GSM104637	0.25;1;4;12;24;48;0.25;1;4;12;24;48	0;1;2;3;4;5;0;1;2;3;4;5	hour	acute myocardial infarction (AMI)	Stress treatment					ischemic/infarcted tissue (IF)	Mus_musculus	Microarray	16845475		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2351	GSE4648	GSM104571;GSM104572;GSM104573;GSM104574;GSM104575;GSM104576;GSM104670;GSM104671;GSM104672;GSM104673;GSM104674;GSM104675	0.25;1;4;12;24;48;0.25;1;4;12;24;48	0;1;2;3;4;5;0;1;2;3;4;5	hour	acute myocardial infarction (AMI)	Stress treatment					LV free wall (FW)	Mus_musculus	Microarray	16845475		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2352	GSE4648	GSM104597;GSM104598;GSM104599;GSM104600;GSM104601;GSM104602;GSM104695;GSM104696;GSM104697;GSM104698;GSM104699;GSM104700	0.25;1;4;12;24;48;0.25;1;4;12;24;48	0;1;2;3;4;5;0;1;2;3;4;5	hour		Stress treatment					interventricular septum (IVS)	Mus_musculus	Microarray	16845475		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2353	GSE4648	GSM104537;GSM104538;GSM104539;GSM104540;GSM104541;GSM104542;GSM104638;GSM104639;GSM104640;GSM104641;GSM104642;GSM104643	0.25;1;4;12;24;48;0.25;1;4;12;24;48	0;1;2;3;4;5;0;1;2;3;4;5	hour		Stress treatment					left ventricle (LV)	Mus_musculus	Microarray	16845475		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2354	GSE4671	GSM105363;GSM105364;GSM105367;GSM105368;GSM105371;GSM105372;GSM105375;GSM105376;GSM105379;GSM105380;GSM105383;GSM105384;GSM105387;GSM105388	1;1;2;2;3;3;4;4;7;7;10;10;17;17	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	Day	fed either diet with 0.5 % CLA	Drug or reagent treatment					retroperitoneal fat pad	Mus_musculus	Microarray	16868072		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2355	GSE4671	GSM105365;GSM105366;GSM105369;GSM105370;GSM105373;GSM105374;GSM105377;GSM105378;GSM105381;GSM105382;GSM105385;GSM105386;GSM105389;GSM105390	1;1;2;2;3;3;4;4;7;7;10;10;17;17	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	Day		Drug or reagent treatment					retroperitoneal fat pad	Mus_musculus	Microarray	16868072		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2356	GSE4675	GSM105450;GSM105451;GSM105452;GSM105453;GSM105454;GSM105455;GSM105456;GSM105457;GSM105458;GSM105459;GSM105460;GSM105461;GSM105462;GSM105463;GSM105464;GSM105465;GSM105466;GSM105467;GSM105468;GSM105469;GSM105470;GSM105471;GSM105472	2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;5;10;10;10;10	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4	Week	birth (post-natal)	Differentiation or development					prefrontal cortex	Mus_musculus	Microarray	17013924		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2357	GSE4679	GSM105490;GSM105492;GSM105494;GSM105496;GSM105498;GSM105500;GSM105502;GSM105504	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day		Drug or reagent treatment		Oct4 knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2358	GSE4679	GSM105506;GSM105508;GSM105510;GSM105512;GSM105514;GSM105516;GSM105518;GSM105520	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	shRNAi induced differentiation in mouse embrionic stem cells	Differentiation or development		Esrrb knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2359	GSE4679	GSM105522;GSM105524;GSM105526;GSM105528;GSM105530;GSM105532;GSM105534	0;1;2;3;4;5;6	0;1;2;3;4;5;6	day	shRNAi induced differentiation in mouse embrionic stem cells	Differentiation or development		Mm343880 knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2360	GSE4679	GSM105536;GSM105538;GSM105540;GSM105542;GSM105544;GSM105546;GSM105548;GSM105550	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	shRNAi induced differentiation in mouse embrionic stem cells	Differentiation or development		Nanog knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2361	GSE4679	GSM105552;GSM105554;GSM105556;GSM105558;GSM105560;GSM105562;GSM105564;GSM105566	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	shRNAi induced differentiation in mouse embrionic stem cells	Differentiation or development		Oct4 knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2366	GSE469	GSM4250;GSM4253;GSM4258;GSM4260;GSM4270;GSM4271;GSM4276;GSM4277;GSM4290;GSM4291	10;10;12;12;1;1;2;2;4;4	3;3;4;4;0;0;1;1;2;2	day	muscle regeneration	Drug or reagent treatment	cardiotoxin	100ul 10uM			skeletal muscle	Mus_musculus	Microarray	12023284|25313409		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2367	GSE47098	GSM1144757;GSM1144759;GSM1144761;GSM1144763;GSM1144765;GSM1144767	1;3;5;7;10;14	0;1;2;3;4;5	day	muscle hypertrophy induced by synergist ablation	Drug or reagent treatment					left plantaris muscle	Mus_musculus	Microarray	23869057|25554798|26048973|26684695		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2368	GSE47098	GSM1144756;GSM1144758;GSM1144760;GSM1144762;GSM1144764;GSM1144766	1;3;5;7;10;14	0;1;2;3;4;5	day	muscle hypertrophy induced by synergist ablation	Drug or reagent treatment					right plantaris muscle	Mus_musculus	Microarray	23869057|25554798|26048973|26684695		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2370	GSE4818	GSM108562;GSM108563;GSM108564;GSM108565;GSM108566;GSM108559;GSM108560;GSM108561;GSM108556;GSM108557;GSM108558;GSM108553;GSM108554;GSM108555;GSM108550;GSM108551;GSM108552;GSM108547;GSM108548;GSM108549	gesbtional_day_11;gesbtional_day_11;gesbtional_day_11;gesbtional_day_11;gesbtional_day_11;gesbtional_day_12;gesbtional_day_12;gesbtional_day_12;gestational_day_14;gestational_day_14;gestational_day_14;gestational_day_16;gestational_day_16;gestational_day_16;gestational_day_18;gestational_day_18;gestational_day_18;postnatal_day_2;postnatal_day_2;postnatal_day_2	0;0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	whole testes throughout development	Differentiation or development					testis	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2371	GSE5011	GSM113085;GSM113087;GSM113088;GSM113089;GSM113091;GSM113092;GSM113093;GSM113094;GSM113096;GSM113097	1;1;2;3;3;3;3;4;4;5	0;0;1;2;2;2;2;3;3;4	time	collected time	Differentiation or development					Mesenchymal stem cells	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2373	GSE52320	GSM1263072;GSM1263073;GSM1263074;GSM1263075;GSM1263076;GSM1263077;GSM1263078;GSM1263079	0;15;30;45;60;75;90;120	0;1;2;3;4;5;6;7	minute	LPS	Drug or reagent treatment	LPS	100 ng/ml			RAW264.7 cells	Mus_musculus	RNA-Seq	24945926		GEO	No data preprocessing information
TCD2374	GSE52333	GSM1263228;GSM1263229;GSM1263230;GSM1263234;GSM1263235;GSM1263236;GSM1263240;GSM1263241;GSM1263242;GSM1263246;GSM1263247;GSM1263248;GSM1263252;GSM1263253;GSM1263254;GSM1263258;GSM1263259;GSM1263260	0;0;0;4;4;4;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	high fat diet	Stress treatment					liver	Mus_musculus	Microarray	24360271|27418314		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2375	GSE52333	GSM1263225;GSM1263226;GSM1263227;GSM1263231;GSM1263232;GSM1263233;GSM1263237;GSM1263238;GSM1263239;GSM1263243;GSM1263244;GSM1263245;GSM1263249;GSM1263250;GSM1263251;GSM1263255;GSM1263256;GSM1263257	0;0;0;4;4;4;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	normal chow	Stress treatment					liver	Mus_musculus	Microarray	24360271|27418314		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2376	GSE5296	GSM118664;GSM118672;GSM119764;GSM119766;GSM119780;GSM119800;GSM119831;GSM119832;GSM119843;GSM119779;GSM119811;GSM120018;GSM119765;GSM119794;GSM119830;GSM119795;GSM119818;GSM119819	0.5;0.5;0.5;4;4;4;168;168;168;24;24;24;672;672;672;72;72;72	0;0;0;1;1;1;4;4;4;2;2;2;5;5;5;3;3;3	hour	Traumatic spinal cord injury (SCI)	Stress treatment					spinal cord	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2377	GSE5296	GSM119783;GSM119846;GSM119855;GSM119784;GSM119785;GSM119822;GSM119769;GSM119823;GSM119848;GSM119768;GSM119821;GSM119835;GSM119814;GSM119836;GSM119847;GSM119815;GSM119837;GSM119856	0.5;0.5;0.5;4;4;4;168;168;168;24;24;24;672;672;672;72;72;72	0;0;0;1;1;1;4;4;4;2;2;2;5;5;5;3;3;3	hour	Traumatic spinal cord injury (SCI)	Stress treatment					spinal cord	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2378	GSE5296	GSM119804;GSM119805;GSM119840;GSM119799;GSM119826;GSM119853;GSM119775;GSM119791;GSM119841;GSM119772;GSM119798;GSM119806;GSM119773;GSM119788;GSM119789;GSM119774;GSM119790;GSM119817	0.5;0.5;0.5;4;4;4;168;168;168;24;24;24;672;672;672;72;72;72	0;0;0;1;1;1;4;4;4;2;2;2;5;5;5;3;3;3	hour	Traumatic spinal cord injury (SCI)	Stress treatment					spinal cord	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2379	GSE5296	GSM119833;GSM119834;GSM119812;GSM119844;GSM119782;GSM119796;GSM119767;GSM119802;GSM119781;GSM119845;GSM119813;GSM119820;GSM119797;GSM119801	0;0;0.5;0.5;4;4;168;168;24;24;672;672;72;72	0;0;1;1;2;2;5;5;3;3;6;6;4;4	hour	sham Traumatic spinal cord injury (SCI)	Stress treatment					spinal cord	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2380	GSE5296	GSM119786;GSM119849;GSM119770;GSM119824;GSM119825;GSM119851;GSM119787;GSM119852;GSM119838;GSM119850;GSM119816;GSM119839;GSM119771;GSM119803	0;0;0.5;0.5;4;4;168;168;24;24;672;672;72;72	0;0;1;1;2;2;5;5;3;3;6;6;4;4	hour	sham Traumatic spinal cord injury (SCI)	Stress treatment					spinal cord	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2381	GSE5296	GSM119776;GSM119842;GSM119827;GSM119854;GSM119777;GSM119792;GSM119778;GSM119810;GSM119807;GSM119828;GSM119808;GSM119829;GSM119793;GSM119809	0;0;0.5;0.5;4;4;168;168;24;24;672;672;72;72	0;0;1;1;2;2;5;5;3;3;6;6;4;4	hour	sham Traumatic spinal cord injury (SCI)	Stress treatment					spinal cord	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2382	GSE5333	GSM120834;GSM120835;GSM120836;GSM120831;GSM120832;GSM120833;GSM120828;GSM120829;GSM120830;GSM120825;GSM120826;GSM120827;GSM120822;GSM120823;GSM120824	gd12;gd12;gd12;gd14;gd14;gd14;gd16;gd16;gd16;gd18;gd18;gd18;pnd2;pnd2;pnd2	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	development_stage	whole epididymus throughout development	Differentiation or development					epididymus	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2383	GSE5334	GSM120856;GSM120851;GSM120852;GSM120853;GSM120848;GSM120849;GSM120850;GSM120845;GSM120846;GSM120847;GSM120842;GSM120843;GSM120844;GSM120839;GSM120840;GSM120841	gd11;gd12;gd12;gd12;gd14;gd14;gd14;gd16;gd16;gd16;gd18;gd18;gd18;pnd2;pnd2;pnd2	0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	development_stage	whole ovary throughout development	Differentiation or development					ovary	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2384	GSE54133	GSM1308544;GSM1308545;GSM1308546;GSM1308547;GSM1308548;GSM1308549;GSM1308550;GSM1308551;GSM1308552;GSM1308553;GSM1308554;GSM1308555;GSM1308556;GSM1308557;GSM1308558	0;0;0;24;24;24;96;96;96;168;168;168;240;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour		Drug or reagent treatment					mammary gland	Mus_musculus	RNA-Seq	26157010		GEO	No data preprocessing information
TCD2385	GSE54133	GSM1308567;GSM1308568;GSM1308559;GSM1308560;GSM1308561;GSM1308562;GSM1308563;GSM1308564;GSM1308565;GSM1308566	168;168;24;24;48;48;72;72;96;96	4;4;0;0;1;1;2;2;3;3	hour		Drug or reagent treatment					mammary gland	Mus_musculus	RNA-Seq	26157010		GEO	No data preprocessing information
TCD2386	GSE54133	GSM1308577;GSM1308578;GSM1308569;GSM1308570;GSM1308571;GSM1308572;GSM1308573;GSM1308574;GSM1308575;GSM1308576	168;168;24;24;48;48;72;72;96;96	4;4;0;0;1;1;2;2;3;3	hour	JNKi treatment	Drug or reagent treatment					mammary gland	Mus_musculus	RNA-Seq	26157010		GEO	No data preprocessing information
TCD2387	GSE54229	GSM1310500;GSM1310501;GSM1310502;GSM1310503;GSM1310504;GSM1310505;GSM1310506	0;0.5;1;2;4;8;18	0;1;2;3;4;5;6	hour	normothermia	Stress treatment					mouse embryonic fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	24586062		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2388	GSE54229	GSM1310507;GSM1310508;GSM1310509;GSM1310510;GSM1310511;GSM1310512	0.5;1;2;4;8;18	0;1;2;3;4;5	hour	hypothermia	Stress treatment					mouse embryonic fibroblasts	Mus_musculus	Microarray	24586062		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2389	GSE54461	GSM1315801;GSM1315802;GSM1315803;GSM1315804;GSM1315805;GSM1315806;GSM1315807;GSM1315808;GSM1315809;GSM1315810;GSM1315811;GSM1315812;GSM1315813;GSM1315814;GSM1315815;GSM1315816;GSM1315817;GSM1315818;GSM1315819;GSM1315820;GSM1315821;GSM1315822;GSM1315823;GSM1315824;GSM1315825;GSM1315826;GSM1315827	2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;14;14;14;16;16;16;18;18;18	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	day	post osteoblast differentiation	Differentiation or development					neonatal calvaria	Mus_musculus	RNA-Seq	24945404|28869591		GEO	No data preprocessing information
TCD2390	GSE54783	GSM1323943;GSM1323944;GSM1323945;GSM1323946;GSM1323947;GSM1323948;GSM1323949;GSM1323950;GSM1323951;GSM1323952;GSM1323953;GSM1323954;GSM1323955;GSM1323956;GSM1323957;GSM1323958;GSM1323959;GSM1323960	3;3;3;7;7;7;14;14;14;21;21;21;28;28;28;35;35;35	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	IDG-SW3 differentitiation	Differentiation or development					osteocytic cells	Mus_musculus	RNA-Seq	24877565		GEO	No data preprocessing information
TCD2391	GSE56893	GSM1370733;GSM1370734;GSM1370735;GSM1370732;GSM1370739;GSM1370738;GSM1370741;GSM1370740;GSM1370745;GSM1370744;GSM1370750;GSM1370749	0;0;0;0;6;6;12;12;24;24;48;48	0;0;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	after retinoic acid stimulation	Drug or reagent treatment					embryonal carcinoma cell line	Mus_musculus	RNA-Seq	25897113	carcinoma	GEO	No data preprocessing information
TCD2392	GSE56977	GSM1372454;GSM1372455;GSM1372456;GSM1372457;GSM1372458;GSM1372459;GSM1372460;GSM1372461;GSM1372462;GSM1372463;GSM1372464;GSM1372465;GSM1372466	0;15;30;45;60;75;90;105;120;135;150;165;180	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	minute	stimulated with LPS	Drug or reagent treatment					Mouse dendritic cells	Mus_musculus	RNA-Seq	25497548		GEO	No data preprocessing information
TCD2393	GSE56977	GSM1372467;GSM1372468;GSM1372469;GSM1372470;GSM1372471;GSM1372472;GSM1372473;GSM1372474;GSM1372475;GSM1372476;GSM1372477;GSM1372478;GSM1372479	0;15;30;45;60;75;90;105;120;135;150;165;180	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	minute	"stimulated with LPS, and labeled with a short (10 minute) 4sU pulse"	Drug or reagent treatment					Mouse dendritic cells	Mus_musculus	RNA-Seq	25497548		GEO	No data preprocessing information
TCD2394	GSE57313	GSM1379389;GSM1379401;GSM1379390;GSM1379402;GSM1379391;GSM1379403;GSM1379392;GSM1379404;GSM1379393;GSM1379405;GSM1379394;GSM1379406	0;0;4;4;8;8;12;12;16;16;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time		Gene editing					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	24867642		GEO	No data preprocessing information
TCD2395	GSE57313	GSM1379395;GSM1379407;GSM1379396;GSM1379408;GSM1379397;GSM1379409;GSM1379398;GSM1379410;GSM1379399;GSM1379411;GSM1379400;GSM1379412	0;0;4;4;8;8;12;12;16;16;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time		Gene editing			Dicer knockout		liver	Mus_musculus	RNA-Seq	24867642		GEO	No data preprocessing information
TCD2396	GSE57384	GSM1381639;GSM1381640;GSM1381641;GSM1381642;GSM1381643;GSM1381644;GSM1381645;GSM1381646;GSM1381647;GSM1381648;GSM1381649;GSM1381650;GSM1381651;GSM1381652;GSM1381653;GSM1381654;GSM1381655;GSM1381656;GSM1381657;GSM1381658;GSM1381659;GSM1381660;GSM1381661;GSM1381662;GSM1381663;GSM1381664;GSM1381665;GSM1381666;GSM1381667;GSM1381668;GSM1381669;GSM1381670;GSM1381671	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	day	post-infection with influenza A	Virus or bacterial infection					blood	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2397	GSE57452	GSM1382974;GSM1382975;GSM1382976;GSM1382977;GSM1382978;GSM1382979;GSM1382980;GSM1382981;GSM1382982;GSM1382983;GSM1382984;GSM1382985;GSM1382986;GSM1382987;GSM1382988;GSM1382989;GSM1382990;GSM1382991;GSM1382992;GSM1382993	0;1;2;3;3;4;4;5;5;5;6;7;7;8;8;9;9;10;10;10	0;1;2;2;2;3;4;4;5;5;6;6;6;7;8;8;9;9;10;10	day	post-infection with influenza A	Virus or bacterial infection					lung	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2398	GSE57453	GSM1382997;GSM1382998;GSM1382999;GSM1383000;GSM1383001;GSM1383002;GSM1383003;GSM1383004;GSM1383005;GSM1383006;GSM1383007;GSM1383008;GSM1383009;GSM1383010;GSM1383011;GSM1383012;GSM1383013;GSM1383014;GSM1383015;GSM1383016;GSM1383017;GSM1383018;GSM1383019;GSM1383020;GSM1383021;GSM1383022;GSM1383023;GSM1383024;GSM1383025;GSM1383026;GSM1383027;GSM1383028;GSM1383029	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	day	post-infection with influenza A	Virus or bacterial infection					lymph node	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2399	GSE57454	GSM1383033;GSM1383034;GSM1383035;GSM1383036;GSM1383037;GSM1383038;GSM1383039;GSM1383040;GSM1383041;GSM1383042;GSM1383043;GSM1383044;GSM1383045;GSM1383046;GSM1383047;GSM1383048;GSM1383049;GSM1383050;GSM1383051;GSM1383052;GSM1383053;GSM1383054;GSM1383055;GSM1383056;GSM1383057;GSM1383058;GSM1383059;GSM1383060;GSM1383061;GSM1383062;GSM1383063;GSM1383064;GSM1383065;GSM1383066	0;0;0;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10	day	post-infection with influenza A	Virus or bacterial infection					spleen	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2400	GSE5810	GSM132976;GSM132986;GSM132977;GSM132987;GSM132978;GSM132979;GSM132990;GSM132980;GSM132992;GSM132972;GSM132982;GSM132993;GSM132973;GSM132983;GSM132995;GSM132974;GSM132984;GSM132996;GSM132975;GSM132985;GSM132998	0;0;6;6;12;18;18;24;24;30;30;30;36;36;36;42;42;42;48;48;48	0;0;1;1;2;3;3;4;4;2;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	treatment of NIH/3T3 cells with a 15uM forskolin pulse	Drug or reagent treatment	forskolin pulse	15uM			NIH/3T3 cells	Mus_musculus	Microarray	17284666		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2401	GSE58757	GSM1419111;GSM1419112;GSM1419113;GSM1419120;GSM1419121;GSM1419122;GSM1419123;GSM1419124;GSM1419125;GSM1419126;GSM1419127;GSM1419128;GSM1419129;GSM1419130;GSM1419131	0;0;0;4;4;4;8;8;8;10;10;10;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	loss of Dicer function	Gene editing					Conditional Dicer mutant mouse Embryonic stem cell	Mus_musculus	RNA-Seq	25792609		GEO	No data preprocessing information
TCD2402	GSE59417	GSM1436602;GSM1436603;GSM1436604;GSM1436605;GSM1436606;GSM1436607;GSM1436608;GSM1436609;GSM1436610;GSM1436611;GSM1436612;GSM1436613	0;0;3;3;7;7;10;10;14;14;21;21	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	day	collected time	Differentiation or development					auditory nerve	Mus_musculus	Microarray	26307538|27600399		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2404	GSE59784	GSM1446355;GSM1446368;GSM1446356;GSM1446369;GSM1446357;GSM1446370;GSM1446358;GSM1446371;GSM1446359;GSM1446372;GSM1446360;GSM1446373	1;1;2;2;4;4;6;6;9;9;12;12	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	LPS stimulus	Drug or reagent treatment					bone marrow	Mus_musculus	RNA-Seq	25745177		GEO	No data preprocessing information
TCD2405	GSE60437	GSM1479977;GSM1479978;GSM1479979;GSM1479980;GSM1479981;GSM1479982;GSM1479983;GSM1479984;GSM1479985;GSM1479986;GSM1479987;GSM1479988;GSM1479989;GSM1479990;GSM1479991;GSM1479992;GSM1479993;GSM1479994;GSM1479995;GSM1479996;GSM1479997;GSM1479998;GSM1479999;GSM1480000;GSM1480001;GSM1480002;GSM1480003;GSM1480004;GSM1480005;GSM1480006;GSM1480007;GSM1480008;GSM1480009;GSM1480010;GSM1480011	E12;E12;E12;E13;E13;E13;E14;E14;E15;E15;E15;E16;E16;E16;E17;E17;E17;E18;E18;E18;E19;E19;E19;P0;P0;P0;P3;P3;P3;P6;P6;P6;P9;P9;P9	0;0;0;1;1;1;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11	age	cerebellar development	Differentiation or development					cerebellum	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2406	GSE60437	GSM1480012;GSM1480013;GSM1480014;GSM1480015;GSM1480016;GSM1480017;GSM1480018;GSM1480019;GSM1480020;GSM1480021;GSM1480022;GSM1480023;GSM1480024;GSM1480025;GSM1480026;GSM1480027;GSM1480028;GSM1480029;GSM1480030;GSM1480031;GSM1480032;GSM1480033;GSM1480034;GSM1480035;GSM1480036;GSM1480037;GSM1480038;GSM1480039;GSM1480040;GSM1480041;GSM1480042	E12;E12;E12;E13;E13;E13;E14;E14;E14;E15;E15;E15;E16;E16;E16;E17;E17;E17;E18;E18;E18;P0;P0;P0;P3;P3;P3;P6;P6;P6;P9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10	age	cerebellar development	Differentiation or development					cerebellum	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2407	GSE60577	GSM1482803;GSM1482810;GSM1482804;GSM1482811;GSM1482805;GSM1482812;GSM1482806;GSM1482813;GSM1482807;GSM1482814;GSM1482808;GSM1482815;GSM1482809;GSM1482816	2;2;6;6;10;10;14;14;18;18;22;22;26;26	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development			Bmal1 knockout		liver	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2408	GSE60684	GSM1484959;GSM1484960;GSM1484961;GSM1484962;GSM1484963;GSM1484964;GSM1484965;GSM1484966;GSM1484967;GSM1484968;GSM1484969;GSM1484970;GSM1484971;GSM1484974;GSM1484975;GSM1484976;GSM1484977;GSM1484978;GSM1484979;GSM1484980;GSM1484981;GSM1484982;GSM1484972;GSM1484973;GSM1484983;GSM1484984;GSM1484985	1;1;1;1;1;7;7;7;7;14;14;14;14;28;28;28;28;28;91;91;91;91;119;119;119;119;119	0;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;5	day		Drug or reagent treatment					liver	Mus_musculus	Microarray	24690595		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2410	GSE60684	GSM1484848;GSM1484849;GSM1484850;GSM1484851;GSM1484852;GSM1484853;GSM1484854;GSM1484855;GSM1484856;GSM1484857;GSM1484858;GSM1484859;GSM1484862;GSM1484863;GSM1484864;GSM1484865;GSM1484866;GSM1484867;GSM1484868;GSM1484869;GSM1484870;GSM1484871;GSM1484860;GSM1484861;GSM1484872;GSM1484873;GSM1484874	1;1;1;1;1;7;7;7;14;14;14;14;28;28;28;28;28;91;91;91;91;91;119;119;119;119;119	0;0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5	day		Drug or reagent treatment			CAR;PXR knockout		liver	Mus_musculus	Microarray	24690595		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2413	GSE60684	GSM1484903;GSM1484904;GSM1484905;GSM1484906;GSM1484907;GSM1484908;GSM1484909;GSM1484910;GSM1484911;GSM1484912;GSM1484913;GSM1484914;GSM1484915;GSM1484916;GSM1484917;GSM1484918;GSM1484919;GSM1484920;GSM1484921;GSM1484922;GSM1484923;GSM1484924;GSM1484925;GSM1484926;GSM1484927;GSM1484928;GSM1484929	1;1;1;1;1;7;7;7;7;14;14;14;14;14;28;28;28;28;28;91;91;91;91;119;119;119;119	0;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	day	Phenobarbital treatment	Drug or reagent treatment					liver	Mus_musculus	Microarray	24690595		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2414	GSE6085	GSM140923;GSM140924;GSM140925;GSM140926;GSM140927;GSM140928;GSM140929;GSM140930;GSM140931;GSM108339;GSM108340;GSM108341;GSM108342;GSM140932;GSM140933;GSM140934;GSM140935;GSM140936;GSM140937;GSM140938;GSM140939;GSM140940;GSM140941;GSM140942;GSM140943;GSM140944;GSM140945;GSM140946;GSM140947;GSM140948;GSM140949	0.5;0.5;0.5;1;1;1;2;2;2;4;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;16;16;16;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	IL-2 stimulation	Drug or reagent treatment					T cells	Mus_musculus	Microarray	18184039|21722407		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2415	GSE60958	GSM1494523;GSM1494524;GSM1494525;GSM1494526;GSM1494527;GSM1494528;GSM1494529;GSM1494530;GSM1494531;GSM1494532;GSM1494533;GSM1494534;GSM1494535;GSM1494536;GSM1494537	1;1;1;7;7;7;14;14;14;30;30;30;60;60;60	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	postnata_day	postnatal heart development	Differentiation or development					heart	Mus_musculus	Microarray	27832192		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2416	GSE60958	GSM1494538;GSM1494539;GSM1494540;GSM1494541;GSM1494542;GSM1494543;GSM1494544;GSM1494545;GSM1494546;GSM1494547;GSM1494548;GSM1494549;GSM1494550;GSM1494551;GSM1494552	1;1;1;7;7;7;14;14;14;30;30;30;60;60;60	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	postnata_day	postnatal heart development	Differentiation or development			Sox6 knockout		heart	Mus_musculus	Microarray	27832192		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2417	GSE61102	GSM1496608;GSM1496604;GSM1496605;GSM1496606;GSM1496607	144;7;21;35;49	4;0;1;2;3	hour	doxycycline treatment	Drug or reagent treatment	doxycycline	100ng/ml	Sox17 overexpression		Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2418	GSE61879	GSM1516138;GSM1516144;GSM1516150;GSM1516135;GSM1516141;GSM1516147;GSM1516139;GSM1516145;GSM1516151;GSM1516136;GSM1516142;GSM1516148;GSM1516137;GSM1516143;GSM1516149;GSM1516134;GSM1516140;GSM1516146	10;10;10;1;1;1;24;24;24;2;2;2;4;4;4;baseline;baseline;baseline	4;4;4;1;1;1;5;5;5;2;2;2;3;3;3;0;0;0	hour	response to dexamethasone 100nM	Drug or reagent treatment	dexamethasone	100nM			bone marrow	Mus_musculus	Microarray	26663721|29241532		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2419	GSE62020	GSM1518510;GSM1518514;GSM1518513;GSM1518515;GSM1518519;GSM1518520;GSM1518521;GSM1518525;GSM1518526;GSM1518527;GSM1518531;GSM1518532;GSM1518533;GSM1518537;GSM1518538;GSM1518539;GSM1518542;GSM1518543;GSM1518547;GSM1518548;GSM1518549;GSM1518552;GSM1518553;GSM1518556;GSM1518557;GSM1518559;GSM1518561	5;5;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;11;11;11;12;12;13;13;13;15;15;21;21;28;35	0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;7;7;7;8;8;9;9;10;11	day	entire rod photoreceptor degeneration process	Differentiation or development			rd1 mutation		retina	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2420	GSE62020	GSM1518508;GSM1518509;GSM1518511;GSM1518512;GSM1518516;GSM1518517;GSM1518518;GSM1518522;GSM1518523;GSM1518524;GSM1518528;GSM1518529;GSM1518530;GSM1518534;GSM1518535;GSM1518536;GSM1518540;GSM1518541;GSM1518544;GSM1518545;GSM1518546;GSM1518550;GSM1518551;GSM1518554;GSM1518555;GSM1518558;GSM1518560	5;5;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;11;11;11;12;12;13;13;13;15;15;21;21;28;35	0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;7;7;7;8;8;9;9;10;11	day	entire rod photoreceptor degeneration process	Differentiation or development					retina	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2421	GSE6219	GSM143486;GSM143487;GSM143485;GSM143488;GSM143489	1;3;6;12;24	0;1;2;3;4	hour	a single injection of 0.05ug/muose of Estradiol (E2)	Drug or reagent treatment	Estradiol	0.05ug				Mus_musculus	Microarray	17361005		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2422	GSE6237	GSM143722;GSM143723;GSM143694;GSM143724;GSM143695;GSM143725	1;3;6;12;18;24	0;1;2;3;4;5	hour	injected s.c with DHT (0.1mg/mice)	Drug or reagent treatment	DHT	0.1mg				Mus_musculus	Microarray	18671277		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2423	GSE628	GSM9604;GSM9638;GSM9639;GSM9640;GSM9641;GSM9642;GSM9643;GSM9644;GSM9645;GSM9646;GSM9647;GSM9648;GSM9649;GSM9650;GSM9651	3;3;3;7;7;7;14;14;14;21;21;21;30;30;30	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	post-estradiol	Drug or reagent treatment						Mus_musculus	Microarray	15297311		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2424	GSE63290	GSM1545135;GSM1545139;GSM1545141;GSM1545143;GSM1545145;GSM1545147;GSM1545149;GSM1545137	0_30;120_150;180_210;240_270;300_330;360_390;420-450;60_90	0;2;3;4;5;6;7;1	minute	Interferon gamma treatment	Drug or reagent treatment					femurs;tibias	Mus_musculus	Microarray	26938778		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2425	GSE63290	GSM1545104;GSM1545112;GSM1545114;GSM1545116;GSM1545118;GSM1545121;GSM1545123;GSM1545106;GSM1545125;GSM1545127;GSM1545129;GSM1545131;GSM1545133;GSM1545108;GSM1545110	0_30;120_150;150_180;180_210;210_240;270_300;300_330;30_60;330_360;360_390;390_420;420-450;450_480;60_90;90_120	0;4;5;6;7;8;9;1;10;11;12;13;14;2;3	minute	Interferon gamma treatment	Drug or reagent treatment					femurs;tibias	Mus_musculus	Microarray	26938778		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2426	GSE63290	GSM1545134;GSM1545138;GSM1545140;GSM1545142;GSM1545144;GSM1545146;GSM1545148;GSM1545136	0_30;120_150;180_210;240_270;300_330;360_390;420-450;60_90	0;2;3;4;5;6;7;1	minute		Drug or reagent treatment					femurs;tibias	Mus_musculus	Microarray	26938778		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2427	GSE63290	GSM1545103;GSM1545111;GSM1545113;GSM1545115;GSM1545117;GSM1545119;GSM1545120;GSM1545122;GSM1545105;GSM1545124;GSM1545126;GSM1545128;GSM1545130;GSM1545132;GSM1545107;GSM1545109	0_30;120_150;150_180;180_210;210_240;240_270;270_300;300_330;30_60;330_360;360_390;390_420;420-450;450_480;60_90;90_120	0;4;5;6;7;8;9;10;1;11;12;13;14;15;2;3	minute		Drug or reagent treatment					femurs;tibias	Mus_musculus	Microarray	26938778		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2428	GSE640	GSM9865;GSM9868;GSM9871;GSM9874;GSM9877;GSM9880;GSM9883;GSM9886;GSM9889;GSM9892;GSM9895;GSM9898;GSM9901;GSM9904;GSM9907	adult;1;1;1;4;4;8;8;11;11;14;18;21;26;29	9;0;0;0;1;1;2;2;3;3;4;5;6;7;8	day	testis development	Differentiation or development					testis	Mus_musculus	Microarray	14526100		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2429	GSE6453	GSM148464;GSM148465;GSM148466;GSM148467;GSM148468;GSM148469;GSM148470;GSM148471;GSM148472;GSM148473;GSM148474;GSM148475;GSM148476;GSM148477	3;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7;7	0;0;0;1;1;1;2;2;3;3;3;4;4;4	week	normal pubertal mouse mammary gland development time	Differentiation or development					mammary gland	Mus_musculus	Microarray	17486082		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2430	GSE65147	GSM1588138;GSM1588139;GSM1588140;GSM1588141;GSM1588146;GSM1588147;GSM1588148;GSM1588149;GSM1588154;GSM1588155;GSM1588156;GSM1588157;GSM1588130;GSM1588131;GSM1588132;GSM1588133;GSM1588162;GSM1588163;GSM1588164;GSM1588165	24;24;24;24;72;72;72;72;168;168;168;168;8;8;8;8;240;240;240;240	1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;0;0;0;0;4;4;4;4	hour	cultured organotypic cerebellar slices (COCS) exposed to IgG	Drug or reagent treatment					cultured organotypic cerebellar slice	Mus_musculus	Microarray	25710374		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2431	GSE65147	GSM1588142;GSM1588143;GSM1588144;GSM1588145;GSM1588150;GSM1588151;GSM1588152;GSM1588153;GSM1588158;GSM1588159;GSM1588160;GSM1588161;GSM1588134;GSM1588135;GSM1588136;GSM1588137;GSM1588166;GSM1588167;GSM1588168;GSM1588169	24;24;24;24;72;72;72;72;168;168;168;168;8;8;8;8;240;240;240;240	1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;0;0;0;0;4;4;4;4	hour	cultured organotypic cerebellar slices (COCS) exposed to POM1	Drug or reagent treatment					cultured organotypic cerebellar slice	Mus_musculus	Microarray	25710374		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2432	GSE6526	GSM150243;GSM150244;GSM150245;GSM150246;GSM150247;GSM150248;GSM150249;GSM150250	0;120;15;180;240;30;480;60	0;4;1;5;6;2;7;3	minute	treated with PDGF for different durations	Differentiation or development			Hey2 knockout			Mus_musculus	Microarray	17327490		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2433	GSE6526	GSM150251;GSM150252;GSM150253;GSM150254;GSM150255;GSM150256;GSM150257;GSM150258	0;120;15;180;240;30;480;60	0;4;1;5;6;2;7;3	minute	treated with PDGF for different durations	Differentiation or development						Mus_musculus	Microarray	17327490		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2434	GSE66141	GSM1615071;GSM1615074;GSM1615072;GSM1615075;GSM1615076;GSM1615077;GSM1615078;GSM1615080;GSM1615079;GSM1615081;GSM1615082;GSM1615083;GSM1615084;GSM1615085	3;3;6;6;24;24;48;48;72;72;120;120;168;168	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour		Virus or bacterial infection					middle ear	Mus_musculus	Microarray	25888408		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2435	GSE66141	GSM1615086;GSM1615088;GSM1615087;GSM1615089;GSM1615090;GSM1615091;GSM1615092;GSM1615094;GSM1615093;GSM1615095;GSM1615096;GSM1615097;GSM1615098;GSM1615099	3;3;6;6;24;24;48;48;72;72;120;120;168;168	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	in response to bacterial infection	Virus or bacterial infection					middle ear	Mus_musculus	Microarray	25888408		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2436	GSE67305	GSM1644076;GSM1644077;GSM1644078;GSM1644079;GSM1644080;GSM1644081;GSM1644082;GSM1644083;GSM1644084;GSM1644085;GSM1644086;GSM1644087;GSM1644088;GSM1644089;GSM1644090;GSM1644091;GSM1644092;GSM1644093;GSM1644094;GSM1644095;GSM1644096;GSM1644097;GSM1644098;GSM1644099	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;10;10;12;12;14;14;16;16;18;18;20;20;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	26486724|27114907|28475894		GEO	No data preprocessing information
TCD2437	GSE67305	GSM1644100;GSM1644101;GSM1644102;GSM1644103;GSM1644104;GSM1644105;GSM1644106;GSM1644107;GSM1644108;GSM1644109;GSM1644110;GSM1644111;GSM1644112;GSM1644113;GSM1644114;GSM1644115;GSM1644116;GSM1644117;GSM1644118;GSM1644119;GSM1644120;GSM1644121;GSM1644122;GSM1644123	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;10;10;12;12;14;14;16;16;18;18;20;20;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	26486724|27114907|28475894		GEO	No data preprocessing information
TCD2438	GSE67462	GSM1647456;GSM1647457;GSM1647458;GSM1647459;GSM1647460;GSM1647461;GSM1647462;GSM1647463;GSM1647464;GSM1647465;GSM1647466;GSM1647467;GSM1647468;GSM1647469	1;1;3;3;5;5;7;7;11;11;15;15;18;18	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	day	collected time	Drug or reagent treatment	Doxcycline;Vitamin C	1娓璯/ml;50娓璯/ml	Rosa26 transgenic		reprogramming intermediate	Mus_musculus	Microarray	26832419		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2439	GSE67610	GSM1651916;GSM1651917;GSM1651918;GSM1651919;GSM1651920;GSM1651921;GSM1651922;GSM1651923;GSM1651924;GSM1651925	4;4;6;6;12;12;24;24;36;36	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	retinoic acid induced neuronal differentiation	Differentiation or development					KH2 cells	Mus_musculus	RNA-Seq	26025802|28584089		GEO	No data preprocessing information
TCD2440	GSE6794	GSM156862;GSM156863;GSM156864;GSM156865;GSM156866;GSM156867;GSM156868;GSM156869;GSM156870;GSM156871	preconfluent;confluent;0.25;0.5;1;2;3;4;7;28	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9	time	3T3-L1 adipose differentiation through time	Differentiation or development					3T3-L1 fibroblast	Mus_musculus	Microarray	17276354		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2441	GSE68290	GSM1667062;GSM1667063;GSM1667064;GSM1667065;GSM1667066	2;6;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	treated with ATRA	Drug or reagent treatment					P19 embryonal carcinoma cells	Mus_musculus	Microarray	27650846	carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2442	GSE68290	GSM1667067;GSM1667068;GSM1667069;GSM1667070;GSM1667071	2;6;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	treated with BMS753	Drug or reagent treatment					P19 embryonal carcinoma cells	Mus_musculus	Microarray	27650846	carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2443	GSE68290	GSM1667072;GSM1667073;GSM1667074;GSM1667075;GSM1667076	2;6;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	treated with BMS641	Drug or reagent treatment					P19 embryonal carcinoma cells	Mus_musculus	Microarray	27650846	carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2444	GSE68290	GSM1667077;GSM1667078;GSM1667079;GSM1667080;GSM1667081	2;6;24;48;72	0;1;2;3;4	hour	treated with BMS961	Drug or reagent treatment					P19 embryonal carcinoma cells	Mus_musculus	Microarray	27650846	carcinoma	GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2445	GSE68768	GSM1680948;GSM1680949;GSM1680950;GSM1680951;GSM1680952;GSM1680953;GSM1680954;GSM1680955;GSM1680956;GSM1680957;GSM1680958	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day	post-vaccine boost	Drug or reagent treatment					blood	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2446	GSE68768	GSM1680959;GSM1680960;GSM1680961;GSM1680962;GSM1680963;GSM1680964;GSM1680965;GSM1680966;GSM1680967;GSM1680968;GSM1680969	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day	post-vaccine boost	Drug or reagent treatment					blood	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2447	GSE68769	GSM1680970;GSM1680971;GSM1680972;GSM1680973;GSM1680974;GSM1680975;GSM1680976;GSM1680977;GSM1680978;GSM1680979;GSM1680980	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day	post-vaccine boost	Drug or reagent treatment					lymph node	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2448	GSE68769	GSM1680981;GSM1680982;GSM1680983;GSM1680984;GSM1680985;GSM1680986;GSM1680987;GSM1680988;GSM1680989;GSM1680990;GSM1680991	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day	post-vaccine boost	Drug or reagent treatment					lymph node	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2449	GSE68770	GSM1680992;GSM1680993;GSM1680994;GSM1680995;GSM1680996;GSM1680997;GSM1680998;GSM1680999;GSM1681000;GSM1681001;GSM1681002	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day	post-vaccine boost	Drug or reagent treatment					spleen	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2450	GSE68770	GSM1681003;GSM1681004;GSM1681005;GSM1681006;GSM1681007;GSM1681008;GSM1681009;GSM1681010;GSM1681011;GSM1681012;GSM1681013	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10	day	post-vaccine boost	Drug or reagent treatment					spleen	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2451	GSE6881	GSM158596;GSM158599;GSM158602;GSM158604;GSM158606;GSM158607;GSM158608;GSM158609;GSM158610;GSM158611	11.5;11.5;12.5;12.5;14.5;14.5;16.5;16.5;18.5;18.5	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day	the time of the indifferent gonad to birth	Differentiation or development					testis	Mus_musculus	Microarray	15496517		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2452	GSE6882	GSM158616;GSM158618;GSM158620;GSM158621;GSM158622;GSM158624;GSM158625;GSM158626;GSM158628;GSM158630	11.5;11.5;12.5;12.5;14.5;14.5;16.5;16.5;18.5;18.5	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day	the time of the indifferent gonad to birth	Differentiation or development					ovary	Mus_musculus	Microarray	15496517		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2453	GSE69011	GSM1690073;GSM1690074;GSM1690075;GSM1690076;GSM1690077	0;12;24;36;48	0;1;2;3;4	hour	LPS stimulation	Drug or reagent treatment	LPS	1ug/mL	RasGRP4 knockout		spleen	Mus_musculus	Microarray	26982501		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2454	GSE69011	GSM1690078;GSM1690079;GSM1690080;GSM1690081;GSM1690082	0;12;24;36;48	0;1;2;3;4	hour	LPS stimulation	Drug or reagent treatment	LPS	1ug/mL			spleen	Mus_musculus	Microarray	26982501		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2455	GSE69321	GSM1697690;GSM1697691;GSM1697692;GSM1697693;GSM1697694;GSM1697695;GSM1697696;GSM1697697;GSM1697698;GSM1697699;GSM1697700;GSM1697702;GSM1697703;GSM1697704;GSM1697705;GSM1697706;GSM1697707	12;12;12;24;24;24;36;36;36;48;48;96;96;96;144;144;144	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	doxycyline-mediated Gata6 induction	Drug or reagent treatment					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	26109048		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2456	GSE69928	GSM1713208;GSM1713209;GSM1713210;GSM1713211;GSM1713212;GSM1713213;GSM1713214;GSM1713215;GSM1713216;GSM1713217;GSM1713218;GSM1713219;GSM1713220;GSM1713221;GSM1713222;GSM1713223;GSM1713224;GSM1713225	0;0;0;0;0.5;0.5;2;2;4;4;8;8;16;16;24;24;32;32	0;0;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour		Drug or reagent treatment					liver	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2457	GSE69928	GSM1713226;GSM1713227;GSM1713228;GSM1713229;GSM1713230;GSM1713231;GSM1713232;GSM1713233;GSM1713234;GSM1713235;GSM1713236;GSM1713237;GSM1713238;GSM1713239	0.5;0.5;2;2;4;4;8;8;16;16;24;24;32;32	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	hepatocellular growth factor (HGF)	Drug or reagent treatment	hepatocellular growth factor (HGF)	40 ng/ml			liver	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2458	GSE69928	GSM1713240;GSM1713241;GSM1713242;GSM1713243;GSM1713244;GSM1713245;GSM1713246;GSM1713247;GSM1713248;GSM1713249;GSM1713250;GSM1713251;GSM1713252;GSM1713253	0.5;0.5;2;2;4;4;8;8;16;16;24;24;32;32	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	interleukin 6 (IL-6)	Drug or reagent treatment	interleukin 6 (IL-6)	40 ng/ml			liver	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2459	GSE69928	GSM1713254;GSM1713255;GSM1713256;GSM1713257;GSM1713258;GSM1713259;GSM1713260;GSM1713261;GSM1713262;GSM1713263;GSM1713264;GSM1713265;GSM1713266;GSM1713267	0.5;0.5;2;2;4;4;8;8;16;16;24;24;32;32	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	interleukin 6 (IL-6);hepatocellular growth factor (HGF)	Drug or reagent treatment	interleukin 6 (IL-6);hepatocellular growth factor (HGF)	40 ng/ml;40 ng/ml			liver	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2460	GSE69935	GSM1713319;GSM1713320;GSM1713321;GSM1713322;GSM1713323;GSM1713324	-5;0;4;8;12;24	0;1;2;3;4;5	hour		Drug or reagent treatment					primary Hepatocyte	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2461	GSE69935	GSM1713329;GSM1713330;GSM1713331;GSM1713332;GSM1713333;GSM1713334;GSM1713335;GSM1713336	5;6;7;8;9;10;12;24	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	interleukin 6 (IL-6);hepatocellular growth factor (HGF)	Drug or reagent treatment	interleukin 6 (IL-6);hepatocellular growth factor (HGF)	40 ng/ml;40 ng/ml			primary Hepatocyte	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2462	GSE6998	GSM161110;GSM161111;GSM161112;GSM161113;GSM161114;GSM161115;GSM161116;GSM161117;GSM161118;GSM161119;GSM161120;GSM161121;GSM161122;GSM161123;GSM161124;GSM161125;GSM161126;GSM161127	1;1;2;2;6;6;12;12;18;18;24;24;30;30;48;48;72;72	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8	hour	after 2/3 hepatectomy	Stress treatment					liver	Mus_musculus	Microarray	17227769		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2464	GSE70022	GSM1715787;GSM1715788;GSM1715789;GSM1715790;GSM1715791;GSM1715792;GSM1715793;GSM1715794;GSM1715795;GSM1715796;GSM1715797;GSM1715798;GSM1715799;GSM1715800;GSM1715801;GSM1715802;GSM1715803;GSM1715804;GSM1715808;GSM1715809;GSM1715810;GSM1715811;GSM1715812;GSM1715813;GSM1715814;GSM1715815;GSM1715816;GSM1715817;GSM1715818;GSM1715819;GSM1715820;GSM1715821;GSM1715822;GSM1715823;GSM1715824;GSM1715825	0;0;0;4;4;4;7;7;7;10;10;10;15;15;15;20;20;20;0;0;0;4;4;4;7;7;7;10;10;10;15;15;15;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	doxycycline treatment	Drug or reagent treatment					mouse embryonic fibroblasts	Mus_musculus	RNA-Seq	27050523|29546410		GEO	No data preprocessing information
TCD2465	GSE7012	GSM161876;GSM161882;GSM161889;GSM161890;GSM161891;GSM161905;GSM161906;GSM161912;GSM161907;GSM161908;GSM161909;GSM161910;GSM161911	0;0.5;1;1.5;2;2.5;3;3.5;4;4.5;5;5.5;6	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	hour	after low-serum synchronization	Differentiation or development					mouse C2C12 myoblast	Mus_musculus	Microarray	17362910		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2466	GSE70486	GSM1782934;GSM1782935;GSM1782936;GSM1782937;GSM1782938;GSM1782939;GSM1782940;GSM1782941;GSM1782942;GSM1782943	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day	collected time	Differentiation or development					Mouse embryonic stem cell	Mus_musculus	RNA-Seq	27889317		GEO	No data preprocessing information
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TCD2468	GSE70497	GSM1787226;GSM1787227;GSM1787242;GSM1787243;GSM1787236;GSM1787237;GSM1787257;GSM1787275;GSM1787241;GSM1787259;GSM1787277;GSM1787278;GSM1787245;GSM1787246;GSM1787248;GSM1787264;GSM1787251;GSM1787252;GSM1787266;GSM1787267;GSM1787232;GSM1787255;GSM1787271;GSM1787272	0;0;0;0;4;4;4;4;8;8;8;8;12;12;12;12;16;16;16;16;20;20;20;20	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development			Bmal1 knockout		liver	Mus_musculus	RNA-Seq	26843191		GEO	No data preprocessing information
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TCD2470	GSE70499	GSM1788723;GSM1788727;GSM1788742;GSM1788715;GSM1788735;GSM1788743;GSM1788706;GSM1788722;GSM1788746;GSM1788711;GSM1788714;GSM1788718;GSM1788712;GSM1788731;GSM1788739;GSM1788708;GSM1788724;GSM1788732	0;0;0;4;4;4;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	RNA-Seq	26843191		GEO	No data preprocessing information
TCD2471	GSE70732	GSM1816905;GSM1816906;GSM1816907;GSM1816908;GSM1816909;GSM1816910;GSM1816911;GSM1816912;GSM1816913;GSM1816917;GSM1816918;GSM1816919;GSM1816914;GSM1816915;GSM1816916;GSM1816920;GSM1816921;GSM1816922	PC14;PC14;PC14;PC16;PC16;PC16;PP1;PP1;PP1;PP10;PP10;PP10;PP3;PP3;PP3;Virgin;Virgin;Virgin	1;1;1;2;2;2;3;3;3;5;5;5;4;4;4;0;0;0	development_stage	The developmental transition to motherhood	Differentiation or development					cerebellum	Mus_musculus	RNA-Seq	26596646		GEO	No data preprocessing information
TCD2472	GSE70732	GSM1816923;GSM1816924;GSM1816925;GSM1816926;GSM1816927;GSM1816928;GSM1816929;GSM1816930;GSM1816931;GSM1816935;GSM1816936;GSM1816937;GSM1816932;GSM1816933;GSM1816934;GSM1816938;GSM1816939;GSM1816940	PC14;PC14;PC14;PC16;PC16;PC16;PP1;PP1;PP1;PP10;PP10;PP10;PP3;PP3;PP3;Virgin;Virgin;Virgin	1;1;1;2;2;2;3;3;3;5;5;5;4;4;4;0;0;0	development_stage	The developmental transition to motherhood	Differentiation or development					hippocampus	Mus_musculus	RNA-Seq	26596646		GEO	No data preprocessing information
TCD2473	GSE70732	GSM1816941;GSM1816942;GSM1816943;GSM1816944;GSM1816945;GSM1816946;GSM1816947;GSM1816948;GSM1816949;GSM1816953;GSM1816954;GSM1816955;GSM1816950;GSM1816951;GSM1816952;GSM1816956;GSM1816957;GSM1816958	PC14;PC14;PC14;PC16;PC16;PC16;PP1;PP1;PP1;PP10;PP10;PP10;PP3;PP3;PP3;Virgin;Virgin;Virgin	1;1;1;2;2;2;3;3;3;5;5;5;4;4;4;0;0;0	development_stage	The developmental transition to motherhood	Differentiation or development					hippocampus	Mus_musculus	RNA-Seq	26596646		GEO	No data preprocessing information
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TCD2497	GSE75210	GSM1945455;GSM1945551;GSM1945467;GSM1945563;GSM1945479;GSM1945575;GSM1945491;GSM1945587;GSM1945503;GSM1945599;GSM1945515;GSM1945611;GSM1945527;GSM1945623;GSM1945539;GSM1945635	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with Pam3Cys	Gene editing			Myd88 knockout		BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2498	GSE75210	GSM1945264;GSM1945360;GSM1945276;GSM1945372;GSM1945288;GSM1945384;GSM1945300;GSM1945396;GSM1945312;GSM1945408;GSM1945324;GSM1945420;GSM1945336;GSM1945432;GSM1945348;GSM1945444	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with Poly(I:C)	Gene editing					BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2499	GSE75210	GSM1945456;GSM1945552;GSM1945468;GSM1945564;GSM1945480;GSM1945576;GSM1945492;GSM1945588;GSM1945504;GSM1945600;GSM1945516;GSM1945612;GSM1945528;GSM1945624;GSM1945540;GSM1945636	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with Poly(I:C)	Gene editing			Myd88 knockout		BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2500	GSE75210	GSM1945267;GSM1945363;GSM1945279;GSM1945375;GSM1945291;GSM1945387;GSM1945303;GSM1945399;GSM1945315;GSM1945411;GSM1945327;GSM1945423;GSM1945339;GSM1945435;GSM1945351;GSM1945447	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with R848	Gene editing					BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2501	GSE75210	GSM1945459;GSM1945555;GSM1945471;GSM1945567;GSM1945483;GSM1945579;GSM1945495;GSM1945591;GSM1945507;GSM1945603;GSM1945519;GSM1945615;GSM1945531;GSM1945627;GSM1945543;GSM1945639	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with R848	Gene editing			Myd88 knockout		BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2502	GSE75210	GSM1945272;GSM1945368;GSM1945284;GSM1945380;GSM1945296;GSM1945392;GSM1945308;GSM1945404;GSM1945320;GSM1945416;GSM1945332;GSM1945428;GSM1945344;GSM1945440;GSM1945356;GSM1945452	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with SeV	Gene editing					BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2503	GSE75210	GSM1945464;GSM1945560;GSM1945476;GSM1945572;GSM1945488;GSM1945584;GSM1945500;GSM1945596;GSM1945512;GSM1945608;GSM1945524;GSM1945620;GSM1945536;GSM1945632;GSM1945548;GSM1945644	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with SeV	Gene editing			Myd88 knockout		BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2504	GSE75210	GSM1945271;GSM1945367;GSM1945283;GSM1945379;GSM1945295;GSM1945391;GSM1945307;GSM1945403;GSM1945319;GSM1945415;GSM1945331;GSM1945427;GSM1945343;GSM1945439;GSM1945355;GSM1945451	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with TDB	Gene editing					BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2505	GSE75210	GSM1945463;GSM1945559;GSM1945475;GSM1945571;GSM1945487;GSM1945583;GSM1945499;GSM1945595;GSM1945511;GSM1945607;GSM1945523;GSM1945619;GSM1945535;GSM1945631;GSM1945547;GSM1945643	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with TDB	Gene editing			Myd88 knockout		BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2506	GSE75210	GSM1945273;GSM1945369;GSM1945285;GSM1945381;GSM1945297;GSM1945393;GSM1945309;GSM1945405;GSM1945321;GSM1945417;GSM1945333;GSM1945429;GSM1945345;GSM1945441;GSM1945357;GSM1945453	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with Zymosan	Gene editing					BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2507	GSE75210	GSM1945465;GSM1945561;GSM1945477;GSM1945573;GSM1945489;GSM1945585;GSM1945501;GSM1945597;GSM1945513;GSM1945609;GSM1945525;GSM1945621;GSM1945537;GSM1945633;GSM1945549;GSM1945645	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2;2.5;2.5;3;3;4;4	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	4 hour time course in 0.5hr intervals with Zymosan	Gene editing			Myd88 knockout		BMDM cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27211859		GEO	No data preprocessing information
TCD2508	GSE75417	GSM1954785;GSM1954786;GSM1954787;GSM1954788;GSM1954789;GSM1954790;GSM1954791;GSM1954792;GSM1954793;GSM1954794;GSM1954795;GSM1954796;GSM1954797;GSM1954798;GSM1954799;GSM1954800;GSM1954801;GSM1954802	0;0;0;2;2;2;6;6;6;12;12;12;18;18;18;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	after Taxomifen induction	Drug or reagent treatment	4-OHT	0.5 uM			pre-B lymphocyte	Mus_musculus	RNA-Seq	31672995		GEO	No data preprocessing information
TCD2509	GSE75417	GSM1954803;GSM1954804;GSM1954805;GSM1954806;GSM1954807;GSM1954808;GSM1954809;GSM1954810;GSM1954811;GSM1954812;GSM1954813;GSM1954814;GSM1954815;GSM1954816;GSM1954817;GSM1954818;GSM1954819;GSM1954820	0;0;0;2;2;2;6;6;6;12;12;12;18;18;18;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	after Taxomifen induction	Drug or reagent treatment	4-OHT	0.5 uM		transfection inducible Ikaros	pre-B lymphocyte	Mus_musculus	RNA-Seq	31672995		GEO	No data preprocessing information
TCD2510	GSE75523	GSM1958473;GSM1958481;GSM1958489;GSM1958497;GSM1958474;GSM1958482;GSM1958490;GSM1958498;GSM1958475;GSM1958483;GSM1958491;GSM1958499;GSM1958476;GSM1958484;GSM1958492;GSM1958500;GSM1958477;GSM1958485;GSM1958493;GSM1958501;GSM1958478;GSM1958486;GSM1958494;GSM1958502;GSM1958479;GSM1958487;GSM1958495;GSM1958503;GSM1958480;GSM1958488;GSM1958496;GSM1958504	0;0;0;0;3;3;3;3;6;6;6;6;9;9;9;9;12;12;12;12;15;15;15;15;18;18;18;18;21;21;21;21	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;7	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					hindlimb muscle	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2511	GSE76	GSM2230;GSM2231;GSM2232;GSM2242;GSM2243;GSM2244;GSM2233;GSM2234;GSM2235;GSM2245;GSM2246;GSM2247;GSM2236;GSM2237;GSM2238;GSM2239;GSM2240;GSM2241	1;1;1;168;168;168;4;4;4;1344;1344;1344;24;24;24;48;48;48	0;0;0;4;4;4;1;1;1;5;5;5;2;2;2;3;3;3	hour	after aortic banding	Stress treatment					left heart ventricle	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2512	GSE76	GSM2248;GSM2249;GSM2250;GSM2260;GSM2261;GSM2262;GSM2251;GSM2252;GSM2253;GSM2263;GSM2264;GSM2265;GSM2254;GSM2255;GSM2256;GSM2257;GSM2258;GSM2259	1;1;1;168;168;168;4;4;4;1344;1344;1344;24;24;24;48;48;48	0;0;0;4;4;4;1;1;1;5;5;5;2;2;2;3;3;3	hour	after sham operation	Stress treatment					left heart ventricle	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2513	GSE76205	GSM1976420;GSM1976421;GSM1976422;GSM1976423;GSM1976424;GSM1976430;GSM1976431;GSM1976432;GSM1976433;GSM1976434;GSM1976435;GSM1976436;GSM1976437;GSM1976438;GSM1976439;GSM1976440;GSM1976441;GSM1976442;GSM1976443;GSM1976425;GSM1976426;GSM1976427;GSM1976428;GSM1976429;GSM1976444;GSM1976445;GSM1976446;GSM1976447	1;1;1;1;1;30;30;30;30;30;90;90;90;90;90;180;180;180;180;7;7;7;7;7;270;270;270;270	0;0;0;0;0;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;1;1;1;1;1;5;5;5;5	day	exposed to ambient air	Stress treatment					lung	Mus_musculus	RNA-Seq	28575117		GEO	No data preprocessing information
TCD2514	GSE76205	GSM1976448;GSM1976449;GSM1976450;GSM1976451;GSM1976452;GSM1976457;GSM1976458;GSM1976459;GSM1976460;GSM1976461;GSM1976462;GSM1976463;GSM1976464;GSM1976465;GSM1976466;GSM1976467;GSM1976468;GSM1976469;GSM1976470;GSM1976471;GSM1976453;GSM1976454;GSM1976455;GSM1976456;GSM1976472;GSM1976473;GSM1976474;GSM1976475;GSM1976476	1;1;1;1;7;30;30;30;30;30;90;90;90;90;90;180;180;180;180;180;7;7;7;7;270;270;270;270;270	0;0;0;0;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;1;1;1;1;5;5;5;5;5	day	exposures to cigarette smoke (CS)	Stress treatment					lung	Mus_musculus	RNA-Seq	28575117		GEO	No data preprocessing information
TCD2515	GSE76316	GSM1981216;GSM1981224;GSM1981217;GSM1981225;GSM1981218;GSM1981226;GSM1981219;GSM1981227;GSM1981220;GSM1981228;GSM1981221;GSM1981229;GSM1981222;GSM1981230;GSM1981223;GSM1981231	E14.5;E14.5;E15.0;E15.0;E15.5;E15.5;E16.0;E16.0;E16.5;E16.5;E17.0;E17.0;E17.5;E17.5;E18.0;E18.0	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	development_stage	development stage	Differentiation or development					upper tooth germ	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2516	GSE77	GSM2349;GSM2350;GSM2351;GSM2352;GSM2353;GSM2354;GSM2346;GSM2347;GSM2348;GSM2355;GSM2356;GSM2357;GSM2358;GSM2359;GSM2360;GSM2340;GSM2341;GSM2342	10080;10080;10080;20160;20160;20160;3600;3600;3600;30240;30240;30240;40320;40320;40320;10;10;10	2;2;2;3;3;3;1;1;1;4;4;4;5;5;5;0;0;0	minute	duration after swimming twice a day	Stress treatment					heart ventricle	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2517	GSE77221	GSM2046143;GSM2046167;GSM2046144;GSM2046168;GSM2046145;GSM2046169;GSM2046146;GSM2046170;GSM2046147;GSM2046171;GSM2046148;GSM2046172	2;2;6;6;10;10;14;14;18;18;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	Liver assessment time	Differentiation or development				conventional raised	duodenum	Mus_musculus	RNA-Seq	30344015		GEO	No data preprocessing information
TCD2518	GSE77221	GSM2046149;GSM2046173;GSM2046150;GSM2046174;GSM2046151;GSM2046175;GSM2046152;GSM2046176;GSM2046153;GSM2046177;GSM2046154;GSM2046178	2;2;6;6;10;10;14;14;18;18;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	Liver assessment time	Differentiation or development				conventional raised	ileum	Mus_musculus	RNA-Seq	30344015		GEO	No data preprocessing information
TCD2519	GSE77221	GSM2355588;GSM2355594;GSM2355589;GSM2355595;GSM2355590;GSM2355596;GSM2355591;GSM2355597;GSM2355592;GSM2355598;GSM2355593;GSM2355599	2;2;6;6;10;10;14;14;18;18;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	Liver assessment time	Differentiation or development				conventional raised	liver	Mus_musculus	RNA-Seq	30344015		GEO	No data preprocessing information
TCD2520	GSE77221	GSM2046155;GSM2046179;GSM2046156;GSM2046180;GSM2046157;GSM2046181;GSM2046158;GSM2046182;GSM2046159;GSM2046183;GSM2046160;GSM2046184	2;2;6;6;10;10;14;14;18;18;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	Liver assessment time	Differentiation or development				conventional raised	liver	Mus_musculus	RNA-Seq	30344015		GEO	No data preprocessing information
TCD2521	GSE77221	GSM2719080;GSM2719081;GSM2719082;GSM2719083;GSM2719084;GSM2719085;GSM2719086;GSM2719087;GSM2719088;GSM2719089;GSM2719090;GSM2719091	2;2;6;6;10;10;14;14;18;18;22;22	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	Liver assessment time	Differentiation or development			Cry1;Cry2 knockout	conventional raised	liver	Mus_musculus	RNA-Seq	30344015		GEO	No data preprocessing information
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TCD2532	GSE77691	GSM2056255;GSM2056256;GSM2056257;GSM2056261;GSM2056262	0;4;10;23;29	0;1;2;3;4	day	embryonic stem cells (ESCs) differentiation days	Differentiation or development					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD2545	GSE82067	GSM2182983;GSM2182984;GSM2182985;GSM2182986;GSM2182987;GSM2182988;GSM2182989;GSM2182990;GSM2182991;GSM2182992;GSM2182993;GSM2182994	2;4;4;6;12;12;24;24;48;48;1008;1008	0;1;1;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	exposure to epidermal application of TP	Drug or reagent treatment					dorsal skin	Mus_musculus	Microarray	27425619		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2551	GSE83199	GSM2196054;GSM2196055;GSM2196056;GSM2196057;GSM2196058	1;3;6;12;24	0;1;2;3;4	hour	collected time	Drug or reagent treatment	Cylindrospermopsin	50 ug/kg			liver	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2552	GSE83199	GSM2196059;GSM2196060;GSM2196061;GSM2196062;GSM2196063	1;3;6;12;24	0;1;2;3;4	hour	collected time	Differentiation or development					liver	Mus_musculus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2555	GSE83351	GSM2200061;GSM2200066;GSM2200062;GSM2200063;GSM2200067;GSM2200064;GSM2200065;GSM2200068	0;0;0.5;1;1;2;4;4	0;0;1;2;2;3;4;4	hour	course of events during T cell activation	Differentiation or development					Th1 effector cell (CD4+ T cell)	Mus_musculus	RNA-Seq	28423325		GEO	No data preprocessing information
TCD2556	GSE84874	GSM2252944;GSM2252945;GSM2252946;GSM2252947;GSM2252948;GSM2252949;GSM2252950;GSM2252951;GSM2252952;GSM2252953;GSM2252954;GSM2252955;GSM2252956;GSM2252957;GSM2252958;GSM2252959;GSM2252960;GSM2252961;GSM2252962;GSM2252963	0;0;4;4;8;8;12;12;24;24;36;36;48;48;72;72;96;96;120;120	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9	hour	collected time	Differentiation or development					Lys-GFP-ER-HoxA9 cells	Mus_musculus	RNA-Seq	27641501		GEO	No data preprocessing information
TCD2557	GSE86955	GSM2310965;GSM2310966;GSM2310967;GSM2310968;GSM2310975;GSM2310976;GSM2310977;GSM2310978;GSM2310969;GSM2310970;GSM2310971;GSM2310972;GSM2310973;GSM2310974	0;0;6;6;168;168;240;240;24;24;48;48;96;96	0;0;1;1;5;5;6;6;2;2;3;3;4;4	hour	culture time	Differentiation or development					cultured dorsal skin dissociated cells	Mus_musculus	RNA-Seq	28798065		GEO	No data preprocessing information
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TCD2563	GSE89224	GSM2361318;GSM2361319;GSM2361320;GSM2361321;GSM2361322;GSM2361323;GSM2361324;GSM2361325;GSM2361326;GSM2361327;GSM2361328;GSM2361329;GSM2361330;GSM2361331;GSM2361332;GSM2361333;GSM2361334;GSM2361335;GSM2361336;GSM2361337;GSM2361338;GSM2361339;GSM2361340;GSM2361341;GSM2361342;GSM2361343;GSM2361344;GSM2361345;GSM2361346;GSM2361347;GSM2361348;GSM2361349;GSM2361350	8;8;8;16;16;16;24;24;24;48;48;48;72;72;72;96;96;120;120;120;144;144;144;168;168;168;192;192;192;216;216;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;11;11	hour	post spared nerve injury (SNI)	Stress treatment					Dorsal root ganglia (DRG)	Mus_musculus	Microarray	29386116		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2564	GSE89553	GSM2375780;GSM2375781;GSM2375784;GSM2375785;GSM2375786;GSM2375787;GSM2375782;GSM2375783;GSM2375788;GSM2375789;GSM2375790;GSM2375791	0;0;24;24;48;48;6;6;96;96;120;120	0;0;2;2;3;3;1;1;4;4;5;5	hour	harvested time during Mesenchymal breast cancer cells trasndifferentiation into terminally differentiated adipocytes	Differentiation or development					Mesenchymal breast cancer cells	Mus_musculus	RNA-Seq	30645973		GEO	No data preprocessing information
TCD2565	GSE926	GSM13803;GSM13836;GSM13806;GSM13837;GSM13807;GSM13838;GSM13808;GSM13839;GSM13809;GSM13840;GSM13811;GSM13842;GSM13812;GSM13843;GSM13810;GSM13841;GSM13813;GSM13844;GSM13814;GSM13845;GSM13815;GSM13846	0;0;10;10;14;14;18;18;20;20;30;30;35;35;3;3;56;56;6;6;8;8	0;0;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;1;1;10;10;2;2;3;3	day	testis developmental time	Differentiation or development					testis	Mus_musculus	Microarray	15028632		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2566	GSE93915	GSM2464944;GSM2464950;GSM2464956;GSM2464945;GSM2464951;GSM2464957;GSM2464946;GSM2464952;GSM2464958;GSM2464947;GSM2464953;GSM2464959;GSM2464948;GSM2464954;GSM2464960;GSM2464949;GSM2464955;GSM2464961	4;4;4;8;8;8;12;12;12;16;16;16;20;20;20;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	collected time	Differentiation or development					Murine Adult Spleen CD4 T Cells	Mus_musculus	RNA-Seq	30365177		GEO	No data preprocessing information
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TCD2568	GSE95156	GSM2497948;GSM2497947;GSM2497932;GSM2497931;GSM2497928;GSM2497927;GSM2497944;GSM2497943;GSM2497940;GSM2497939;GSM2497936;GSM2497935	0;0;4;4;8;8;12;12;16;16;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	zeitgeber_time	islet isolation time	Drug or reagent treatment					beta cell	Mus_musculus	RNA-Seq	28275001		GEO	No data preprocessing information
TCD2569	GSE9519	GSM241189;GSM241192;GSM241187;GSM241188;GSM241193;GSM241191;GSM241194;GSM241195;GSM241197;GSM241190;GSM241196	0;0;0.5;0.5;0.5;2;2;6;6;24;24	0;0;1;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	hyperosmolar stress	Stress treatment					embryo	Mus_musculus	Microarray	19036436		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2571	GSE9631	GSM243421;GSM243422;GSM243423;GSM243424;GSM243425;GSM243426	1;3;6;12;18;24	0;1;2;3;4;5	hour	DHT	Drug or reagent treatment	DHT	0.1mg			adipose tissue	Mus_musculus	Microarray	18728228		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2572	GSE972	GSM15386;GSM15387;GSM15388;GSM15370;GSM15371;GSM15372;GSM15373;GSM15374;GSM15375;GSM15376;GSM15377;GSM15378;GSM15379;GSM15380;GSM15381;GSM15382;GSM15383;GSM15384;GSM15385	0;0;0;9;9;9;12;12;12;14;14;14;16;16;16;16;18;18;18	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5	day	early development of peripheral nerve	Differentiation or development					neural crest stem cells	Mus_musculus	Microarray	15014110		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2573	GSE9738	GSM245998;GSM246008;GSM245999;GSM246009;GSM246000;GSM246010;GSM246001;GSM246011;GSM246002;GSM246012	2;2;5;5;12;12;24;24;40;40	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	collected time	Differentiation or development					dorsal root ganglia (DRG)	Mus_musculus	Microarray	18036227		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2574	GSE9738	GSM246003;GSM246013;GSM246004;GSM246014;GSM246005;GSM246015;GSM246006;GSM246016;GSM246007;GSM246017	2;2;5;5;12;12;24;24;40;40	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	collected time	Differentiation or development				exposed to Sema3A (cos cells Sema3A-transfected)	dorsal root ganglia (DRG)	Mus_musculus	Microarray	18036227		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2575	GSE9739	GSM246020;GSM246032;GSM246021;GSM246033;GSM246022;GSM246034;GSM246023;GSM246035;GSM246024;GSM246036;GSM246025;GSM246037	2;2;5;5;12;12;24;24;40;40;65;65	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	collected time	Differentiation or development					superior cervical ganglia (SCG)	Mus_musculus	Microarray	18036227		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2576	GSE9739	GSM246026;GSM246038;GSM246027;GSM246039;GSM246028;GSM246040;GSM246029;GSM246041;GSM246030;GSM246042;GSM246031;GSM246043	2;2;5;5;12;12;24;24;40;40;65;65	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	collected time	Differentiation or development				exposed to Sema3A (cos cells Sema3A-transfected)	superior cervical ganglia (SCG)	Mus_musculus	Microarray	18036227		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2577	GSE9740	GSM246046;GSM246058;GSM246047;GSM246059;GSM246048;GSM246060;GSM246049;GSM246061;GSM246050;GSM246062;GSM246051;GSM246063	2;2;5;5;12;12;24;24;40;40;65;65	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	collected time	Differentiation or development					superior cervical ganglia (SCG)	Mus_musculus	Microarray	18036227		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2578	GSE9740	GSM246052;GSM246064;GSM246053;GSM246065;GSM246054;GSM246066;GSM246055;GSM246067;GSM246056;GSM246068;GSM246057;GSM246069	2;2;5;5;12;12;24;24;40;40;65;65	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	collected time	Differentiation or development				exposed to Sema3A (cos cells Sema3A-transfected)	superior cervical ganglia (SCG)	Mus_musculus	Microarray	18036227		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2579	GSE98420	GSM2595057;GSM2595079;GSM2595101;GSM2595061;GSM2595083;GSM2595105;GSM2595062;GSM2595084;GSM2595106;GSM2595063;GSM2595085;GSM2595107;GSM2595064;GSM2595086;GSM2595108;GSM2595065;GSM2595087;GSM2595109;GSM2595058;GSM2595080;GSM2595102;GSM2595066;GSM2595088;GSM2595110;GSM2595067;GSM2595089;GSM2595111;GSM2595059;GSM2595081;GSM2595103;GSM2595060;GSM2595082;GSM2595104	0;0;0;60;60;60;90;90;90;120;120;120;240;240;240;480;480;480;10;10;10;720;720;720;960;960;960;20;20;20;30;30;30	0;0;0;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;1;1;1;9;9;9;10;10;10;2;2;2;3;3;3	minute	RNA Polymerase II and transcriptional dynamics upon Myc activation	Differentiation or development			c-myc knockout		Fibroblasts	Mus_musculus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD2591	GSE73609	GSM1899270;GSM1899390;GSM1899271;GSM1899391;GSM1899272;GSM1899392;GSM1899273;GSM1899393;GSM1899274;GSM1899394;GSM1899275;GSM1899395;GSM1899276;GSM1899396;GSM1899277;GSM1899397;GSM1899278;GSM1899398;GSM1899279;GSM1899399;GSM1899280;GSM1899400;GSM1899281;GSM1899401;GSM1899282;GSM1899402;GSM1899283;GSM1899403;GSM1899284;GSM1899404	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14	timepoint	each season (dry and wet)	Differentiation or development				each season (dry and wet)	leaf	Oryza_sativa	RNA-Seq	26609814|27655842		GEO	No data preprocessing information
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TCD2595	GSE73609	GSM1899226;GSM1899345;GSM1899227;GSM1899346;GSM1899228;GSM1899347;GSM1899229;GSM1899348;GSM1899230;GSM1899349;GSM1899350;GSM1899231;GSM1899351;GSM1899232;GSM1899352;GSM1899233;GSM1899353;GSM1899234;GSM1899354;GSM1899235;GSM1899355;GSM1899236;GSM1899356;GSM1899237;GSM1899357;GSM1899238;GSM1899358;GSM1899239;GSM1899359	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;12;12;13;13;14;14	timepoint	each season (dry and wet)	Differentiation or development				each season (dry and wet)	leaf	Oryza_sativa	RNA-Seq	26609814|27655842		GEO	No data preprocessing information
TCD2596	GSE92302	GSM2425428;GSM2425429;GSM2425430;GSM2425431;GSM2425436;GSM2425437;GSM2425438;GSM2425439;GSM2425440;GSM2425441;GSM2425442;GSM2425443;GSM2425444;GSM2425445;GSM2425446;GSM2425447;GSM2425420;GSM2425421;GSM2425422;GSM2425423;GSM2425424;GSM2425425;GSM2425426;GSM2425427	10.5;10.5;10.5;10.5;14;14;14;14;17.5;17.5;17.5;17.5;21;21;21;21;3.5;3.5;3.5;3.5;7;7;7;7	3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;0;0;0;0;1;1;1;1	hour		Differentiation or development					rice panicle	Oryza_sativa	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2597	E-CBIL-10	Control.12hr..Kutlu37.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.1hr..Kutlu5.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.1hr..Kutlu1.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.2hr..Kutlu13.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.2hr..Kutlu9.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.4hr..Kutlu21.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.4hr..Kutlu17.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.8hr..Kutlu25.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.8hr..Kutlu29.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.12hr..Kutlu33.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.24hr..Kutlu45.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Control.24hr..Kutlu41.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis	12;1;1;2;2;4;4;8;8;12;24;24	4;0;0;1;1;2;2;3;3;4;5;5	hour	exposed to the cytokines IL-1-beta and IFN-gamma without the inducible NO synthase blocker NMA	Drug or reagent treatment				without the inducible NO synthase blocker	beta cell	Rattus_norvegicus	Microarray		insulinoma	ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2598	E-CBIL-10	Cytk.12hr..Kutlu35.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.1hr..Kutlu7.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.1hr..Kutlu3.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.2hr..Kutlu15x.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.2hr..Kutlu11.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.4hr..Kutlu23.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.4hr..Kutlu19.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.8hr..Kutlu31.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.8hr..Kutlu27.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.12hr..Kutlu39.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.24hr..Kutlu47.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;Cytk.24hr..Kutlu43.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis	12;1;1;2;2;4;4;8;8;12;24;24	4;0;0;1;1;2;2;3;3;4;5;5	hour	were exposed in duplicate to IL-1beta + IFN-gamma	Drug or reagent treatment				without the inducible NO synthase blocker	beta cell	Rattus_norvegicus	Microarray		insulinoma	ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2599	E-CBIL-10	NMA.1hr..Kutlu6.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.1hr..Kutlu6A.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.2hr..Kutlu14.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.2hr..Kutlu10.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.4hr..Kutlu18.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.4hr..Kutlu22.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.8hr..Kutlu26.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.8hr..Kutlu30.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.12hr..Kutlu38.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.12hr..Kutlu34.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.24hr..Kutlu46.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA.24hr..Kutlu42.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis	1;1;2;2;4;4;8;8;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	exposed to the cytokines IL-1-beta and IFN-gamma without the inducible NO synthase blocker NMA	Drug or reagent treatment				with the inducible NO synthase blocker	beta cell	Rattus_norvegicus	Microarray		insulinoma	ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2600	E-CBIL-10	NMA...Cytk.1hr..Kutlu8.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.1hr..Kutlu4.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.2hr..Kutlu16.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.2hr..Kutlu12.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.4hr..Kutlu24.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.4hr..Kutlu20.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.8hr..Kutlu32.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.8hr..Kutlu28.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.12hr..Kutlu40.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.12hr..Kutlu36.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.24hr..Kutlu44.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis;NMA...Cytk.24hr..Kutlu48.biotin.G2500A.Hewlett.Packard.Affymetrix.MAS.4.0.Probe.Cell.Analysis	1;1;2;2;4;4;8;8;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	were exposed in duplicate to IL-1beta + IFN-gamma	Drug or reagent treatment				with the inducible NO synthase blocker	beta cell	Rattus_norvegicus	Microarray		insulinoma	ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2601	E-MEXP-999	H_8_1hr_E2;H_7_1hr_E1;H_12_1hr_E6;H_10r_1hr_E4;H_11_1hr_E5;H_19_2hr_E1;H_20_2hr_E2;H_24_2hr_E6;H_23r_2hr_E5;H_21r_2hr_E3;H_32_8hr_E2;H_31r_8hr_E1;H_35_8hr_E5;H_36_8hr_E6;H_34_8hr_E4;H_44_24hr_E2;H_45r_24hr_E3;H_46_24hr_E4;H_43r_24hr_E1;H_47_24hr_E5;H_42rs_24hr_C6;H_58_48hr_E4;H_59_48hr_E5;H_55_48hr_E1;H_56_48hr_E2;H_57_48hr_E3;H_71_72hr_E5;H_70_72hr_E4;H_68_72hr_E2;H_67_72hr_E1;H_69_72hr_E3;H_83_96hr_E5;H_82_96hr_E4;H_79_96hr_E1;H_81_96hr_E3;H_80r_96hr_E2;H_5_1hr_C5;H_3_1hr_C5;H_4_1hr_C4;H_2r_1hr_C2;H_1r_1hr_C1;H_18_2hr_C6;H_15_2hr_C3;H_16_2hr_C4;H_13_2hr_C1;H_14_2hr_C2;H_30_8hr_C6;H_28_8hr_C4;H_27_8hr_C3;H_26_8hr_C2;H_25_8hr_C1;H_39r_24hr_C3;H_40_24hr_C4;H_38r_24hr_C2;H_37_24hr_C1;H_49_48hr_C1;H_50_48hr_C2;H_51_48hr_C3;H_53_48hr_C5;H_54_48hr_C6;H_63_72hr_C3;H_61_72hr_C1;H_64_72hr_C4;H_65_72hr_C5;H_66_72hr_C6;H_76_96hr_C4;H_74_96hr_C2;H_75_96hr_C3;H_78_96hr_C6;H_77_96hr_C5	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;8;8;8;8;8;24;24;24;24;24;24;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;96;96;96;96;96;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;8;8;8;8;8;24;24;24;24;48;48;48;48;48;72;72;72;72;72;96;96;96;96;96	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;6;6;6;6;6	hour	17a-ethynylestradiol	Drug or reagent treatment	17a-ethynylestradiol	10 microgram per kilogram			uterus	Rattus_norvegicus	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2602	E-MTAB-10547	ERR6016479;ERR6016480;ERR6016481;ERR6016482;ERR6016483;ERR6016484;ERR6016485;ERR6016486;ERR6016487;ERR6016488;ERR6016489;ERR6016490;ERR6016491;ERR6016492;ERR6016493;ERR6016494;ERR6016495;ERR6016496;ERR6016497;ERR6016498	13;13;13;13;1;1;1;1;2;2;2;2;4;4;4;4;8;8;8;8	4;4;4;4;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3	week	collected time	Drug or reagent treatment	normal saline	0.90%			liver	Rattus_norvegicus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD2603	E-MTAB-10547	ERR6016499;ERR6016500;ERR6016501;ERR6016502;ERR6016503;ERR6016504;ERR6016505;ERR6016506;ERR6016507;ERR6016508;ERR6016509;ERR6016510;ERR6016511;ERR6016512;ERR6016513;ERR6016514;ERR6016515;ERR6016516;ERR6016517;ERR6016518	13;13;13;13;1;1;1;1;2;2;2;2;4;4;4;4;8;8;8;8	4;4;4;4;0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3	week	treated with thioacetamide (TAA)	Drug or reagent treatment	TAA	300 mg/kg			liver	Rattus_norvegicus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD2604	E-MTAB-10583	ERR6066825;ERR6066826;ERR6066827;ERR6066828;ERR6066829;ERR6066830;ERR6066831;ERR6066832;ERR6066834;ERR6066835;ERR6066836;ERR6066837;ERR6066838;ERR6066839;ERR6066840;ERR6066841;ERR6066842;ERR6066843;ERR6066844;ERR6066845;ERR6066846;ERR6066847;ERR6066848;ERR6066849;ERR6066850;ERR6066851;ERR6066852;ERR6066853;ERR6066864;ERR6066865;ERR6066854;ERR6066855;ERR6066856;ERR6066857;ERR6066858;ERR6066859;ERR6066860;ERR6066861;ERR6066862;ERR6066863;ERR6066866;ERR6066867;ERR6066868;ERR6066869;ERR6066870;ERR6066871;ERR6066872;ERR6066873;ERR6066874;ERR6066833;ERR6066875;ERR6066876;ERR6066877;ERR6066878;ERR6066879;ERR6066880;ERR6066881	6;6;6;6;6;6;6;6;6;6;12;12;12;12;12;12;12;12;12;12;18;18;18;18;18;18;18;18;18;18;21;21;21;21;21;21;21;21;21;21;24;24;24;24;24;24;24;24;24;27;27;27;27;27;27;27;27	0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5;5;5;5	month	age	Differentiation or development					gastrocnemius muscle	Rattus_norvegicus	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD2607	GSE10720	GSM270909;GSM270910;GSM270911;GSM270912;GSM270913;GSM270919;GSM270920;GSM270921;GSM270922;GSM270923;GSM270929;GSM270930;GSM270931;GSM270932;GSM270933;GSM270939;GSM270940;GSM270941;GSM270945;GSM270946;GSM270947;GSM270948;GSM270949;GSM270955;GSM270956;GSM270957;GSM270958;GSM270959	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;4;4;4;4;4;7;7;7;10;10;10;10;10;14;14;14;14;14	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5	day	Severed Rat Medial Collateral Ligament	Stress treatment						Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2608	GSE10720	GSM270914;GSM270915;GSM270916;GSM270917;GSM270918;GSM270924;GSM270925;GSM270926;GSM270927;GSM270928;GSM270934;GSM270935;GSM270936;GSM270937;GSM270938;GSM270942;GSM270943;GSM270944;GSM270950;GSM270951;GSM270952;GSM270953;GSM270954;GSM270960;GSM270961;GSM270962;GSM270963;GSM270964	1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;4;4;4;4;4;7;7;7;10;10;10;10;10;14;14;14;14;14	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4;4;4;5;5;5;5;5	day	sham surgery was performed but the ligament was not severed	Stress treatment						Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2609	GSE1095	GSM17396;GSM17397;GSM17398;GSM17399;GSM17400;GSM18234;GSM17401;GSM17402;GSM17403;GSM17404;GSM17405;GSM17406;GSM17407	0;0;2;2;3;3;6;6;6;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;3;4;4;5;5	hour	passive avoidance training	Stress treatment				passive avoidance training	dentate gyrus	Rattus_norvegicus	Microarray	17298388		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2610	GSE1156	GSM19311;GSM19313;GSM19314;GSM19328;GSM19330;GSM19332;GSM19322;GSM19324;GSM19326;GSM19334;GSM19336;GSM19338;GSM19316;GSM19318;GSM19320	1;1;1;6;6;6;24;24;24;72;72;72;240;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	time after treated with PBS and sacrificed	Drug or reagent treatment					hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2611	GSE1156	GSM19340;GSM19342;GSM19343;GSM19350;GSM19351;GSM19352;GSM19347;GSM19348;GSM19349;GSM19353;GSM19354;GSM19355;GSM19344;GSM19345;GSM19346	1;1;1;6;6;6;24;24;24;72;72;72;240;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	seizures	Drug or reagent treatment	Kainate				hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2614	GSE124870	GSM3557629;GSM3557635;GSM3557641;GSM3557630;GSM3557636;GSM3557642;GSM3557631;GSM3557637;GSM3557643;GSM3557632;GSM3557638;GSM3557644;GSM3557633;GSM3557639;GSM3557645;GSM3557634;GSM3557640;GSM3557646	1;1;1;5;5;5;9;9;9;13;13;13;17;17;17;21;21;21	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	Shift work: Ad Libitum watered and food	Stress treatment					heart	Rattus_norvegicus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2615	GSE124870	GSM3557647;GSM3557653;GSM3557659;GSM3557648;GSM3557654;GSM3557660;GSM3557649;GSM3557655;GSM3557661;GSM3557650;GSM3557656;GSM3557662;GSM3557651;GSM3557657;GSM3557663;GSM3557652;GSM3557658;GSM3557664	1;1;1;5;5;5;9;9;9;13;13;13;17;17;17;21;21;21	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	zeitgeber_time	Shift work: Ad Libitum watered and food only at night while not working	Stress treatment					heart	Rattus_norvegicus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
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TCD2621	GSE13269	GSM334966;GSM334967;GSM334968;GSM334969;GSM334970;GSM334986;GSM334987;GSM334988;GSM334989;GSM334990;GSM335006;GSM335007;GSM335008;GSM335009;GSM335010;GSM335026;GSM335027;GSM335028;GSM335029;GSM335030;GSM335046;GSM335047;GSM335048;GSM335049;GSM335050;GSM335051	4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;12;12;12;12;12;16;16;16;16;16;20;20;20;20;20;20	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	week	sacrificed ages	Stress treatment				feeded with HFD	gastrocnemius muscle	Rattus_norvegicus	Microarray	19074471|21356272|21364767|23236253|28607540|26309393		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2622	GSE13269	GSM334951;GSM334952;GSM334953;GSM334954;GSM334955;GSM334971;GSM334972;GSM334973;GSM334974;GSM334975;GSM334991;GSM334992;GSM334993;GSM334994;GSM334995;GSM335011;GSM335012;GSM335013;GSM335014;GSM335015;GSM335031;GSM335032;GSM335033;GSM335034;GSM335035	4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;12;12;12;12;12;16;16;16;16;16;20;20;20;20;20	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	week	sacrificed ages	Stress treatment				feeded with ND	gastrocnemius muscle	Rattus_norvegicus	Microarray	19074471|21356272|21364767|23236253|28607540|26309393		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2623	GSE13269	GSM334961;GSM334962;GSM334963;GSM334964;GSM334965;GSM334981;GSM334982;GSM334983;GSM334984;GSM334985;GSM335001;GSM335002;GSM335003;GSM335004;GSM335005;GSM335021;GSM335022;GSM335023;GSM335024;GSM335025;GSM335041;GSM335042;GSM335043;GSM335044;GSM335045	4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;12;12;12;12;12;16;16;16;16;16;20;20;20;20;20	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	week	sacrificed ages	Stress treatment				feeded with ND	gastrocnemius muscle	Rattus_norvegicus	Microarray	19074471|21356272|21364767|23236253|28607540|26309393		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2628	GSE13428	GSM338860;GSM338861;GSM338863;GSM338865;GSM338866;GSM338867;GSM338868;GSM338869;GSM338870;GSM338871;GSM338872;GSM338873;GSM338874;GSM338875;GSM338876;GSM338878;GSM338879;GSM338881;GSM338882;GSM338883;GSM338884;GSM338885;GSM338886;GSM338887;GSM338888;GSM338889;GSM338890;GSM338891;GSM338892;GSM338893;GSM338894	1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;72;96;96;96;168;168;168	0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	Exposure to the Acetylcholinesterase Inhibitor Soman	Drug or reagent treatment					hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray	19281266		GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2630	GSE1371	GSM22263;GSM22264;GSM22166;GSM22265;GSM22266	7;14;3;28;42	1;5;0;3;4	day	after fracture	Stress treatment					diaphyseal femoral callus	Rattus_norvegicus	Microarray	15291962|16894589|17205564|17260206		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2631	GSE1371	GSM22269;GSM22270;GSM22268;GSM22271;GSM22272	7;14;3;28;42	1;5;0;3;4	day	after fracture	Stress treatment					diaphyseal femoral callus	Rattus_norvegicus	Microarray	15291962|16894589|17205564|17260206		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2632	GSE1371	GSM22276;GSM22277;GSM22274;GSM22279;GSM22280	7;14;3;28;42	1;5;0;3;4	day	after fracture	Stress treatment					diaphyseal femoral callus	Rattus_norvegicus	Microarray	15291962|16894589|17205564|17260206		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2633	GSE137473	GSM4079910;GSM4079911;GSM4079912;GSM4079919;GSM4079920;GSM4079921;GSM4079922;GSM4079923;GSM4079924;GSM4079913;GSM4079914;GSM4079915;GSM4079916;GSM4079917;GSM4079918	1;1;1;240;240;240;384;384;384;24;24;24;72;72;72	0;0;0;3;3;3;4;4;4;1;1;1;2;2;2	hour	perforant pathway stimulation (PPS)	Stress treatment					hippocampus	Rattus_norvegicus	RNA-Seq	32581127|33584828		GEO	No data preprocessing information
TCD2634	GSE15878	GSM398762;GSM398763;GSM398764;GSM398765;GSM398766;GSM398767;GSM398768;GSM398769;GSM398770;GSM398771;GSM398772;GSM398773;GSM398774;GSM398775;GSM398776;GSM398777	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	Methylprednisolone (MP) to Spinal Cord Injury	Drug or reagent treatment	EtOH	70% ethanol			spinal cord	Rattus_norvegicus	Microarray	34884829		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2635	GSE15878	GSM398794;GSM398795;GSM398796;GSM398797;GSM398798;GSM398799;GSM398800;GSM398801;GSM398802;GSM398803;GSM398804;GSM398805;GSM398806;GSM398807	2;2;4;4;6;6;8;8;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	Methylprednisolone (MP) to Spinal Cord Injury	Drug or reagent treatment	Methylprednisolone (MP)	30 mg/kg			spinal cord	Rattus_norvegicus	Microarray	34884829		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2636	GSE15878	GSM398702;GSM398703;GSM398704;GSM398705;GSM398706;GSM398707;GSM398708;GSM398709;GSM398710;GSM398711;GSM398712;GSM398713;GSM398714;GSM398715;GSM398716;GSM398717	0;0;2;2;4;4;6;6;8;8;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	Methylprednisolone (MP) to Spinal Cord Injury	Drug or reagent treatment					spinal cord	Rattus_norvegicus	Microarray	34884829		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2637	GSE15878	GSM398734;GSM398735;GSM398736;GSM398737;GSM398738;GSM398739;GSM398740;GSM398741;GSM398742;GSM398743;GSM398744;GSM398745;GSM398746;GSM398747	2;2;4;4;6;6;8;8;12;12;24;24;48;48	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	hour	Methylprednisolone (MP) to Spinal Cord Injury	Drug or reagent treatment					spinal cord	Rattus_norvegicus	Microarray	34884829		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2638	GSE164361	GSM5008242;GSM5008243;GSM5008244;GSM5008245;GSM5008246;GSM5008247;GSM5008248;GSM5008249;GSM5008250;GSM5008251;GSM5008252;GSM5008253;GSM5008254;GSM5008255;GSM5008256;GSM5008257	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	day		Differentiation or development					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Rattus_norvegicus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2639	GSE164361	GSM5008258;GSM5008259;GSM5008260;GSM5008261;GSM5008262;GSM5008263;GSM5008264;GSM5008265;GSM5008266;GSM5008267;GSM5008268;GSM5008269;GSM5008270;GSM5008271	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	day		Differentiation or development					Embryonic Stem Cells (ESCs)	Rattus_norvegicus	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2640	GSE1685	GSM29017;GSM29019;GSM29020;GSM29018;GSM29021;GSM29022	1;7;14;3;28;42	0;2;3;1;4;5	day	collected after intramedullary nailing surgery	Stress treatment					diaphyseal femoral callus	Rattus_norvegicus	Microarray	16424807		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2641	GSE1685	GSM29023;GSM29025;GSM29026;GSM29024;GSM29027;GSM29028	1;7;14;3;28;42	0;2;3;1;4;5	day	collected after screw and plate fixation surgery	Stress treatment					diaphyseal femoral callus	Rattus_norvegicus	Microarray	16424807		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2642	GSE1685	GSM29029;GSM29031;GSM29032;GSM29030;GSM29033;GSM29034	1;7;14;3;28;42	0;2;3;1;4;5	day	"collected after received a surgical exposure of the femur, but no fracture, no plate, and no nail sham surgery"	Stress treatment					diaphyseal femoral callus	Rattus_norvegicus	Microarray	16424807		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2643	GSE1721	GSM29172;GSM29113;GSM29114;GSM29115;GSM29116;GSM29117;GSM29118;GSM29133;GSM29134;GSM29135;GSM29136;GSM29139;GSM29140;GSM29148;GSM29149;GSM29150;GSM29153;GSM29154;GSM29155;GSM29156;GSM29158;GSM29160;GSM29162;GSM29166;GSM29167;GSM29168;GSM29169;GSM29170;GSM29171	0.25;0.5;0.5;0.5;0.75;0.75;0.75;1;1;1;2;2;2;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	sacrificed after the injection with methylprednisolone	Drug or reagent treatment					kidney	Rattus_norvegicus	Microarray	15985454		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2644	GSE1831	GSM32070;GSM32071;GSM32072;GSM32076;GSM32077;GSM32078;GSM32082;GSM32083;GSM32084;GSM32088;GSM32089;GSM32090;GSM32091;GSM32092;GSM32093	1;1;1;6;6;6;24;24;24;72;72;72;240;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	after injection with PBS	Drug or reagent treatment					hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray	15800381		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2645	GSE1831	GSM32067;GSM32068;GSM32069;GSM32073;GSM32074;GSM32075;GSM32079;GSM32080;GSM32081;GSM32085;GSM32086;GSM32087;GSM32094;GSM32095;GSM32096	1;1;1;6;6;6;24;24;24;72;72;72;240;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	after injection with dose kainate	Drug or reagent treatment					hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray	15800381		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2646	GSE183172	GSM5552424;GSM5552425;GSM5552426;GSM5552427;GSM5552428;GSM5552429;GSM5552430;GSM5552431	0;3;6;9;12;15;18;21	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	"sham surgery, ad libitum fed mother killed"	Stress treatment					suprachiasmatic nuclei	Rattus_norvegicus	RNA-Seq	35609026		GEO	No data preprocessing information
TCD2647	GSE183172	GSM5552432;GSM5552433;GSM5552434;GSM5552435;GSM5552436;GSM5552437;GSM5552438;GSM5552439	0;3;6;9;12;15;18;21	0;1;2;3;4;5;6;7	hour	suprachiasmatic nuclei (SCN)-lesioned mothers on resctricted feeding regime	Stress treatment					suprachiasmatic nuclei	Rattus_norvegicus	RNA-Seq	35609026		GEO	No data preprocessing information
TCD2648	GSE1834	GSM32123;GSM32124;GSM32125;GSM32129;GSM32130;GSM32131;GSM32135;GSM32136;GSM32137;GSM32141;GSM32142;GSM32143;GSM32147;GSM32148;GSM32149	1;1;1;6;6;6;24;24;24;72;72;72;240;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour		Stress treatment					hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray	15800381		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2649	GSE1834	GSM32126;GSM32127;GSM32128;GSM32132;GSM32133;GSM32134;GSM32138;GSM32139;GSM32140;GSM32144;GSM32145;GSM32146;GSM32150;GSM32151;GSM32152	1;1;1;6;6;6;24;24;24;72;72;72;240;240;240	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	KA-induced seizures	Stress treatment					hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray	15800381		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2650	GSE1888	GSM33426;GSM33419;GSM33408;GSM33409;GSM33427;GSM33418;GSM33389;GSM33404;GSM33388;GSM33379;GSM33378;GSM33405;GSM33361;GSM33346;GSM33357;GSM33360;GSM33356;GSM33345;GSM33314;GSM33323;GSM33333;GSM33334;GSM33313;GSM33324;GSM33289;GSM33307;GSM33297;GSM33298;GSM33290;GSM33308	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	bis-(2-chloroethyl) sulfide	Drug or reagent treatment	bis-(2-chloroethyl) sulfide	1 milligram per kilogram			lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2651	GSE1888	GSM33420;GSM33411;GSM33428;GSM33429;GSM33421;GSM33410;GSM33396;GSM33391;GSM33381;GSM33390;GSM33380;GSM33397;GSM33363;GSM33353;GSM33352;GSM33371;GSM33362;GSM33370;GSM33335;GSM33325;GSM33336;GSM33315;GSM33326;GSM33316;GSM33435;GSM33300;GSM33310;GSM33309;GSM33434;GSM33299	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	bis-(2-chloroethyl) sulfide	Drug or reagent treatment	bis-(2-chloroethyl) sulfide	3 milligram per kilogram			lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2652	GSE1888	GSM33436;GSM33437;GSM33413;GSM33430;GSM33422;GSM33423;GSM33431;GSM33412;GSM33399;GSM33402;GSM33383;GSM33394;GSM33382;GSM33395;GSM33398;GSM33403;GSM33365;GSM33318;GSM33354;GSM33317;GSM33355;GSM33364;GSM33338;GSM33344;GSM33328;GSM33343;GSM33337;GSM33327;GSM33301;GSM33302;GSM33292;GSM33291;GSM33311;GSM33312	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	bis-(2-chloroethyl) sulfide	Drug or reagent treatment	bis-(2-chloroethyl) sulfide	6 milligram per kilogram			lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2653	GSE1888	GSM33406;GSM33432;GSM33417;GSM33433;GSM33407;GSM33416;GSM33376;GSM33387;GSM33400;GSM33386;GSM33377;GSM33401;GSM33350;GSM33351;GSM33359;GSM33358;GSM33369;GSM33368;GSM33331;GSM33341;GSM33321;GSM33322;GSM33342;GSM33332;GSM33305;GSM33296;GSM33287;GSM33295;GSM33288;GSM33306	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	isopropyl alcohol	Drug or reagent treatment	isopropyl alcohol				lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2654	GSE1888	GSM33414;GSM33438;GSM33424;GSM33439;GSM33425;GSM33415;GSM33374;GSM33392;GSM33385;GSM33375;GSM33384;GSM33393;GSM33348;GSM33373;GSM33367;GSM33372;GSM33366;GSM33347;GSM33329;GSM33339;GSM33320;GSM33319;GSM33340;GSM33330;GSM33294;GSM33293;GSM33303;GSM33304;GSM33286;GSM33285	0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;0.5;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	hour	saline	Drug or reagent treatment	saline				lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2655	GSE1892	GSM33513;GSM33515;GSM33517;GSM33525;GSM33526;GSM33527;GSM33531;GSM33532;GSM33533;GSM33537;GSM33538;GSM33539;GSM33544;GSM33545;GSM33546	8;8;8;21;21;21;42;42;42;84;84;84;252;252;252	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	high Fe at different developmental stages	Differentiation or development					duodenum	Rattus_norvegicus	Microarray	15637178|16629162|18005439		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2656	GSE1892	GSM33519;GSM33521;GSM33524;GSM33528;GSM33529;GSM33530;GSM33534;GSM33535;GSM33536;GSM33540;GSM33541;GSM33543;GSM33547;GSM33548;GSM33549	8;8;8;21;21;21;42;42;42;84;84;84;252;252;252	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	low Fe at different developmental stages	Differentiation or development					duodenum	Rattus_norvegicus	Microarray	15637178|16629162|18005439		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2657	GSE19701	GSM491698;GSM491699;GSM491700;GSM491701;GSM491710;GSM491711;GSM491712;GSM491713;GSM491714;GSM491715;GSM491724;GSM491725;GSM491726;GSM491727;GSM491728;GSM491702;GSM491703;GSM491704;GSM491705;GSM491706;GSM491707;GSM491708;GSM491709;GSM491716;GSM491717;GSM491718;GSM491719;GSM491720;GSM491721;GSM491722;GSM491723	0;0;0;0;2;2;2;2;2;2;7;7;7;7;7;21;21;21;21;21;21;21;21;60;60;60;60;60;60;60;60	0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4	day	sacral spinal cord	Stress treatment					sacral spinal cord	Rattus_norvegicus	Microarray	20534130		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2658	GSE20550	GSM516358;GSM516373;GSM516389;GSM516359;GSM516374;GSM516390;GSM516360;GSM516375;GSM516391;GSM516361;GSM516376;GSM516392;GSM516362;GSM516377;GSM516393;GSM516363;GSM516378;GSM516394;GSM516364;GSM516379;GSM516395;GSM516365;GSM516380;GSM516396;GSM516366;GSM516381;GSM516397;GSM516367;GSM516382;GSM516398;GSM516368;GSM516383;GSM516399;GSM516369;GSM516384;GSM516400	1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;16;16;16;20;20;20;24;24;24	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11	hour	OHT treated	Stress treatment					fibroblasts	Rattus_norvegicus	Microarray	21623162		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2659	GSE22321	GSM555611;GSM555612;GSM555613;GSM555614;GSM555615;GSM555616;GSM555617;GSM555618;GSM555619;GSM555620;GSM555621;GSM555622;GSM555623;GSM555624;GSM555625;GSM555626;GSM555627;GSM555628;GSM555629;GSM555630;GSM555631;GSM555632;GSM555633;GSM555634	1;1;1;3;3;3;5;5;5;7;7;7;10;10;10;14;14;14;28;28;28;56;56;56	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	day	post-ablation	Stress treatment					femoral marrow	Rattus_norvegicus	Microarray	20957030		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2660	GSE22791	GSM563495;GSM563496;GSM563497;GSM563498;GSM563499;GSM563500;GSM563501	0;2;6;12;24;48;72	0;1;2;3;4;5;6	hour	after mechanical stress	Stress treatment					cultured spinal cord cells	Rattus_norvegicus	Microarray	20663127		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2668	GSE28435	GSM702865;GSM702866;GSM702863;GSM702859;GSM702860;GSM702870;GSM702871;GSM702872	0.25;1;3;6;6;24;24;24	0;1;2;3;3;4;4;4	hour	0.2 mL saline	Drug or reagent treatment	saline	0.2 mL			amygdala	Rattus_norvegicus	Microarray	21777429		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2669	GSE28435	GSM702798;GSM702799;GSM702796;GSM702792;GSM702793;GSM702803;GSM702804;GSM702805	0.25;1;3;6;6;24;24;24	0;1;2;3;3;4;4;4	hour	0.2 mL saline	Drug or reagent treatment	saline	0.2 mL			hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray	21777429		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2670	GSE28435	GSM702731;GSM702732;GSM702729;GSM702725;GSM702726;GSM702736;GSM702737;GSM702738	0.25;1;3;6;6;24;24;24	0;1;2;3;3;4;4;4	hour	0.2 mL saline	Drug or reagent treatment	saline	0.2 mL			piriform cortex	Rattus_norvegicus	Microarray	21777429		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2671	GSE28435	GSM702932;GSM702933;GSM702930;GSM702926;GSM702927;GSM702937;GSM702938;GSM702939	0.25;1;3;6;6;24;24;24	0;1;2;3;3;4;4;4	hour	0.2 mL saline	Drug or reagent treatment	saline	0.2 mL			septum	Rattus_norvegicus	Microarray	21777429		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2672	GSE28435	GSM702999;GSM703000;GSM702997;GSM702993;GSM702994;GSM703004;GSM703005;GSM703006	0.25;1;3;6;6;24;24;24	0;1;2;3;3;4;4;4	hour	0.2 mL saline	Drug or reagent treatment	saline	0.2 mL			thalamus	Rattus_norvegicus	Microarray	21777429		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2673	GSE2852	GSM62734;GSM62742;GSM62767;GSM62737;GSM62762;GSM62784;GSM62745;GSM62746;GSM62750;GSM62773;GSM62735;GSM62776;GSM62771;GSM62754;GSM62755;GSM62779	4;4;4;4;7;7;7;12;12;12;10080;10080;10080;30240;30240;30240	0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment					kidney	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2674	GSE2852	GSM62765;GSM62731;GSM62740;GSM62785;GSM62739;GSM62790;GSM62796;GSM62748;GSM62794;GSM62753;GSM62730;GSM62793;GSM62758;GSM62756;GSM62763;GSM62757	4;4;4;7;7;12;12;12;10080;10080;10080;10080;30240;30240;30240;30240	0;0;0;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment					liver	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2675	GSE2852	GSM62764;GSM62769;GSM62770;GSM62743;GSM62768;GSM62736;GSM62792;GSM62774;GSM62789;GSM62782;GSM62775;GSM62747;GSM62777;GSM62772;GSM62744;GSM62738;GSM62781;GSM62783;GSM62780	4;4;4;4;4;7;7;12;12;12;12;10080;10080;10080;10080;30240;30240;30240;30240	0;0;0;0;0;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	minute	treated with ochratoxin A	Drug or reagent treatment					kidney	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2676	GSE2852	GSM62766;GSM62733;GSM62732;GSM62741;GSM62786;GSM62787;GSM62788;GSM62778;GSM62749;GSM62791;GSM62795;GSM62751;GSM62752;GSM62760;GSM62761;GSM62759	4;4;4;4;7;7;7;12;12;12;10080;10080;10080;30240;30240;30240	0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with ochratoxin A	Drug or reagent treatment					liver	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2677	GSE28997	GSM718465;GSM718466;GSM718467;GSM718459;GSM718460;GSM718461;GSM718468;GSM718469;GSM718470;GSM718471;GSM718472;GSM718473;GSM718474;GSM718475;GSM718476;GSM718477;GSM718478;GSM718479;GSM718480;GSM718481;GSM718482;GSM718462;GSM718463;GSM718464	140_160_180;140_160_180;140_160_180;20_40_60;20_40_60;20_40_60;200_220_240;200_220_240;200_220_240;260_280_300;260_280_300;260_280_300;320_340_360;320_340_360;320_340_360;380_400_420;380_400_420;380_400_420;440_460_480;440_460_480;440_460_480;80_100_120;80_100_120;80_100_120	2;2;2;0;0;0;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;1;1;1	minute		Drug or reagent treatment					skeletal muscle myoblasts	Rattus_norvegicus	Microarray	22396763		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2678	GSE28997	GSM718492;GSM718493;GSM718486;GSM718487;GSM718488;GSM718494;GSM718495;GSM718496;GSM718497;GSM718498;GSM718499;GSM718500;GSM718501;GSM718502;GSM718503;GSM718504;GSM718505;GSM718506;GSM718507;GSM718508;GSM718489;GSM718490;GSM718491	140_160_180;140_160_180;20_40_60;20_40_60;20_40_60;200_220_240;200_220_240;200_220_240;260_280_300;260_280_300;260_280_300;320_340_360;320_340_360;320_340_360;380_400_420;380_400_420;380_400_420;440_460_480;440_460_480;440_460_480;80_100_120;80_100_120;80_100_120	2;2;0;0;0;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;1;1;1	minute	acute insulin stimulation	Drug or reagent treatment					skeletal muscle myoblasts	Rattus_norvegicus	Microarray	22396763		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2679	GSE3298	GSM74215;GSM74219;GSM74221;GSM74217;GSM74223;GSM74225;GSM74227	1;7;14;3;21;28;42	0;5;3;1;4;5;6	day	changes in the intact contralateral femora	Differentiation or development					proximal femoral growthplate	Rattus_norvegicus	Microarray	16924177|17398174		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2680	GSE3298	GSM74216;GSM74220;GSM74222;GSM74218;GSM74224;GSM74226;GSM74228	1;7;14;3;21;28;42	0;5;3;1;4;5;6	day	changes in the proximal growthplate after a mid-shaft fracture	Differentiation or development					proximal femoral growthplate	Rattus_norvegicus	Microarray	16924177|17398174		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2681	GSE4192	GSM28447;GSM28467;GSM28468;GSM28469;GSM28462;GSM28470;GSM28463;GSM28471;GSM28464;GSM28472;GSM28465;GSM28473;GSM28466;GSM28474	0;0;6;12;18;18;24;24;30;30;36;36;42;42	0;0;1;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7	hour	collected time	Differentiation or development					SCN2.2 cells	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2682	GSE4192	GSM28448;GSM28459;GSM28449;GSM28460;GSM28450;GSM28451;GSM28461;GSM28452;GSM28453;GSM28454;GSM28456;GSM28455;GSM28458	0;0;6;6;12;12;12;18;24;30;36;42;42	0;0;1;1;2;2;2;3;4;5;6;7;7	hour	collected time	Differentiation or development					SCN2.2 cells	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2683	GSE4192	GSM28657;GSM28667;GSM28658;GSM28668;GSM28659;GSM28669;GSM28660;GSM28670;GSM28661;GSM28662;GSM28671;GSM28663;GSM28672;GSM28664;GSM28665;GSM28673;GSM28666;GSM28674	0;0;6;6;12;12;18;18;24;24;24;30;30;36;36;36;42;42	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7	hour	collected time	Differentiation or development					suprachiasmatic nuclei	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2684	GSE424	GSM6209;GSM6210;GSM6211;GSM6212;GSM6213	2;6;12;16;24	0;1;2;3;4	hour	treatment with 4.5 mM butyrate	Drug or reagent treatment					CC531 colon carcinoma cells	Rattus_norvegicus	Microarray	12800193	carcinoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD2685	GSE424	GSM6214;GSM6215;GSM6216;GSM6217;GSM6218	2;6;12;16;24	0;1;2;3;4	hour	treatment with 3 mM aspirin	Drug or reagent treatment					CC531 colon carcinoma cells	Rattus_norvegicus	Microarray	12800193	carcinoma	GEO	The data has not been log2 converted
TCD2686	GSE4242	GSM96716;GSM96717;GSM96718;GSM96754;GSM96755;GSM96756;GSM96764;GSM96765;GSM96766;GSM96767;GSM96768;GSM96769;GSM96770;GSM96771;GSM96772	10;10;10;30;30;30;60;60;60;180;180;180;360;360;369	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;5	minute	NMDA	Drug or reagent treatment	NMDA	16mM			cortex	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2687	GSE4514	GSM100955;GSM100956;GSM100957;GSM100958;GSM100959;GSM100972;GSM100960;GSM100961;GSM100962;GSM100963;GSM100964;GSM100965;GSM100951;GSM100952;GSM100953	1;1;1;2;2;2;3;3;3;6;6;6;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	exposed to Corn Oil	Drug or reagent treatment					testis	Rattus_norvegicus	Microarray	16809437		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2688	GSE4514	GSM100969;GSM100970;GSM100971;GSM100973;GSM100974;GSM100975;GSM100976;GSM100977;GSM100978;GSM100979;GSM100980;GSM100981;GSM100966;GSM100967;GSM100968	1;1;1;2;2;2;3;3;3;6;6;6;12;12;12	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	exposed to a single dose of 1 g/kg mono-(2-ethyl)hexyl phthalate (MEHP)	Drug or reagent treatment	mono-(2-ethyl)hexyl phthalate (MEHP)				testis	Rattus_norvegicus	Microarray	16809437		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2689	GSE46069	GSM1122813;GSM1122814;GSM1122815;GSM1122816;GSM1122817;GSM1122818	1;7;13;15;19;23	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					pineal gland	Rattus_norvegicus	RNA-Seq	24351931		GEO	No data preprocessing information
TCD2690	GSE46069	GSM1122819;GSM1122820;GSM1122821;GSM1122822;GSM1122823;GSM1122824	1;7;13;15;19;23	0;1;2;3;4;5	zeitgeber_time	collected time	Differentiation or development					retina	Rattus_norvegicus	RNA-Seq	24351931		GEO	No data preprocessing information
TCD2691	GSE487	GSM29183;GSM29184;GSM29185;GSM29186;GSM29187;GSM29188;GSM29189;GSM29190;GSM29191;GSM29192;GSM29193;GSM29194;GSM29195;GSM29196;GSM29197;GSM29198;GSM29199;GSM29200;GSM29201;GSM29202;GSM29203;GSM29204;GSM29205;GSM29206;GSM29207;GSM29208;GSM29209;GSM29210;GSM29211;GSM29212;GSM29213;GSM29214;GSM29215;GSM29216;GSM29217;GSM29218;GSM29219;GSM29220;GSM29221;GSM29222	10;10;10;10;13;13;13;13;168;168;168;168;18;18;18;18;24;24;24;24;36;36;36;36;48;48;48;48;6;6;6;6;72;72;72;72;96;96;96;96	1;1;1;1;2;2;2;2;9;9;9;9;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;0;0;0;0;7;7;7;7;8;8;8;8	hour	treated with a 50mg-kg dose of methyprednisolone	Drug or reagent treatment	methyprednisolone	50mg-kg			Liver	Rattus_norvegicus	Microarray	12808002|19787073		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2692	GSE490	GSM5075;GSM5188;GSM5189;GSM5190;GSM5194;GSM5195;GSM5196;GSM5180;GSM5181;GSM5182;GSM5076;GSM5183;GSM5184;GSM5185;GSM5077;GSM5200;GSM5201;GSM5202;GSM5203;GSM5204;GSM5205;GSM5191;GSM5192;GSM5193;GSM5206;GSM5207;GSM5208;GSM5212;GSM5213;GSM5214;GSM5215;GSM5216;GSM5217;GSM5072;GSM5073;GSM5074;GSM5177;GSM5178;GSM5179;GSM5186;GSM5187;GSM5197;GSM5198;GSM5199;GSM5209;GSM5210;GSM5211	0.25;0.25;0.25;0.25;0.75;0.75;0.75;1;1;1;1.25;2;2;2;2.25;4;4;4;5;5;5;5.5;5.5;5.5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;12;12;12;18;18;18;30;30;48;48;48;72;72;72	0;0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;4;4;4;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11;12;12;12;13;13;13;14;14;15;15;15;16;16;16	hour	after the injection with methylprednisolone	Drug or reagent treatment					muscle	Rattus_norvegicus	Microarray	15642798|28289389|18271548		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2693	GSE49980	GSM1211052;GSM1211059;GSM1211053;GSM1211054;GSM1211055;GSM1211056;GSM1211060	1;1;3;6;12;24;24	0;0;1;2;3;4;4	hour	LPS	Drug or reagent treatment	LPS	10 ng / mL			hepatic stellate cells	Rattus_norvegicus	Microarray	24349206		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2694	GSE509	GSM2600;GSM2592;GSM2598;GSM2596;GSM29014;GSM29013;GSM2593;GSM2594;GSM2590;GSM2589	8;2;8;4;24;24;2;4;0;0	3;1;3;2;4;4;1;2;0;0	hour	follicle-stimulating hormone	Drug or reagent treatment	follicle-stimulating hormone	25 nanogram per milliliter			sertoli cell	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2695	GSE5101	GSM114896;GSM114897;GSM114898;GSM114899;GSM114870;GSM114871;GSM114872;GSM114873;GSM114874;GSM114875;GSM114876;GSM114877;GSM114882;GSM114883;GSM114884;GSM114885;GSM114886;GSM114893;GSM115077;GSM115078;GSM114887;GSM114888;GSM114889;GSM114890;GSM114891;GSM114892;GSM114894;GSM114895;GSM114900;GSM114901;GSM114902;GSM114903;GSM114904;GSM114905;GSM114906;GSM115076;GSM114878;GSM114879;GSM114880;GSM114881	6;6;6;6;10;10;10;10;13;13;13;13;18;18;18;18;24;24;24;24;36;36;36;36;48;48;48;48;72;72;72;72;96;96;96;96;168;168;168;168	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4;5;5;5;5;6;6;6;6;7;7;7;7;8;8;8;8;9;9;9;9	hour	after chronic methylprednisolone (MPL) implantation	Drug or reagent treatment					muscle	Rattus_norvegicus	Microarray	17473217|18271548		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2696	GSE51267	GSM1241461;GSM1241462;GSM1241463;GSM1241464;GSM1241465	7;10;14;21;35	0;1;2;3;4	day	after sham infection	Virus or bacterial infection					lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2697	GSE51267	GSM1241466;GSM1241467;GSM1241468;GSM1241469;GSM1241470	7;10;14;21;35	0;1;2;3;4	day	infected with: aerosolized Sendai virus strain P3193	Virus or bacterial infection					lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2698	GSE51267	GSM1241471;GSM1241472;GSM1241473;GSM1241474;GSM1241475	7;10;14;21;35	0;1;2;3;4	day	after sham infection	Virus or bacterial infection					lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2699	GSE51267	GSM1241476;GSM1241477;GSM1241478;GSM1241479;GSM1241480	7;10;14;21;35	0;1;2;3;4	day	infected with: aerosolized Sendai virus strain P3193	Virus or bacterial infection					lung	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2700	GSE5478	GSM126193;GSM126194;GSM126195;GSM126196;GSM126197;GSM126198;GSM126199;GSM126200;GSM126201;GSM126202;GSM126203;GSM126204	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;7;7	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	day	cultured in the presence of LIF	Drug or reagent treatment					embryo	Rattus_norvegicus	Microarray	17693601		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2701	GSE5478	GSM126205;GSM126206;GSM126207;GSM126208;GSM126209;GSM126210;GSM126211;GSM126212;GSM126213;GSM126214;GSM126215;GSM126216	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;7;7	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	day	cultured in the presence of NGAL	Drug or reagent treatment					embryo	Rattus_norvegicus	Microarray	17693601		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2702	GSE5478	GSM126217;GSM126218;GSM126219;GSM126220;GSM126221;GSM126222;GSM126223;GSM126224;GSM126225;GSM126226;GSM126227;GSM126228	1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;7;7	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	day	cultured in the presence of ANX	Drug or reagent treatment					embryo	Rattus_norvegicus	Microarray	17693601		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2703	GSE5664	GSM132455;GSM132456;GSM132461;GSM132462;GSM132465;GSM132466;GSM132469;GSM132470;GSM132458;GSM132473;GSM132474	0;0;2;2;6;6;24;24;0.5;48;48	1;1;2;2;3;3;4;4;0;5;5	hour	FGF1 stimulation	Drug or reagent treatment					NBTII-FGFR1 transfected cells	Rattus_norvegicus	Microarray	18189245		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2704	GSE5664	GSM132454;GSM132459;GSM132460;GSM132463;GSM132464;GSM132467;GSM132468;GSM132457;GSM132471;GSM132472	0;2;2;6;6;24;24;0.5;48;48	1;2;2;3;3;4;4;0;5;5	hour	FGF1 stimulation	Drug or reagent treatment					NBTII cells	Rattus_norvegicus	Microarray	18189245		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2705	GSE58710	GSM1417196;GSM1417197;GSM1417198;GSM1417202;GSM1417203;GSM1417204;GSM1417208;GSM1417209;GSM1417210;GSM1417214;GSM1417215;GSM1417216;GSM1417220;GSM1417221;GSM1417222	1;1;1;2;2;2;4;4;4;6;6;6;16;16;16	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	week	6-OHDA treated	Drug or reagent treatment					substantia nigra	Rattus_norvegicus	Microarray	25992874		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2706	GSE58710	GSM1417193;GSM1417194;GSM1417195;GSM1417199;GSM1417200;GSM1417201;GSM1417205;GSM1417206;GSM1417207;GSM1417211;GSM1417212;GSM1417213;GSM1417217;GSM1417218;GSM1417219	1;1;1;2;2;2;4;4;4;6;6;6;16;16;16	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	week	sham treatment	Drug or reagent treatment					substantia nigra	Rattus_norvegicus	Microarray	25992874		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2707	GSE59164	GSM1429663;GSM1429664;GSM1429665;GSM1429666;GSM1429667;GSM1429668;GSM1429669	6;18;24;30;42;48;72	0;1;2;3;4;5;6	hour	after treatment with α-Lipoic acid	Drug or reagent treatment	α-Lipoic acid	500uM			Hepatoma cell	Rattus_norvegicus	Microarray	32345994		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2708	GSE592	GSM9052;GSM9053;GSM9051;GSM9054;GSM9055	7;14;3;28;42	1;2;0;3;4	day	femur fracture healing	Stress treatment					femur	Rattus_norvegicus	Microarray	15291962|16894589|17205564|17260206		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2709	GSE592	GSM9058;GSM9060;GSM9057;GSM9061;GSM9062	7;14;3;28;42	1;2;0;3;4	day	femur fracture healing	Stress treatment					femur	Rattus_norvegicus	Microarray	15291962|16894589|17205564|17260206		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2710	GSE592	GSM9065;GSM9066;GSM9064;GSM9067;GSM9068	7;14;3;28;42	1;2;0;3;4	day	femur fracture healing	Stress treatment					femur	Rattus_norvegicus	Microarray	15291962|16894589|17205564|17260206		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2711	GSE66554	GSM1624895;GSM1624896;GSM1624897;GSM1624898;GSM1624899;GSM1624900;GSM1624901;GSM1624902;GSM1624903;GSM1624889;GSM1624890;GSM1624891;GSM1624892;GSM1624893;GSM1624894	adult;adult;adult;early_stage_elderly;early_stage_elderly;early_stage_elderly;latter_stage_elderly;latter_stage_elderly;latter_stage_elderly;newborn;newborn;newborn;youth;youth;youth	2;2;2;3;3;3;4;4;4;0;0;0;1;1;1	development_stage	rat developmental stages	Differentiation or development					knee articular cartilage	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2712	GSE6701	GSM154575;GSM154576;GSM154577;GSM154578;GSM154587;GSM154588;GSM154589;GSM154590;GSM154579;GSM154580;GSM154581;GSM154582;GSM154583;GSM154584;GSM154585;GSM154586;GSM154591;GSM154592;GSM154593;GSM154594	0;0;0;0;10;10;10;10;30;30;30;30;60;60;60;60;120;120;120;120	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	minute	ischemia	Stress treatment					ventricular myocytes	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2713	GSE6701	GSM154595;GSM154596;GSM154597;GSM154598;GSM154607;GSM154608;GSM154609;GSM154610;GSM154599;GSM154600;GSM154601;GSM154602;GSM154603;GSM154604;GSM154605;GSM154606;GSM154611;GSM154612;GSM154613;GSM154614	0;0;0;0;10;10;10;10;30;30;30;30;60;60;60;60;120;120;120;120	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	minute	ischemia;reperfusion	Stress treatment					ventricular myocytes	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2714	GSE7002	GSM159724;GSM159725;GSM159726;GSM159821;GSM159727;GSM159728;GSM159806;GSM159807;GSM159808;GSM159809;GSM159810;GSM159811;GSM159813;GSM159814;GSM159815;GSM159816;GSM159817;GSM159818;GSM159819;GSM159820	120;120;120;120;6;6;6;6;192;192;192;192;456;456;456;456;24;24;24;24	2;2;2;2;0;0;0;0;3;3;3;3;4;4;4;4;1;1;1;1	hour	were exposed to formaldehyde through inhalation	Drug or reagent treatment					nasal epithelium	Rattus_norvegicus	Microarray	17449896		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2715	GSE7002	GSM159792;GSM159793;GSM159794;GSM159795;GSM159785;GSM159786;GSM159787;GSM159788;GSM159789;GSM159796;GSM159797;GSM159798;GSM159779;GSM159780;GSM159781;GSM159782;GSM159783;GSM159799;GSM159800;GSM159801;GSM159812;GSM159802;GSM159803;GSM159804;GSM159805	120;120;120;120;6;6;6;6;6;6;6;6;192;192;192;192;456;456;456;456;456;24;24;24;24	2;2;2;2;0;0;0;0;0;0;0;0;3;3;3;3;4;4;4;4;4;1;1;1;1	hour	were exposed to formaldehyde through inhalation	Drug or reagent treatment					nasal epithelium	Rattus_norvegicus	Microarray	17449896		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2716	GSE7002	GSM159756;GSM159766;GSM159767;GSM159768;GSM159769;GSM159757;GSM159758;GSM159759;GSM159760;GSM159748;GSM159749;GSM159750;GSM159761;GSM159773;GSM159774;GSM159775;GSM159776;GSM159762;GSM159763;GSM159764;GSM159765	120;120;120;120;120;6;6;6;6;192;192;192;192;456;456;456;456;24;24;24;24	2;2;2;2;2;0;0;0;0;3;3;3;3;4;4;4;4;1;1;1;1	hour	were exposed to formaldehyde through inhalation	Drug or reagent treatment					nasal epithelium	Rattus_norvegicus	Microarray	17449896		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2717	GSE7002	GSM159734;GSM159735;GSM159736;GSM159737;GSM159729;GSM159738;GSM159739;GSM159740;GSM159730;GSM159731;GSM159732;GSM159733;GSM159741;GSM159742;GSM159743;GSM159755;GSM159744;GSM159745;GSM159746;GSM159747	120;120;120;120;6;6;6;6;192;192;192;192;456;456;456;456;24;24;24;24	2;2;2;2;0;0;0;0;3;3;3;3;4;4;4;4;1;1;1;1	hour	were exposed to formaldehyde through inhalation	Drug or reagent treatment					nasal epithelium	Rattus_norvegicus	Microarray	17449896		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2718	GSE73510	GSM1896812;GSM1896813;GSM1896814;GSM1896815;GSM1896816;GSM1896817;GSM1896818;GSM1896819;GSM1896820;GSM1896821	1;1;2;2;3;4;6;6;16;22	0;0;1;1;2;3;4;4;5;6	week	tenotomy-immobilized soleus muscle	Stress treatment					muscle	Rattus_norvegicus	Microarray	27113532		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2719	GSE81628	GSM2159947;GSM2159948;GSM2159949;GSM2159950;GSM2159951;GSM2159952;GSM2159953;GSM2159954;GSM2159955;GSM2159956	0;0;1;1;2;2;4;4;12;12	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	response to glucose	Drug or reagent treatment					灏?cell	Rattus_norvegicus	RNA-Seq	27545881		GEO	No data preprocessing information
TCD2720	GSE8251	GSM204595;GSM204599;GSM204601;GSM204603;GSM204609;GSM204610;GSM204611;GSM204612;GSM204613;GSM204614;GSM204615;GSM204616;GSM204617;GSM204618;GSM204619;GSM204620;GSM204622;GSM204625;GSM204626;GSM204630;GSM204645;GSM204655;GSM204656;GSM204658;GSM204661;GSM204662;GSM204665;GSM204666;GSM204672;GSM204675;GSM204679;GSM204680;GSM204681;GSM204683;GSM204684;GSM204687;GSM204688;GSM204705;GSM204723;GSM204729;GSM204732;GSM204735;GSM204736;GSM204738;GSM204739;GSM204740;GSM204743;GSM204744;GSM204745;GSM204750;GSM204755;GSM204756;GSM204757;GSM204761;GSM204762;GSM204770;GSM204775;GSM204780;GSM204802;GSM204810;GSM204811;GSM204817;GSM204818;GSM204823;GSM204825;GSM204826;GSM204827;GSM204834;GSM204835;GSM204838;GSM204840;GSM204846;GSM204847;GSM204849;GSM204853;GSM204877;GSM204878	25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;25;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;7;7	5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;5;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4	day	Treatment of vehicle-matched control	Drug or reagent treatment					liver	Rattus_norvegicus	Microarray	17557906		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2723	GSE903	GSM13695;GSM13696;GSM13697;GSM13700;GSM13698;GSM13699;GSM13703;GSM13702;GSM13701;GSM13704;GSM13705;GSM13706;GSM13707;GSM13708;GSM13709;GSM13711;GSM13712;GSM13710	0;0;0;7;7;7;14;14;14;21;21;21;28;28;28;45;45;45	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	postnatal development	Differentiation or development					extraocular muscle	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2724	GSE903	GSM13668;GSM13669;GSM13671;GSM13675;GSM13678;GSM13676;GSM13682;GSM13680;GSM13685;GSM13688;GSM13686;GSM13687;GSM13691;GSM13689;GSM13690;GSM13693;GSM13692;GSM13694	0;0;0;7;7;7;14;14;14;21;21;21;28;28;28;45;45;45	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	day	postnatal development	Differentiation or development					gastrocnemius/soleus muscle	Rattus_norvegicus	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2725	GSE92856	GSM2438748;GSM2438749;GSM2438750;GSM2438751;GSM2438752;GSM2438753;GSM2438765;GSM2438766;GSM2438767;GSM2438768;GSM2438769;GSM2438770;GSM2438771;GSM2438772;GSM2438773;GSM2438774;GSM2438775;GSM2438754;GSM2438755;GSM2438756;GSM2438757;GSM2438758;GSM2438759;GSM2438760;GSM2438761;GSM2438762;GSM2438763;GSM2438764	1;1;1;1;1;1;4;4;4;4;4;8;8;8;8;8;8;16;16;16;16;16;24;24;24;24;24;24	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4	day	after plating	Stress treatment					cortical neuron	Rattus_norvegicus	RNA-Seq	28829741		GEO	No data preprocessing information
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TCD2728	GSE9918	GSM251011;GSM251012;GSM251013;GSM251014;GSM251015;GSM251003;GSM251004;GSM251005;GSM251016;GSM251017;GSM251006;GSM251007;GSM251008;GSM251009;GSM251010	3;3;7;7;7;12;12;12;15;15;24;24;48;48;48	0;0;1;1;1;2;2;3;3;3;4;4;5;5;5	hour	post intraorbital nerve transection	Stress treatment					retina	Rattus_norvegicus	Microarray	18552980		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2729	GSE9990	GSM252510;GSM252511;GSM252512;GSM252513;GSM252514;GSM252515;GSM252516;GSM252517;GSM252518;GSM252519;GSM252520;GSM252521;GSM252522;GSM252523;GSM252524;GSM252525;GSM252526;GSM252527;GSM252528;GSM252529;GSM252530;GSM252531;GSM252532;GSM252533;GSM252534;GSM252535;GSM252536;GSM252537;GSM252538;GSM252539;GSM252540;GSM252541;GSM252542;GSM252543;GSM252544;GSM252545;GSM252546;GSM252547;GSM252548;GSM252549;GSM252550;GSM252551;GSM252552;GSM252553;GSM252554;GSM252555;GSM252556;GSM252557;GSM252558	3;3;3;3;3;3;3;3;3;6;6;6;6;6;6;6;6;6;9;9;9;9;9;9;9;9;9;12;12;12;12;12;12;12;12;12;23;23;23;23;23;23;23;23;23;23;23;23;23	0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4;4	month	aging changes	Differentiation or development					hippocampus	Rattus_norvegicus	Microarray	19211887		GEO	The data has not been log2 converted
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TCD2773	GSE12221	GSM307229;GSM307230;GSM307231;GSM307232;GSM307233;GSM307234;GSM307235;GSM307236;GSM307237;GSM307238	0;0;5;10;15;20;30;40;50;60	0;0;1;2;3;4;5;6;7;8	minute	transcription inhibition	Drug or reagent treatment	hydrogen peroxide	0.3mM		methyl methanesulfonate		Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18854817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2774	GSE12221	GSM307239;GSM307240;GSM307241;GSM307242;GSM307243;GSM307244;GSM307245;GSM307246;GSM307247;GSM307248	0;0;5;10;15;20;30;40;50;60	0;0;1;2;3;4;5;6;7;8	minute	transcription inhibition	Drug or reagent treatment				methyl methanesulfonate		Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18854817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2775	GSE12221	GSM307249;GSM307250;GSM307259;GSM307260;GSM307251;GSM307261;GSM307252;GSM307262;GSM307253;GSM307263;GSM307254;GSM307264;GSM307255;GSM307265;GSM307256;GSM307257;GSM307258	0;0;0;0;5;5;10;10;15;15;20;20;30;30;40;50;60	0;0;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;7;8	minute	transcription inhibition	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18854817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2776	GSE12222	GSM307217;GSM307218;GSM307219;GSM307220;GSM307221;GSM307222	0;30;60;100;140;180	0;1;2;3;4;5	minute	transcription inhibition	Drug or reagent treatment	hydrogen peroxide	0.3mM		methyl methanesulfonate		Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18854817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2777	GSE12222	GSM307223;GSM307224;GSM307225;GSM307226;GSM307227;GSM307228	0;30;60;100;140;180	0;1;2;3;4;5	minute	transcription inhibition	Drug or reagent treatment				methyl methanesulfonate		Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18854817		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2778	GSE122423	GSM3466373;GSM3466378;GSM3466374;GSM3466379;GSM3466375;GSM3466380;GSM3466376;GSM3466381;GSM3466377;GSM3466382	0;0;0.5;0.5;1;1;1.5;1.5;2;2	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	hour	after onset of 1.5 M KCl stress	Drug or reagent treatment	KCl	1.5 M			whole cells	Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2779	GSE13096	GSM327748;GSM327755;GSM327762;GSM327749;GSM327756;GSM327763;GSM327750;GSM327757;GSM327764;GSM327751;GSM327758;GSM327765;GSM327752;GSM327759;GSM327766;GSM327753;GSM327760;GSM327767;GSM327754;GSM327761;GSM327768	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;15;15;15	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	minute	Osmotic stress 0.4M NaCl	Drug or reagent treatment	NaCl	0.4M				Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	19369426|21103382		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2780	GSE13097	GSM327769;GSM327776;GSM327783;GSM327770;GSM327777;GSM327784;GSM327771;GSM327778;GSM327785;GSM327772;GSM327779;GSM327786;GSM327773;GSM327780;GSM327787;GSM327774;GSM327781;GSM327788;GSM327775;GSM327782;GSM327789	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;15;15;15	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	minute	Osmotic stress 0.4M NaCl	Drug or reagent treatment	NaCl	0.4M				Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	19369426		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2781	GSE13098	GSM327790;GSM327797;GSM327804;GSM327791;GSM327798;GSM327805;GSM327792;GSM327799;GSM327806;GSM327793;GSM327800;GSM327807;GSM327794;GSM327801;GSM327808;GSM327795;GSM327802;GSM327809;GSM327796;GSM327803;GSM327810	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;15;15;15	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	minute	Osmotic stress 0.4M NaCl	Drug or reagent treatment	NaCl	0.4M	hog1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	19369426|26717982		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2782	GSE13099	GSM327811;GSM327818;GSM327825;GSM327812;GSM327819;GSM327826;GSM327813;GSM327820;GSM327827;GSM327814;GSM327821;GSM327828;GSM327815;GSM327822;GSM327829;GSM327816;GSM327823;GSM327830;GSM327817;GSM327824;GSM327831	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;15;15;15	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	minute	Osmotic stress 0.4M NaCl	Drug or reagent treatment	NaCl	0.4M	hog1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	19369426|26717982		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2783	GSE137706	GSM4085230;GSM4085231;GSM4085232;GSM4085257;GSM4085258;GSM4085259;GSM4085263;GSM4085264;GSM4085265;GSM4085269;GSM4085270;GSM4085271;GSM4085272;GSM4085273;GSM4085274;GSM4085278;GSM4085279;GSM4085280;GSM4085299;GSM4085300;GSM4085301;GSM4085305;GSM4085306;GSM4085307;GSM4085308;GSM4085309;GSM4085310	0;0;0;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	sporulation	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	33446241		GEO	No data preprocessing information
TCD2784	GSE137707	GSM4085311;GSM4085312;GSM4085313;GSM4085338;GSM4085339;GSM4085340;GSM4085344;GSM4085345;GSM4085346;GSM4085350;GSM4085351;GSM4085352;GSM4085353;GSM4085354;GSM4085355;GSM4085359;GSM4085360;GSM4085361;GSM4085380;GSM4085381;GSM4085382;GSM4085386;GSM4085387;GSM4085388;GSM4085389;GSM4085390;GSM4085391	0;0;0;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	sporulation	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	33446241		GEO	No data preprocessing information
TCD2785	GSE137708	GSM4085393;GSM4085394;GSM4085395;GSM4085420;GSM4085421;GSM4085422;GSM4085426;GSM4085427;GSM4085428;GSM4085432;GSM4085433;GSM4085434;GSM4085435;GSM4085436;GSM4085437;GSM4085441;GSM4085442;GSM4085443;GSM4085462;GSM4085463;GSM4085464;GSM4085468;GSM4085469;GSM4085470;GSM4085471;GSM4085472;GSM4085473	0;0;0;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	sporulation	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	33446241		GEO	No data preprocessing information
TCD2786	GSE14227	GSM356518;GSM356519;GSM356520;GSM356521;GSM356522;GSM356523;GSM356524;GSM356525;GSM356526;GSM356527	12;24;36;48;60;72;84;96;108;120	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9	hour	collected age	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	19880387		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2787	GSE14227	GSM356528;GSM356529;GSM356530;GSM356531;GSM356532;GSM356533;GSM356534;GSM356535;GSM356536	12;24;36;48;60;72;84;96;108	0;1;2;3;4;5;6;7;8	hour	collected age	Differentiation or development			Sch9 Mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	19880387		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2788	GSE145206	GSM4308445;GSM4308446;GSM4308447;GSM4308448;GSM4308449;GSM4308450	2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5	hour	Elutriation followed by addition of 1NM-PP1	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	32246903		GEO	No data preprocessing information
TCD2789	GSE145206	GSM4308459;GSM4308460;GSM4308461;GSM4308462;GSM4308463;GSM4308464	0;1;2;3;5;6	0;1;2;3;4;5	hour	post addtion of 1NM-PP1	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	32246903		GEO	No data preprocessing information
TCD2790	GSE145936	GSM4339812;GSM4339813;GSM4339814;GSM4339815;GSM4339816	15;30;60;90;120	0;1;2;3;4	minute	following heat shock at 39C	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2791	GSE145936	GSM4339818;GSM4339819;GSM4339820;GSM4339821;GSM4339822	15;30;60;90;120	0;1;2;3;4	minute	following nuclear depletion of the J-protein Sis1	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2792	GSE15352	GSM385479;GSM385482;GSM385483;GSM385484;GSM385485;GSM385480;GSM385486;GSM385481	0;1;2;4;8;0.25;24;0.5	0;3;4;5;6;1;7;2	hour	ambient temperatures 10degC	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2793	GSE15352	GSM385487;GSM385490;GSM385491;GSM385492;GSM385493;GSM385488;GSM385494;GSM385489	0;1;2;4;8;0.25;24;0.5	0;3;4;5;6;1;7;2	hour	ambient temperatures 28degC	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2794	GSE15352	GSM385495;GSM385498;GSM385499;GSM385500;GSM385501;GSM385496;GSM385502;GSM385497	0;1;2;4;8;0.25;24;0.5	0;3;4;5;6;1;7;2	hour	ambient temperatures 37degC	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2796	GSE159665	GSM4837295;GSM4837305;GSM4837314;GSM4837296;GSM4837315;GSM4837297;GSM4837316;GSM4837306;GSM4837298;GSM4837307;GSM4837317;GSM4837299;GSM4837308;GSM4837318;GSM4837309;GSM4837300;GSM4837319;GSM4837301;GSM4837310;GSM4837320;GSM4837302;GSM4837311;GSM4837321;GSM4837312;GSM4837303;GSM4837322;GSM4837304;GSM4837313;GSM4837323	0;0;0;113;120;150;159;162;206;210;214;294;300;302;389;390;395;538;540;542;717;720;723;987;990;991;1317;1320;1324	0;0;0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26	second	4-thiouracil	Drug or reagent treatment	4-thiouracil					Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2797	GSE159665	GSM5352538;GSM5352548;GSM5352539;GSM5352549;GSM5352540;GSM5352550;GSM5352541;GSM5352551;GSM5352542;GSM5352552;GSM5352543;GSM5352553;GSM5352544;GSM5352554;GSM5352545;GSM5352555;GSM5352546;GSM5352556;GSM5352547;GSM5352557	0;0;90;90;120;120;150;150;180;180;240;240;300;300;360;360;480;480;3600;3600	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9	second	4-thiouracil	Drug or reagent treatment	4-thiouracil					Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2798	GSE168699	GSM5158999;GSM5159014;GSM5159015;GSM5159000;GSM5159016;GSM5159001;GSM5159017;GSM5159002;GSM5159018;GSM5159003;GSM5159019;GSM5159004;GSM5159020;GSM5159005;GSM5159021;GSM5159006;GSM5159022;GSM5159007;GSM5159023;GSM5159008;GSM5159024;GSM5159009;GSM5159010;GSM5159025;GSM5159011;GSM5159026;GSM5159012;GSM5159027;GSM5159013	0;0;10;20;20;30;30;40;40;50;50;60;60;70;70;80;80;90;90;100;100;110;120;120;130;130;140;140;150	0;0;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;12;12;13;13;14;14;15	minute	released from α-factor and collected every 10 min	Differentiation or development					yeast cells	Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	34946946		GEO	No data preprocessing information
TCD2799	GSE168699	GSM5159028;GSM5159043;GSM5159044;GSM5159029;GSM5159045;GSM5159030;GSM5159046;GSM5159031;GSM5159047;GSM5159032;GSM5159048;GSM5159033;GSM5159049;GSM5159034;GSM5159050;GSM5159035;GSM5159051;GSM5159036;GSM5159052;GSM5159037;GSM5159053;GSM5159038;GSM5159054;GSM5159039;GSM5159055;GSM5159040;GSM5159056;GSM5159041;GSM5159057;GSM5159042	0;0;10;20;20;30;30;40;40;50;50;60;60;70;70;80;80;90;90;100;100;110;110;120;120;130;130;140;140;150	0;0;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15	minute	released from α-factor and collected every 10 min	Differentiation or development					yeast cells	Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	34946946		GEO	No data preprocessing information
TCD2800	GSE1934	GSM34687;GSM34692;GSM34697;GSM34693;GSM34688;GSM34698;GSM34689;GSM34694;GSM34699;GSM34690;GSM34700;GSM34695;GSM34696;GSM34701;GSM34691	0;0;0;20;20;20;30;30;30;40;40;40;60;60;60	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	after GAL (galactose) induction	Gene editing			IFH1 overexpression			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2801	GSE200087	GSM6008422;GSM6008443;GSM6008464;GSM6008423;GSM6008444;GSM6008465;GSM6008424;GSM6008445;GSM6008466;GSM6008425;GSM6008446;GSM6008467;GSM6008426;GSM6008447;GSM6008468;GSM6008427;GSM6008448;GSM6008469;GSM6008428;GSM6008449;GSM6008470	0;0;0;2;2;2;3;3;3;5;5;5;6;6;6;7;7;7;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	collected time	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	35934316		GEO	No data preprocessing information
TCD2802	GSE200087	GSM6008429;GSM6008450;GSM6008471;GSM6008430;GSM6008451;GSM6008472;GSM6008431;GSM6008452;GSM6008473;GSM6008432;GSM6008453;GSM6008474;GSM6008433;GSM6008454;GSM6008475;GSM6008434;GSM6008455;GSM6008476;GSM6008435;GSM6008456;GSM6008477	0;0;0;2;2;2;3;3;3;5;5;5;6;6;6;7;7;7;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	collected time	Differentiation or development			ime4 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	35934316		GEO	No data preprocessing information
TCD2803	GSE200087	GSM6008478;GSM6008457;GSM6008436;GSM6008479;GSM6008458;GSM6008437;GSM6008480;GSM6008459;GSM6008438;GSM6008481;GSM6008460;GSM6008439;GSM6008482;GSM6008461;GSM6008440;GSM6008483;GSM6008462;GSM6008441;GSM6008484;GSM6008463;GSM6008442	0;0;0;2;2;2;3;3;3;5;5;5;6;6;6;7;7;7;9;9;9	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	collected time	Differentiation or development			pho92 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	35934316		GEO	No data preprocessing information
TCD2804	GSE21187	GSM530143;GSM530144;GSM530145;GSM530146;GSM530147;GSM530148;GSM530149;GSM530150;GSM530151;GSM530152;GSM530153;GSM530154;GSM530155;GSM530156;GSM530157;GSM530158;GSM530159;GSM530160	1;1;1;1;3;3;3;3;5;5;5;5;10;10;10;17;17;17	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	growth states and a time course of immobilized cells	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	24706810		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2805	GSE211918	GSM6505427;GSM6505428;GSM6505429;GSM6505430;GSM6505431;GSM6505432;GSM6505433;GSM6505434;GSM6505435;GSM6505436;GSM6505437;GSM6505438;GSM6505439;GSM6505440;GSM6505441;GSM6505442;GSM6505443;GSM6505444;GSM6505445;GSM6505446;GSM6505447	0;1;2;3;4;5;ss;0;1;2;3;4;5;ss;0;1;2;3;4;5;ss	0;1;2;3;4;5;6;0;1;2;3;4;5;6;0;1;2;3;4;5;6	timepoint	transcription rates	Differentiation or development				incubated at 1.0C		Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	36473846		GEO	No data preprocessing information
TCD2806	GSE211918	GSM6505448;GSM6505449;GSM6505450;GSM6505451;GSM6505452;GSM6505453;GSM6505454;GSM6505455;GSM6505456;GSM6505457;GSM6505458;GSM6505459;GSM6505460;GSM6505461;GSM6505462;GSM6505463;GSM6505464;GSM6505465;GSM6505466;GSM6505467;GSM6505468	0;1;2;3;4;5;ss;0;1;2;3;4;5;ss;0;1;2;3;4;5;ss	0;1;2;3;4;5;6;0;1;2;3;4;5;6;0;1;2;3;4;5;6	timepoint	transcription rates	Drug or reagent treatment	GSH	250uM		incubated at 1.0C		Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	36473846		GEO	No data preprocessing information
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TCD2808	GSE211918	GSM6505496;GSM6505497;GSM6505498;GSM6505499;GSM6505500;GSM6505501;GSM6505502;GSM6505503;GSM6505504;GSM6505505;GSM6505506;GSM6505507;GSM6505508;GSM6505509;GSM6505510;GSM6505511;GSM6505512;GSM6505513;GSM6505514;GSM6505515;GSM6505516;GSM6505517;GSM6505518;GSM6505519;GSM6505520	0;1;3;5;6;7;ss;0;1;2;3;4;5;6;7;ss;0;1;2;3;4;5;6;7;ss	0;1;2;3;4;5;6;0;1;2;3;4;5;6;7;8;0;1;2;3;4;5;6;7;8	timepoint	transcription rates	Drug or reagent treatment	GSH	250uM		incubated at 5.0C		Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	36473846		GEO	No data preprocessing information
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TCD2812	GSE25582	GSM628788;GSM628789;GSM628790;GSM628791;GSM628792;GSM628793;GSM628794;GSM628795;GSM628796;GSM628797;GSM628798;GSM628799;GSM628800;GSM628801;GSM628802;GSM628803;GSM628804;GSM628805;GSM628806;GSM628807;GSM628808;GSM628809;GSM628810;GSM628811	0;0;0;10;10;10;20;20;20;30;30;30;45;45;45;60;60;60;90;90;90;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2813	GSE25582	GSM628812;GSM628813;GSM628814;GSM628815;GSM628816;GSM628817;GSM628818;GSM628819;GSM628820;GSM628821;GSM628822;GSM628823;GSM628824;GSM628825;GSM628826;GSM628827;GSM628828;GSM628829;GSM628830;GSM628831;GSM628832;GSM628833;GSM628834	0;0;0;10;10;10;20;20;20;30;30;30;45;45;45;60;60;90;90;90;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;6;6;6;7;7;7	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment			Gcn4 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2814	GSE25582	GSM628835;GSM628836;GSM628837;GSM628838;GSM628839;GSM628840;GSM628841;GSM628842;GSM628843;GSM628844;GSM628845;GSM628846;GSM628847;GSM628848;GSM628849;GSM628850;GSM628851;GSM628852;GSM628853;GSM628854;GSM628855;GSM628856;GSM628857;GSM628858	0;0;0;10;10;10;20;20;20;30;30;30;45;45;45;60;60;60;90;90;90;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment			Leu3 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2815	GSE25582	GSM628859;GSM628860;GSM628861;GSM628862;GSM628863;GSM628864;GSM628865;GSM628866;GSM628867;GSM628868;GSM628869;GSM628870;GSM628871;GSM628872;GSM628873;GSM628874;GSM628875;GSM628876;GSM628877;GSM628878;GSM628879;GSM628880;GSM628881	0;0;0;10;10;10;20;20;30;30;30;45;45;45;60;60;60;90;90;90;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment			Gat1 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2816	GSE25582	GSM628882;GSM628883;GSM628884;GSM628885;GSM628886;GSM628887;GSM628888;GSM628889;GSM628890;GSM628891;GSM628892;GSM628893;GSM628894;GSM628895;GSM628896;GSM628897	0;0;10;10;10;20;20;20;30;30;30;45;45;60;60;60	0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;5;5;5	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment			Gat1;Gcn4 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2817	GSE25582	GSM628898;GSM628899;GSM628900;GSM628901;GSM628902;GSM628903;GSM628904;GSM628905;GSM628906;GSM628907;GSM628908;GSM628909;GSM628910;GSM628911;GSM628912;GSM628913;GSM628914;GSM628915	0;0;0;10;10;10;20;20;20;30;30;30;45;45;45;60;60;60	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment			Leu3;Gcn4 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2818	GSE25582	GSM628916;GSM628917;GSM628919;GSM628920;GSM628921;GSM628922;GSM628923;GSM628924;GSM628925;GSM628926;GSM628927;GSM628928;GSM628929;GSM628930;GSM628931;GSM628932;GSM628933	0;0;0;10;10;10;20;20;20;30;30;30;45;45;60;60;60	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;5;5;5	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment			Leu3;Gat1 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2819	GSE25582	GSM628934;GSM628935;GSM628936;GSM628937;GSM628938;GSM628939	0;10;20;30;45;60	0;1;2;3;4;5	minute	collection time after 3-aminotriazol treatment	Drug or reagent treatment			Met31 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2820	GSE26169	GSM642459;GSM642464;GSM642469;GSM642460;GSM642465;GSM642470;GSM642461;GSM642466;GSM642471;GSM642462;GSM642467;GSM642472;GSM642463;GSM642468;GSM642473	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with 0.19 mM CHP	Drug or reagent treatment			Glr1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2821	GSE26169	GSM642444;GSM642449;GSM642454;GSM642445;GSM642450;GSM642455;GSM642446;GSM642451;GSM642456;GSM642447;GSM642452;GSM642457;GSM642448;GSM642453;GSM642458	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment			Glr1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2822	GSE26169	GSM642489;GSM642494;GSM642499;GSM642490;GSM642495;GSM642500;GSM642491;GSM642496;GSM642501;GSM642492;GSM642497;GSM642502;GSM642493;GSM642498;GSM642503	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with 0.19 mM CHP	Drug or reagent treatment			Gpx1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2823	GSE26169	GSM642474;GSM642479;GSM642484;GSM642475;GSM642480;GSM642485;GSM642476;GSM642481;GSM642486;GSM642477;GSM642482;GSM642487;GSM642478;GSM642483;GSM642488	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment			Gpx1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2824	GSE26169	GSM642519;GSM642524;GSM642529;GSM642520;GSM642525;GSM642530;GSM642521;GSM642526;GSM642531;GSM642522;GSM642527;GSM642532;GSM642523;GSM642528;GSM642533	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with 0.19 mM CHP	Drug or reagent treatment			Gpx2 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
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TCD2826	GSE26169	GSM642549;GSM642554;GSM642559;GSM642550;GSM642555;GSM642560;GSM642551;GSM642556;GSM642561;GSM642552;GSM642557;GSM642562;GSM642553;GSM642558;GSM642563	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with 0.19 mM CHP	Drug or reagent treatment			Grx1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2827	GSE26169	GSM642534;GSM642539;GSM642544;GSM642535;GSM642540;GSM642545;GSM642536;GSM642541;GSM642546;GSM642537;GSM642542;GSM642547;GSM642538;GSM642543;GSM642548	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment			Grx1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2828	GSE26169	GSM642579;GSM642584;GSM642589;GSM642580;GSM642585;GSM642590;GSM642581;GSM642586;GSM642591;GSM642582;GSM642587;GSM642592;GSM642583;GSM642588;GSM642593	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with 0.19 mM CHP	Drug or reagent treatment			Grx2 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2829	GSE26169	GSM642564;GSM642569;GSM642574;GSM642565;GSM642570;GSM642575;GSM642566;GSM642571;GSM642576;GSM642567;GSM642572;GSM642577;GSM642568;GSM642573;GSM642578	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment			Grx2 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2830	GSE26169	GSM642609;GSM642614;GSM642619;GSM642610;GSM642615;GSM642620;GSM642611;GSM642616;GSM642621;GSM642612;GSM642617;GSM642622;GSM642613;GSM642618;GSM642623	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with 0.19 mM CHP	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2831	GSE26169	GSM642594;GSM642599;GSM642604;GSM642595;GSM642600;GSM642605;GSM642596;GSM642601;GSM642606;GSM642597;GSM642602;GSM642607;GSM642598;GSM642603;GSM642608	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2832	GSE26169	GSM642639;GSM642644;GSM642649;GSM642640;GSM642645;GSM642650;GSM642641;GSM642646;GSM642651;GSM642642;GSM642647;GSM642652;GSM642643;GSM642648;GSM642653	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	treated with 0.19 mM CHP	Drug or reagent treatment			Yap1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2833	GSE26169	GSM642624;GSM642629;GSM642634;GSM642625;GSM642630;GSM642635;GSM642626;GSM642631;GSM642636;GSM642627;GSM642632;GSM642637;GSM642628;GSM642633;GSM642638	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute		Drug or reagent treatment			Yap1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2834	GSE3076	GSM67545;GSM67561;GSM67577;GSM67546;GSM67562;GSM67578;GSM67547;GSM67563;GSM67579;GSM67548;GSM67564;GSM67580;GSM67549;GSM67565;GSM67581;GSM67550;GSM67566;GSM67582;GSM67551;GSM67567;GSM67583;GSM67552;GSM67568;GSM67584;GSM67553;GSM67569;GSM67585;GSM67554;GSM67570;GSM67586;GSM67555;GSM67571;GSM67587;GSM67556;GSM67572;GSM67588;GSM67557;GSM67573;GSM67589;GSM67558;GSM67574;GSM67590;GSM67559;GSM67575;GSM67591;GSM67560;GSM67576;GSM67592	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;15;15;15;20;20;20;25;25;25;30;30;30;35;35;35;40;40;40;45;45;45;50;50;50;60;60;60	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11;12;12;12;13;13;13;14;14;14;15;15;15	minute	harvested after transcription inhibition	Drug or reagent treatment			UPF1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	17166056		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2835	GSE3076	GSM67593;GSM67609;GSM67625;GSM67594;GSM67610;GSM67626;GSM67595;GSM67611;GSM67627;GSM67596;GSM67612;GSM67628;GSM67597;GSM67613;GSM67629;GSM67598;GSM67614;GSM67630;GSM67599;GSM67615;GSM67631;GSM67600;GSM67616;GSM67632;GSM67601;GSM67617;GSM67633;GSM67602;GSM67618;GSM67634;GSM67603;GSM67619;GSM67635;GSM67604;GSM67620;GSM67636;GSM67605;GSM67621;GSM67637;GSM67606;GSM67622;GSM67638;GSM67607;GSM67623;GSM67639;GSM67608;GSM67624;GSM67640	0;0;0;2;2;2;4;4;4;6;6;6;8;8;8;10;10;10;12;12;12;15;15;15;20;20;20;25;25;25;30;30;30;35;35;35;40;40;40;45;45;45;50;50;50;60;60;60	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9;10;10;10;11;11;11;12;12;12;13;13;13;14;14;14;15;15;15	minute	harvested after transcription inhibition	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	17166056		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2836	GSE3200	GSM71925;GSM71926;GSM71927;GSM71928;GSM71929;GSM71930	0;2;4;5;6;8	0;1;2;3;4;5	hour	in the presence of doxycycline	Drug or reagent treatment					whole cells	Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	16246724		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2837	GSE32974	GSM816749;GSM816764;GSM816750;GSM816765;GSM816751;GSM816766;GSM816752;GSM816767;GSM816753;GSM816768;GSM816754;GSM816769;GSM816755;GSM816770;GSM816756;GSM816771;GSM816757;GSM816772;GSM816758;GSM816773;GSM816759;GSM816774;GSM816760;GSM816775;GSM816761;GSM816776;GSM816762;GSM816777;GSM816763;GSM816778;GSM816779;GSM816780;GSM816781	10;10;30;30;50;50;70;70;90;90;110;110;130;130;150;150;170;170;190;190;210;210;230;230;250;250;270;270;290;290;310;330;350	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;16;17	minute	after synchronization	Differentiation or development			cdc28-4 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	22306294		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2838	GSE32974	GSM816782;GSM816783;GSM816784;GSM816785;GSM816786;GSM816787;GSM816788;GSM816789;GSM816790;GSM816791;GSM816792;GSM816793;GSM816794;GSM816795;GSM816796	15;30;45;60;75;90;105;120;135;150;165;180;195;210;225	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14	minute	after synchronization	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	22306294		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2839	GSE34082	GSM843716;GSM843717;GSM843718;GSM843719;GSM843720;GSM843721;GSM843722;GSM843723;GSM843724;GSM843725;GSM843726;GSM843741	A;B;D;E;F;G;i;i;K;L;O;V	0;1;2;3;4;5;6;6;7;8;9;10	timepoint	meiotic synchrony	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	22194413		GEO	No data preprocessing information
TCD2840	GSE34082	GSM843727;GSM843728;GSM843729;GSM843730;GSM843731;GSM843732;GSM843733;GSM843734;GSM843735;GSM843736;GSM843737;GSM843738;GSM843739;GSM843742	1;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;15;18	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13	timepoint	estrogen-activatable variant of the Ndt80 transcription factor allowed synchronous progression	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	22194413		GEO	No data preprocessing information
TCD2841	GSE34082	GSM843749;GSM843750;GSM843751;GSM843752;GSM843753;GSM843754;GSM843755;GSM843756;GSM843757;GSM843758;GSM843759;GSM843760;GSM843777	A;B;D;E;E;F;G;G;i;K;L;O;V	0;1;2;3;3;4;5;5;6;7;8;9;10	timepoint	meiotic synchrony	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	22194413		GEO	No data preprocessing information
TCD2842	GSE34082	GSM843761;GSM843762;GSM843763;GSM843764;GSM843765;GSM843766;GSM843767;GSM843768;GSM843769;GSM843770;GSM843771;GSM843772;GSM843773;GSM843774;GSM843775	1;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;12;13;15;18	0;1;2;3;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13	timepoint	estrogen-activatable variant of the Ndt80 transcription factor allowed synchronous progression	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	22194413		GEO	No data preprocessing information
TCD2843	GSE3431	GSM77298;GSM77299;GSM77300;GSM77301;GSM77302;GSM77303;GSM77304;GSM77305;GSM77306;GSM77307;GSM77308;GSM77309;GSM77310;GSM77311;GSM77312;GSM77313;GSM77314;GSM77315;GSM77316;GSM77317;GSM77318;GSM77319;GSM77320;GSM77321;GSM77322;GSM77323;GSM77324;GSM77325;GSM77326;GSM77327;GSM77328;GSM77329;GSM77330;GSM77331;GSM77332;GSM77333	1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35;36	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35	time_interval	metabolic cycle	Differentiation or development					continuous culture	Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	16254148		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2844	GSE461	GSM7490;GSM7491;GSM7492;GSM7493;GSM7494;GSM7495;GSM7496	0;0;0;20;40;60;140	0;0;0;1;2;3;4	minute	after addition of LiCl	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	12791685		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2845	GSE52339	GSM1263339;GSM1263340;GSM1263341;GSM1263342;GSM1263343;GSM1263344;GSM1263345;GSM1263346;GSM1263347;GSM1263348;GSM1263349;GSM1263350;GSM1263351;GSM1263352;GSM1263353;GSM1263354	1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15	time	metabolic cycle	Differentiation or development					YMC cycling cells	Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	25173176		GEO	No data preprocessing information
TCD2846	GSE5836	GSM113383;GSM113384;GSM113386;GSM113387;GSM113388;GSM113389;GSM113390;GSM113391;GSM113392;GSM113393;GSM113394;GSM113395;GSM113396;GSM113397;GSM113398	24;24;24;48;48;48;80;80;80;96;96;96;144;144;144	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	hour	after yeast inoculation	Virus or bacterial infection						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	17337556|17601813|20952643		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2847	GSE60617	GSM1483710;GSM1483716;GSM1483722;GSM1483711;GSM1483717;GSM1483723;GSM1483712;GSM1483718;GSM1483724;GSM1483713;GSM1483719;GSM1483725;GSM1483714;GSM1483720;GSM1483726;GSM1483715;GSM1483721;GSM1483727	0;0;0;6;6;6;12;12;12;18;18;18;24;24;24;42;42;42	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5	minute	taken after the temperature shift	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	25258386		GEO	No data preprocessing information
TCD2848	GSE61661	GSM1510374;GSM1510375;GSM1510376;GSM1510377;GSM1510378;GSM1510379;GSM1510380;GSM1510381;GSM1510382;GSM1510383;GSM1510384;GSM1510385;GSM1510386;GSM1510387;GSM1510388;GSM1510389;GSM1510390;GSM1510391;GSM1510392;GSM1510393;GSM1510394;GSM1510395;GSM1510396;GSM1510397	15;30;45;60;75;90;105;120;135;150;165;180;195;210;225;240;255;270;285;300;315;330;345;360	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23	minute	time after transfer to no-phosphate medium	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	25437565		GEO	No data preprocessing information
TCD2854	GSE61667	GSM1510524;GSM1510525;GSM1510526;GSM1510527;GSM1510528;GSM1510529;GSM1510530;GSM1510531;GSM1510532;GSM1510533;GSM1510534;GSM1510535;GSM1510536;GSM1510537;GSM1510538	15;30;45;60;75;90;105;120;135;150;165;180;195;210;225	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14	minute	time after transfer to no-phosphate medium	Drug or reagent treatment			phm4 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	25437565		GEO	No data preprocessing information
TCD2855	GSE7261	GSM175046;GSM175047;GSM175048;GSM175049;GSM175050	0;10;20;30;45	0;1;2;3;4	minute	after addition of 3ug/mL thiolutin	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	17914747		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2856	GSE75694	GSM1964118;GSM1964141;GSM1964119;GSM1964142;GSM1964120;GSM1964143;GSM1964121;GSM1964144;GSM1964122;GSM1964145;GSM1964123;GSM1964146;GSM1964124;GSM1964147;GSM1964125;GSM1964148;GSM1964126;GSM1964149;GSM1964127;GSM1964150;GSM1964128;GSM1964151;GSM1964129;GSM1964152;GSM1964130;GSM1964153;GSM1964131;GSM1964154;GSM1964132;GSM1964155;GSM1964133;GSM1964156;GSM1964134;GSM1964157;GSM1964135;GSM1964158;GSM1964136;GSM1964159;GSM1964137;GSM1964138;GSM1964139;GSM1964140	0;0;5;5;10;10;15;15;30;30;50;50;70;70;90;90;110;110;130;130;150;150;170;170;190;190;210;210;230;230;250;250;270;270;290;290;310;310;330;370;390;410	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;16;17;18;19;19;20;20;21;21;22;22	minute	Transcript dynamics in the S. cerevisiae	Drug or reagent treatment			Cdk1;whi5;stb1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	30668223		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2857	GSE75694	GSM1964160;GSM1964193;GSM1964161;GSM1964194;GSM1964162;GSM1964195;GSM1964163;GSM1964196;GSM1964164;GSM1964197;GSM1964165;GSM1964198;GSM1964166;GSM1964199;GSM1964167;GSM1964200;GSM1964168;GSM1964201;GSM1964169;GSM1964202;GSM1964170;GSM1964203;GSM1964171;GSM1964204;GSM1964172;GSM1964205;GSM1964173;GSM1964206;GSM1964174;GSM1964207;GSM1964175;GSM1964208;GSM1964176;GSM1964209;GSM1964177;GSM1964210;GSM1964178;GSM1964211;GSM1964179;GSM1964212;GSM1964180;GSM1964213;GSM1964181;GSM1964214;GSM1964182;GSM1964215;GSM1964183;GSM1964216;GSM1964184;GSM1964217;GSM1964185;GSM1964218;GSM1964186;GSM1964219;GSM1964187;GSM1964220;GSM1964188;GSM1964221;GSM1964189;GSM1964222;GSM1964190;GSM1964223;GSM1964191;GSM1964224;GSM1964192;GSM1964225	0;0;8;8;16;16;24;24;32;32;40;40;48;48;56;56;64;64;72;72;80;80;90;90;100;100;110;110;120;120;130;130;140;140;150;150;160;160;170;170;180;180;190;190;200;200;210;210;220;220;230;230;240;240;250;250;260;260;270;270;280;280;290;290;300;300	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15;16;16;17;17;18;18;19;19;20;20;21;21;22;22;23;23;24;24;25;25;26;26;27;27;28;28;29;29;30;30;31;31;32;32	minute	Transcript dynamics in the S. cerevisiae	Drug or reagent treatment			Cdk1;whi5;stb1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	30668223		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2858	GSE75694	GSM1964226;GSM1964259;GSM1964227;GSM1964260;GSM1964228;GSM1964261;GSM1964229;GSM1964262;GSM1964230;GSM1964263;GSM1964231;GSM1964264;GSM1964232;GSM1964265;GSM1964233;GSM1964266;GSM1964234;GSM1964267;GSM1964235;GSM1964268;GSM1964236;GSM1964269;GSM1964237;GSM1964270;GSM1964238;GSM1964271;GSM1964239;GSM1964272;GSM1964240;GSM1964273;GSM1964241;GSM1964274;GSM1964242;GSM1964275;GSM1964243;GSM1964276;GSM1964244;GSM1964277;GSM1964245;GSM1964278;GSM1964246;GSM1964279;GSM1964247;GSM1964280;GSM1964248;GSM1964281;GSM1964249;GSM1964282;GSM1964250;GSM1964283;GSM1964251;GSM1964284;GSM1964252;GSM1964285;GSM1964253;GSM1964286;GSM1964254;GSM1964287;GSM1964255;GSM1964288;GSM1964256;GSM1964289;GSM1964257;GSM1964290;GSM1964258;GSM1964291	0;0;8;8;16;16;24;24;32;32;40;40;48;48;56;56;64;64;72;72;80;80;90;90;100;100;110;110;120;120;130;130;140;140;150;150;160;160;170;170;180;180;190;190;200;200;210;210;220;220;230;230;240;240;250;250;260;260;270;270;280;280;290;290;300;300	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15;16;16;17;17;18;18;19;19;20;20;21;21;22;22;23;23;24;24;25;25;26;26;27;27;28;28;29;29;30;30;31;31;32;32	minute	Transcript dynamics in the S. cerevisiae	Drug or reagent treatment			Cdk1;cdc16;whi5;stb1 mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	30668223		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2859	GSE75694	GSM2306520;GSM2306521;GSM2306522;GSM2306523;GSM2306524;GSM2306525;GSM2306526;GSM2306527;GSM2306528;GSM2306529;GSM2306530;GSM2306531;GSM2306532;GSM2306533;GSM2306534;GSM2306535;GSM2306536;GSM2306537;GSM2306538;GSM2306539;GSM2306540;GSM2306541;GSM2306542;GSM2306543;GSM2306544;GSM2306545;GSM2306546;GSM2306547;GSM2306548;GSM2306549	10;20;30;40;50;60;70;80;90;100;110;120;130;140;150;160;170;180;190;200;210;220;230;240;250;260;270;280;290;300	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29	minute	Transcript dynamics in the S. cerevisiae	Drug or reagent treatment			nrm1;yhp1;yox1 knockout;SIC1 overexpression			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	30668223		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2860	GSE75694	GSM2306550;GSM2306586;GSM2306551;GSM2306587;GSM2306552;GSM2306588;GSM2306553;GSM2306589;GSM2306554;GSM2306590;GSM2306555;GSM2306591;GSM2306556;GSM2306592;GSM2306557;GSM2306593;GSM2306558;GSM2306594;GSM2306559;GSM2306595;GSM2306560;GSM2306596;GSM2306561;GSM2306597;GSM2306562;GSM2306598;GSM2306563;GSM2306599;GSM2306564;GSM2306600;GSM2306565;GSM2306601;GSM2306566;GSM2306602;GSM2306567;GSM2306603;GSM2306568;GSM2306604;GSM2306569;GSM2306605;GSM2306570;GSM2306606;GSM2306571;GSM2306607;GSM2306572;GSM2306608;GSM2306573;GSM2306609;GSM2306574;GSM2306610;GSM2306575;GSM2306611;GSM2306576;GSM2306612;GSM2306577;GSM2306613;GSM2306578;GSM2306614;GSM2306579;GSM2306615;GSM2306580;GSM2306581;GSM2306582;GSM2306583;GSM2306584;GSM2306585	10;10;20;20;30;30;40;40;50;50;60;60;70;70;80;80;90;90;100;100;110;110;120;120;130;130;140;140;150;150;160;160;170;170;180;180;190;190;200;200;210;210;220;220;230;230;240;240;250;250;260;260;270;270;280;280;290;290;300;300;310;320;330;340;350;360	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;12;13;13;14;14;15;15;16;16;17;17;18;18;19;19;20;20;21;21;22;22;23;23;24;24;25;25;26;26;27;27;28;28;29;29;30;31;32;33;34;35	minute	Transcript dynamics in the S. cerevisiae	Drug or reagent treatment			SIC1 overexpression			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	30668223		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2861	GSE7645	GSM184944;GSM184952;GSM184960;GSM184945;GSM184953;GSM184961;GSM184946;GSM184954;GSM184962;GSM184947;GSM184955;GSM184963;GSM184948;GSM184956;GSM184964;GSM184949;GSM184957;GSM184965;GSM184950;GSM184958;GSM184966;GSM184951;GSM184959;GSM184967	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20;40;40;40;70;70;70;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	minute		Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	24073228		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2862	GSE7645	GSM184968;GSM184976;GSM184984;GSM184969;GSM184977;GSM184985;GSM184970;GSM184978;GSM184986;GSM184971;GSM184979;GSM184987;GSM184972;GSM184980;GSM184988;GSM184973;GSM184981;GSM184989;GSM184974;GSM184982;GSM184990;GSM184975;GSM184983;GSM184991	0;0;0;3;3;3;6;6;6;12;12;12;20;20;20;40;40;40;70;70;70;120;120;120	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7	minute	after adding the oxidant	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	24073228		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2863	GSE80474	GSM2128020;GSM2128021;GSM2128022;GSM2128023;GSM2128024;GSM2128025;GSM2128026;GSM2128027;GSM2128028;GSM2128029;GSM2128030;GSM2128031;GSM2128032;GSM2128033;GSM2128034;GSM2128035;GSM2128036;GSM2128037;GSM2128038;GSM2128039;GSM2128040;GSM2128041;GSM2128042;GSM2128043;GSM2128044;GSM2128045;GSM2128046;GSM2128047;GSM2128048;GSM2128049;GSM2128050;GSM2128051;GSM2128052;GSM2128053;GSM2128054;GSM2128055;GSM2128056;GSM2128057;GSM2128058;GSM2128059;GSM2128060;GSM2128061;GSM2128062;GSM2128063;GSM2128064;GSM2128065;GSM2128066;GSM2128067;GSM2128068;GSM2128069	0;5;10;15;20;25;30;35;40;45;50;55;60;65;70;75;80;85;90;95;100;105;110;115;120;125;130;135;140;145;150;155;160;165;170;175;180;185;190;195;200;205;210;215;220;225;230;235;240;245	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35;36;37;38;39;40;41;42;43;44;45;46;47;48;49	minute	Cell-cycle transcript dynamics	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	27918582		GEO	No data preprocessing information
TCD2864	GSE8536	GSM211831;GSM211832;GSM211833;GSM211834;GSM211835;GSM211836;GSM211837;GSM211838;GSM211839;GSM211840;GSM211841;GSM211842;GSM211843;GSM211844;GSM211845;GSM211846;GSM211847;GSM211848;GSM211849;GSM211850;GSM211851	1;1;1;12;12;12;24;24;24;48;48;48;60;60;60;120;120;120;340;340;340	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6	hour	collected time	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18215224		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2865	GSE85545	GSM2276885;GSM2276886;GSM2276888;GSM2276887;GSM2276889;GSM2276891;GSM2276890	0;1;4;8;14;30;40	0;1;2;3;4;5;6	timepoint	glucose starvation	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	28400552		GEO	No data preprocessing information
TCD2866	GSE85545	GSM2276898;GSM2276901;GSM2276895;GSM2276899;GSM2276896;GSM2276900;GSM2276897	0;1;2;4;8;14;20	0;1;2;3;4;5;6	timepoint	Nab3 glucose to glucose	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	28400552		GEO	No data preprocessing information
TCD2867	GSE85545	GSM2276905;GSM2276910;GSM2276908;GSM2276914;GSM2276902;GSM2276906;GSM2276915;GSM2276903;GSM2276912;GSM2276907;GSM2276916;GSM2276904;GSM2276911;GSM2276909;GSM2276913	0;0;1;1;2;4;4;8;8;14;16;20;22;28;45	0;0;1;1;2;3;3;4;4;5;6;7;8;9;10	timepoint	Nab3 in response to glucose starvation	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	28400552		GEO	No data preprocessing information
TCD2868	GSE85545	GSM2276920;GSM2276923;GSM2276917;GSM2276921;GSM2276918;GSM2276922;GSM2276919	0;1;2;4;8;14;20	0;1;2;3;4;5;6	timepoint	Rpo21 glucose to glucose	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	28400552		GEO	No data preprocessing information
TCD2869	GSE85545	GSM2276927;GSM2276934;GSM2276930;GSM2276937;GSM2276924;GSM2276931;GSM2276928;GSM2276935;GSM2276925;GSM2276932;GSM2276929;GSM2276936;GSM2276926;GSM2276933	0;0;1;1;2;2;4;4;8;8;14;14;20;20	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;6;6	timepoint	Rpo21 in response to glucose starvation	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	28400552		GEO	No data preprocessing information
TCD2870	GSE85545	GSM2276941;GSM2276942;GSM2276950;GSM2276944;GSM2276947;GSM2276939;GSM2276951;GSM2276940;GSM2276948;GSM2276952;GSM2276943;GSM2276945;GSM2276946;GSM2276949;GSM2276938	0;1;1;2;2;4;4;8;8;14;18;20;20;40;51	0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;6;7;7;8;9	timepoint	Rpo21 in response to glucose starvation	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	28400552		GEO	No data preprocessing information
TCD2871	GSE85545	GSM2276954;GSM2276964;GSM2276958;GSM2276965;GSM2276955;GSM2276967;GSM2276959;GSM2276962;GSM2276963;GSM2276956;GSM2276966;GSM2276960;GSM2276968;GSM2276953;GSM2276957;GSM2276961	0;0;1;1;2;2;4;4;8;10;14;18;20;28;40;40	0;0;1;1;2;2;3;3;4;5;6;7;8;9;10;10	timepoint	Rpo21 glucose to no glucose anchor away strain rapamycin	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	RNA-Seq	28400552		GEO	No data preprocessing information
TCD2872	GSE8799	GSM218597;GSM218612;GSM218598;GSM218613;GSM218599;GSM218614;GSM218600;GSM218615;GSM218601;GSM218616;GSM218602;GSM218617;GSM218603;GSM218618;GSM218604;GSM218619;GSM218605;GSM218620;GSM218606;GSM218621;GSM218607;GSM218622;GSM218608;GSM218623;GSM218609;GSM218624;GSM218610;GSM218625;GSM218611;GSM218626	30;38;46;54;62;70;78;86;94;102;110;118;126;134;142;150;158;166;174;182;190;198;206;214;222;230;238;246;254;262	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29	minute	Cell cycle synchrony	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18463633		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2873	GSE8799	GSM218642;GSM218627;GSM218643;GSM218628;GSM218644;GSM218629;GSM218645;GSM218630;GSM218646;GSM218631;GSM218647;GSM218632;GSM218648;GSM218633;GSM218649;GSM218634;GSM218650;GSM218635;GSM218651;GSM218636;GSM218652;GSM218637;GSM218653;GSM218638;GSM218654;GSM218639;GSM218655;GSM218640;GSM218656;GSM218641	30;38;46;54;62;70;78;86;94;102;110;118;126;134;142;150;158;166;174;182;190;198;206;214;222;230;238;246;254;262	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29	minute	Cell cycle synchrony	Differentiation or development			Cyclin Mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18463633		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2874	GSE9482	GSM240641;GSM240651;GSM240661;GSM240671;GSM240642;GSM240652;GSM240662;GSM240672;GSM240643;GSM240653;GSM240663;GSM240673;GSM240644;GSM240654;GSM240664;GSM240674;GSM240645;GSM240655;GSM240665;GSM240675	0;0;0;0;10;10;10;10;20;20;20;20;40;40;40;40;60;60;60;60	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	minute	reactivation of NMD	Gene editing			GAL-NMD2 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18087042		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2875	GSE9482	GSM240646;GSM240656;GSM240666;GSM240676;GSM240647;GSM240657;GSM240667;GSM240677;GSM240648;GSM240658;GSM240668;GSM240678;GSM240649;GSM240659;GSM240669;GSM240679;GSM240650;GSM240660;GSM240670;GSM240680	0;0;0;0;10;10;10;10;20;20;20;20;40;40;40;40;60;60;60;60	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	minute	reactivation of NMD	Gene editing			nmd2 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18087042		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2876	GSE9644	GSM243564;GSM243565;GSM243566;GSM243567;GSM243568;GSM243569;GSM243570;GSM243571;GSM243572;GSM243573	5;5;10;10;30;30;60;60;120;120	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	minute	after the Glucose Pulse	Stress treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18524923		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2877	GSE9644	GSM243632;GSM243633;GSM243634;GSM243635;GSM243636;GSM243637;GSM243638;GSM243639;GSM243640;GSM243641	5;5;10;10;30;30;60;60;120;120	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	minute	after the Glucose Pulse	Stress treatment			sfp1 knockout			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18524923		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2878	GSE9645	GSM243645;GSM243923;GSM243929;GSM243646;GSM243924;GSM243930;GSM243647;GSM243925;GSM243931;GSM243648;GSM243926;GSM243932;GSM243649;GSM243927;GSM243933	7;7;7;16;16;16;26;26;26;41;41;41;71;71;71	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	minute	after adding terbutyl	Drug or reagent treatment						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	18424442|25900709|27648972		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2879	GSE96997	GSM2549505;GSM2549506;GSM2549507;GSM2549508;GSM2549509;GSM2549510;GSM2549511;GSM2549512;GSM2549513;GSM2549514;GSM2549515;GSM2549516;GSM2549517;GSM2549518;GSM2549519;GSM2549520;GSM2549521;GSM2549522;GSM2549523;GSM2549524;GSM2549525	0;12;24;36;48;60;72;84;96;108;120;132;144;156;168;180;192;204;216;228;240	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20	minute	periodic cell-cycle transcription	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	28934013		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2880	GSE96997	GSM2549526;GSM2549527;GSM2549528;GSM2549529;GSM2549530;GSM2549531;GSM2549532;GSM2549533;GSM2549534;GSM2549535;GSM2549536;GSM2549537;GSM2549538;GSM2549539;GSM2549540;GSM2549541	0;12;24;36;48;60;72;84;96;108;120;132;144;156;168;180	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15	minute	periodic cell-cycle transcription	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	28934013		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2881	GSE96997	GSM2549542;GSM2549557;GSM2549543;GSM2549558;GSM2549544;GSM2549559;GSM2549545;GSM2549560;GSM2549546;GSM2549561;GSM2549547;GSM2549562;GSM2549548;GSM2549563;GSM2549549;GSM2549564;GSM2549550;GSM2549565;GSM2549551;GSM2549566;GSM2549552;GSM2549567;GSM2549553;GSM2549568;GSM2549554;GSM2549569;GSM2549555;GSM2549570;GSM2549556;GSM2549571	30;38;46;54;62;70;78;86;94;102;110;118;126;134;142;150;158;166;174;182;190;198;206;214;222;230;238;246;254;262	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29	minute	periodic cell-cycle transcription	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	28934013		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2882	GSE96997	GSM2549587;GSM2549572;GSM2549588;GSM2549573;GSM2549589;GSM2549574;GSM2549590;GSM2549575;GSM2549591;GSM2549576;GSM2549592;GSM2549577;GSM2549593;GSM2549578;GSM2549594;GSM2549579;GSM2549595;GSM2549580;GSM2549596;GSM2549581;GSM2549597;GSM2549582;GSM2549598;GSM2549583;GSM2549599;GSM2549584;GSM2549600;GSM2549585;GSM2549601;GSM2549586	30;38;46;54;62;70;78;86;94;102;110;118;126;134;142;150;158;166;174;182;190;198;206;214;222;230;238;246;254;262	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29	minute	periodic cell-cycle transcription	Differentiation or development			Cyclin Mutant			Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	28934013		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2883	GSE96997	GSM2549602;GSM2549603;GSM2549604;GSM2549605;GSM2549606;GSM2549607;GSM2549608;GSM2549609;GSM2549610;GSM2549611;GSM2549612;GSM2549613;GSM2549614;GSM2549615;GSM2549616	15;30;45;60;75;90;105;120;135;150;165;180;195;210;225	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14	minute	periodic cell-cycle transcription	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	28934013		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2884	GSE96997	GSM2549631;GSM2549617;GSM2549632;GSM2549618;GSM2549633;GSM2549619;GSM2549634;GSM2549620;GSM2549635;GSM2549621;GSM2549636;GSM2549622;GSM2549637;GSM2549623;GSM2549638;GSM2549624;GSM2549639;GSM2549625;GSM2549640;GSM2549626;GSM2549641;GSM2549627;GSM2549642;GSM2549628;GSM2549643;GSM2549629;GSM2549644;GSM2549630;GSM2549645;GSM2549646;GSM2549647;GSM2549648	20;40;40;60;60;80;80;100;100;120;120;140;140;160;160;180;180;200;200;220;220;240;240;260;260;280;280;300;300;320;340;360	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;6;6;7;7;8;8;9;9;10;10;11;11;12;13;14;15;15;16;16;17;17	minute	periodic cell-cycle transcription	Differentiation or development						Saccharomyces_cerevisiae	Microarray	28934013		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2885	E-MEXP-1152	x_617.7;x_493.1;x_495.1;x_497.1;x_618.7;x_616.1;x_493.7;x_618.3;x_495.6;x_497.4;x_492.2;x_617.6;x_492.4;x_618.1;x_617.1;x_495.3;x_493.3;x_497.5;x_495.5_2;x_617.4;x_495.5;x_493.2;x_493.5;x_492.8;x_617.1	8;8;8;8;8;8;28;28;28;28;28;28;49;49;49;49;49;70;70;70;70;70;91;91;91	0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4	day	after birth	Differentiation or development					tumor	Sus_scrofa	Microarray		cutaneous melanoma	ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2886	E-MEXP-1756	X071023MJA_porcine_AdG13.CEL;X071023MJA_porcine_AdG14.CEL;X071023MJA_porcine_AdG15.CEL;X071023MJA_porcine_AdG16.CEL;X071023MJA_porcine_AdG17.CEL;X071023MJA_porcine_AdG18.CEL	0;2;5;10;15;60	0;1;2;3;4;5	minute	control - no bacteria	Virus or bacterial infection					alveolar macrophages	Sus_scrofa	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2887	E-MEXP-1756	X071023MJA_porcine_AdG01.CEL;X071023MJA_porcine_AdG02.CEL;X071023MJA_porcine_AdG03.CEL;X071023MJA_porcine_AdG04.CEL;X071023MJA_porcine_AdG05.CEL;X071023MJA_porcine_AdG06.CEL	0;2;5;10;15;60	0;1;2;3;4;5	minute	S. suis strain S10	Virus or bacterial infection					alveolar macrophages	Sus_scrofa	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2888	E-MEXP-1756	X071023MJA_porcine_AdG07.CEL;X071023MJA_porcine_AdG08.CEL;X071023MJA_porcine_AdG09.CEL;X071023MJA_porcine_AdG10.CEL;X071023MJA_porcine_AdG11.CEL;X071023MJA_porcine_AdG12.CEL	0;2;5;10;15;60	0;1;2;3;4;5	minute	S. suis strain S10delcpsEF	Virus or bacterial infection					alveolar macrophages	Sus_scrofa	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2889	GSE13456	GSM339015;GSM339016;GSM339017;GSM339020;GSM339021	0;3;8;14;21	0;1;2;3;4	day		Differentiation or development					jejunum	Sus_scrofa	Microarray	25049506		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2890	GSE14790	GSM369307;GSM369308;GSM369309;GSM369310;GSM369315;GSM369316;GSM369317;GSM369318;GSM369323;GSM369324;GSM369325;GSM369326;GSM369331;GSM369332;GSM369333;GSM369334;GSM369338;GSM369339;GSM369340;GSM369341	0;0;0;0;7;7;7;7;14;14;14;14;21;21;21;21;29;29;29;29	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	day		Drug or reagent treatment					blood	Sus_scrofa	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2891	GSE14790	GSM369311;GSM369312;GSM369313;GSM369314;GSM369319;GSM369320;GSM369321;GSM369322;GSM369327;GSM369328;GSM369329;GSM369330;GSM369335;GSM369336;GSM369337;GSM369342;GSM369343;GSM369344;GSM369345	0;0;0;0;7;7;7;7;14;14;14;14;21;21;21;29;29;29;29	0;0;0;0;1;1;1;1;2;2;2;3;3;3;3;4;4;4;4	day	PCV2 inoculated	Drug or reagent treatment				PCV2 inoculated	blood	Sus_scrofa	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2892	GSE18854	GSM467159;GSM467164;GSM467169;GSM467160;GSM467165;GSM467170;GSM467161;GSM467166;GSM467171;GSM467162;GSM467167;GSM467172;GSM467158;GSM467163;GSM467168	0;0;0;1;1;1;2;2;2;4;4;4;7;7;7	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	dedifferentiation	Differentiation or development				dedifferentiation	porcine follicular granulosa cells	Sus_scrofa	Microarray	22839299		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2893	GSE29588	GSM732545;GSM732547;GSM732549;GSM732559;GSM732561;GSM732563;GSM732580;GSM732582;GSM732584;GSM732552;GSM732554;GSM732556;GSM732573;GSM732575;GSM732577;GSM732587;GSM732589;GSM732591;GSM732538;GSM732540;GSM732542;GSM732566;GSM732568;GSM732570;GSM732594;GSM732596;GSM732598	1;1;1;2;2;2;4;4;4;24;24;24;48;48;48;72;72;72;168;168;168;336;336;336;514;514;514	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	exposure control	Stress treatment				exposure control	pig skin	Sus_scrofa	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2894	GSE29588	GSM732544;GSM732546;GSM732548;GSM732558;GSM732560;GSM732562;GSM732579;GSM732581;GSM732583;GSM732551;GSM732553;GSM732555;GSM732572;GSM732574;GSM732576;GSM732586;GSM732588;GSM732590;GSM732537;GSM732539;GSM732541;GSM732565;GSM732567;GSM732569;GSM732593;GSM732595;GSM732597	1;1;1;2;2;2;4;4;4;24;24;24;48;48;48;72;72;72;168;168;168;336;336;336;514;514;514	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8	hour	post- sulfur mustard exposure	Stress treatment				post- sulfur mustard exposure	pig skin	Sus_scrofa	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2895	GSE29588	GSM732550;GSM732564;GSM732585;GSM732557;GSM732578;GSM732592;GSM732543;GSM732571;GSM732599	1;2;4;24;48;72;168;336;514	0;1;2;3;4;5;6;7;8	hour		Stress treatment					pig skin	Sus_scrofa	Microarray			GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2896	GSE71832	GSM1846497;GSM1846498;GSM1846499;GSM1846500;GSM1846501	42;60;80;100;115	0;1;2;3;4	day	fetal porcine development	Differentiation or development				fetal porcine development	embryonic brain	Sus_scrofa	RNA-Seq	28232790|26541409		GEO	No data preprocessing information
TCD2897	GSE84347	GSM2232535;GSM2232541;GSM2232536;GSM2232542;GSM2232537;GSM2232543;GSM2232538;GSM2232544;GSM2232539;GSM2232545;GSM2232540;GSM2232546	0;0;3;3;6;6;9;9;12;12;24;24	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	hour	PRRSV infected	Virus or bacterial infection				PRRSV infected		Sus_scrofa	RNA-Seq	29140992		GEO	No data preprocessing information
TCD2898	E-MTAB-9694	ERR4703122;ERR4703123;ERR4703124;ERR4703125;ERR4703126;ERR4703127;ERR4703128;ERR4703129;ERR4703130;ERR4703131;ERR4703132;ERR4703133;ERR4703134;ERR4703135;ERR4703136;ERR4703137;ERR4703138;ERR4703139;ERR4703140;ERR4703141;ERR4703142;ERR4703143;ERR4703144;ERR4703145;ERR4703146;ERR4703147;ERR4703148;ERR4703149;ERR4703150;ERR4703151;ERR4703152;ERR4703153;ERR4703154;ERR4703155;ERR4703156;ERR4703157;ERR4703158;ERR4703159;ERR4703160;ERR4703161;ERR4703162;ERR4703163;ERR4703164;ERR4703165;ERR4703166;ERR4703167;ERR4703168;ERR4703169;ERR4703170;ERR4703171;ERR4703172;ERR4703173;ERR4703174;ERR4703175	0;0;0;5;5;5;10;10;10;30;30;30;90;90;90;180;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	minute	collected time	Drug or reagent treatment					seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD2899	E-MTAB-9694	ERR4703338;ERR4703339;ERR4703340;ERR4703341;ERR4703342;ERR4703343;ERR4703344;ERR4703345;ERR4703346;ERR4703347;ERR4703348;ERR4703349;ERR4703350;ERR4703351;ERR4703352;ERR4703353;ERR4703354;ERR4703355;ERR4703356;ERR4703357;ERR4703358;ERR4703359;ERR4703360;ERR4703361;ERR4703362;ERR4703363;ERR4703364;ERR4703365;ERR4703366;ERR4703367;ERR4703368;ERR4703369;ERR4703370;ERR4703371;ERR4703372;ERR4703373;ERR4703374;ERR4703375;ERR4703376;ERR4703377;ERR4703378;ERR4703379;ERR4703380;ERR4703381;ERR4703382;ERR4703383;ERR4703384;ERR4703385;ERR4703386;ERR4703387;ERR4703388;ERR4703389;ERR4703390;ERR4703391	0;0;0;5;5;5;10;10;10;30;30;30;90;90;90;180;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180;0;0;5;5;10;10;30;30;90;90;180;180	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5;0;0;1;1;2;2;3;3;4;4;5;5	minute	Pep1	Drug or reagent treatment	Pep1	1 millimolar			seedling	Arabidopsis_thaliana	RNA-Seq			ArrayExpress	No data preprocessing information
TCD2900	GSE3439	GSM77678;GSM77679;GSM77680;GSM77681;GSM77682	0;6;24;48;72	0;1;2;3;4	zeitgeber_time	salmonella infection	Virus or bacterial infection				salmonella infection	ab T cells	Bos_taurus	Microarray	17574223		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2901	E-MTAB-1608	A133.Heat.20.2Feb.15min.tp.stress.CEL;A133.Heat.23A.8.Feb.15min.tp.stress.2ndIVT.CEL;A133.Heat.39A.15feb.15min.tp.stress.2ndIVT.CEL;A133.Heat.5.25.Jan.15min.tp.stress.CEL;A133.Heat.50.22feb.15min.tp.stress.CEL;A133.Heat.11.2Feb.45min.tp.stress.CEL;A133.Heat.28.8.Feb.45min.tp.stress.CEL;A133.Heat.31A.15feb.45min.tp.stress.2ndIVT.CEL;A133.Heat.7.25.Jan.45min.tp.stress.CEL;A133.Heat41.22feb.45min.tp.stress.CEL;A133.Heat.1.25Jan.1.5hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.19.2Feb.1.5hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.30.8.Feb.1.5hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.36.15feb.1.5hr.tp.stress.CEL;A133.Heat44.22feb.1.5hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.18.2Feb.2.25hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.22.8.Feb.2.25hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.37A.15feb.2.25hr.tp.stress.2ndIVT.CEL;A133.Heat.46.22feb.2.25hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.8.25.Jan.2.25hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.13.2Feb.3hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.21.8.Feb.3hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.32A.15feb.3hr.tp.stress.2ndIVT.CEL;A133.Heat.47.22feb.3hr.tp.stress.CEL;A133.Heat.6.25.Jan.3hr.stress.CEL	15;15;15;15;15;45;45;45;45;45;90;90;90;90;90;135;135;135;135;135;180;180;180;180;180	0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;2;2;2;2;2;3;3;3;3;3;4;4;4;4;4	minute	heat hardening period	Stress treatment				36 degree celsius	whole organism	Drosophila_melanogaster	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2902	GSE562	GSM8542;GSM8544;GSM8546;GSM8547;GSM8549;GSM8551;GSM8553;GSM8554;GSM8556;GSM8558;GSM8560;GSM8562	1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12	0;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11	hour	reared on standard diet with yeast	Stress treatment						Drosophila_melanogaster	Microarray			GEO	The data has not been log2 converted
TCD2903	E-MTAB-3731	DB.Series1.1h;DB.Series2.1h;DB.Series3.1h;DB.Series1.3h;DB.Series2.3h;DB.Series3.3h;DB.Series1.6h;DB.Series2.6h;DB.Series3.6h;DB.Series1.12h;DB.Series2.12h;DB.Series3.12h;DB.Series1.24h;DB.Series2.24h;DB.Series3.24h;DB.Series1.48h;DB.Series2.48h;DB.Series3.48h;DB.Series1.72h;DB.Series2.72h;DB.Series3.72h;DB.Series1.120h;DB.Series2.120h;DB.Series3.120h;DB.Series1.192h;DB.Series2.192h;DB.Series3.192h;DB.Series1.288h;DB.Series2.288h;DB.Series3.288h	1;1;1;3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;120;192;192;192;288;288;288	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				dexamethasone and bone morphogenetic protein 2	osteocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2904	E-MTAB-3731	TB.Series1.3h;TB.Series2.3h;TB.Series3.3h;TB.Series1.6h;TB.Series2.6h;TB.Series3.6h;TB.Series1.12h;TB.Series2.12h;TB.Series3.12h;TB.Series1.24h;TB.Series2.24h;TB.Series3.24h;TB.Series1.48h;TB.Series2.48h;TB.Series3.48h;TB.Series1.72h;TB.Series2.72h;TB.Series3.72h;TB.Series1.120h;TB.Series2.120h;TB.Series3.120h;TB.Series1.192h;TB.Series2.192h;TB.Series3.192h;TB.Series1.288h;TB.Series2.288h;TB.Series3.288h;TB.Series1.384h;TB.Series2.384h;TB.Series3.384h	3;3;3;6;6;6;12;12;12;24;24;24;48;48;48;72;72;72;120;120;120;192;192;192;288;288;288;384;384;384	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4;5;5;5;6;6;6;7;7;7;8;8;8;9;9;9	hour	"Osteogenic differentiation of hMSC using different growth conditions including control (MD), dexamethasone (DX), dexamethasone + BMP2 (DB), dexamethasone + VitaminD3 (DV)"	Differentiation or development				human transforming growth factor beta 1 and bone morphogenetic protein 2	chondrocyte	Homo_sapiens	Microarray			ArrayExpress	The data is normalized and log2 transformed
TCD2905	GSE128722	GSM3683691;GSM3683692;GSM3683693;GSM3683694;GSM3683695	0;6;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	dbcAMP	Drug or reagent treatment	dbcAMP	1 mol/L			U87	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2906	GSE128722	GSM3683696;GSM3683697;GSM3683698;GSM3683699;GSM3683700	0;6;12;24;48	0;1;2;3;4	hour	dbcAMP	Drug or reagent treatment	dbcAMP	1 mol/L			LN18	Homo_sapiens	RNA-Seq			GEO	No data preprocessing information
TCD2908	GSE168071	GSM5127791;GSM5127794;GSM5127801;GSM5127808;GSM5127814;GSM5127818;GSM5127821;GSM5127824;GSM5127827;GSM5127830;GSM5127833;GSM5127836;GSM5127839;GSM5127842;GSM5127845	6;6;6;8;8;8;13;13;13;16;16;16;27;27;27	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	pancreatic development	Differentiation or development			HNF1B knockout			Homo_sapiens	RNA-Seq	34450036		GEO	No data preprocessing information
TCD2909	GSE168071	GSM5127790;GSM5127793;GSM5127798;GSM5127805;GSM5127812;GSM5127817;GSM5127820;GSM5127823;GSM5127826;GSM5127829;GSM5127832;GSM5127835;GSM5127838;GSM5127841;GSM5127844	6;6;6;8;8;8;13;13;13;16;16;16;27;27;27	0;0;0;1;1;1;2;2;2;3;3;3;4;4;4	day	pancreatic development	Differentiation or development						Homo_sapiens	RNA-Seq	34450036		GEO	No data preprocessing information
TCD2910	GSE102072	GSM2722830;GSM2722831;GSM2722832;GSM2722833;GSM2722834;GSM2722835;GSM2722836;GSM2722837	3;6;9;12;15;18;21;24	0;1;2;3;4;5;6;7	zeitgeber_time	time-restricted feeding	Stress treatment				time-restricted feeding		Mus_musculus	RNA-Seq	30174302		GEO	No data preprocessing information
TCD2913	GSE9918	GSM251027;GSM251028;GSM251029;GSM251030;GSM251031;GSM251032;GSM251018;GSM251019;GSM251020;GSM251021;GSM251022;GSM251023;GSM251024;GSM251025;GSM251026	3;3;3;7;7;7;12;12;12;24;24;24;48;48;48	0;0;0;1;1;1;3;3;3;4;4;4;5;5;5	hour	post intraorbital nerve crush	Stress treatment					retina	Rattus_norvegicus	Microarray	18552980		GEO	The data is normalized and log2 transformed
TCD2914	GSE103979	GSM2787274;GSM2787300;GSM2787275;GSM2787301;GSM2787276;GSM2787302;GSM2787277;GSM2787303;GSM2787278;GSM2787304	0;0;1;1;3;3;5;5;8;8	0;0;1;1;2;2;3;3;4;4	day	different time points during the somatic cell reprogramming	Differentiation or development			Oct6 mutant			Mus_musculus	RNA-Seq	31375664		GEO	No data preprocessing information
TCD2915	GSE4679	GSM105568;GSM105570;GSM105572;GSM105574;GSM105576;GSM105578;GSM105580;GSM105582	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	shRNAi induced differentiation in mouse embrionic stem cells	Differentiation or development		Sox2 knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2916	GSE4679	GSM105584;GSM105586;GSM105588;GSM105590;GSM105592;GSM105594;GSM105596;GSM105598	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	shRNAi induced differentiation in mouse embrionic stem cells	Differentiation or development		Tbx3 knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2917	GSE4679	GSM105600;GSM105602;GSM105604;GSM105606;GSM105608;GSM105610;GSM105612;GSM105614	0;1;2;3;4;5;6;7	0;1;2;3;4;5;6;7	day	shRNAi induced differentiation in mouse embrionic stem cells	Differentiation or development		Tcl1 knockdown			Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted
TCD2918	GSE4679	GSM105616;GSM105618;GSM105620;GSM105622;GSM105624;GSM105626;GSM105628	7;0;1;2;3;4;5;6	7;0;1;2;3;4;5;6	day	retinoic acid (RA) treatment	Drug or reagent treatment	retinoic acid (RA)				Embryonic Stem Cells (ESCs)	Mus_musculus	Microarray	16767105		GEO	The data has not been log2 converted